我想使用Python脚本将我的JSON数据转换为蛋白质数据库(PDB)格式。我可以把它们转换成CSV格式，但是我不能把它们转换成PDB格式。任何帮助转换JSON数据或CSV到蛋白质数据库(PDB)将不胜感激？谢谢。
浏览 50提问于2020-07-31得票数 1
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对于大约60%的这些蛋白质，我可以使用基因库将它们的HGNC I转换为pdb I，然后通过uniprot和RCSB网站查询它们，下载pdb文件。然而，对于其他40%的蛋白质，只有计算生成的α折叠PDB模型，而我一直使用的基因库不承认这些蛋白质具有有效的PDB ID。Q7K0E6)，我就可以导航到字母表条目页面，并访问文件服务器来下载该蛋白质的PDB文件，我已经能够成功地对我一直在<
浏览 11提问于2022-04-20得票数 -1
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我正在建设一个项目，将使用虚拟引擎4显示蛋白质模型。目前，我无法找到直接导入PDB (蛋白质数据库)文件的方法。理想情况下，我希望将PDB文件转换为FBX文件并存储在项目中。
浏览 4提问于2021-07-11得票数 0
我试图使用python urllib.request库从字母表网站下载.pdb (蛋白质数据库)文件，其中包含给定蛋白质的全部预测分子结构。在本例中，我试图下载一个带有uniprot的Q9BY15的蛋白质。条目包含到蛋白质的pdb文件的下载链接，如下所示；所述手动下载的文件具有以下命名格式；下面是我正在使用的代码块(最简单的形式)import urllib
importu
浏览 1提问于2022-04-19得票数 0
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我想在Pymol中得到蛋白质的所有二面角( phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4)，但我只能设法找到一个能显示phi和psi的函数。有人知道如何得到所有的二面角吗？
非常感谢！
浏览 9提问于2014-08-18得票数 2
我最近受命用python编写一个程序，在距离.pdb (蛋白质数据库)的蛋白质中的每一种金属在2埃以内找到原子。这就是我为它写的剧本。from Bio.PDB import * neighborListfor y in neighborList:
stru
浏览 6提问于2017-06-21得票数 1
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我想要创建一个解析器，它可以读取solidworks文件并将其转换为蛋白质数据库文件。这已经在一个名为DiamondCAD的程序中完成。http://www.zyvex.com/Research/DiamondCAD.html
我不太愿意创建一个解析器，它可以解析数据，然后以与DiamondCAD相同的方式可视化它。文件是结构化的，它如何被解析成PDB文件？(一个名为VMD的软件将PDB转换为O
浏览 0提问于2014-03-16得票数 0
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因此，我是Python的新手，正在开发一个简单的程序，该程序将读取蛋白质名称(PDB ID)的文本文件，并创建一个URL来搜索数据库( PDB)中的蛋白质和一些相关数据。不幸的是，作为一个新手，我忘了保存我的脚本，所以我不记得我做了什么让我的代码工作！谁能给我一个提示，告诉我如何告诉URL将列表中的每一项作为PDBID插入？
我收到一个类型错误，表明它不是有效的非字符串序列或映射对象。原始帖子已被编
浏览 0提问于2018-09-22得票数 0
我正在尝试以json格式创建多个networkx图形的数据集。我的目标是使用这个带有标签的数据集对我的网络进行监督培训。Networkx可以转储单个图形的json格式。但是，我不知道如何处理同一个json文件中的多个图形。
GraphSage文档声称上的示例有多个图。example_data子目录包含一个蛋白质-蛋白质相互作用数据的小例子，其中包括3个训练图+一个验证图和一个测试图。但是，当我<em
浏览 9提问于2021-02-18得票数 0
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如何将整个MongoDB数据库转储为文本(纯文本、json或CSV)？
那就把这两个人分开！
浏览 0提问于2012-10-05得票数 15
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本文采用主成分分析( PCA )技术，将蛋白质结构构象按 (图1-B和C)显示在较低的维数中。PC图中的每一个点都表示一个低维空间中的蛋白质结构。但我现在有一些怀疑，因为我试图复制这些情节。每个pdb文件在其pdb文件中都有{X Y Z}坐标位置。在蛋白质之间的区域对齐之后，你就会把这些数据用于PCA。我正在尝试复制bio3d工具箱示例页面中的结果，但是使用的是MATLAB (因为我不熟悉R)。但我无法得到图-9在中的情节。
有人能帮我复制这些数
浏览 3提问于2017-02-17得票数 2
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serializer = ParcelasSerializer(parcelas, many=True)即使使用\000 \321\177\000\000C\224\335w\223\355\024A\350\303\355\0342\362XA'::bytea), 4326)))
看起来django没有将它转换为正确的
浏览 25提问于2020-03-03得票数 1
我对JSON的使用是个新手。
我希望我的网页在一个表格中显示一个包含几百条记录的小型数据库。为了避免将数据放入MySQL数据库或类似数据库的麻烦，我想我可以从JSON文件中读取数据，并将其写到JSON文件中，这将相当于在我的网站上方便、持久地存储我的数据库。因此，我花了一些时间编写了一个脚本，将现有的论文文件转换为包含所有记录的papers.<e
浏览 0提问于2012-05-26得票数 2
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如何让Django的dumpdata管理命令将内容流式传输到文件中，而不是将所有内容加载到内存中？我正在尝试将1 1GB的Sqlite3数据库转换为PostgreSQL，我正在考虑的一种方法是使用python manage.py dumpdata --all --format=json > mydatabase.json将数据库转储为json</em
浏览 2提问于2011-10-30得票数 4
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我对Python3.7有一个非常奇怪的问题。具体来说，我有一个函数，它接收文档ID的列表，并返回它们对应的wikipedia文档。注意，这是使用pdb的，当您键入interact时，它将在交互式提示符中打开。，它可以工作(为了简洁起见，数据被截断)：>>> self._db.query_ids([x[0] for x in truncated])被调用的实际函数没有副作用，它只是查
浏览 2提问于2019-05-26得票数 0
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如何将数据从本地数据库传输到部署在Heroku中的Django应用程序的生产数据库。
我刚刚部署了我的项目，但是在迁移之后，模型是空的。
浏览 5提问于2020-07-24得票数 1
我有一个充满氨基酸的文本文件(CA-Final.txt)以及其他一些数据。s.error('bad escape %s' % this, len(this))
我的想法是，这个函数将在3个字符的字符串前面找到A的每个实例，并将其替换为其他
浏览 2提问于2018-11-02得票数 1
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我当前正在尝试设置一个查询，该查询最终将是一个存储过程，并且可能是一个运行的作业，我需要该查询将结果自动输出到一个文件中。我已经找到了50种不同的手动方法和0种在查询中这样做的方法，任何关于如何将以下查询拼写到文件中的想法。SELECT [FULL_NAME],[ADDRESS],[PHONE] FROM CUSTOMER 编辑:我使用Microsoft SQL Server
浏览 13提问于2020-10-24得票数 0
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我知道如何将>和<用于std的输入和输出，也尝试了2>&1一起打印错误和输出，也分别尝试过，它仍然不会打印所有的东西，特别是一些有用的提示，当它告诉我问题出在哪里时，我需要这些信息。例如，如果您想尝试使用来自RCBS蛋白质数据库的gmx pdb2gmx命令，我将在屏幕上阅读：
Descri
浏览 1提问于2016-03-21得票数 1
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我需要将我在SQLite3中创建的信息迁移到我网站上的MySQL数据库。该网站位于托管服务器上。我可以远程访问MySQL数据库。我最初认为这很容易，但我没有找到任何有关它的有用信息，而且我读到的所有内容似乎都暗示您需要转储SQLite3文件，使用杂乱的脚本将其转换为MySQL转储文件，然后将其导入MySQL。(示例：)
我的问题是:阅读它并将其直接从脚本导入到MySQL不是更好吗？我在Python中根本没有使用过My
浏览 4提问于2010-02-25得票数 1
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