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Nat. Mach. Intel. | 基于图神经网络在单细胞ATAC-seq数据上推测转录因子调控网络

本文介绍由北京卫生服务与输血医学研究所、北京放射医学研究所的Xiaochen Bo研究员团队和Hebing Chen研究员团队联合发表在Nature Machine Intelligence的研究成果。作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA水平上仅存在中度差异。DeepTFni网络服务器易于使用,并为几种流行的细胞系提供预测的TRNs。

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