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【生信文献200篇】10 单细胞转录组探索小鼠肝脏发育

每层后验概率表明细胞609最有可能起源于门脉周围层8,而细胞629起源于中心周层1。 (c,d)9层中每一层观察到肝细胞先验概率 ? 我们重建精确度接近6个基因饱和度。...重建了中心周围基因 Oat (紫色)和中心周围祖细胞标记Axin2(红色)、门脉周围尿素循环酶基因Arg1(绿色)和门脉周围祖细胞标记Sox9(蓝色)区带图谱。 ?...我们重构图中央比与先前数据集相比中心周围和门静脉周围肝细胞转录组相关 ?...氧化磷酸化途径在氧浓度较高门静脉周围层表达较高,构成补体和凝血级联途径分泌蛋白也较高。更广泛说,我们发现编码肝脏分泌蛋白基因mRNA存在门脉周围偏向。...除了代谢功能之外,肝脏还负责分泌胆汁、清除身体毒素、表达血液中主要载体蛋白以及免疫防御。

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PNAS:人类小脑皮层表面积相当于大脑80%

在皮层重建过程中,FreeSurfer主要计算两种类型顶点上特性:(1)局部表面的凸面性或凹面性,这些特性是通过计算相邻顶点间相对位置,并将每个薄层凸出部分标记为绿色,凹陷部分标记为红色,即曲率...,反应薄层水平形态学特性;(2)平均凸率,由局部范围内每个体素在保留几何特性前提下膨胀过程中移动垂直距离加和平均得到,该过程会将小叶凸起部分标记为绿色,凹陷部分标记为红色,即沟回信息,反应小叶水平上特性...为了更好对比,输入切片图像以及折叠原始皮层、膨胀后皮层以及展平后皮层都使用同样比例尺展示与图2中。所有步骤都展示两次,分别显示曲率信息以及沟回信息。绿色分别代表沟回或者薄层顶部。...这些大块中线前侧边缘两个旁中央结构开始,这两个地方白质裸漏在外面。最后,两个旁绒球以及第九小叶分别膨胀和展平。   ...为了探究灵长类动物新皮层以及小脑皮层在进化过程中是如何变化,该研究利用类似方法对一恒河猴小脑以及新皮层进行了重建、膨胀以及展平(Movie 2)。

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王炸组合『单细胞+空间转录组』科研应用【2】:肝脏生理学疾病

Combining >−2个反向分区标记,可以特定小叶区域对细胞进行分选,不仅有利于scRNA-seq,而且有利于多组学分析。...最近发展了更复杂计算算法,可以scRNA-seq数据推断空间信息,例如NovoSpaRc,允许在有或没有使用已知空间信息和标记基因情况下重新构建单细胞基因表达图谱。...为了准确描述人类疾病中肝脏再生驱动因素,需要进一步分析专注于慢性和急性损伤后人类肝脏中祖细胞群。...研究人员利用scRNA-seq对健康和纤维化小鼠肝脏肝脏间质进行解旋,揭示了HSCs在肝小叶空间分区。...> 纤维化生态位中巨噬细胞表型和非实质细胞相互作用 在平衡状态下,肝脏不断接触来自肠道病原体和毒素;肝脏清除大量微生物和微生物相关分子,以维持耐受和免疫抑制环境。

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【看动漫学编程】程序员在异世界生个娃 第3篇:搞不好我就是个王者

小叶老师润了润嗓子说道。 “我是你们一年级老师,教你们如何使用C术法,以后整个一年级教学都是由我负责。” “先给你们讲解一下你们现在等级。”...正在零奕看得起劲时候,所有蓝光汇集到字符之中,字符也随之粉碎,小叶老师此时吟唱道“0010101001”,在其身旁突然浮现出现0101010101字符串环绕在其身旁,之前所使用&标记桌椅瞬间化作齑粉...“现在说这些太远了,你们就先好好基础学习吧。” “现在我们正式开始上课,学习一下变量盒子。” 可公开信息: 术法吟唱是二进制代码,可沟通天地释放指定法术。...整个教室有的学生捂住耳朵,有的由于惊恐捂住了别人耳朵,有的急忙打开窗户想要逃离… “零奕!以后你别出声了!”...小叶老师顿时火冒三丈,给了零奕当前教室一周禁言术… 已知C语言知识: 变量是可以存储内容一个容器。 变量是可以取名进行标记

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王炸组合『单细胞+空间转录组』科研应用【2】:肝脏生理学疾病

当表面蛋白可用作空间标记时,利用FACS进行空间分类可用于对特定区域细胞进行分类。...Combining >−2个反向分区标记,可以特定小叶区域对细胞进行分选,不仅有利于scRNA-seq,而且有利于多组学分析。...scRNA-seq研究中得出肝脏分区新概念 最近发展了更复杂计算算法,可以scRNA-seq数据推断空间信息,例如NovoSpaRc,允许在有或没有使用已知空间信息和标记基因情况下重新构建单细胞基因表达图谱...为了准确描述人类疾病中肝脏再生驱动因素,需要进一步分析专注于慢性和急性损伤后人类肝脏中祖细胞群。...> 纤维化生态位中巨噬细胞表型和非实质细胞相互作用 在平衡状态下,肝脏不断接触来自肠道病原体和毒素;肝脏清除大量微生物和微生物相关分子,以维持耐受和免疫抑制环境。

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NC:儿童和青少年小脑生长模型

最后,我们说明了目前方法如何可以用于检测临床样本中小脑异常。2. 引言虽然小脑更多被认为参与了运动控制,但最近研究已经表明,它也与广泛认知功能有关。...然而,尽管关于小脑对大脑功能重要性证据越来越多,但有限研究探索了小脑是如何在儿童和青少年时期发展。...梯度1(y轴)范围运动区域(负值)到非运动区域(正值);梯度2(x轴)从低(负值)到高(正值)任务焦点/认知负荷。散点图中每个点代表小脑中一个体素。...虽然这种标准设置能够可靠识别小脑小叶7,但需要更高分辨率来更准确分割小脑蚓部区域,以及小脑皮质层薄而紧密折叠白质和灰质。...MNI对齐地图集是在SUIT空间对齐地图集上选择,因为它允许使用当前模型,而无需添加额外处理步骤,将图像转换为SUIT空间。

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机器学习读书笔记系列之决策树

分类树 让我们看一下分类决策树例子。假设我们有两个特征作为输入,三个类标签作为输出,定义上也就是说 and ,在图中我们可以看到: ? 现在,我们可以第一个特征开始下手。...答案是肯定。我们可以简单求出将该区域所有样本平均值,作为。现在问题是:我们如何找出这些区域? 初始区域通常是整个数据集,首先我们在维度j阈值处分割一个区域。我们可以定义。...从上图中,我们看出分类误差损失对我们并没有多大帮助。另一方面,如果我们使用信息熵损失,在图中显示则与其不同。 ? 图中可以看出,我们使用信息熵损失方法分割父区域后,得到损失将减少。...图中可以看出,垂直分裂点在值为2.7附近有最大改进。那么,我们可以将数据样本拆分为: ? 最终决策树: ? 正规化 那么问题来了,我们什么时候选择停止决策树生长呢?...一些现有的解决方式如下所示: 1,最小叶子结点大小:我们可以设置最小叶子结点大小。 2,最大深度:我们还可以在树深度上设置阈值。 3,最大节点数:当树中节点数达到叶节点阈值时,我们可以停止训练。

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听GPT 讲Go源代码--mbitmap.go

在这个过程中,堆上存储对象标记信息需要被写入到相应图中,以便在垃圾回收过程中能够通过快速访问位图来确定哪些对象是可达,哪些对象是可以清除。...具体来说,当一个指针被分配时,它将被添加到一个二进制位图中,这个二进制位图用于跟踪指针使用情况。addb 函数就是负责将指定位置添加到位图中。...由此可见,add1函数主要作用是将位图中指定位设置为1,以标记相应内存页已被使用。 subtract1 subtract1函数作用是图中减去1。...如果没有合适位图,则会分配一个新位图,并将其添加到缓存中。然后,函数会返回相应位图中对应内存块索引起始位置。...而在清除阶段中,GC 会将垃圾对象内存中移除。 在 Go 1.14 中,引入了一项新功能,即可以在垃圾回收期间将某些位于内存中数据结构物理地址转换为虚拟地址。

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清理文本数据

我将使用来自TMBDF5000电影数据集[2]流行数据集。 清除文本数据 删除停用词 另一种解释“停用词”方法是删除不必要文本。...话虽如此,让我们看看如何电影标题中删除一些停用词: import pandas as pd import nltk.corpus nltk.download(‘stopwords’) from nltk.corpus...除了nltk中停用词库外,你还可以“手动”添加其他停用词。为了实现这个功能,你可以简单添加一个字符串列表来添加停用词。...,你可以看到lambda函数如何删除添加字符串列表中值。...总而言之,以下是如何文本数据中删除停用词: * 导入库 * 导入数据集 * 删除停用词 * 添加单独停用词 更新:由于单词大小写是大写,所以没有按应该方式删除它,因此请确保在清理之前将所有文本都小写

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面试官,不要再问我“Java GC垃圾回收机制”了

还记得JVM中堆结构图吗? ? 图中展示了堆中三个区域:Eden、From Survivor、To Survivor。图中可以也可以看到它们大小比例,准确来说是:8:1:1。...答:复制算法、标记清除标记整理…… 你还在单纯死记硬背么?继续往下看,你会豁然开朗,再也不用死记硬背了。...标记清除算法 标记清除(Mark-Sweep)算法,包含“标记”和“清除”两个阶段:首先标记出所有需要回收对象,在标记完成后统一回收掉所有被标记对象。...主要缺点:一个是效率问题,标记清除过程效率都不高;另外是空间问题,标记清除之后会产生大量不连续内存碎片,空间碎片太多可能会导致,当程序在以后运行过程中需要分配较大对象时无法找到足够连续内存而不得不提前触发另一次垃圾收集动作...而针对老年代中对象,存活率较高,又没有额外担保内存,因此采用标记整理算法。 其实,回头看,分代收集算法就是对新生代和老年代算法策略维度规划而已。

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面试官,不要再问我“Java GC垃圾回收机制”了

还记得JVM中堆结构图吗? ? 图中展示了堆中三个区域:Eden、From Survivor、To Survivor。图中可以也可以看到它们大小比例,准确来说是:8:1:1。...答:复制算法、标记清除标记整理…… 你还在单纯死记硬背么?继续往下看,你会豁然开朗,再也不用死记硬背了。...标记清除算法 标记清除(Mark-Sweep)算法,包含“标记”和“清除”两个阶段:首先标记出所有需要回收对象,在标记完成后统一回收掉所有被标记对象。...主要缺点:一个是效率问题,标记清除过程效率都不高;另外是空间问题,标记清除之后会产生大量不连续内存碎片,空间碎片太多可能会导致,当程序在以后运行过程中需要分配较大对象时无法找到足够连续内存而不得不提前触发另一次垃圾收集动作...而针对老年代中对象,存活率较高,又没有额外担保内存,因此采用标记整理算法。 其实,回头看,分代收集算法就是对新生代和老年代算法策略维度规划而已。

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【GC系列】JVM垃圾定位及垃圾回收算法浅析

这些垃圾不需要自己回收,JVM中有类似于街道上那些勤劳环卫工的人,在帮忙回收垃圾。 0x02 如何找到垃圾 那么,帮忙回收垃圾的人是如何找到垃圾呢?...JVM中一般有两种算法: Reference Count 引用计数 Root Searching 根可达算法 2.1 引用计数 引用计数法设定给对象中添加一个引用计数器,每当有一个地方引用它时,计数器值加...如何进行垃圾清除,常用算法有3种: Mark-Sweep 标记清除 Coping 拷贝算法 Mark-Compact 标记压缩 3.1 标记清除标记垃圾,然后清除垃圾。...图中可以看出,标记清除算法将垃圾标记清除后,内存中原先不可用内存变成了空闲可用,但是这些内存有些有些不连续了,也就是说产生了碎片。...:线程栈变量、静态变量、常量池、JNI指针 垃圾回收算法:标记清除(Mark Sweep)、拷贝(Copying)、标记压缩(Mark Compact) 标记清除算法容易产生内存碎片使内存空间不连续 拷贝算法没有内存碎片产生但是浪费空间

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GC算法基础

图中所展示JVM中内存布局可以用来很好阐释这一概念: 首先,垃圾回收器将某些特殊对象定义为GC根对象。...回收器将访问到所有对象都标记为存活。 存活对象在上图中标记为蓝色。当标记阶段完成了之后,所有的存活对象都已经被标记完了。...其它那些(上图中灰色那些)也就是GC根对象不可达对象,也就是说你应用不会再用到它们了。这些就是垃圾对象,回收器将会在接下来阶段中清除它们。...下面的几节将会详细介绍下这几种算法不同。 清除 概念上来讲,标记-清除算法使用方法是最简单,只需要忽略这些对象便可以了。...整理 标记-清除-整理算法修复了标记-清除算法短板——它将所有标记也就是存活对象都移动到内存区域开始位置。

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GC算法基础

图中所展示JVM中内存布局可以用来很好阐释这一概念: 首先,垃圾回收器将某些特殊对象定义为GC根对象。...回收器将访问到所有对象都标记为存活。 存活对象在上图中标记为蓝色。当标记阶段完成了之后,所有的存活对象都已经被标记完了。...其它那些(上图中灰色那些)也就是GC根对象不可达对象,也就是说你应用不会再用到它们了。这些就是垃圾对象,回收器将会在接下来阶段中清除它们。...下面的几节将会详细介绍下这几种算法不同。 清除 概念上来讲,标记-清除算法使用方法是最简单,只需要忽略这些对象便可以了。...整理 标记-清除-整理算法修复了标记-清除算法短板——它将所有标记也就是存活对象都移动到内存区域开始位置。

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独家 | 手把手教数据可视化工具Tableau

将维度拖到“标记”卡上一个位置(例如“颜色”或“大小”)将也会增加标记数量,但不会增加视图中标题数量。向视图中添加维度来增加标记数量过程称为设置详细级别。...现在可以认为视图是完整: 说明: 1. 某些情况下,向视图中添加度量可能会增加视图中标记数量。...例如,在下图中,蓝色条形实际上延伸到了水平轴上值 6.940,而不是确切延伸到 7.0。 连续字段可能值数量无法预计。...STEP 7:清除筛选器中“Chairs”(椅子)复选标记。 视图中百分比现在有所不同 — 现在最高百分比超过了16%。...但是,当按颜色或大小分解条形时,则将标记每个单独条形段而不是标记条形合计。只需几步,您就可以向每个条形顶部添加合计标签,即使这些条形像您刚刚创建图中一样已经细分。

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垃圾回收之 Python PHP Java Go 对比

优点:实现简单,性能良好 缺点:无法识别循环引用情况 代表语言:Python、PHP 标记-清除 内存中一组 root object 根对象开始向下遍历并标记所有可能访问到对象,即可达对象,相反没有被标记对象即为不可达对象...下面介绍 Go 不同版本最开始标记清除开始,逐步演化成现在三色标记加混合写屏障。...Go v1.3 之前标记清除 跟传统标记清除类似,根对象遍历,标记出可达和不可达对象,将不可达对象清除,但整个过程需要 STW,性能不高。...,最终被错误回收掉。...总结 编程语言提供垃圾回收目的是简化内存操作,避免内促泄露,减轻开发者成本,既然目的是一致,面临问题也是类似的,大致上分为如何找到垃圾,如何清除垃圾两部分,而解决方式基本上是在几种常规手段基础上做权衡和取舍

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深入理解 Java 虚拟机 - 你了解 GC 算法原理吗

其实,这个算法思想非常简单,一句话就是:给对象中添加一个引用计数器,每当有一个地方引用它时,计数器加1;当引用失效时,计数器减1;任何时刻计数器为0对象就是不可能再被使用。...3 如何回收 如何回收其实就是利用哪些算法进行回收,垃圾收集算法这里讲几种大家平时也是看到比较算法,分别为:标记-清除算法、复制算法、标记-整理算法、分代回收算法。...这部分内容其实在网上文章比较多了,而且,基本上差别不大,所以,网上文章选取下来,当做一个小总结,大家可以参考这篇文章算是一个比较全总结:GC算法与内存分配策略。...标记清除(Mark-Sweep)算法 标记清除(Mark-Sweep) 算法是最基础垃圾收集算法,后续收集算法都是基于它思路并对其不足进行改进而得到。...顾名思义,算法分成“标记”、“清除”两个阶段:首先标记出所有需要回收对象,在标记完成后统一回收所有被标记对象,标记过程在前一节讲述对象标记判定时已经讲过了。

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GC基本算法及C++GC机制

2、 Mark & Sweep 算法 这个算法也称为标记清除算法,为McCarthy独创。它也是目前公认最有效GC方案。...Mark&Sweep垃圾收集器由标记阶段和回收阶段组成,标记阶段标记出根节点所有可达对节点,清除阶段释放每个未被标记已分配块。典型,块头部中空闲低位中一位用来表示这个块是否已经被标记了。...通过Mark&Sweep算法动态申请内存时,先按需分配内存,当内存不足以分配时,寄存器或者程序栈上引用出发,遍历上述有向可达图并作标记标记阶段),然后再遍历一次内存空间,把所有没有标记对象释放...借助其他算法也可以实现C/C++GC机制,如前面所说标记清除算法。...上图中垃圾收集器为一个保守垃圾收集器。保守定义是:每个可达块都能够正确标记为可达,而一些不可达块却可能被错误地标记为可达。

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深入解析Java垃圾回收机制

引用计数法 可达性分析 如何回收 Marking 标记 Normal Deletion 清除 Deletion with Compacting 压缩 为什么需要分代收集?...,垃圾收集器所关注是这部分内存-----《深入理解Java虚拟机》 自动垃圾回收机制就是寻找Java堆中对象,并对对象进行分类判别,寻找出正在使用对象和已经不会使用对象,然后把那些不会使用对象堆上清除...如何回收? 哪些内存需要回收?...图中我们看到,大部分对象没活多久就死了,存活较久只是少类对象 JVM分代 为了增大垃圾收集效率,所以JVM将堆进行分代,分为不同部分,一般有三部分,新生代,老年代和永久代 ?...一旦所有对象都被移动到s1中,那么s2中对象就会被清除,仔细观察图中对象,数字表示经历垃圾收集次数。目前我们已经有不同年龄对象了。 ?

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