随着时间的推移,我有成百上千的种群相关性(不同的物种,地点等)。我如何统计分析所有这些相关性(针对它们各自的组)?
我有每个600+相关性的p值,顺,相关系数,但我如何在组内比较这些(物种,位置等)。
我试图对与种群数量(百分比)和年份相关的数据执行大的部分相关,当在家庭内关联时,将物种和位置(变成虚拟变量)作为控制因素,当在物种内关联时,将位置(作为虚拟变量)作为控制变量,但不确定这是否正确。
以下是一些示例数据,但这是一个与实际数据问题相反的更符合逻辑的问题:
Location Species Year Section Total Perce
我有来自同一湖心的2个代理(特别是植物大型化石和遗体变形虫)的古数据。我已经对两个代理的转换数据运行了PCA。我希望在同一双图上被动地将一个代理绘制在另一个代理之上,以便调查其中一个代理可能如何影响另一个代理。
我很熟悉如何使用素食和绘图、点、箭头和文本命令等在R中构建一个双向图。我的问题是,如果我将一个代理绘制在另一个代理上,除了确保代理的缩放比例相同之外,是否还有其他方法来确保最终绘图的准确性?是否可以创建一个代理的双线图,并简单地覆盖第二组物种数据,如下所示?这就是所谓的“被动”覆盖吗?
# construct biplot for proxy1
plot(proxy1_pca, typ
我是R的新手,我只是想让自己在将来熟悉这门语言,并在处理和绘制数据方面寻求一些帮助。因此,我从excel中导入了具有设定列数的数据,并希望绘制鸟类物种丰富度与海拔高度的关系图。两列中的数据如下所示:
Species Altitude (m)
Species A 100
Species B 100
Species C 100
Species D 100
Species E 100
Species C 200
Species D 200
Species E 200
Species A 300
Species C 300
Species D 300
Species E 300
使用这个示例数据来理解我的意思。
tag <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
species <- c("A","A","A","A","B","B","B","C","C","D")
size <- c(0.10,0.20,0.25,0.30,0.30,0.15,0.15,0.20,0.15,0.15)
radius <- (size*40)
x <-
我想用R做一个图表,这是我在excel中做的。它是一个条形图,在x轴上有物种,在y轴上有观察的对数。我目前在R中的数据结构不适合(我认为)制作这个图,但我不知道如何(以一种聪明的方式)改变这一点。 我有一个专栏“camera_site”(站点1,site2..),“物种”(刺鼠,paca..),“count”(1,2..),大约有50.000个观察值。 我尝试制作了一个数据帧,其中有一列“物种”(有18个物种)和一个列有“log(总观察值)”的每个物种(see dataframe),但是我只能制作一个点图。 这就是我想要的图形的样子:desired graph made in excel
我正在尝试创建一个盒图,但每个因素只有两个值,我想要将其用作盒图栏的起点和结束点。
我有一个数据框架(df),如下所示:
ID **spp** **lrr** Est SE
1 25 species 1 -1.029 -0.423814246776361 0.309105763160605
2 25 species 1 0.1820 -0.423814246776361 0.309105763160605
5 24
我需要绘制一个排序图,只显示20个最丰富的物种。
我尝试对物种列进行求和,然后只选择一个特定的求和值:
abu <- colSums(dune)
abu
sol <- metaMDS(dune)
sol
plot(sol, type="text", display="species", select = abu > 40)
我得到这个错误: select不是一个图形参数
我预计只会看到少量的物种,但这并没有发生,您如何在NMDS图中仅显示少量的物种?
我有一个基本的问题,在R中制作一个盒子图,我有一个因子表,上面有4个不同的图的物种丰富度和物种丰度数,如下所示:
plot sr abun
A 1 4
A 2 10
B 3 3
B 4 6
C 4 4
C 1 2
D 3 4
D 2 5
因此,我制作了一个关于物种丰富度和丰富度的示意图(耶)
boxplot(sr~Plot,data=factors)
boxplot(abun~Plot,data=factors)
但这是两个不同的地块,底部是地块(A,B,C,D),盒子代表