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再谈T细胞:起源、分化和分群

转座子基因侵入一段DNA,假定是一个与免疫球蛋白基因或T细胞受体基因类似的基因中,通过自身编码的转座酶使转座子移动并整合转座酶识别的序列;转座酶切断宿主DNA并插入游离基因,从而使转座子通过其识别的序列而将转座子...在此处,B细胞与活化的树突状细胞,使B细胞进一步分化为浆细胞,产生低亲和力的抗体(IgM)。...在接受有序、规范的“培训”之后,成熟T细胞进入血液,转移至外周淋巴组织(脾脏、淋巴结等),在接受刺激后,再分化为效应性或记忆性T细胞,参与适应性免疫。 ? T细胞为什么从骨髓迁移至胸腺发育、成熟?...在T细胞发育早期,敲除 Notch1基因后, 胸腺细胞呈现出B细胞谱系的表型,而Notch1基因存在胸腺细胞呈现为T细胞谱系的表型。上述研究说明,Notch信号通路是T细胞活下来的必要条件。...那么,如何在体内和体外检测CTL的功能呢?体内检测CTL功能的方法: 1)体内细胞毒性杀伤实验; 2)抗原肽-MHC分子四聚体技术; 3)ELISPOT; 4)LDH释放法。 ?

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综述:变温动物的适应性免疫

此外,从附近的免疫球蛋白簇中发现鲨鱼IgM和IgW V片段与TCRδ多样性(D)和J片段的转换是高水平的。...Fig 4 14 The thymus 胸腺存在于所有的有颚类,通常有典型的皮质和髓质组织。它可以从一个小叶到一个多甚至不连续的结构,取决于所观察的物种或发育阶段。...相反,很明显,鱼类和两栖动物体内有淋巴细胞,切除胸腺的动物和没有携带任何类型的TCRs的动物,这些细胞仍然能够诱导细胞溶解。未来的挑战将是将这些受体与特定的细胞功能连接起来。...为什么胸腺会进化?如果无颚类胸腺样体是一种模型,也许有颚类胸腺的出现不是为了胸腺的正向或负向选择,而是为了使发育中的T细胞远离B细胞发育的微环境(就像骨髓)。...也就是说,变温脊椎动物(和鸟类)是否只有胸腺来源的Treg细胞? 13. 动物的生活方式在检查适应性免疫显然很重要。

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课前准备---单细胞VDJ分析导论

当B细胞分化为浆细胞或浆母细胞,后者也可作为可溶性抗体分泌。这些受体广泛的抗原特异性也使T细胞和B细胞能够区分自身抗原和非自身抗原,从而使免疫系统在不伤害宿主的情况下对威胁作出适当的反应。...这些链是一个复杂过程的产物,涉及由RAG1和RAG2蛋白1介导的可变(V)、多样性(D)和连接(J)基因片段的基因重组,分别发生在胸腺和骨髓中发育中的T细胞和B细胞中。...随机的非模板(N)和/或回文(P)核苷酸插入也可以在这些片段的连接处引入,进一步增加了复杂性。这些重组事件发生在称为互补决定区(CDR) 3的连接处,而CDR1和CDR2完全在V基因区域内发现。...这可以作为跟踪抗原特异性反应的有用label,并与细胞表型和临床结果相关联,处理scTCR/BCR-seq数据的典型工作流程如下1、对单个细胞测序后,将reads对齐并重构为每个细胞的TCR/BCR链。...2、使用参考数据库,例如国际免疫遗传学信息系统(IMGT),对重建的contigs进行相应的V、D、J和恒定基因注释。

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让DNA说Hello!微软成功研制用DNA存储读取数据的全自动系统

DNA是由四个碱基:腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)构建而成的。...将1和0 转换成DNA的A、T、C、G 当系统需要检索信息,它会添加其它化学物质来提取所需的DNA,并使用微流体泵将液体推入系统的其它部分。接着“读取”DNA序列并将其转换回计算机可以理解的信息。...微软研究员Bichlien Nguyen说:“自动化系统能进行重复性的工作,这使得人们能够从更宏观的角度制定新策略,从根本上进行更快的创新。”...当排列成一个5*7的矩阵,1对应到暗像素,0对应到亮像素,它们组成了一幅古代日耳曼尼字母图画,代表生命和女性的地球。 现在戴维斯已经加入了丘奇的实验室,该实验室2011年起开始探索DNA数据存储。...他们的团队使用了很多短DNA片段编码了一本丘奇与他人合写的659KB数据的书。每个片段的一部分用来进行排序后片段组装顺序,剩余部分用于编码数据。

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NATURE|人类突变特征

突变特征的分析主要使用癌症外显子组序列数据。然而,全基因组中多褶多数量的体细胞突变为特征分解提供了充分的增强的能力,使部分相关的特征能够更好地分离,并提取出造成相对较小数量突变的特征。...SignatureAnalyzer分析突变特征 SignatureAnalyzer使用一种NMF的贝斯转换,通过自动相关性确定技术来推断特征的数量,并为特征配置文件和属性提供高度可解释性和稀疏表示,在数据拟合和模型复杂性之间取得平衡...本工作使用了两种基于非负矩阵分解的方法(NMF): SigProfiler,是以前的COSMIC突变特征纲要框架的精进版本,以及SignatureAnalyzer,是基于NMF的贝斯转换。...本工作提取了17个indel突变特征(图2)。 Indels特征1 (ID1)主要由胸腺嘧啶的插入和删除组成,ID2主要由胸腺嘧啶缺失组成,均在长(≥5)胸腺嘧啶单核核苷酸重复序列(图2)。...ID13的主要特征是胸腺嘧啶-胸腺嘧啶二核苷酸的胸腺嘧啶缺失,并在皮肤的恶性黑色素瘤中表现出大量突变(图2,3)。

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生物学的机器学习:使用K-Means和PCA进行基因组序列分析 COVID-19接下来如何突变?

只要看一看人类病毒来源的蝙蝠携带的病毒RNA序列片段即可。...DNA中只有四种:腺嘌呤,胸腺嘧啶,鸟嘌呤和胞嘧啶。腺嘌呤仅与胸腺嘧啶结合,而鸟嘌呤仅与胞嘧啶结合。这些碱基分别用A,T,G和C表示。...DNA转换为RNA再转换为蛋白质的过程 使用包括测序仪器和专用标签等专用设备,可以揭示特定片段的DNA序列。...Python中的sklearn库使实现K-Means和轮廓法变得非常简单。 ? ? 似乎5个聚类中心是最合适的。现在,我们可以确定聚类中心。...因此,成分一的值较低在遗传上距离原始病毒较远。因此大多数病毒突变与原始病毒差异很大。因此,试图制造疫苗的科学家应该意识到该病毒会产生大量与原始病毒差异很大的突变。

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X侦探所事件簿系列二 | 关于字符集的秘密

我们知道这个世界上有各种各样的文字,这些文字是能够通过书写进行记录的,比如古印度的贝,欧洲的羊皮卷,中国四大发明之一的纸都是文字记录的载体。...下图列出部分locale输出的内容,utf8编码中国香港字符集: ? ISO-8859-1编码的比利字符集: ? 有兴趣的同学可以深入的研究字符集。...character_set_connection 这个变量是用于MySQL在传输过程中所使用字符集,当服务器和客户端进行通讯,接受到客户端的请求后,需要将客户端的字符集转换为服务器所使用字符集,...character_set_results 这个变量是生成结果集,结果集所使用字符集。...character_sets_dir MySQL的字符集是通过一系列XML定义的。这个变量就是指定MySQL所使字符集定义的XML文件,这部分深入下去的话涉及到字符集的具体实现细节。

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AI介绍依赖注入在Blazor项目中使用的方法。

写一篇介绍依赖注入在Blazor项目中使用的方法。 当我们在Blazor项目中使用依赖注入(DI),我们可以使用.NET Core自带的DI容器或第三方DI容器,Autofac和Ninject。...例如,以下代码片段将注册一个名为MyService的服务,并将其生命周期设置为每个请求: services.AddScoped(); 接下来,在需要使用服务的组件中...例如,以下代码片段演示了如何在组件中注入MyService: csharp复制 public class MyComponent : ComponentBase { private readonly...例如,以下代码片段演示了如何在组件中使用MyService: protected override void OnInitialized() { var result = _myService.DoSomething...(); // ... } 总之,使用依赖注入可以使我们更轻松地管理和注入应用程序中的依赖项,并使代码更加可维护和可测试。

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DeepMind 推出贝斯 RNN,语言建模和图说生成超越传统 RNN

我们还经验性地演示了贝斯 RNN 在语言建模基准和生成图说任务上优于传统 RNN,以及通过使用不同的训练方案,这些方法如何改进我们的模型。...在这项工作中,我们将通过将贝斯方法用于训练,考察如何在 RNN 中增加不确定性和正则化。 ? 贝斯方法为 RNN 提供了另一种表达不确定性的方法(通过参数)。...同时,使用一个先验(prior)将各种参数整合,使许多模型在训练期间平均化,使网络实现正则化的效果。...我们将展示如何在批次的局部调整(“锐化”)后验,提高 RNN 的性能。这种锐化使用基于批次的梯度来调整一个批次数据的变分后验。...将变分推理应用于神经网络,这为高斯后验(Gaussian posterior)的典型假设提供了更灵活的形式,减小了方差(variance)。这种技术可以在其他变分贝斯模型中更广泛地应用。

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3D点云中高效的多分辨率平面分割方法

八叉树由分支节点和节点组成,每个分支节点和节点都覆盖一个 3D 体积。树的根跨越感兴趣的完整 3D 体积。每个分支节点在其中心位置将其体积分成八个大小相等的立方体(称为八分圆)。...当平面拟合被接受,我们重新确定线段的连通分量。 5、由粗到细的分割 在前面的部分中,我们详细介绍了如何在单一分辨率上分割平面。然而,我们建议使用由粗到细的策略来分割场景。...它使用尽可能多的上下文来决定共面性。 我们从粗分辨率到精细分辨率处理场景。当在分辨率上找不到更多的平面段,我们过渡到下一个更精细的分辨率。...通过使用由粗到精的策略,我们可以有效地利用可用数据。它允许考虑最大可能的上下文来做出共面性的决定。这也使我们的方法数据高效。 在实验中,将改方法与使用 SegComp 数据库的最先进方法进行了比较。...在未来的工作中,我们将提取更多类型的几何形状图元,例如圆柱体和球体。我们还计划调整我们的方法来顺序处理来自 Kinect 等高帧率传感器的深度图像。 本文仅做学术分享,如有侵权,请联系删文。

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JDK 18 Java 18 正式发布:九项 JDK 增强

在性能、稳定性和安全性上面,Java 18 得到了全面的改进提升,其中包括对平台的九项 JDK 增强(JEP),大大提升了开发人员的工作效率。...1 JDK 改进 默认编码为 UTF-8 将 UTF-8 设置为标准 Java API 的默认字符集。通过此更改,依赖于默认字符集的 API 将在所有实现、操作系统、语言环境和配置中保持一致。...互联网地址解析 SPI 为主机名和地址解析定义服务提供者接口 (SPI),以便 java.net.InetAddress 可以使用第三方解析器。...Java API 文档中的 JEP 代码片段 为 JavaDoc 的标准 Doclet 引入了 @snippet 标签,以简化在 API 文档中的示例源代码。...依赖于 Finalization 的库和应用程序的维护者应该考虑迁移到其他资源管理技术, try-with-resources 语句。

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BP综述:任务态fMRI如何阐明精神疾病风险的早期出现?

首先,我们回顾了从出生到生命最初几年使用任务功能磁共振成像的现有研究,并综合了关于何时、何地以及如何在婴儿大脑中执行不同的神经计算的现有证据。...当一个醒着的5个月大的婴儿观看带有复杂视觉信息的电影片段,初级视觉皮层的区域在描绘人脸、物体、身体或场景做出独特的反应,这表明婴儿对这些不同抽象类别的神经表征是不重叠的,婴儿的大脑有能力根据抽象信息对视觉刺激进行分类...当2岁的儿童被出示前一天学过的歌曲,海马的活动比出示新歌更大。总之,这些工作揭示了婴儿的大脑具有检测感官输入的一致性、变化、关联和模式所必需的神经机制。...后来被诊断为ASD的幼儿(12至24个月)被发现异常地使用右外侧颞皮层来进行语言处理。非典型的语言右偏化随着年龄的增长而变得更加突出,而非典型的语言左偏化发展趋势。...然而,这些研究的范围主要局限于感觉和知觉领域,未来的工作可以探索精神病学的其他相关领域,奖励、社会线索或威胁的处理。

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想不到!居然利用DNA存储数据

胸腺嘧啶和鸟嘌呤=1,腺嘌呤和胞嘧啶=0),随后通过微流体芯片对基因序列进行合成,从而使该序列的位置与相关数据集相匹配。...当需要对数据进行读取,只需再将基因序列还原为二进制即可。为了方便读取数据,研究人员还在每一个DNA片断的头部加入了19比特的地址块(address block),用此记录其在原始文件中的位置。 ?...一个DNA片段就含有无数个碱基。 稳定性强。相比于其他需要低温、真空保存的存储介质,DNA可以在不苛刻的条件下保存上百年。 得益于微流体技术的发展,合成、排列DNA成为了一项较为简单方便的工作。...现在,在微流体芯片的帮助下,这项工作只要几个小时就能完成。...此番切齐和库苏里根本没有使用细胞,他们使用了人造合成的DNA,绕开了之前的问题。

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Meta标签详解

Meta标签详解,在网上转的,希望对大家有用   引言   您的个人网站即使做得再精彩,在“浩瀚海”的网络空间中,也如一扁舟不易为人发现,如何推广 个人网站,人们首先想到的方法无外乎以下几种...常用的HTTP-EQUIV类型有:   1、Content-Type和Content-Language (显示字符集的设定)   说明:设定页面使用字符集,用以说明主页制作所使用的文字已经语言...这个功能就是通过读取HTML页面META标签的Content-Type属性而得知需要使用哪种字符集显示该页面的。如果系统里没有装相应的字符集,则IE就提示下载。...当数个META元素提供文档语言从属信息,搜索引擎会使用lang特性来过滤并通过用户的语言优先参照来显示搜索结果。...根据现在流行搜索引擎(Google,Lycos,AltaVista等)的工作原理,搜索引擎先派机器人自动在WWW上搜索,当发现新的网站,便于检索页面中的Keywords和Description,并将其加入到自己的数据库

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Day7-学习笔记(2023年2月4日)测序

在测序时,flowcell oligo 会与 DNA 片段上的 P5 和 P7 适配器序列结合,使 DNA 片段固定在 flowcell上,从而允许进行测序反应。...PCR 引物是在扩增步骤中使用的特定 DNA 序列,有助于将 DNA 片段进行增加复制,使其在测序过程中变得更加丰富。二、簇生成簇生成就是每个DNA片段被扩增的过程。为什么要扩增?...基因表达分析)(1)mRNA-Seq(2)IncRNA-Seq(长链非编码RNA)(3)sRNA-Seq(主要是miRNA-Seq)作用:(1)获得物种或者组织的转录本信息(2)得到转录本上基因的相关信息,基因结构功能等...构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用(3)蛋白质结构功能预测(4)蛋白质连锁图4.代谢组学(1)代谢物指纹分析(2)代谢轮廓分析测序技术DNA序列表征:A =腺嘌呤,C =胞嘧啶 ,G =鸟嘌呤 ,T =胸腺嘧啶...number1101:流通池道内的tile号码4712:瓦片中的集群的‘x'坐标2186:瓦片中的集群的’y'坐标1:成对的成员,1或2(配对结束或配对读取)N:如果读取过滤,则为Y;否则为N0:当没有控制位开启

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劲爆!Java 18 正式发布,默认 UTF-8,finalize 被弃用。。别再乱用了!

可以使用以下命令查看当前 JDK 的默认字符集: java -XshowSettings:properties -version 2>&1 | grep file.encoding     file.encoding... }  * }  */ 4、416:Reimplement Core Reflection with Method Handles 重新实现反射核心机制(Method Handles) JDK 18 使...,大大简化了语法量,这个功能还是挺实用的,期待转正,栈长会再详细写一篇,关注公众号:Java技术栈,公众号第一间推送哦。...https://www.javastack.cn/categories/Java/ 9、JEP 421: Deprecate Finalization for Removal 弃用 Finalization 现在使用...可以考虑使用其他的资源管理技术,:try-with-resources(JDK 7+) 和 cleaners(JDK 9+),关于这块栈长会再详细写一篇 总结 本文主要介绍了 JDK/Java 18

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为什么贝斯统计如此重要?

为什么贝斯统计如此重要 贝斯统计为你提供了在新数据的证据中更新你的评估工具,这是一个在许多现实世界场景中常见的概念,跟踪大流行病,预测经济趋势,或预测气候变化。...贝斯统计是许多较著名的统计模型的支柱,高斯过程。 重要的是,学习贝斯统计原理可以成为你作为一个数据科学家的宝贵财富,因为它给你一个全新的视角来解决具有真实世界动态数据来源的新问题。...这篇文章将介绍贝斯统计的基本理论,以及如何在Python中实现一个简单的贝斯模型。 目录表: 01 什么是贝斯统计?...02 贝斯编程简介 03 贝斯的工作流程 04 建立一个简单的贝斯模型 闲话少说,进入主题!让我们开始介绍贝斯统计编程。 01 什么是贝斯统计?...归一化常数只是一个系数常数,使整个方程积分为1(因为概率不能低于0和高于1)。 现在我们已经涵盖了贝斯统计的基本理论,让我们开始为即将到来的贝斯编程教程进行设置。

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Drug Discov Today综述|分子从头设计和生成模型

用于从头设计的元启发式("无梯度")方法使用基于群体的随机优化程序来导航化学空间,进化算法或蜂群智能。简而言之,我们突出了最近文献中关于其选择的分子表示粒度的示范性工作。(见表1)。 ?...其包括已知的相关子结构,药物化学文献中的子结构。片段化方案使用简单的规则(所有的无环单键)或受追溯合成学启发的断裂来解构分子,然后可以使用每个包含一个或多个原子的片段库来构建新分子。...一旦经过训练,生成模型允许用户从所学的化学空间中抽取分子,当与优化过程(斯优化(BO)或强化学习(RL))相结合时,可以有效地识别理想的分子轮廓。...事实上,早期的从头设计构建三维分子的例子(SPROUT)使用分子片段的迭代树状搜索来构建蛋白质结合部位内的分子。...这些研究使作者能够就如何在线索生成和线索优化两方面实际支持方案提出建议。 结束语 ML和AI在药物发现中的作用越来越大。

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为什么贝斯统计如此重要?

为什么贝斯统计如此重要 贝斯统计为你提供了在新数据的证据中更新你的评估工具,这是一个在许多现实世界场景中常见的概念,跟踪大流行病,预测经济趋势,或预测气候变化。...贝斯统计是许多较著名的统计模型的支柱,高斯过程。 重要的是,学习贝斯统计原理可以成为你作为一个数据科学家的宝贵财富,因为它给你一个全新的视角来解决具有真实世界动态数据来源的新问题。...这篇文章将介绍贝斯统计的基本理论,以及如何在Python中实现一个简单的贝斯模型。 目录表: 01 什么是贝斯统计?...02 贝斯编程简介 03 贝斯的工作流程 04 建立一个简单的贝斯模型 闲话少说,进入主题!让我们开始介绍贝斯统计编程。 01 什么是贝斯统计?...归一化常数只是一个系数常数,使整个方程积分为1(因为概率不能低于0和高于1)。 现在我们已经涵盖了贝斯统计的基本理论,让我们开始为即将到来的贝斯编程教程进行设置。

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