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1
回答
如何
从
deepchem
的
ConvMol
对象
中
获取
MOL
对象
python
、
python-3.x
、
deep-learning
关于python库
deepchem
,
如何
从
deepchem
的
ConvMol
对象
中
获取
模型
对象
或微笑。示例 import numpy as npimport
deepchem
as dctrain
浏览 17
提问于2019-05-16
得票数 0
1
回答
Deepchem
磁盘数据到numpy数组
python
、
numpy
、
deep-learning
、
rdkit
我有我
的
微笑数据在.csv,其中包括5个分子,他们
的
微笑表示和各自
的
活动。数据可以直接
从
访问。/train_smiles_data.csv')dataset_train.X array([<
deepchem
.feat.
mol
_graphs.
ConvMol
<
deepchem
.feat.
mol
_graphs.
ConvMol<
浏览 2
提问于2019-10-09
得票数 2
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1
回答
深度化学
中
图形卷积
的
输出
deep-learning
、
rdkit
我使用
Deepchem
为我
的
GraphConvolution模型创建特性,如下所示。= featurizer.featurize(mols=molecules) 现在我想知道输出
的
mol
_object。我知道dc.feat.graph_features.ConvMolFeaturizer()返回一个数组
对象
。但它实际上会对输入产生影响。这意味着dc.feat.graph_features.ConvMolFeaturizer()
中
的
mols将此图像作为输入并输出
m
浏览 29
提问于2019-10-08
得票数 1
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2
回答
在React
中
从
对象
中提取数组
javascript
、
html
、
reactjs
对于我
的
function应用程序,我在文件Query2
中
有一个函数service.ts,如: products: number[]; return {products: [0.1]} 在导入函数Query2
的
组件“dra1.jsx”文件
中
,我有以下代码行: import React, { useEffect, u
浏览 3
提问于2022-10-07
得票数 0
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1
回答
RDKit:
从
锌数据库中生成用于聚类分析
的
指纹
cluster-analysis
、
hierarchical-clustering
、
chemistry
、
rdkit
我是RDKit
的
新手。我需要做一个化合物数据库
的
聚类分析。我已经
从
锌数据库下载了191K
的
3D
mol
2格式
的
化合物,现在我需要使用RDKit
获取
指纹。首先,我不知道是否可以将
mol
2格式转换为指纹,以及哪种指纹更适合这种类型
的
分析(我需要了解数据库中有哪些化学类型,以便-最终-找到一些代表)。有没有人有建议?(实用
的
建议也很受欢迎)。谢谢
浏览 30
提问于2021-06-29
得票数 0
1
回答
如何
访问类
对象
中
的
列表元素?
python
、
pyscal
我对python很陌生,并试图了解使用模块
的
基本知识。我试图在每个快照(时点)中找到每个原子在每个分子
中
的
位置。据我所知,下面的customkeys定义了一个列表,而sys是一个类
对象
,包含我
的
系统
的
不同快照,其中每个快照都是一个时点,包含所有分子中所有原子
的
位置。我想做一些类似于对类
对象
的
迭代,在每个时间点得到每个分子中所有原子
的
位置。(each_molec)第一个
浏览 6
提问于2022-03-14
得票数 0
2
回答
使用Mixin将Con图存储在类
中
(具有继承)
python
、
python-3.x
、
oop
、
mixins
我从一个配置文件中加载了很多缺省值,并将其存储在一个struct样式
的
类
中
(没有方法,只有变量)。__init__(name)继承是从右到左
的
,因此在Ligand()
中
是顺序
的
。# What I want to achieve using mixin
mol
.threads >>>
浏览 0
提问于2019-08-12
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1
回答
无法访问rdkit
中
Chem.Atom
的
子类
中
的
实例属性
python-3.x
、
inheritance
、
rdkit
我在rdkit.Chem
中
定义了Atom
的
一个子类。我还在其中定义了一个实例属性,但我无法
从
rdkit
中
的
RWMol
对象
获取
该实例。my_atom = MyAtom('C') atom_in_
mol
= rw_
mol
.GetAtoms()) print(atom_in
浏览 79
提问于2020-01-15
得票数 0
2
回答
如何
处理自定义postgresql类型/将其映射到django模型
python
、
django
、
postgresql
、
rdkit
在SQL
中
,"
mol
“列是使用如下语法
从
"smiles”字符串创建
的
postgres@compounds=# insert into compound (smiles,rdkit_
mol
,internal"
mol
_from_smiles“数据库函数来创建
mol
对象
。我是否应该让数据库在保存期间处理此列
的
创建。我可以在postgres
中
定义一个自定义触发器,运行
mol
_
浏览 1
提问于2014-02-26
得票数 2
1
回答
运行rdkit.Chem.SaltRemover()时会发生Python参数错误。(Python参数类型与C++签名不匹配)
python
、
rdkit
、
argument-error
我正在尝试使用SaltRemover()函数对我
的
数据集进行清理,但是发生了ArgumentError,但我找不到它。所使用
的
代码如下:from rdkit.Chem import AllChemif
mol
is None: continue remover = SaltRemover.SaltRemove
浏览 12
提问于2019-12-03
得票数 2
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4
回答
readline()返回括号
python
、
readline
我编写了一些代码,以便像下面这样
从
.txt
中
获取
一些行,并继续用括号返回行,这是我不想看到
的
。你能帮我一下吗?#!/bin/pythonf=open("name.txt","r") x=f.readline().splitlines()17.ala.r47r48.TRK820.no_0.rnd_1.c9610.th.c 18
浏览 4
提问于2016-08-03
得票数 4
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1
回答
擦除()对结构/
对象
内
的
STL向量不起作用吗?
c++
、
stl
我有一个包含STL向量
的
对象
。我
从
大小为零
的
向量开始,并使用push_back添加到其中。所以,push_back工作得很好。当我试图
从
我
的
分子
中
删除一个原子时,即从数组
中
删除其中一个元素时,erase()函数就不能工作了。其他方法也可以工作,如size()和clear()
浏览 0
提问于2018-12-31
得票数 3
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2
回答
从
pdb文件
中
获取
残差
的
属性
python
、
biopython
、
chemistry
、
pybel
我有一个pdb文件,我想使用python解析pdb,并且我想在pdb中找到残差
的
以下内容:2. interface topology我试过使用pybelallmols = [
mol
for
mol
in pybel.readfile("pdb", file_name)] dir(mo
浏览 1
提问于2014-01-17
得票数 0
3
回答
Phonegap插件- module.exports
javascript
、
cordova
、
plugins
、
phonegap-plugins
如何
在插件
的
javascript和视图
的
javascript之间传递
对象
?我在玩"apache 3编程“书中
的
示例代码,我被困住了.在我
的
plugin.xml
中
,我将名称空间设置为"mool“ <clobbers target="mool" /> </j
浏览 4
提问于2015-07-14
得票数 0
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2
回答
删除另一个
对象
内
的
对象
的
位置/方法,在该
对象
中
创建
的
函数之外
c++
、
object
、
memory
、
memory-leaks
、
delete-operator
(在这里,MyDataset是分子
对象
的
矢量,每个分子
对象
包含一个元素
对象
)MyDataset.push_back(在readMolecule函数
中
,创建了一个新
的
分子
对象
(但直到main
的
末尾才会删除,稍后会有更多
的
介绍) Molecule* CMFLoader::readMolecule( ifstream& i
浏览 2
提问于2012-05-11
得票数 0
2
回答
在python
中
构造
对象
列表以进行向量化:结构(
对象
)列表是否可以向量化,或者是否需要显式数组
python
、
arrays
、
numpy
、
vectorization
分子模拟
中
的
能量计算本质上充满了"for“循环。传统上,每个原子/分子
的
坐标都存储在数组
中
。数组对于向量化来说是相当简单
的
,但是结构很适合用来编码。我使用
的
是Python 3.6版 我
的
问题是,当我使用
对象
数组时,我不知道
如何
向量化计算……似乎无法避免for循环。我有必要使用数组来利用numpy和向量化我
的
代码吗?如果我使用
的
不是数组,而是一个
对象
数组,每个<e
浏览 1
提问于2018-08-04
得票数 1
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2
回答
从
函数创建Python
对象
python
、
oop
我
的
问题可能更多地与OOP有关,而不是python。我编写了一个类来描述一个分子,然后我编写了一个函数来
从
特定
的
文件格式fromFILE创建一个分子
对象
。因此,例如,当我使用我
的
类时,我执行以下操作:
mol
= mymodule.fromFILE("toto")...我
的
问题是什么是组织事物
的
好方法。函数fromFILE()是否应该是类
的</em
浏览 0
提问于2013-06-25
得票数 2
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1
回答
如何
处理python
中
的
对象
和列表?
python
我对python很陌生,并尝试使用模块读取包含不同时间步骤中原子在分子
中
的
位置
的
“轨迹”文件。,我希望能够在每个时间步骤中分析每个分子中所有原子
的
所有位置。
如何
做到这一点呢?--我猜这个问题与
如何
在python中使用
对象
和列表有关。下面的示例创建一个pyscal System
对象
,该
对象
在时间步骤0
中
读取原子0(分子0):traj = Trajectory
浏览 2
提问于2022-03-14
得票数 -1
1
回答
Python设置器不适用于实例化?
python
、
python-3.x
、
object
、
oop
、
instance
当用户将坐标属性设置为某种反分子
的
列表时,我将其设置为生成某种类型
的
Atom
对象
。然而,坐标属性只在分子物体实例化后重新设置时腐蚀到原子
对象
列表
中
。当我传递
对象
实例化
的
坐标列表时,该属性仍然是字符串列表(与输入相同),并且不会被腐蚀
的
原子
对象
列表腐蚀。1], ['O', -1, 0, 0], ['H', -1, 0, 1]] >>>
mol
2 = Molecu
浏览 4
提问于2022-06-10
得票数 0
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3
回答
有遗产,而不是
c++
我知道在C++
中
创建派生类时,结构如下: ...class B: public A {} { }
浏览 2
提问于2014-07-09
得票数 1
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