print (hsp.expect)
这就是我得到的全部错误"Option name %s was not found." % name)
我正在检查我的目录我打算解析human.fa，用Blast在mouse.fa数据库中查找同源序列，并打印出人类序
浏览 18提问于2020-10-23得票数 0
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我正在尝试用NCBIWWW通过biopython运行blastn。我定义了一些方法，当我的fasta包含足够长的序列时，一切工作起来都很棒。唯一失败的情况是当我需要删除来自Illumina测序的太短的读数时。因此，我想说这可能是因为在提交工作时没有自动重新定义爆炸参数。我尝试了所有我能接近blastn-short条件(参见中的表C2 )，但没有任何成功。
看起来我不
浏览 5提问于2014-02-10得票数 1
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我有一些蛋白质，我想找出它们相应的核苷酸序列。我也有发现蛋白质的基因组。在基因组中，我找到了蛋白质对应的基因ID。但是，我在获取带基因ID的核苷酸序列时遇到了问题。我尝试使用Entrez Efetch： Entrez.email = "dddd@gmail.com"
with open("genome.gb", "w")
浏览 22提问于2020-01-15得票数 1
在给定基因名称的情况下，我如何找到两个基因的相似性？所谓相似性，我想我指的是序列的相似性。我是这个领域的新手，我的教授给了我这项工作。我不知道有多少相似之处。
希望这可以用Biopython来完成？我的主要问题是，当我从数据库中检索基因序列时，一些结果是基因序列，另一些结果是蛋白质序列。我认为，如果我们想要比较它们，我需要确保它们都是基因序列，或
浏览 2提问于2013-12-19得票数 0
我有一个含有核苷酸序列的FASTA文件。我需要将它们翻译成蛋白质，但考虑到3个阅读框架(即+1 'ATG'，+2 'TG'，+3 'G')。如果阅读框架是+1，这段使用BioPython的简单代码是一个完美的工作。但是对于剩下的两个，它给出了不同的翻译。有没有办法在BioPython中指定读框？AGGTCGCTGCTGGGGATTGAAATCTTCAGCTT
浏览 1提问于2014-03-05得票数 1
我有一堆蛋白质，来自一种叫做蛋白质网的东西。现在那里的序列有某种ID，但它显然不是PDB id，所以我需要用其他方法找到它。对于每种蛋白质，我都有其氨基酸序列。我正在使用biopython，但我还不是很有经验，在指南中找不到它。
所以我的问题是，如果我有蛋白质的氨基酸序列，我如何找到蛋白质PDB id？(这样我就可以下载
浏览 32提问于2021-03-12得票数 1
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我正在处理蛋白质的FASTA文件。我想使用python/biopython查找具有相似AA序列的蛋白质序列(在.txt文件中)。我试了很多，但找不到我错的地方。#using biopython
records=SeqIO.parse("protein.fasta") #to extract protein sequences from FASTA file
浏览 18提问于2021-12-02得票数 2
我正在尝试使用BioPython通过输入登录号以及起始和结束位置来获取核苷酸序列。我需要获取很多序列，但是这个过程在3个序列之后就终止了。会不会是我之前使用BioPython运行blast的次数太多了？我花了大约三周的时间来完成最后一项任务的比对。这是不是意味着我被服务器拦截了？
浏览 17提问于2018-12-28得票数 0
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我试图通过一个基因id (GI)号从NCBI中获取蛋白质序列，使用Biopython的Entrez.fetch()函数。然后，我使用以下方法读取数据：我可以打印结果，但是我不知道如何单独获得蛋白序列。proteinaXML[0]["GBSeq_featur
浏览 2提问于2013-11-14得票数 2
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寻找所有最大序列
、、、、
什么是适当的算法或策略，将模式聚为一个多维数组的数字，其中的元素有不同的长度。注意:为了更清晰起见，示例使用整数，但实际数据将使用浮点数，而不是完全相同，当两者在给定阈值内分开时，它们将被视为“匹配”。0: [4,5,2,1,3,6,8,9]
1: [
浏览 0提问于2014-05-31得票数 1
我想知道是否有方法可以从uniprot蛋白质ids中获得蛋白质序列。我确实检查了几个在线软件，但他们允许一次获得一个序列，但我有5536个vlues。在biopython中有没有可以做到这一点的包？
浏览 2提问于2018-09-29得票数 4
1回答
我正在寻找一种方法来读取Biopython中的.fasta文件，并有包估计，如果我们是处理脱氧核糖核酸，核糖核酸或蛋白质。file.fasta', 'r') as f: # do stuff, depending on alphabet
我的问题是现在我不知道我将在.fasta文件中找到什么样的序列。它可以是蛋白质、DNA或RNA
浏览 16提问于2017-01-11得票数 4
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当将DNA翻译成蛋白质时，核糖体读取DNA核苷酸3×3的序列。每组3个核苷酸被称为密码子，每个密码子编码一个氨基酸，存在一些冗余。这意味着任何编码蛋白质的DNA序列都是从ATG开始的，ATG将被翻译机器识别。
然而，三个不同的密码子被用来停止翻译: TAA，TAG和TGA。我还可以执行其他替换(例如，25G>T)，这些替换会导致早期终止，但14C>A是序列中的第一个，因
浏览 0提问于2019-10-15得票数 31
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我想运行类似于BLAST算法的东西来查询一个大型的unicode字符串数据库。像BLAST这样的大多数比对软件都将核苷酸或蛋白质字符串作为输入。但是我的输入可能包含任何unicode字符。我试过Needleman-Wunsch和Smith Waterman，但就我的目的而言，它们太慢了。我需要查询一个大型数据库，就像在BLAST中一样。
谢谢!
浏览 4提问于2010-08-04得票数 1
database [db/swissprot/] in search path [/home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b:::]然后使用然
浏览 7提问于2014-10-27得票数 4
1回答
搜索位置退化的基元
、、、
我有一个使用简并核苷酸序列的15聚核苷酸基序。实例: ATNTTRTCNGGHGCN。
我会搜索一组序列来寻找这个主题的出现。然而，我的其他序列都是精确序列，即它们没有歧义。我尝试在序列中执行一个for循环来搜索这个，但是我没有能够进行非精确的搜索。我使用的代码是根据上的代码建模的。for pos,seq in
浏览 1提问于2013-08-29得票数 0
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我一直在运行一个名为genewise的程序，将核苷酸序列转换为基因的蛋白质序列。输入包括来自许多样本的组装的核苷酸序列。为了解析genewise输出，我使用以下命令选择了fasta头：
for i in `ls`; do (cd "$i" && awk '/^>*/{flag=1;} /\/\/&#
浏览 2提问于2018-03-07得票数 1
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下载多种生物的蛋白质序列
、、、、
我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我最近试图下载所有的蛋白质FASTA序列的相关有机体如下：
net_handle = Entrez.efetch(db="protein",，所以使用研究和尝试
浏览 3提问于2013-09-13得票数 4
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我在字典中有一个蛋白质序列对齐(id_prot作为键，对齐序列作为值；可以是另一种格式)，我想使用这种对齐来构建一个带有Biopython的NJ树。然而，根据文档，加载用于系统发育分析的序列的唯一方法是输入文件。例如：
有人知道如何在不读取
浏览 1提问于2019-08-31得票数 3
4回答
假设你有这样的DNA序列：其中R和V是DNA核苷酸的模糊值，其中R代表A或G，V代表A、C或G。是否有一个Biopython方法来生成所有可以由上述模糊序列表示的序列的不同组合？例如，这里的输出是：AATCACTAAAATCGATAAAATCGGTAA
浏览 9提问于2014-12-18得票数 6
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