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如何使用mapXplore将SQLMap数据转储到关系型数据库中

mapXplore是一款功能强大的SQLMap数据转储与管理工具，该工具基于模块化的理念开发，可以帮助广大研究人员将SQLMap数据提取出来，并转储到类似PostgreSQL或SQLite等关系型数据库中...功能介绍 当前版本的mapXplore支持下列功能： 1、数据提取和转储：将从SQLMap中提取到的数据转储到PostgreSQL或SQLite以便进行后续查询； 2、数据清洗：在导入数据的过程中，该工具会将无法读取的数据解码或转换成可读信息...； 3、数据查询：支持在所有的数据表中查询信息，例如密码、用户和其他信息； 4、自动将转储信息以Base64格式存储，例如：Word、Excel、PowerPoint、.zip文件、文本文件、明文信息、...命令和项目提供的requirements.txt安装该工具所需的其他依赖组件： cd mapXplore pip install -r requirements 工具使用 python engine.py...[--config config.json] 其中，配置文件数据格式如下： setting = { "General":{ "debug":False }, "Database

1.9K10

生物医药蛋白分子数据采集：支撑大模型训练的技术实践分享

作为生物信息学领域的数据工程师，近期在为蛋白质相互作用预测AI大模型构建训练集时，我面临着从PDB、UniProt等学术数据库获取高质量三维结构、序列及功能注释数据的核心挑战。...通过综合运用反爬对抗技术，成功突破了数据库的速率限制、验证码验证等反爬机制，将数据采集效率提升4倍，为蛋白质-配体结合预测模型训练提供了包含10万+条有效数据的基础数据集，提高了该模型预测的准确性。...本文结合生物医药数据特点，分享如何构建支撑AI模型训练的高质量生物分子数据集，从基础采集到反爬优化的完整技术实现路径。.../TSV等多种格式 ● 结构验证严格：蛋白质三维结构数据需通过验证工具检查 ● 合规要求高：需遵守《赫尔辛基宣言》等学术伦理规范二、基础数据采集实现2.1 环境配置# Python环境conda create..., pdb_ids)四、数据质量保障4.1 数据格式验证# PDB文件验证脚本from Bio.PDB import PDBParser def validate_pdb_file(file_path)

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    榕树集--RoseTTAFold All-Atom 的简介，安装以及使用

    作者从PDB数据库中整理出了一个蛋白质--生物分子复合物数据集，包含蛋白质--小分子，蛋白质--金属，和共价修饰的蛋白质复合物，常见的溶剂和添加剂被过滤掉。...同时为了帮助神经网络可以学习小分子通用属性，而不是PDB数据中的特定特征，作者将剑桥结构数据库（Cambridge Structural Database）中的小分子晶体结构数据作为补充训练集。...从头设计小分子binder 之前的关于小分子的结合蛋白设计的研究工作中，经常使用的方法是将分子对接到天然的或者专家选择的蛋白质scaffold结构库中。...uniref30数据库的请注意版本，这是2020年06，当然你也可以修改运行脚本，会放在后面。 pdb100_2021Mar03.tar.gz，下载需要一场的电影时长。...可选： 将数据库，创建软链接在本地 如果你是在RoseTTAFold-All-Atom文件夹下进行下载解压的活，此步可以跳过。因为我的数据库文件存储在固定的位置，所以设置了很多的软链接。

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    多组学扩展---分子对接pyrosetta

    数据库类型 用途 代表数据库 结构数据库 获取蛋白质/配体结构 PDB, CSD, ZINC 序列数据库 序列分析、同源性 UniProt, NCBI 药理学数据库 活性数据、靶点信息 ChEMBL,...PyRosetta 是一个基于 Python 的 Rosetta 分子建模套件接口，主要用于蛋白质结构预测、蛋白质设计、蛋白质-配体对接和结构分析。...我们来实现一下采用PyRosetta 读取蛋白的pdb文件和配体文件，然后实现分子对接，并分析结合自由能等数据指标，python代码，里面的参数需要适当配置，保留最佳的前10个构象并生成pymol的可视化文件.../usr/bin/env python # PyMOL一键加载脚本 import os print("正在加载对接结果......可视化脚本 5. load_all.py - 一键加载脚本 6. rmsd_results.csv - RMSD计算结果 7. docking_data.txt - 对接数据文件 使用方法: 方法1:

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    Biopython | 介绍和安装

    基本上，Biopython是python模块的集合，这些模块提供处理DNA，RNA和蛋白质序列操作的功能，例如DNA字符串的反向互补，寻找蛋白质序列中的基序等。...它提供了很多解析器，可以读取所有主要的遗传数据库 如GenBank，SwissPort，FASTA等，以及在python环境中运行其他流行的生物信息学软件/工具(如NCBI BLASTN，Entrez等...支持FASTA，PDB，GenBank，Blast，SCOP，PubMed/Medline，ExPASy相关格式。 处理序列格式的选项。 管理蛋白质结构的工具。...高质量，可重用的模块和脚本。 可在集群代码，PDB，NaiveBayes和Markov模型中使用的快速数组操作。 基因组数据分析。 (3)....支持在Medline应用程序中使用的日记数据。 支持BioSQL数据库，该数据库是所有生物信息学项目中广泛使用的标准数据库。

    1.8K10

    RDKit相关文章汇总

    RDKit简介： ---- RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用，用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。...RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），Corina mol2和蛋白质数据库（PDB...多样性选择；二维药效团；分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成组合分析程序（RECAP）; 多分子最大共同亚结构；功能图；基于形状的相似性；基于RMSD的分子分子比对；基于形状的对齐；使用...RDKit分子间RMSD计算： RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd RDKit分子格式转换sdf转smiles...： 基于RDKit的Python脚本：SDF格式转SMILES格式 RDKit小分子聚类： 聚类小分子数据集(基于RDKit的Python脚本) RDKit形状相似性： RDKit：运用RDKit计算

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    Broad 研究所刚发表网页工具，一个将遗传筛选结果与蛋白质序列和结构相连接的资源与发现工具

    然而，需要高效的工具和资源来连接不同类型的数据——将变异"映射"到蛋白质结构上，以更好地理解这些变异如何导致疾病，并据此设计治疗药物。...（PDB、AlphaFold或用户提供的），扩展了将基因组学链接到蛋白质的能力，超越了现有数据库甚至人类蛋白质组。...集成到门户中的数据和功能将连接不同生物学领域的研究人员，全面理解遗传变异如何影响蛋白质结构和功能，从而促进基础生物学研究的各个方面，从将遗传发现转化为更好的目标选择到药物发现。...摘要强调了变异p.Gly116Arg将一个小型、灵活的氨基酸Gly替换为一个带电的氨基酸Arg（物理化学性质），该变异位于蛋白质结构的埋藏区域，可接触表面积为7 Å2（结构特征），并且这个错义变异替换了一个已知的...所有数据分析脚本和Python客户端库均使用Python 3.10版本编写。

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    全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构，引领药物研发新革命

    5.2 Python 脚本编写：将常见的蛋白质处理任务编写为自动化脚本，如序列 对比、结构预测等。...高级 Shell 编程 4.1 函数的高级用法：定义和使用函数，学习如何传递参数和调用函数。 4.2 调试 Shell 脚本：如何调试 Shell 脚本，包括设置和使用调试选项。...实用案例 5.1 案例 1: 使用 Python 运行 Shell 脚本。 5.2 案例 2: 编写一个自动整理下载并整理蛋白质序列数据的脚本。 5.3 案例 3: PDB 文件分析脚本的编写。...蛋白质数据库介绍 1.1 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB 1.2 一级蛋白质结构数据库：PDB 1.3 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2 1.4 专用数据库：KEGG，OMIM...向下划动查看全部内容 第一天上午：背景与理论知识以及工具准备 1.PDB数据库的介绍和使用 1.1数据库简介 1.2靶点蛋白的结构查询与选取 1.3靶点蛋白的结构序列下载 1.4靶点蛋白的下载与预处理

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    首个大众可用PyTorch版AlphaFold2复现，哥大开源OpenFold，star量破千

    另外，由于使用自定义的 CUDA 内核，OpenFold 使用更少的内存就能推理更长的蛋白质序列。...OpenFold 还支持使用 AlphaFold 的官方参数进行蛋白质推理。...Linux 系统下的安装与使用 开发团队提供了一个在本地安装 Miniconda、创建 conda 虚拟环境、安装所有 Python 依赖项并下载有用资源的脚本，包括两组模型参数。.../ usr/bin 路径下安装 HH-suite： # scripts/install_hh_suite.sh 使用如下命令可以下载用于训练 OpenFold 和 AlphaFold 的数据库： bash...，AlphaFold 再登 Nature，数据库全部免费开放 生物计算专家超细致解读 AlphaFold2 论文：模型架构及应用 DeepMind 开源的 AlphaFold 怎么用？

    1K20

    AlphaFold3重磅开源，诺奖级AI颠覆世界！GitHub斩获1.8k星，本地即可部署

    完整安装需要多达1TB的磁盘空间来存储基因数据库（建议使用SSD存储）以及一块具有计算能力8.0或更高的 NVIDIA GPU（具有更多内存的GPU可以预测更大的蛋白质结构）。...AlphaFold3需要多个基因（序列）蛋白质和RNA数据库来运行： - BFD small - MGnify - PDB（mmCIF格式的结构） - PDB seqres - UniProt - UniRef90...- NT - RFam - RNACentral Python程序「fetch_databases.py」可以用来下载和设置所有这些数据库。...--download_destination= 该脚本从托管在GCS上的镜像下载数据库，所有版本与AlphaFold3论文中使用的相同。...脚本完成后，应该有以下目录结构： pdb_2022_09_28_mmcif_files.tar # ~200k PDB mmCIF files in this tar. bfd-first_non_consensus_sequences.fasta

    89811

    榕树集-Rosetta MotifGraft

    准备蛋白质骨架（scaffold）数据库。 匹配可能的蛋白质 Motif（即Motif Grafting）。 序列设计。 选择和改进设计。...本案例将展示如何将这个螺旋Motif 嫁接到一个新的蛋白质Scaffold上。...从PDB数据库中下载1GWQ的PDB格式文件，下载过程不再赘述除去水分子以及配体分子这里你可以使用PyMol等可视化工具进行去除（不在赘述），也可以使用脚本，无所谓。...因为他是个Dimer所以理论上左右两侧的都可以 context.pdb motif.pdb ‍ 准备Scaffold数据库 为了准备一个可以搜索各种结构Motif的Scaffold数据库...，从PDB数据库中下载，按照四个标准进行过滤： 具有高分辨率X射线衍射数据的晶体结构（<2.5Å） 大肠杆菌中表达 单个蛋白质链在不对称单元中（MotifGraft仅适用于单体支架作为移植靶标） 没有结合的配体或氨基酸修饰

    70920

    首个大众可用PyTorch版AlphaFold2复现，哥大开源OpenFold，star量破千

    另外，由于使用自定义的 CUDA 内核，OpenFold 使用更少的内存就能推理更长的蛋白质序列。...为了实现 AlphaFold2 的原始性能，该团队从头开始训练 OpenFold，现已公开发布了模型权重和训练数据。其中，训练数据包含大约 400000 份 MSA 和 PDB70 模板文件。...OpenFold 还支持使用 AlphaFold 的官方参数进行蛋白质推理。...Linux 系统下的安装与使用 开发团队提供了一个在本地安装 Miniconda、创建 conda 虚拟环境、安装所有 Python 依赖项并下载有用资源的脚本，包括两组模型参数。.../ usr/bin 路径下安装 HH-suite： # scripts/install_hh_suite.sh 使用如下命令可以下载用于训练 OpenFold 和 AlphaFold 的数据库： bash

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    AptaTrans:一种使用预训练编码器预测适配体-蛋白质相互作用的深度神经网络

    transformer 的编码器 Encoderapta（·） 和 Encoderprot（·），将标记化的适配子和蛋白质序列转换为上下文向量表示。...aptamer sequences and frequent contiguous substrings (FCS) for protein sequences. 1 分词算法：AptaTrans 采用分词算法将适配子和蛋白质序列转换为数字表示...预训练蛋白质编码器使用PDB数据集预训练蛋白质编码器（$encoder\_{prot}$）。同样，你需要设置数据集和批量大小，然后进行预训练。...```pythonpipeline.set_data_protein_pt(batch_size=32) # 从PDB数据集获取数据pipeline.pretrain_encoder_protein(...iteration=1000)```在使用AptaTrans之前，请确保从提供的Google Drive链接获取必要的数据库文件。

    55010

    榕树集-蛋白质阿尔法螺旋

    因此，α-螺旋的长度可以通过将蛋白质序列中包含的氨基酸残基数目除以3.6来估计。 需要注意的是，蛋白质中的α-螺旋长度可以有所变化，具体取决于蛋白质的序列和结构。...Q：如何生成 α-helix A: 生成α-螺旋的常见方法是使用蛋白质模拟软件，例如Rosetta或PyMOL等工具。这些工具提供了创建蛋白质结构的功能。...在PyMOL中，可以使用内置的命令或Python脚本生成α-螺旋。通过选择适当的氨基酸序列和使用合适的命令或脚本，可以在PyMOL中绘制出α-螺旋。...dssp mkdssp 4wsb.pdb 4wsb.dssp ‍ 预测序列的二级结构（https://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/） 如何产生螺旋序列 嗯，好像没有发现什么比较好的算法...random.randint(0, len(string) - 1) # 生成一个随机字符 random_char = random.choice(amino_acids) # 将字符串中的随机索引位置的字符替换为随机字符

    2.1K30

    哈佛、哥大开源1600万组蛋白质序列，解决AlphaFold 2训练数据私有难题！

    它包含了AlphaFold 2未发布的训练集，包括所有唯一的蛋白质数据库(PDB)链的MSAs和结构模板。 现在，OpenProteinSet提供了1600万个MSA和相关数据，并且全部开源。...PDB是实验确定的蛋白质结构的权威数据库，而OpenProteinSet包括PDB中所有140,000种蛋白质的MSA。 它甚至还包括来自UniProt知识库的序列，该序列按相似性聚类。...对于PDB蛋白质，OpenProteinSet能够提供来自多个序列数据库的原始MSA。 通过搜索PDB，它还能找到结构相似的蛋白质。...对于每个PDB链，研究者使用了不同的对齐工具和序列数据库计算三个MSAs。 使用OpenFold中的脚本，可以从公开可用的PDBmmCIF文件中，检索相应的结构。...总之，OpenProteinSet将进一步推动生物信息学、蛋白质机器学习等领域的研究。

    84410

    ProteinMPNN：基于深度学习的蛋白质序列设计模型

    二.整体架构图1: ProteinMPNN的基本架构编码器1.1 图构建将蛋白质结构表示为图结构，图的节点代表氨基酸残基，边代表残基之间的空间或序列关系（如距离、接触、氢键等）。...1.2 节点嵌入使用可学习的嵌入层将每个残基的类型（氨基酸种类）、位置信息编码为初始节点特征。是节点v在第l层的嵌入向量。是节点v的邻居节点集合，是从节点u到节点v的消息。...2.1 下载原始数据集wget https://files.ipd.uw.edu/pub/training_sets/pdb_2021aug02.tar.gz注：原始pdb_2021aug02数据集压缩包大小为...下载之后使用tar -xzf pdb_2021aug02.tar.gz进行解压。2.2 下载用于测试的数据集样本如果没有足够的磁盘空间，可下载该数据集，压缩包为48MB，解压之后为255MB。...执行推理3.5 查看推理结果4.1 修改training.py文件注：training.py脚本内，使用的cuda api不需要手动修改。

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    . | AlphaFold DB：大规模扩展蛋白质序列空间的结构覆盖范围

    作者在文章中介绍了一种名为AlphaFold DB的蛋白质数据库(https://alphafold.ebi.ac.uk)，它是一个可公开访问的高精度蛋白质结构预测数据库。...然而，虽然通用的蛋白质资源 (UniProt) 存储了近 2.2亿个独特的蛋白质序列，但蛋白质结构数据库 (PDB) 仅包含超过55000种不同蛋白质的180000多个3D结构，因此严重限制了序列空间的覆盖范围以支持全球生物分子研究...AlphaFold DB将这些值存储在可供下载的mmCIF和PDB文件的B因子字段中，并使用基于这些值的置信带对结构页面上3D结构查看器中模型的残基进行颜色编码。...3 数据归档 AlphaFold DB存档并提供对PDB和mmCIF格式的原子坐标、JSON格式的 PAE和JSON格式的相应元数据的访问。...图3 预测对齐误差的可视化 6 总结 自1950年代中期以来，科学界一直在使用越来越先进的实验方法来确定超过180000种蛋白质、核酸和复合物的原子细节结构，并将它们存档在PDB中由wwPDB联盟管理的结构数据

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