step1 对matrix进行转置:使gene名变为列名,将样本名转化为data.frame中的第一列
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列
例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")
专题一:玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数,空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"
碎碎念:这个没啥好仔细展示的,含义也很直观,主要是要记住有这个函数,等需要用的时候回来找
矩阵是一个二维数组,只有每个元素是相同的数值型、字符型或逻辑型。可通过matrix()创建矩阵
[1] "The birch canoe slid on the smooth planks."
y4 <- filter(deg, a>1 & b < 0.05);table(y4)
图片 专题1 玩转字符串 图片 检测字符串长度 代码1 str_length(x) if(!require(stringr))install.packages('stringr') library(stringr) x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] 42 ### 1.检测字符串长度,包含空格和符号 le
一、玩转字符串 stringr包 图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数 图片 图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 2.字符串拆分 str_sp
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接,其实是对左边的数据框取子集
使用install.packages()函数来安装包,括号中写上要安装的包的包名。以安装ggplot2包为例:
豆花寄语:学生信,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
有小伙伴拿自己的数据试了一下,反馈预测结果太多了。一般对于多个数据库或者多个软件预测的结果,可以通过取交集来提高预测结果的可信度,并且这样也能大大减少最后预测结果的数目。
Hadley (羞涩脸):“那总比别人叫他们 Hadley-verse好吧!” ╮(╯▽╰)╭
请注意,本文编写于 398 天前,最后修改于 378 天前,其中某些信息可能已经过时。
将你的数据整理好是一个可敬的、某些情况下是至关重要的技能,所以作者使用了数据木匠这个词。这是本书最重要的一章,将涉及以下内容:
写在前面:公众号又被我搁置好久,闲来无事,写写近期学的R语言吧,主要分为两个部分写,一主要为数据处理,二为ggplot作图。这两个部分将生信分析的绝大多数常用命令都讲到了,作为R语言入门是够用的,但是学海无涯,以此只是作为一个引子,想要进步还是要自己多学多练,举一反三才行。
这个功能很简单也很常用,但是不加注意还是容易写错,比如只对每一行的前两个元素求和:
认识Tidy Data1.Reshape Data2.Handle Missing Values3.Expand Tables4.split cells一、测试数据1.新建数据框2.用tidyr进行处理3.按照geneid排序4.空值操作用表二、Dplyr能实现的小动作1.arrange 排序2.fliter3.distinct4.select5.mutate6.summarise7.bind_rows8.交集、并集、全集9.关联
1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表,但是列表不能进行计算,对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split(x," ")x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")st
下图总结了主要程序包,希望读者在日常练习和工作中遇到不同格式的文件时,能够瞬间反应出读取该格式所需的包及对应的函数。(限于篇幅,本文未包含图中“平面文档格式”这部分的内容,如果你有兴趣,可以继续关注大数据后续文章。)
在R中,library函数的表现有点特殊,传给它的参数变量不是类似于常规R表达式的即时执行,而是像是被‘冻结’了一样。
可以看到,上面的案例充分说明了饼图在一些情况下可能不太适用,因为它在传达数据信息和比较各部分大小方面存在一些问题。很难直观地感受到到1,2,3,4的饼的大小比例的变化
R基础字符串处理函数 nchar paste strsplit tolower toupper casefold chartr gsub sub substr substring grep grepl regexpr R包stringr 字符串处理学习思路 拼接 对应拼接,如 (‘a’,’b’)+(‘c’,’d’) → (‘ac’,’bd’) 多拼为一,如 (‘a’,’cd’,’m’) → (‘acdm’) 拆分(根据pattern) 如’a.b.c.d’ → (‘a’,’b’,’
R语言 控制流:for、while、ifelse和自定义函数function|第5讲
1、merge(a,b),纯粹地把两个数据集合在一起,没有沟通a、b数据集的by,这样出现的数据很多,相当于a*b条数据;
一个程序员一生中可能会邂逅各种各样的算法,但总有那么几种,是作为一个程序员一定会遇见且大概率需要掌握的算法。今天就来聊聊这些十分重要的“必抓!”算法吧~,就比如说遗传算法啊
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
数据处理在数据分析流程中的地位相信大家都有目共睹,也是每一个数据从业者面临的最为繁重的工作任务。 在实际应用场景下,虽然SQL(SQL类专业的etl语言)是数据处理的首选明星语言,性能佳、效率高、容易培养数据思维,但是SQL没法处理构建全流程的数据任务,之后仍然需要借助其他数据分析工具来对接更为深入的分析任务。 R语言作为专业的统计计算语言,数据处理是其一大特色功能,事实上每一个处理任务在R语言中都有着不止一套解决方案(这通常也是初学者在入门R语言时,感觉内容太多无从下手的原因),当然这些不同方案确实存在
ctrl+shift+m,把上一个运算的结果输入为下一个函数的第一个参数,可以省略很多中间变量
1.1 判断数据类型class() 1.2 按Tab键自动补全1.3 数据类型的判断和转换 (1)is 族函数,判断,返回值为TRUE或FALSE
dplyr包在数据变换方面非常的好用,它有很多易用性的体现:比如书写数据内的变量名时不需要引号包裹,也不需要绝对引用,而这在多数baseR函数中都不是这样的,比如:
哈喽,我是学习生物信息学的阿榜!非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记,将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误,欢迎指正。让我们一起加油,一起学习进步鸭? 这份学习目录可以
这是《高效R语言编程》的学习笔记,前面的笔记在这里:https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/115349366 https://www.jianshu.com/p/71392ef45d01 很多R语言用户并不认为自己是程序员,我也是:),精通专业知识,理解R语言的标准数据结构,但是缺乏正规编程训练,你是这样的吗?
文章首先介绍了变量的三种声明方式:var、let 和 const。它解释了这三种方式的区别,以及为什么使用 const 声明常量。然后,文章深入探讨了“赋值”和“变异”的区别,这是理解 const 的关键。虽然 const 创建的对象和数组。
要纵向合并两个数据框,可以使用 rbind( )函数。被合并的两个数据框必须拥有相同的变量,这种合并通常用于向数据框中添加观测。例如:
⚠️注意:str_spilt的第二个参数,写你想分割的符号,上面代码“hello world”的分割是空格,因此输入“ ”,同样也可以是其他符号。
str_detect(x,"h")##是否含有关键词h,生成与X长度相等的逻辑值向量,可用于向量取子集;
glue 提供了轻巧、快速和无依赖的可解释字符串,glue 通过将 R 表达式嵌入到花括号中,然后对其求值并将其插入字符串中。
学习Python不到一个月,虽然学的很渣,但是还是想通过这种途径分享自己的学习心得,毕竟当初学习R语言也是这么走过来的。 今天是R语言与Python综合系列的第一篇,就聊一聊两者在常用字符串输出上的差异。 为了方便统一案例图片的风格,今天统一在jupyter编辑器中编辑(R和Python)。 通常在R语言中我们使用最多的关于字符串输出函数是paste和paste0。 这两着之间的差别非常微小,如同其字面意思一样,前者可以自定义字符串间隔符号,后者则默认没有间隔符号。 paste和paste0都可以完成单个向
在文本处理和数据清洗阶段,对字符串或者字符型变量进行分割、提取或者合并虽然谈不上什么高频需求,但是往往也对很重要的。 接下来跟大家大致盘点一下在R语言与Pyhton中,常用的字符串分割与合并的函数。 R语言: 字符串向量: 针对向量: strsplit #针对字符串向量(拆分) str_split #针对字符串向量(拆分)stringr包内函数 paste #针对向量合并 针对数据框: unite #合并数据框中的某几列 separate #将数据框中某一列按照某种模式拆分成
向量不仅是R的一种数据结构,它还是贯通R软件的重要组成部分。向量中可以包含数值、字符串或者逻辑值,但不能由多种格式混合组成。
整理数据的本质可以归纳为:对数据进行分割(Split),然后应用(Apply)某些处理函数,最后将结果重新组合(Combine)成所需的格式返回,简单描述为:Split - Apply - Combine。plyr包是Hadley Wickham为解决split – apply – combine问题而写的一个包。使用plyr包可以针对不同的数据类型,在一个函数内同时完成split – apply – combine三个步骤。plyr包的主函数是**ply形式的,函数名的第一个字符代表输入数据的类型,第二个字符代表输出数据的类型,其中第一个字符可以是(d、l、a),第二个字母可以是(d、l、a、_ ),不同的字母表示不同的数据格式,d表示数据框格式,l表示列表,a表示数组,_则表示没有输出。
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