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生信技能树- R语言-day7

需要赋值,不然还是原来y3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9) #空格也要算上 x字符串里5-9位置4.字符检测str_detect(x2,"h") # h类似于地雷,扫雷探测,含有h就会变成...(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #默认根据这一列从小到大给整个数据框排序arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小distinct...,如果没有赋值,那么这个数据框还是没有新加,没有赋值,就没有产生补充select()filter()如何简化连续步骤1...., FUN, …)对列表/向量每个元素实施相同操作lapply(1:4,rnorm)两个数据框链接merge可以合并inner_join:交集都存在取inner_join(test1,test2...1exp数据框如下library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat = t(exp) %>% # 赋值dat,然后进行转置as.data.frame() %>

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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵一丢丢数据挖掘(Day 7)

复习R包stringr字符串操作几个函数-长度、拆分、提取、字符检测、替换删除。...save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata"),这句代码将几个第一个脚本有用变量保存到Rdata文件,下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...变量,自带变量名称,不需要再次赋值,也没有参数。undefined表格文件需要赋值,读取参数不同导致读取结果不同,不能在后续代码同等处理。...table(x)2.7 for循环对x里每个元素进行同一操作for(i in x){CODE}#x是向量;i是代称,i自动等于某个循环里x元素for( i in 1:4){ print(i)}#for...7.5.3 箱线图应用单个基因在两组之间表达量差异可视化。分组信息:是一个有重复值离散型向量,分组向量元素表达矩阵列是一一对应

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

str_length(x) length(x) 2. str_split(字符串,"拆分符号") 拆分字符串 图片 -(1)拆分之后成为了了列表,列表每个元素对应原来每个元素拆分结果 -(2)列表使用不方便...相等逻辑值向量; -(3)可以用来做“根据逻辑值提取x子集”; str_detect(x2,"h") #判断x每个字符串含不含有某个字母或者多个字母组合; str_starts(x2,"T")...:不符合大于零条件,就再进行一步判断; 练习7-2 # 1.加载deg.Rdata,根据a、b两列值,按照以下条件生成向量x: #a< -1 且b<0.05,则x对应值为down; #a>1 且b...(k2)s x = ifelse(k1,"down",ifelse(k2,"up","no")) table(x) 6. for循环 for (i in x ) {某段代码/某种操作} 注:x 是环境真实存在变量...如何挑出30个数里最大五个 -(1)排序 -(2)取最后五个 图片 3.向量/列表隐式循环-lapply() 对列表/向量每个元素实施相同操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图

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简述如何使用Androidstudio对文件进行保存获取文件数据

在 Android Studio ,可以使用以下方法对文件进行保存获取文件数据: 保存文件: 创建一个 File 对象,指定要保存文件路径和文件名。...使用 FileOutputStream 类创建一个文件输出流对象。 将需要保存数据写入文件输出流。 关闭文件输出流。...使用 FileInputStream 类创建一个文件输入流对象。 创建一个字节数组,用于存储从文件读取数据。 使用文件输入流 read() 方法读取文件数据,并将其存储到字节数组。...System.out.println("文件数据:" + data); 需要注意是,上述代码 getFilesDir() 方法用于获取应用程序内部存储目录,可以根据需要替换为其他存储路径。...这些是在 Android Studio 中保存获取文件数据基本步骤。

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Day07 生信马拉松-数据整理R

(x) # 引号内单个字母/数字/符号数量 length(x) #检测向量元素数 1.2 字符串拆分 str_split(x," ") #直接拆分后会变成list子集 class(str_split...#提取x第5第9位字符串 str_sub(x,5,9) 1.4 字符检测 str_detect(x2,"h") # 第一个参数为向量名,第二个是检测关键词 str_starts(x2,"T")...#判断x2T开头字符串,输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2e结尾字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换 x2 str_replace(x2,"o","A") #每个元素里面只替换第一次出现目标字符...2.3 mutate,数据框新增一列 test <- mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #R修改必须要赋值,不赋值=没发生 test...} par(mfrow = c(2,2)) apply(iris[,1:4], 2, jimmy) 4.2 lapply(list, FUN, …)函数--参数与自定义函数相似 4.2.1 对列表/向量每个元素实施相同操作

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Java 新手如何使用Spring MVC 查询字符串查询参数

Spring MVC查询参数 处理可选参数 处理多个值 处理查询参数默认值 处理查询字符串 示例:创建一个RESTful服务 结论 欢迎来到Java学习路线专栏~Java 新手如何使用Spring...MVC 查询字符串查询参数 ☆* o(≧▽≦)o *☆嗨~我是IT·陈寒 ✨博客主页:IT·陈寒博客 该系列文章专栏:Java学习路线 其他专栏:Java学习路线 Java面试技巧 Java...本文将介绍如何在Spring MVC中使用查询字符串查询参数,以及如何处理它们,特别是对于Java初学者。 什么是查询字符串查询参数?...在Web开发,查询字符串是URL一部分,通常跟在问号(?)后面,用于传递数据给服务器。查询参数则是查询字符串参数名参数值键值对。...希望本文对Java新手在Spring MVC中使用查询字符串查询参数有所帮助。

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Java 新手如何使用Spring MVC 查询字符串查询参数?

❤️ Spring MVC是一种用于构建Java Web应用程序强大框架,它提供了处理查询字符串查询参数丰富功能。...对于Java新手来说,理解如何使用Spring MVC来处理查询字符串查询参数是至关重要。在这篇文章,我们将介绍查询字符串查询参数基础知识,然后演示如何在Spring MVC中使用它们。...什么是查询字符串查询参数? 查询字符串是URL一部分,通常跟在问号(?)后面,包括一个或多个参数。每个参数由参数名参数值组成,它们之间用等号(=)连接。多个参数之间使用号(&)分隔。...Spring MVC提供了强大机制来处理这些查询参数,并将它们绑定到控制器方法,以便于在应用程序中进行处理。## 处理查询参数下面,让我们看看如何在Spring MVC处理查询参数。...结论 Spring MVC使处理查询字符串查询参数变得非常简单。通过使用@RequestParam注解,您可以轻松提取参数并在控制器处理它们。

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十二、R语言综合应用

1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8向量每个元素是否含有h这个关键词,生成与x2长度相等且一一对应逻辑值向量 str_starts(x2,"...# 对列表/向量每个元素(向量)实施相同操作 test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test #返回值是列表,对列表每个元素(向量)求均值(...,取右边表存在子集 anti_join(test1,test2,by="name") ###反连接,左边表里在右边表里没有的会被留下来。....Rdata') library(dplyr) x=arrange(dat,logFC);head(x) # 2.将test1.Rdata存放两个数据框连接在一起,按共同列取交集 x=merge(...("group.csv") library(stringr) z=str_split(x$title," ",simplify = T) z[,4] # 2.如何把上一题结果ControlVemurafenib

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生信学习-Day6-学习R包

取决于你要安装存在于CRAN网站还是Biocductor,存在于哪里?可以谷歌搜到。 3 加载 libraryrequire,两个函数均可。使用一个包,是需要先安装再加载,才能使用包里函数。...在这个特定例子向量 vars 包含了两个元素,它们都是字符串:"Petal.Length" "Petal.Width"。这两个字符串通常对应于数据框列名。...这样做目的通常是为了在后续函数调用简化代码,特别是在你想要操作数据框特定列时。 这会从 your_data_frame 数据框中选择列名与 vars 向量字符串相匹配列。...y = test2:表示要与test2数据框进行semi-join操作,即保留test1与test2匹配行。 by = 'x':指定要根据哪个列进行匹配。在这里,使用列x来进行匹配。...y = test1:表示要与test1数据框进行anti-join操作,即从test2删除与test1匹配行。 by = 'x':指定要根据哪个列进行匹配。在这里,使用列x来进行匹配。

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R语言 | R基础知识

1安装包 问题: 如何安装R包? 方法: 使用install.packages()函数来安装包,括号写上要安装包名。...以安装ggplot2包为例: install.packages("ggplot2") 讨论: 如果想要同时安装多个包,可以使用一个包向量进行参数传递。...install.packages(c("ggplot2","dplyr")) 2加载包 问题: 如何加载一个已经安装了包? 方法: 使用library()函数,括号写上要加载包名。...方法: 读取文件逗号分隔组(CSV文件)数据最常用方法是: data <- read.csv("datafile.csv") 讨论: ①手动为列名赋值 如果一个数据文件行首没有列名,那么得到数据框列名将是...方法: readxl包read_excel()函数可以读取.xls.xlsx等Excel文件。

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Learn R 专题1-3

,包含空格符号 length(x) #返回向量中元素个数,即x只有一个元素 [1] 1 y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152") #y是字符型向量...,由三个字符串组成向量 #“jimmy 150”:字符串,一个引号中所有的东西 #引号内单个字母/数字/符号:字符 2.字符串拆分 代码2 str_split() >str_split...g[,4] [1] "Control" "Control" "Control" "Vemurafenib" [5] "Vemurafenib" "Vemurafenib" 2.如何把上一题结果...;cbind是按列拼接起来(向量长度得是相同) 长脚本管理方式 if(T){} #运行{}代码;可折叠 if(F){} #跳过{}代码 专题四 表达矩阵画箱线图 表达矩阵 set.seed(10086...个 思考:如何挑出一个表达矩阵里方差最大1000个基因?

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「Workshop」第二期:程序控制与数据操作流

涉及编程数据代码都会放到 https://github.com/XSLiuLab/Workshop 推荐图书 《R for Data Science》[1] 《R 语言编程指南》 《R 实战》 其他推荐见...one_of matches 行筛选 slice, filter, sample_n, sample_frac, top_n, distinct 列筛选 select 排序 arrange 行列增加/更新 基本数学比较逻辑运算符...fwrite data.table 语法 dt[i, j, by] 数据过滤与合并等操作与 R 基础语法一致,也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步学习参考小抄、...文档《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述内容???...正则表达式与字符串处理:base 与 stringr 列表处理与迭代计算:purrr 统计建模:stats 与 broom 绘图:graphics 与 ggplot2 函数编程:apply家族purrr

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R语言综合应用-1

require(stringr))install.packages('stringr')library(stringr)一、字符串#1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #这是向量长度...例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")向量:y字符串:一个引号内所有东西 “nihaoa 11” 字符:引号内单个字母/数字...T)#3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9)#4.字符检测★str_detect(x2,"h") #对x2每个元素进行检测,含有h返回结果为TRUE,不含有的返回为FALSE。...在R语言世界里,没有赋值就是没有发生过。#补充select()、filter() 筛选列、行类似于之前$,[]#管道符号(%>%),表示把前一步运算结果传递给后一步函数,不需要多次赋值。...() #可以根据关键词给样本进行分组​例如:samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2","normal3")k1 = str_detect

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「R」数据操作(五):dplyr 介绍与数据过滤

在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市航班起飞数据集(2013)。...准备 这部分我们聚焦于如何使用dplyr包,除ggplot2另一个tidyverse核心成员。我们将使用nyclights13数据包解释关键概念并使用ggplot2帮助理解数据。...如果你想要在载入tidyverse包后仍然使用这些函数,你需要使用函数全名stats::filter()stats::lag()进行调用。...,这里适配地显示了在一个屏幕前几行所有的列(我们可以使用View(flights)在Rstudio查看数据集所有信息。...它们描述了每个变量类型: int代表整数 dbl代表浮点数或者实数 chr代表字符向量或者字符串 dttm代表日期-时间 还有其他三种数据类型在本部分不会使用到,但后续我们会接触: lgl代表逻辑向量

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生信马拉松 Day7

;x 1.1 检测字符串长度 str_length(x) #注意包括空格,空格也算一个 #[1] 42 length(x) #算向量有多少个元素 #[1] 1 1.2 字符串拆分 str_split...#不加.keep_all = T就只剩Species这列了 2.3 mutate,数据框新增一列 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #没赋值情况下数据实际是不会新增...4.9500000 3.3833333 1.4500000 0.2333333 apply(test, 1, sum) ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量每个元素实施相同操作...2种方法 2.如何把数据框某列“ ”转换为NA iris$Species[iris$Species=='']=NA 3.如何删除多余信息 #这里示例数据,a$tumor_stage.diagnoses....如何进行长脚本管理 1.可以用if(F){}来进行长脚本管理,带有{}代码,可以被折叠 2.分成多个脚本,每个脚本最后保存Rdata,下一个脚本开头清空再加载,不推荐表格文件 生信技能树,生信马拉松

23200

广义估计方程混合线性模型在Rpython实现

$$y = X\beta + Z\mu + \epsilon $$$\beta$ 是固定效应值;$\mu$ 是随机效应值;$\epsilon$ 是随机误差向量(拟合值真实值误差);回归系数95%...另外根据专业医学知识,假设尿蛋白不仅影响GFR下降率,也影响基线GFR,也即是time尿蛋白micromacro存在交互影响(此地排除age,gender对GFR下降率影响)。...区分混合线性模型随机效应和固定效应是一个重要概念。固定效应是具有特定水平变量,而随机效应捕捉了由于分组或聚类引起变异性。比如下方正在探究尿蛋白对来自不同患者GFR影响。...拥有的变量(例如年龄、性别、尿蛋白等)患者变量(patient)。想要了解尿蛋白如何影响患者G FR。...固定效应:具有特定水平或值需要进行研究主要变量,如尿蛋白等随机效应:患者分层结构:尿蛋白嵌套在患者内模型方程:GFR = 尿蛋白 + 患者 + 误差解释:解释固定效应,以了解尿蛋白变化如何与GFR

11900

从零开始异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch...可以用来进行分组,通过str_detect函数识别数据关键词,然后进行分组 samples = c("tumor1","tumor2","tumor3","normal1","normal2","...(l1,l2) ##判断两个数据是否一致 #如何将结果存下来?...list,使用下标循环,可以将每次循环结果都保存到列表 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...apply(test, 1, sum) ##对test数据框每一行求和 图片 图片 ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量每个元素(向量)实施相同操作

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