，比如这个大鼠：https://asia.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Info/Index 可以看到其基因组的fasta文件和基因注释gtf文件的不同下载地址： http...rattus_norvegicus/dna/ http://ftp.ensembl.org/pub/release-105/gtf/rattus_norvegicus/ 规律非常明显， 对猪来说也是如此，不同物种有不同的拉丁名而已...V2,V3版本的cellranger，在2020的7月我看到了其更新到了V4，也里面写了一个总结，见：cellranger更新到4啦（全新使用教程） 如果是从头开始构建index，每个物种的两个文件（基因组的...，都是去 ftp.ensembl.org 搜索各个物种对应的两个文件（基因组的fasta文件和基因注释gtf文件），下载并且解压即可。...大同小异的，所以这个数据分析流程主要是取决于物种的两个文件（基因组的fasta文件和基因注释gtf文件），如果物种都没有比较好的注释，就麻烦了。
Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human》，可以看到GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合...： 两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合 其中小鼠的样品比较多：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...，因为小鼠基因的命名规则通常包括将所有字母转换为小写，这与人类基因的命名规则不同，后者通常以大写字母开头。...其实在进行跨物种的基因研究时，研究人员需要仔细核对基因的命名和序列信息，以确保研究的准确性。可以使用如Ensembl、UniProt或NCBI Gene等数据库来获取不同物种中基因的准确信息。...： 两个物种就比较好的整合在一起 而且也是可以比较好的进行亚群的命名，跟原文一样的有两个泾渭分明的内皮细胞，然后就是t细胞和巨噬细胞代表的淋巴细胞和髓系免疫细胞啦 ，同样的文献里面的巨噬细胞和平滑肌细胞的界限也是模糊不清
今天，一位老师问我一个问题： ❝猪的基因组大小是多少？ ❞ 我知道大约是2.5Gb，但是怎么查找呢？ 这里介绍一个通用的方法，对于某个物种，如何查看它的基因组大小呢。 1....查看pig的界面 「猪的基因组大小为：2458.64Mb」 5. 试试猫的基因组大小 基因组大小：2493.14Mb 6. 试试狗的基因组 基因组大小：2344.09Mb 7....，偶蹄目哺乳动物是一个进化分支，不同于灵长类和啮齿动物。...猪存在于具有不同表型和核型的野生和驯化群体中。驯化猪的单倍体基因组估计为2800 Mb。二倍体基因组由18对常染色体和两条性染色体组成。由于其与人类的相似性，它是健康研究的重要模式生物。...猪在农业上也很重要，因为猪肉是全世界蛋白质的主要来源 ❞ 8.2 基因组大小，GC含量等 8.3 每个染色体的大小和长度 8.4 染色体图 好了，教程写完了。 现学现卖系列。
，提取12条染色体作为演示： 2，默认绘制曼哈顿图 # 默认颜色循环 CMplot(dd1[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)),file.output...= F) 可以看出，十条染色体一组颜色，然后循环。...3，设置十二个颜色用于表示十二条染色体 CMplot包中的col参数，可以定义不同的颜色。...CMplot(dd1[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)),file.output = F,col = colors) Rstudio中不同颜色...PS，如果有20条染色体，每个染色体一个颜色，如何设置： colors <- c("red", "blue", "green", "purple", "orange", "pink", "brown",
如下图1所示，正值和负值区域带有不同颜色的面积图。 ? 图1 这是如何做到的呢？ 首先，准备绘图数据，如下图2所示。 ? 图2 接着，开始绘图。 1....选择日期列和变化列，单击功能区“插入”选项卡“图表”组中的“二维面积图”，得到如下图3所示的图表。 ? 图3 2.选择图表数据系列，按Ctrl+1组合键，设置数据系列格式如下图4所示。 ?...图4 3.设置两种颜色渐变，这也是本次绘图的关键。...中间红色圈圈中有两个点，它们是重合的，一个设置为蓝色，一个设置为红色。注意，其位置位于50%。 ? 图5 4. 调整图表格式如下图6所示。 ? 图6 至此，图表制作完成。...注：本文的技巧学习整理自chandoo.org，有兴趣的朋友可以查阅原文。
图b1. 热图展示婴儿肠道1-24个月内OTU的丰度变化。 热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形，图中每一个小方格都代表一个数值，不同的数值对应着不同的颜色。...列表示按治疗后反应分组分为R分组和NR分组的患者，并将它们按照多样性进行了排序；行表示细菌OTU，根据其相对于R与NR的富集和/或消减，分为三组，然后按每组内的平均丰度进行排序。...图B通过扇形图进一步展示目水平中丰度前10的物种分布情况； 同时，扇形图上下排布位置与集合分类对应。 图C进一步结合用热图展示宏基因组数据，扩展扩增子无法区分的种水平差异。...扇形图的添加，把热图的模糊差异信息具现化，使得读者能够看到具体物种分布比例的变化情况。进一步结合宏基因组测序分析，提高分析精度，并与扩增子测序结果形成双重证据链，以提高结果可信度。 例3....详细内容参见作者的文章解读：- 《NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用》。 ? 图3. 籼粳稻根系微生物组物种和功能的差异。e/g.
在整理结果发表文章时，通常会有很多子图来显示样品不同层面的信息。...如下面Alpha多样性、Beta多样性中，每个样品组KO、OE、WT颜色一致，这样编辑、审稿人、用户读文章时不需要思考就可以很快获得信息。 如果我们的图都是用同一个工具能做出来，颜色就很好统一。...但通常都是会用到不同的工具进行出图，配色也会不同。另外不同工具制定颜色的方式不同，有的支持单词如red, green，有的支持颜色代码如RGB(20,30,40)。...但通常都支持16进制的颜色代码如#137C3A。如果我们有了一张图，想让其他图都参考这个配色，怎么获取16进制颜色代码呢？ 这里推荐一个申请：QQ截图工具，可以截图、可以取色。...然后粘贴到我们的在线绘图平台或其它工具，就可以使用这个样品配色了。 点击图片访问我们的免费在线绘图平台
因此，取样时主要涉及的是人体内的肿瘤组织，但是同时也会有小鼠细胞混合，如果拿去做单细胞转录组建库测序，得到的测序数据里面就会有两个物种。...也可以是物种+病毒 前面的PDX模型（Patient-Derived Xenograft Model）是来源于多个物种的单细胞转录组表达量矩阵的典型例子， 其实类似的案例还有很多，比如各种癌症都有对应的病毒...，如果你想探索就需要单细胞转录组定量的时候需要修改参考基因组。...然后制作两个物种的混合基因组的参考文件，来自Illumina测序的fastq文件准备好，并确保它们按照cellranger的要求进行命名。...很明显就需要切割，主要的表达量矩阵进入Seurat流程进行降维聚类分群，然后很容易做的如下所示图（不过，值得注意的 感染与否的两个分组居然可以相差如此之大，可能是需要仔细看文章的methods描述） ：
到目前为止，单细胞转录组费用仍然是居高不下，所以绝大部分情况下大家做两个分组，每个组内也就是三五个样品而已。...这样的话两个分组之间的不同单细胞亚群的比例差异其实往往是需要最后使用流式细胞等价格相对低廉的实验技术去扩大样品队列去验证一下。...而不同单细胞样品的不同亚群比例差异，前面我们介绍过：展示细胞比例变化之balloonplot和马赛克图，以及 展示细胞比例变化之桑基图，但它们通常并没有分组比较。...但是肉眼看不清楚其它并不很明显的细胞亚群，所以有了右边的火山图展现两个分组的单细胞亚群比例变化。 下面我们来演示一下这样的火山图如何绘制，其实最重要的反而是数据如何获得！...geom_vline(xintercept=c(0),lty=3,col="black",lwd=0.5) ggsave("p1.pdf",width = 5,height = 4) 效果如下所示： 不同亚群比例差异的火山图展现
准备工作 1、github账号 2、需要制作图床的图片 2.创建github项目 3.上传图片到项目 4.转换图片地址 转换地址 1.获取到在github项目中的图片地址(如：https://github.com
我是坚果，如果你迷惘，不妨看看码农的轨迹 Flutter 可用于创建漂亮的 UI。因此，在今天的文章中，我们将看到如何在应用程序中创建不同的渐变 。...开始吧 第 1 步： 创建一个新的 Flutter 应用程序。...第 2 步： 对于渐变，我们必须使用Container小部件，其中我们将拥有 BoxDecoration 属性，这将允许我们为我们的应用程序创建渐变。...decoration: BoxDecoration( gradient: ), ), 现在我们在 Flutter 中有不同类型的渐变...Flutter 中获得不同类型的渐变。
前些天有小伙伴在公众号里回复问如何绘制出五颜六色的柱状图，今天小编就来与大家说道说道。 柱状图绘制本身并不复杂，一个bar函数就可以轻松搞定，相信不少小伙伴都用过它。上一道开胃菜让大家尝尝先。...纯色条形图 % 生成绘图所需要的数据 N=25 x = linspace(0,10,N)'; y = gaussmf(x,[1.8,5]); % 生成不同的颜色 needcolor=rand(N,3);...'b' Blue 'r' Red 'g' Green 'c' Cyan 'm' Magenta 'y' Yellow 'k' Black 'w' White 如果想要画出五彩缤纷的柱状图，应该怎么做呢...随机颜色的柱状图 方法1:利用facecolor属性和for循环 figure(2) for i=1:N bar(x(i),y(i),8/N,'facecolor',needcolor(i,:)...bar图的Cdata属性，可能会有低版本的MATLAB中的bar函数没有这个属性。
在 SQL 中，可以使用 ORDER BY 子句来实现排序。可以按照单列或多列的不同顺序进行排序。...例如，有一个名为 customers 的表，其中包含以下列：customer_id、first_name、last_name、city、state。我们可以按照多列的不同顺序来对表中的数据进行排序。...假设我们要先按照 state 列的升序排列，然后按照 city 列的降序排列，可以使用以下 SQL 查询语句： SELECT * FROM customers ORDER BY state ASC,...city DESC; 在上面的示例中，state 列将首先按升序进行排序，然后 city 列将按降序进行排序。...注意，ORDER BY 子句中的列名必须与 SELECT 子句中的列名相匹配，以便正确排序。
1、点击[XMind ZEN] 2、点击[经典] 3、点击[文本] 4、按<Tab>键 5、点击[中心主题] 6、点击[分支主题1]
图4 在“更改图表类型”对话框中，将“成本”和“利润”系列的图表类型更改为“堆积柱形图”并选取后面“次坐标轴”的复选框，如下图5所示。 ? 图5 得到的图表如下图6所示。 ?...打开“更改图表类型”对话框，将刚添加的系列修改为“簇状柱形图”并取消其右侧的“次坐标轴”复选框，如下图9所示。 ? 图9 同样的操作，再添加3个相同的系列。此时的图表如下图10所示。 ?...图10 步骤4：分别选取刚添加的四个系列，在“设置数据系列格式”中，调整分类间距，如下图11所示，调整图表柱形的排列至合适为止。 ? 图11 下面是另一种绘图方法。...图13 现在得到的图表如下图14所示。 ? 图14 步骤3：依次选择图表中的数据系列，在“设置数据系列格式”中调整系列重叠和分类间距值，如下图15所示。 ?...图15 经过合理调整和格式设置后的图表如下图16所示。 ? 图16
实现图的深度优先搜索（Depth-First Search, DFS）和拓扑排序是图论中重要的算法。在Java中，我们可以使用邻接表或邻接矩阵表示图，并利用递归或栈来实现深度优先搜索算法。...下面将详细介绍如何使用Java实现图的深度优先搜索和拓扑排序算法。 一、图的表示方法 在Java中，我们可以使用邻接表或邻接矩阵来表示图。...其中，startVertex表示起始顶点的索引。 三、图的拓扑排序 拓扑排序是对有向无环图（DAG）中所有顶点进行线性排序的过程。...四、完整示例 下面是一个完整的示例，演示了如何使用Java实现图的深度优先搜索和拓扑排序： import java.util.LinkedList; import java.util.Stack; class...你可以根据需要修改图的结构和调用方法来测试不同的图。
本文告诉大家，如果自己有做一些好用的库，如何使用 Nuget 打包之后上传，分享给大家。...首先需要知道一些 Nuget 打包需要知道的，请看 win10 uwp 上传Nuget 让别人用我们的库 但是 UWP 的包和上面说的有一些不同，需要对打包做一些修改。...创建简单的库 上面写的叫 metadata ，写完之后可以创建一个新的 UWP 库，我在这创建一个叫 NrzlmhRzvy 的库 在里面创建一个类 ?...批量创建不同平台 dll 可以给不同的需要 右击解决方法批处理 ? 可以看到有很多的方法，点全选 ? 点击重新生成 可以看到生成了很多文件 ?...，在使用nuget会按照放在的位置，在不同的平台使用库，如果写错了，使用这个库的程序就无法使用，这里需要添加的文件有不同平台的，请看下面的代码 <file src=".
我们还需要对样本之间或分组之间的OTU进行比较获得韦恩图： 样品构成丰度 稀释曲线 微生物多样性分析中如何验证测序数据量是否足以反映样品中的物种多样性？ 稀释曲线（丰富度曲线）可以派上用场。...组间菌群比较选取物种标志物 （属水平）样本-物种丰度关联circos弦装图 样本与物种的共线性关系circus 图是一种描述样本与物种之间对应关系的可视化圈图，该图不仅反映了每个样本的优势物种组成比例，...这里表示三组样本之间优势物种的差异，通过三元图可以展示出不同物种在分组中的比重关系。...组间物种差异性箱形图 组间物种差异性盒形图描述在不同分组之间具有差异显著的某一物种做盒形图，图中以属水平为例做物种差异性盒形图，展示如下： ○ 图中不同颜色代表不同的分组，更直观显示组间物种差异...贡献图可以显示任意指定级别的细菌分类。 图解读：加载在comp1组件和comp2组件上贡献最大的OTU图。颜色代表不同分组。条形图越长说明对应OTU在此分组中贡献最大。
背景 HUMAnN，The HMP Unified Metabolic Analysis Network，是一款快速获得宏基因组、宏转录组物种和功能组成的软件。...如果输入文件是基因表，不会创建基因家族文件 UNMAPPED 是两步核酸和蛋白搜索后，仍无法比对的 reads 数量。...通路按丰度大小排序，物种组分也按丰度大小排序，全为 0 的通路不输出，通路的比例是是完整拷贝的丰度，如线性通路Gene1-4，分别为 10，5，5，5。则按 5 计算。...与基因不同，通路的丰度并一定是群体组分的总合。...绘制热图，以及 lefse 分析等。
我们在0.4到2.0的温度范围内生成了一组全长序列，为模型提供了人类重链和轻链的条件标签。由于IgLM是针对序列填充训练的，生成的序列包含不连续的序列段，作者简单地重新排序以产生全长抗体。...生成抗体的多样化 图 3 为了评估IgLM用于多样化抗体序列的填充方法的实用性，作者为来自Thera-SAbDab数据集的49种治疗性抗体创建了填充式库。...在图3D中，作者展示了一部分来自trastuzumab抗体的十个填充环的预测结构（使用IgFold）。填充环在长度上变化并采取不同的结构构型。...在填充库中，作者发现了不同亲本抗体的多种CDR H3环长度（图3B）。跨越抗体的填充环的中位长度从11到16个残基不等。作者观察到在变化采样温度和核概率时，填充环长度上的影响很小（图3C）。...为了测试这一点，作者使用ANARCI为每种抗体确定了最接近的始祖基因。然后根据共有的V-和J-基因组将亲本抗体分组，并比较了每组填充环长度的分布（图3E）。
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