我有这个基因组( DNAStringSet )，需要将每个基因组作为一个单独的FASTA文件放在一个目录中，但它们仍然是length=1的名称。每个文件的名称被连接在一个向量( StringSets )中，因为它们太多了。，但所有文件的顺序都是第一个。我是使用Biostrings包的新手，我不认为我可以使用lapply或其他任何东西，因为它的对象不是列表。有没有办
浏览 24提问于2020-12-19得票数 0
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我在Biostar上发布了同样的困惑，但似乎那里的流量很低，所以我想我可以在这里摆个姿势。我正在尝试使用Bioconductor的'Biostrings‘软件包和'DNAStringSet’函数将fasta序列文件导入到R中，但我一直收到相同的错误：
Error in .Call2("new_XString_from_CHARACTER", classname, x, star
浏览 3提问于2014-03-29得票数 0
我有多个FASTA文件，它们使用非常简单的标头来识别样本。但是，我想通过添加地理位置、来源和文化日期来使标题更详细。我的第一个想法是在R中使用stringr包来读取每个FASTA，并用适当的字符串替换任何匹配的序列ID。使用这个"Master Text“文件，我想通过匹配样本ID来适当地重命名每个FASTA中的每个序列。我想从renam
浏览 34提问于2021-07-13得票数 0
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我有两个FASTA文件包含编码两种不同蛋白质的DNA序列。我想将不同蛋白质和同一物种的序列连接成一个长序列。actProtein 1+2AGTAGATGACAGCTGCTACGATCGACTGCTAGCTAGCTTACGATCAGCTA
可能有一点问题是，物种在两个文件中出现的顺序不同，其中一个文件中有一些序列，但另一个文件中没有(文件
浏览 30提问于2019-08-15得票数 0
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我有一系列的文件(fasta格式的文件)，我需要应用一个R包。每个文件内容如下：>>TTBK2_Hsap ,(CK1/TTBK)
MSGGGEQLDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEVAVLKKLQGKDHVCRFIGCGRNDRFNYVVMQLQGRNLADLRRSQSRGTFT这个包(R中
浏览 6提问于2013-10-07得票数 1
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直到几天前，我才开始为生物信息学项目使用bash for -循环，直到几天前，它才突然停止工作。我在OSX V12.1上。命令：dodone这是一个非常简单的for-循环，但是从三天前开始，它开始迭代文件扩展
浏览 0提问于2022-08-16得票数 0
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我想读取一个包含多个dna序列的fasta文件，将其转录成rna，然后将结果写入fasta格式，代码如下：dna <- readDNAStringSet("D:/R/smpl.fasta")rna A RNAStringSet instance
浏览 0提问于2016-02-07得票数 0
我在R中编写了一个管道，它使用了来自生物导体的几个包，这些包需要读取.FASTA文件(本质上是一个自定义格式化的.txt文件)。现在，我有一个矩阵，我使用如下函数将其写入.FASTA文件：然后，在文件位置上运行算法：
浏览 3提问于2013-11-30得票数 0
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我正在尝试运行一个脚本(见下文)来读取一个fasta文件并输出一个分类文件(只打印没有'>‘字符的序列标题)，但我一直收到一个语法错误，我无法解决这个问题。因此，脚本将创建cleanseqs.tax文件，但该文件为空。有人能帮上忙吗？>>> Tax = op
浏览 1提问于2013-05-31得票数 1
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我尝试使用Bio和SeqIO打开一个包含多个序列的FASTA文件，编辑序列的名称以删除所有名称末尾的'.seq‘(>SeqID20.seq应该成为>SeqID20)，然后将所有序列写入一个新的FASTA文件，但我得到以下错误这是我开始时的</em
浏览 16提问于2018-07-24得票数 2
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我有下面的代码，我使用这些代码从一个对齐和一个树生成多个fasta文件。我想在单独的目录中写入这多个fasta文件，但我的代码是并排写入文件夹和文件，而不是在文件夹中写入文件。提前谢谢你。paste0(mylabel, "_", i))
myfile
浏览 6提问于2020-07-15得票数 0
我有以下FASTA文件，original.fastaGCTCACACATAGTTGATGCAGATGTTGAATTCACTATGAGGTGGGAGGATGTAGGGCCA我们在更改前后打印记录id，并得到预期的结果。(corrected, 'fasta'):
print record.id # prints 'bar', as
浏览 2提问于2015-09-01得票数 2
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我试图用python程序自动化bash中的一些进程(对于RNA-seq)，第一步是像下面这样从*.fastq传递文件。_R2.fastq Demo_T3_L002_R2.fastq Demo_T3_L003_R2.fastq Demo_T3_L004_R2.fastqDemo_T3_
浏览 1提问于2018-02-05得票数 0
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我需要在多个fasta文件中重命名多个序列，并且我找到了这个脚本，以便对单个ID进行重命名：corrected_file = ".')
每个fasta文件对应于一个有机体，但它没有在in中指定。我有原始的fasta文件(因为这些文件已经被翻译
浏览 15提问于2022-09-02得票数 1
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我有一个包含DNA序列信息的床文件，如下所示：track name="194" description="194 methylation (sites)" color=0,60,120 useScoreR中，并命名为矩阵DataSet。现在我要加载R中的，在我的序列中做一个同源化的缩减。描述
基于序列相
浏览 1提问于2020-06-04得票数 0
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我是python编程领域的新手。当我试图做一些分析时，(我试图在其他帖子中找到答案，但什么也没有)，我决定发布我的第一个，也可能是非常愚蠢的问题。为什么这只会创建一个输出文件，尽管在本例中应该至少有8个输出文件(序列超过8000字符)。先谢谢你的回答。"),"fasta")
for i, batch in enumerate(batch_iterator(record_iter, 1000)) : #
浏览 3提问于2014-04-11得票数 1
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我在修复代码中的错误时遇到了麻烦。我试图让代码读取输入文件，只提取[]之间的内容。然而，我得到的错误是一个readline() on unopened filehandle.我不知道我在这里对while ()文件句柄做了什么错误的操作。 $file = $1;}这就是我输入文件的一个部分
浏览 1提问于2015-11-08得票数 1
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我得到帮助从一个fasta文件中减去一个随机的200序列，如下所示：使用此方法：这是：r=$(shuf -i1-"$((n-200+1))" -n1)
<
浏览 0提问于2020-12-04得票数 0
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我不得不浏览我的字典来获取我的基因的所有分类单元，每次我遇到分类单元时，我都会打开同名的.fasta文件，在这个fasta文件中，我必须查找我在分类单元研究过程中遇到的geneID。因此，当我在特定的fasta文件中遇到特定的geneID时，我必须存储特定geneID下<em
浏览 2提问于2015-06-19得票数 0
我试图用if语句从嵌套的for循环中创建一个列表理解，但我无法理解。我扫描了几个小时的互联网，但找不到解决办法。循环看起来是这样的：data_frame = p.read_excel(fasta_path_[:-2] + 'xlsx', engine='openpyxl')identical_ids = N
浏览 2提问于2020-12-23得票数 1
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