本次内容介绍条形图的绘制,包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。
small <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统,它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点,将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。ggplot2 中各种数据可视化的基本原则完全一致,它将数学空间映射到图形元素空间。想象有一张空白的画布,在画布上我们需要定义可视化的数据(data),以及数据变量到图形属性的映射(mapping)。
ggplot2是R中用于绘图的高级程序包,它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射,例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。ggplot2在画图时就是采用了类似photoshop的图层设计方式,允许用户一步步构建图形,并且便于图层的修改。
因为之前自己已经学习过R语言基础的一些内容,包括:数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等,今天的学习内容主要是《R数据科学》这本书的第一章——使用ggplot2进行数据可视化。
要想对两个分类变量间的相关变动进行可视化表示,需要计算出每个变量组合中的观测数量。常用的两种方法有:
ggplot2可以用来创建优雅的图形,由于它的灵活,简洁和一致的接口,可以提供美丽、可直接用来发表的图形,吸引了许多用户,特别是科研领域的用户。ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数,并将其延伸为图形语法,即独立指定绘图组件,并将它们组合起来,以构建我们想要的任何图形显示。图形语法包含6个主要成分:data, transformations, element, scales, guide和 coordinate system。图层图形语法源于多层数据构建图形的想法。它定义了下表中的图形组分:data, aesthetic mappings, statistical transformations, geometric objects, position adjustment, scales, coordinate system 和 faceting(数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整、比例、坐标和面)。数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整形成一个图层,一个图可以有多个图层。
小提琴形图(violin plot)的作用与盒形图(box plot)和whidker plot的作用类似,它显示了一个或多个分类变量的几个级别的定量数据的分布,我们可以通过观察来比较这些分布。与盒形图不同,因为盒形图的所有绘图组件都对应于实际数据点,小提琴形图具有底层分布的核密度估计。
https://r4ds.hadley.nz/data-visualize#visualizing-relationships
添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图,每个子图显示一个数据子集。要通过单个变量来划分您的绘图,请使用facet_wrap()。 facet_wrap()的第一个参数应该是一个公式,你用〜后跟一个变量名创建(这里“formula”是R中数据结构的名称,而不是“equation”的同义词)。 传递给facet_wrap()的变量应该是离散的。
数据可视化是数据分析过程中探索性分析的一部分内容,可以直观展示数据集数据所具有的的特征和关联关系等。R语言不仅提供了基本的可视化系统graphics包,简单的图+修饰,例如:plot、 hist(条形图)、 boxplot(箱图)、 points 、 lines、 text、title 、axis(坐标轴)等;还提供了更加高级的图形系统lattice和ggplot2.
最简单的一种方法是:使用geom_point()画出散点图。你可以将相关变动看作点的模式。例如,你可以看到钻石的克拉数和价值之间存在一种指数关系:
aes()函数是ggplot2包中一个重要的函数,它用于将变量映射到图形属性上,如颜色、形状、大小、位置等。它的主要功能包括以下三个方面:
它显示了定量数据在一个(或多个)分类变量的多个层次上的分布,这些分布可以进行比较。不像箱形图中所有绘图组件都对应于实际数据点,小提琴绘图以基础分布的核密度估计为特征。
如果变动描述的是一个变量内部的行为,那么相关变动描述的就是多个变量之间的行为。相关变动是两个或多个变量以相关的方式共同变化所表现出的趋势。查看相关变动的最好 方式是将两个或多个变量间的关系以可视化的方式表现出来。如何进行这种可视化表示同 样取决于相关变量的类型。
最近接触COVID的项目,目前COVID已经在世界上普遍大流行,而且WHO官网及霍普金斯大学等都有相对应的全球COVID19监测平台。每天实时更新。
昨天跟大家分享了关于图表嵌套的函数用法,今天跟大家分享在多图情况下如何正确的进行图表的版面布局。 这里要分享的图表版面设计其实就是指,在做了很多图的情况下,如何将诸多图表合理的布局在一张大的版面上,而不是一幅一幅的导出最后在其他软件中手动拼凑。 这个技能在制作多图仪表盘场景下,将会特别有用: 还需要强调下这里所指的一页多图与我们之前介绍过的分面可是大有不同,分面其实是一幅图表中,将分类变量所构成的分类图表分图呈现,但是本质上所有分面内的单个图表共享标题、图例、坐标轴刻度(虽然可以手动定义)。 也就是说分面的
ROC可以用于:(1)比较预测二分类响应变量的预测效果;(2)获取预测二分类响应变量的连续预测变量的阈值。
今天,随着数据量的不断增加,数据可视化成为将数字变成可用的信息的一个重要方式。R语言提供了一系列的已有函数和可调用的库,通过建立可视化的方式进行数据的呈现。在使用技术的方式实现可视化之前,我们可以先和AI科技评论一起看看如何选择正确的图表类型。 作者 Dikesh Jariwala是一个软件工程师,并且在Tatvic平台上编写了一些很酷很有趣的程序。他用API编写了第一版Price Discovery,AI科技评论对他所写的这篇文章做了编译,未经许可不得转载。 如何选择正确的图表类型 四种可选择的基本
通常,在统计绘图软件中,我们先确定图片类型(点,线)和所需绘图数据绘制某些类型的图表。在R语言中,许多开发者已经在基础图形之上开发了许多软件包,例如网ggplot2软件包。目前许多的可视化的软件包建立在ggplot2之上。Plotluck的目标是将可视化简单化处理,用户仅指定“(数据和变量关系),然后其他需求(例如,图的类型的选择)软件会自动决定。
上节学习了ggplot2的基础作图,并掌握了基本的作图模板。但是每次作图只有两个变量映射到了图形中,如下图:
本文作者蒋刘一琦,自嘲是一个有艺术追求的生信狗,毕业于浙江大学生物信息学专业,目前在复旦大学就读研究生,研究方向为宏基因组。
四种常见的作图系统中,ggplot2包基于一种全面的图形“语法”,提供了一种全新的图形创建方法。这个包极大地扩展了R绘图的范畴,提高了图形的质量。它通过全面一致的语法帮助我们将多变量的数据集进行可视化,并且很容易生成R自带图形难以生成的图形。
tidyverse包其中包含着一个重要的可视化包---ggplot2。 Ggplot2是由Hadley Wickham制作的数据可视化软件包,它基于一组称为图层的原则。 基本思想是ggplot2将数据的几何对象(圆圈,线条等),主题和比例放在上面。 几何对象的形式由geom_xxx()函数定义,基于数据变量的几何对象的属性(位置,大小,颜色)由美学(aes())函数指定( 在geom_xxx()函数中)。任何ggplot图的基础层都是由ggplot()函数定义的空ggplot层,它描述了用于绘图的数据框。
变量可以分为很多种,如连续变量、分类变量等。当数据集中包含了分类变量和连续变量时,我们想了解连续变量是怎样随着不同的分类变量水平变化而变化,这时散点图中则会出现大量重叠,而箱式图则可以更清晰的展示这类数据。
ggplot是一个拥有一套完备语法且容易上手的绘图系统,在Python和R中都能引入并使用,在数据分析可视化领域拥有极为广泛的应用。本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包,首先给几个我觉得最值得推荐的理由:
ggplot2的特殊语法规则:列名不带引号,行末写加号(加号表示不同函数之间的连接)
考虑到公众号后台数不胜数的提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识的困惑,仅仅是绘图小技巧以及数据转换的困难。所以我们一再强调系统性掌握编程知识的重要性,在这个打基础方面我让实习生“身先士卒”,起码每个人在每个编程语言上面都需要看至少五本书而且每本书都需要看五遍以上,并且详细的记录笔记。
柱形图 简介 英文:histogram或者column diagram 排列在工作表的列或行中的数据可以绘制到柱形图中。在柱形图中,通常沿水平轴组织类别,而沿垂直轴组织数值。 柱形图具有下列图表子类型
前天我们在公众号『早起python』与『可乐的数据分析之路』开启了『怎样绘制漂亮的统计图表』系列专题,在两天的时间内我们收到一些粉丝提供的可视化结果,虽然参与的人并不多,但是已经足够我们说明问题了。下面开始点评时间。
ggplot2是由Hadley Wickham创建的一个十分强大的可视化R包。按照ggplot2的绘图理念,Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象)。本文将从ggplot2的八大基本要素逐步介绍这个强大的R可视化包。
前面对比了已取消航班和未取消航班的出发时间,使用学习到的知识对这个对比的可视化结果进行改善。
ggridges包提供了geom_density_ridges_gradient()函数,用于画核密度估计峰峦图
今天跟大家分享ggplot图表的配色原理与基本技巧。 图表配色是一个很深奥的话题,多亏了R语言平台的众多开发者贡献的配色包,让图表的配色不再深不可测。 这里我暂且将所有的配色场景划分为两类: 离散变量配色与连续变量配色 ggplot函数的配色机制相对来说比较智能,当你给colour或者fill属性指定给变量映射的时候,该函数就会自动的区分变量属性(是离散变量或者是连续变量),进而给出适用于两种情况的配色风格。 ggplot(diamonds,aes(carat,price,colour=cut))+geom
这里介绍一下grafify这个包,虽然它只能做基础绘图和基础分析,比如说柱状图、点图和ANOVA,
今天开始跟大家分享散点图及其美化技巧! R语言中的散点图需要两个数值型变量分别作为X轴、Y轴映射对象,同时通过颜色、大小、形状进行分类变量映射。 由于散点图在数据量较多的情况下效果更佳,这里使用ggp
本文将简要盘点R中常用的可视化包,并通过简要介绍包的特点来帮助读者深入理解可视化包。
1.统计学基本概念 统计学:收集、处理、分析、解释数据并从中得出结论的科学。 数据分析的方法可分为描述统计和推断统计。 注意:分类变量如“行业”,其变量值可以为“
Matplotlib虽然提供了丰富而强大的接口用于数据的可视化,但在展现多类数据关系时,需要较多数据处理过程,语句就变得繁琐,因此seaborn针对这类需求,基于matplotlib提供了更高层的接口,擅长统计数据的可视化。seaborn可视化的写法和matplotlib基本相同。其代码框架如下:
几个基本概念 对于二元分类器,我们可以把分类样本的真实值记为1(positive,正例/阳性),-1(或0,negative,负例/阴性)分类结果记作1(success)和-1(或0,failure)。分类器分类正确,为真(true);分类器分类错误为假(false) 那么分类结果会有四种可能: TP,真正例/真阳性,预测为1且预测正确 TN,真反例/真阴性,预测为-1且预测正确 FP,假正例/假阳性,预测为1且预测错误 FN,假反例/假阴性,预测为-1且预测错误 把上面的这四种结果构造列联表,就得到
在发表论文时候,经常会看到高大上的图片排列及绘制。通常我们用软件(spss+excel等)绘制好图片,都是单个figure。有时候很有必要将这些图片进行组合。一般都是PPT或者PS进行
我们对Logistics回归很熟悉,预测变量y为二分类变量,然后对预测结果进行评估,会用到2*2 Matrix,计算灵敏度、特异度等及ROC曲线,判断模型预测准确性。
今天跟大家分享关于密度曲线图及其美化技巧! 密度曲线图可能平时大家用的不多,不过其实没什么神秘,它的功能于直方图一样,都是用于表达连续型数值变量的分布形态。 案例还是使用之前的关于钻石的那个数据集。
关于Cox模型诊断和汇总在之前的推文中已经进行过详细的讲解:R语言生存分析:Cox回归
ggfortify作为ggplot2的补充包,不仅可以应用于时序分析领域,还能应用于各种统计分析领域。
今天分享R语言中的柱形图,所有图表语法都基于ggplot2包中的ggplot函数完成 。 其实R语言本身就带有各种作图函数,比如plot、bar、pie等,而且语法非常简单明了,为什么还要用ggplot2这种语法独立性很强、自成体系的作图包来作图呢? 一个例子就能感受到: plot(mpg$cty,mpg$hwy)#R语言内置散点图函数(无需加载任何辅助工具包) ggplot(mpg,aes(cty, hwy)) + geom_point(colour="steelblue")+labs(x = "City
在之前的文章中,我们介绍了桑基图的可视化原理,而冲击图作为桑基图的一个子类,其展示的信息和桑基图基本一致,只不过在输入数据的格式上要略作调整。
本文主要是seaborn从入门到精通系列第3篇,本文介绍了seaborn的绘图功能实现,本文是分类绘图,同时介绍了较好的参考文档置于博客前面,读者可以重点查看参考链接。本系列的目的是可以完整的完成seaborn从入门到精通。重点参考连接
Seaborn是一个用Python制作统计图形的库。它建立在matplotlib之上,并与panda数据结构紧密集成
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