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生信自动化流程搭建 07 | 配置文件

$local.memory = '32 GB' docker docker配置范围控制如何泊坞容器通过Nextflow执行。...可以使用以下设置: 名称 描述 cacheDir 定义存储Conda环境路径。使用计算群集时,请确保提供可从所有计算节点访问共享文件系统路径。...范围时间表 该timeline范围使您可以启用/禁用Nextflow生成流程执行时间表报告。 可以使用以下设置: 名称 描述 启用 当true打开时间轴报告文件生成时(默认值:)false。...NXF_EXECUTOR 定义默认流程执行器,例如sge NXF_CONDA_CACHEDIR 存储Conda环境目录。使用计算群集时,它必须是一个可从所有计算节点访问共享文件夹。...NXF_SINGULARITY_CACHEDIR 存储远程奇点图像目录。使用计算群集时,它必须是一个可从所有计算节点访问共享文件夹。

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如何在Ubuntu 14.04上使用Docker数据

介绍 在本文中,我们将介绍Docker数据概念:它们是什么,它们有用原因,不同类型如何使用它们以及何时使用它们。我们还将通过docker命令行工具介绍如何使用Docker一些示例。...如果你是Docker新手,这可能会令人困惑,因此我们首先介绍一些基础知识,然后再开始使用Docker容器。如果您之前使用过Docker并且只想知道如何开始使用数据,请随意跳到下一部分。...现在,再次运行相同命令: docker run -t -i --volumes-from datacontainer ubuntu /bin/bash 这次hi文件已经存在: cat /tmp/hi...默认情况下,nginxDocker镜像会记录到/var/log/nginx目录,但这是在Docker Nginx容器中/var/log/nginx。通常,它无法从主机文件系统访问。...我们现在已经介绍了如何创建数据容器,其容量可以用作在其他容器中保存数据方式,以及如何主机文件系统和Docker容器之间共享文件夹。在Docker数据方面,这涵盖了除最高级用例之外所有用例。

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docker入门——容器

--add-host:添加自定义主机到IP映射(host:ip)。4. 停止容器:docker stop 5. 启动停止容器:docker start 6....但需要注意是,一旦容器重启,其IP地址可能会发生变化。宿主机IP:端口访问:另一种方式是通过宿主机IP地址和端口号来访问容器。...3、docker数据持久化Docker容器数据持久化是一个重要概念,它让容器内数据在Docker容器停止、删除或者重新创建之后依然存在。...如果需要查看创建列表,可以使用 docker volume ls命令。创建了名为my-vol之后,我们可以将其挂载到容器中,以便容器可以访问其中数据。...其中,通过-v参数可以将宿主机某目录作为数据挂载到容器中,使该容器与宿主机共享此目录。我正在参与2023腾讯技术创作特训营第三期有奖征文,组队打卡瓜分大奖!

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一文带你了解 Docker 容器生命周期

停止(Stop):停止正在运行容器,但并不会删除它。删除(Delete):从主机系统中删除停止容器实例。监控(Monitor):监控容器运行状态和资源使用情况。...企业和组织通常使用 Docker Registry 来保护和控制访问其内部构建镜像。2. Docker 容器创建和启动在本节中,我们将深入了解如何创建和启动 Docker 容器。...现在,您 Node.js 应用程序将通过主机 8080 端口访问。3. Docker 容器管理与监控在本节中,我们将学习如何管理和监控正在运行 Docker 容器。...Docker 容器持久化和数据管理在本节中,我们将学习如何处理 Docker 容器中数据,并确保数据持久化。5.1 数据数据是一种特殊类型目录,可以绕过容器文件系统,并将数据存储在主机上。...使用数据,可以在容器之间共享数据,并确保数据在容器删除后仍然存在

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重学Docker

,用来设置yum配置 首次安装Docker需在yum中设置Docker存储库,之后就可从Docker存储库中安装和更新 3.3 安装 $ yum install docker-ce docker-ce-cli...-v /root/aria2-downloads:/usr/local/tomcat/webapps tomcat # 访问 # 访问结果是404,因为镜像webapps空,意思是没有html页面给我们访问...,因此是秒级 Docker使用了cgroup + namespace,前者限制资源集,后者限制可访问权限 Docker是Client-Server结构,守护进程在宿主机上,客户端socket连接进程管理运行在主机容器...数据 数据(volume)是由docker挂载到容器(不属于UFS)存在于一个或多个容器中目录或文件,因此能绕过UFS一些用于持续存储或共享数据特性 出现是为了数据持久化和同步操作,其完全独立于容器生存周期...简单来说:使容器和宿主机共享独立于docker生命周期数据、亦或者:独立于docker生命周期目录挂载 特点: 数据可以容器之间共享或重用 更改直接生效 更改不会包含在镜像更新中 数据生命周期持续到没有容器使用为止

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Docker | Docker技术基础梳理(六) - 为啥容器里数据总是缺失?

为什么使用数据 方便宿主机直接访问容器中文件,容器中文件没有持久化,当容器删除后,文件数据也会随之消失,且没有使用数据容器,其他容器也无法直接访问相互文件,如果你容器里数据总是出错,不妨和咸鱼一块了解下容器数据管理...数据特点 数据存在于宿主机文件系统中,独立于容器,和容器生命周期是分离。 数据可以目录也可以是文件,容器可以利用数据与宿主机进行数据共享,实现了容器间数据共享和交换。...镜像与数据之间不会有相互影响。 Docker数据三种挂载方式 bind mounts:将宿主机一个文件或目录被挂载到容器上 volumes:由Docker创建和管理。...volume inspect 查看数据详细信息 docker volume ls 查看创建数据对象 docker volume prune 删除未被使用数据对象 docker...PATH 如何共享其他容器数据

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细述Kubernetes和Docker容器存储方式

Docker容器插件 Docker V1.8正式发布了容器插件 (Volume Plugin) 规范,允许第三方厂商数据Docker引擎中提供数据服务,使得外置存储可以超过容器生命周期而独立存在...PVC内容包括访问模式、容量大小等信息。平台根据请求资源属性(如卷大小等)匹配合适资源并分配给Pod,并把数据挂载到Pod所在主机中供Pod使用(如下图所示)。...例如,在Kubernetes中,当Pod所在主机失效之后,Kubernetes会把Pod重新调度(迁移)到另一台主机上,相应地,Flocker把Pod在原主机数据释放出来,并且在新主机中重新挂载给该...生成数据(文件目录形式),挂接到任意主机上,再通过插件接口,把数据提供给容器应用。...在PortworxCDS存储中,采用是计算和存储融合架构,把集群中所有节点本地存储聚合成大资源池,使得每个节点既提供计算能力,也提供本地磁盘作为存储,这样运行在节点中容器可从本地直接访问数据

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30分钟搞定 Jenkins CI

Docker 主机访问; --name myjenkins:我们为容器提供一个名称;否则,Docker将为你生成一个名称。...通过这种方式,Jenkins 数据将被保存在我们主机上,这让我们有机会备份数据; -v jenkins_downloads:/var/jenkins_home/downloads:我们需要在Jenkins...在启动容器期间,我们在容器中创建了 /var/jenkins_home/downloads 挂载。首先,我们将验证是否可以从容器中访问此路径。...我们必须将下载 *.tar.gz 文件复制到安装在主机 jenkins_home/downloads 中。...我们删除现有的容器(这不是有害,因为我们所有数据都保存在我们主机上,我们不会丢失任何数据),然后使用 -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock 重新启动容器

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一篇文章教你实战Docker容器数据

那么本篇咱们就来实战容器数据Docker容器数据案例主要做以下三个案例1:宿主机(也就是Docker所安装机器)与容器之间映射-让Docker可以直接访问宿主机上面的指定目录;2:读写规则映射添加说明...也欢迎大家有事没事就来和凯哥聊聊~~~直通车,本系列教程发布文章,快速到达,《Docker学习系列》教程已经发布内容如下:【图文教程】Windows11下安装Docker Desktop【填坑】在windows...【Docker教程系列】Docker学习5-Docker镜像理解【Docker教程系列】Docker学习6-Docker镜像commit操作案例【Docker学习教程系列】7-如何将本地Docker镜像发布到阿里云...【Docker学习教程系列】8-如何将本地Docker镜像发布到私服?...1规则容器2继承容器1规则:命令公式docker run -it --privileged=true --volumes-from 父类 [name] 镜像名在u2容器中,查看tmp目录可以看到已经存在

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典型容器存储项目揭密:Flocker,Portworx和VSAN

Docker容器插件 Docker V1.8正式发布了容器插件 (Volume Plugin) 规范,允许第三方厂商数据Docker引擎中提供数据服务,使得外置存储可以超过容器生命周期而独立存在...PVC内容包括访问模式、容量大小等信息。平台根据请求资源属性(如卷大小等)匹配合适资源并分配给Pod,并把数据挂载到Pod所在主机中供Pod使用(如下图所示)。...例如,在Kubernetes中,当Pod所在主机失效之后,Kubernetes会把Pod重新调度(迁移)到另一台主机上,相应地,Flocker把Pod在原主机数据释放出来,并且在新主机中重新挂载给该...生成数据(文件目录形式),挂接到任意主机上,再通过插件接口,把数据提供给容器应用。...在PortworxCDS存储中,采用是计算和存储融合架构,把集群中所有节点本地存储聚合成大资源池,使得每个节点既提供计算能力,也提供本地磁盘作为存储,这样运行在节点中容器可从本地直接访问数据

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Docker 实践经验(三):Docker 容器数据

文章目录 容器数据?是什么 如何挂载容器 演示一:数据恢复 演示二:宿主机数据传入容器 读写规则 继承和共享 容器数据?是什么 但凡是数据,都逃不开一个最基本问题:数据丢了怎么办?...就是目录或文件,存在于一个或多个容器中,由docker挂载到容器,但不属于联合文件系统,因此能够绕过Union File System提供一些用于持续存储或共享数据特性。...---- 如何挂载容器 其实这篇内容很简单,就讲一下什么是容器,以及怎么挂载,再演示一下就完了。...–privileged=true:Docker挂载主机目录访问。如果出现cannot open directory .: Permission denied,那就加上这个参数。...演示步骤: 1、确定容器启动 2、在宿主机挂载路径下新建文件 3、查看文件是否出现在容器中 由此可见,这个容器可不仅仅是一个数据持久化工具哦,它是可以双向通信

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Docker学习系列教程」10-Docker容器数据案例

那么本篇咱们就来实战容器数据Docker容器数据案例主要做以下三个案例 1:宿主机(也就是Docker所安装机器)与容器之间映射-让Docker可以直接访问宿主机上面的指定目录; 2:读写规则映射添加说明...也欢迎大家有事没事就来和凯哥聊聊~~~ 直通车,本系列教程发布文章,快速到达,《Docker学习系列》教程已经发布内容如下: 【图文教程】Windows11下安装Docker Desktop 【填坑...【Docker教程系列】Docker学习5-Docker镜像理解 【Docker教程系列】Docker学习6-Docker镜像commit操作案例 【Docker学习教程系列】7-如何将本地Docker...镜像发布到阿里云 【Docker学习教程系列】8-如何将本地Docker镜像发布到私服?...如果在容器内写操作会有以下提示: 图片 3:继承和共享 案例: 容器1完成和宿主机映射 容器2继承容器1规则 图片 容器2继承容器1规则: 命令公式 docker run -it

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SpringCloud-Docker安装与详解

Docker 是一款强大容器化平台,通过其轻量级容器技术,使应用程序开发、部署和管理变得更加便捷和高效。...这个命令卸载系统中存在 Docker 软件包。但不会删除容器、镜像等数据。2、CentOS7安装Docker接下来,我们将安装 Docker。...Docker 数据是一种用于在容器之间共享和持久化数据机制。它提供了一种绕过容器文件系统方式,将数据存储在主机上,并使多个容器能够访问相同数据。...数据 (volume) 是一个虚拟目录,指向宿主机文件系统中某个目录。Docker 数据原理是通过将容器与主机目录或预定义卷进行关联,使得数据能够持久化保存,并且可以被多个容器之间共享。...数据数据是持久化存储,即使容器停止或删除,数据仍然存在,可以被其他容器重新挂载。这使得数据在容器生命周期内得以保留。

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开发人员Docker指南 - Docker Compose

您希望如何使用一个命令告诉Docker为UI,API,数据库和缓存服务器构建容器?让我告诉你如何使用Docker Compose!...定义节点和Mongo服务 服务是Docker如何引用您要在docker-compose文件中构建每个容器。...ports: - 80:3000 environment: - MONGO_URI=mongodb://sampledb/sample 创建一个Docker网络 为使应用程序服务能够实际访问示例数据库...使用Docker 您还需要在数据库服务中创建卷装入。允许您将主机文件夹装载到容器中文件夹。这意味着,当容器内某些东西引用文件夹时,它实际上将访问主机文件夹。...这对数据库容器特别有用,因为容器是一次性。通过安装到主机物理文件夹,您将能够销毁容器并重建它,并且容器数据文件仍将存在主机上。

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Docker学习系列教程」9-Docker容器数据介绍

如果存在容器自身肯定不行,那如果存放在非容器中,那么在容器中怎么能访问到?能不能像Linux一样,可以直接挂载盘符呢?答案是肯定有的。就是本文介绍Docker容器数据。...-v:添加自定义容器 冒号左边:宿主机路径(docker路径==>也就是凯哥虚拟机中路径) 冒号右边:容器内路径(容器内路径==>也就是私服容器所在镜像路径) --privileged=...图片 图片 运行一个带有容器存储功能容器实例命令公式 docker run -it --privileged=true -v /宿主机绝对路径目录:/容器内目录 镜像名称 能干嘛?...持久化 特点: 1:数据可在容器之间共享或者是重用数据 2:更改可以直接实时生效 3:数据更改不会包含在镜像更新中 4:数据周期一直持续到没用容器使用它为止 直通车,本系列教程发布文章...镜像发布到阿里云 【Docker学习教程系列】8-如何将本地Docker镜像发布到私服?

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Docker学习系列教程」9-Docker容器数据介绍

如果存在容器自身肯定不行,那如果存放在非容器中,那么在容器中怎么能访问到?能不能像Linux一样,可以直接挂载盘符呢?答案是肯定有的。就是本文介绍Docker容器数据。...-v:添加自定义容器冒号左边:宿主机路径(docker路径==>也就是凯哥虚拟机中路径)冒号右边:容器内路径(容器内路径==>也就是私服容器所在镜像路径)--privileged=true...理解如下图:容器是什么? 运行一个带有容器存储功能容器实例命令公式docker run -it --privileged=true -v /宿主机绝对路径目录:/容器内目录 镜像名称能干嘛?...持久化特点:1:数据可在容器之间共享或者是重用数据2:更改可以直接实时生效3:数据更改不会包含在镜像更新中4:数据周期一直持续到没用容器使用它为止直通车,本系列教程发布文章,快速到达...【Docker学习教程系列】8-如何将本地Docker镜像发布到私服?

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Docker实战

一、欢迎来到Docker世界 A.什么是Docker 1.容器:防止对受保护资源访问,隔离后有资源,除非明确允许 2.容器不是虚拟化:运行在Docker容器中程序接口和主机Linux内核直接打交道...2.容器对于数据句柄维护非常重要,即使单个容器对数据具有一定独占访问权限,这些句柄仍使其轻松地备份、恢复和迁移数据 3.当你控制并能够使挂载点命名惯例标准化,那么存储容器将会最有用,这是因为每一个容器从容器复制并继承了挂载点定义...,具有特定要求镜像应清楚地传达其文档中内容或找到一种可编程方法 4.数据打包存储容器:将容器中数据打包以此增加其价值,它描述了镜像是如何被用于分发静态资源,比如在由其他镜像构建容器中使用配置或代码...,而无需修改其镜像 五、网络访问 A.网络相关背景知识 B.Docker网络 1.Docker关心两种类型网络:单主机虚拟网络和多主机虚拟网络。...: 需要从一个存在镜像创建一个容器 修改这个容器文件系统 一旦改动完成,那么就要将这些改动提交(commit) 2.审查文件改动:docker diff xxxx 3.docker commit

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Docker核心技术之数据管理

一、Docker 数据简介 为什么用数据 宿主机无法直接访问容器中文件 容器中文件没有持久化,导致容器删除后,文件数据也随之消失 容器之间也无法直接访问互相文件 为解决这些问题,docker加入了数据...(volumes)机制,能很好解决上面问题,以实现: 容器与主机之间、容器与容器之间共享文件 容器中数据持久化 将容器中数据备份、迁移、恢复等 数据特点 数据存在于宿主机文件系统中,独立于容器...二、Docker 数据管理 Docker挂载容器数据三种方式 bind mounts:将宿主机一个文件或目录被挂载到容器上。 volumes:由Docker创建和管理。...--mount type=bind, src=宿主机文件或文件夹路径, dst=容器中文件或者文件夹路径             注意:src指定文件和路径必须提前创建或存在 命令演示: volumes...volume ls            查看创建数据对象      docker volume prune        删除未被使用数据对象      docker volume rm

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Docker最全教程——数据库容器化之持久保存数据(十二)

对于数据库(不仅仅是SQL Server)来说,了解 Docker数据持久性至关重要!那么我们如何docker中持久保存我们数据呢,即使关联容器已经删除情况下?...使用数据持久保存数据库文件 是保存Docker容器中数据首选机制。虽然绑定挂载依赖于主机目录结构,但完全由Docker管理。主要有如下好处: · 易于备份或迁移。...因此,通常情况下,相对于容器可写层中持久数据来说是更好选择,因为不会增加容器大小,并且内容存在于给定容器生命周期之外。接下来,我们就一起来实践。 ?...方式一,使用主机目录 首先,我们可以将主机目录加载为容器数据,用来存储数据库文件。...-v or –volume用于映射,冒号“:”前面的目录是宿主机目录,冒号后面的目录是容器内目录。 执行成功后,我们可以看到容器正常运行,并且主机目录绑定: ?

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