函数用于对数据框按照指定变量进行排序，可以根据一个或多个变量对数据进行升序或降序排列，帮助用户重新整理数据框中的观测顺序。...Dplyr Distinct keep unique rows distinct 函数用于去除数据框中的重复观测，仅保留唯一的观测。它可以基于指定的列对数据框进行去重操作，确保每个观测都是唯一的。...Dplyr Join two tables join 函数用于根据指定的键将两个数据框连接起来，可以根据共同的变量将数据框进行合并，支持多种连接操作，如内连接、左连接、右连接和外连接等。...Dplyr Slice select rows by position slice 函数用于按行数进行切片，能够从数据框中提取特定的行，支持根据行数或行号选择需要的行，也支持使用负数表示从末尾开始计算的行数...Dplyr Filter keep rows that match a condition filter 函数用于根据条件筛选数据行，能够仅保留满足条件的观测，支持根据指定的条件表达式对数据框进行灵活的行筛选操作
R语言第二章数据处理③删除重复数据 ================================================ 这篇主要介绍如何在R中识别和删除重复数据。...主要用的到R base和dplyr函数： duplicated（）：用于识别重复的元素和 unique（）：用于提取唯一元素， distinct（）[dplyr package]删除数据框中的重复行...dplyr包删除数据框中的重复行 函数distinct（）[dplyr package]可用于仅保留数据帧中的唯一行。...= TRUE) 根据多列删除重复值 my_data %>% distinct(Sepal.Length, Petal.Width, .keep_all = TRUE) 选项.kep_all用于保留数据中的所有变量...总结 根据一个或多个列值删除重复行：my_data％>％dplyr :: distinct（Sepal.Length） R base函数从向量和数据帧中提取唯一元素：unique(my_data) R基函数确定重复元素
，后续的参数是条件，这些条件是需要同时满足的，另外，条件中取 缺失值的观测自动放弃，这一点与直接在数据框的行下标中用逻辑下标有所不同，逻辑下标中有缺失值会在结果中 产生缺失值。...dplyr 包的 distinct() 函数可以对数据框指定若干变 量，然后筛选出所有不同值，每组不同值仅保留一行。...指定变量名时不是写成字符串形式而是直接写变量名： d.class %>% distinct(sex, age) %>% knitr::kable() 如果希望保留数据框中其它列，可以加选项 keep_all...R 数据整理（六：根据分类新增列的种种方法 1.0） 其他函数 slice dplyr 包的函数 slice(.data, ...) 可以用来选择指定序号的行子集，正的序号表示保留，负的序号表示排除。...，非常适合联合summarize 使用，获取指定组别不同类型内容的统计数值。
（例如向量c(1,2,3)）,times为对象中每个元素重复的次数（如times=c(9,7,3)就是将x向量的1重复9次，2重复7次，3重复3次） #rep(x,times)重复x，times次；使用...str(a1) #以简洁的方式显示对象的数据结构及内容 summary(a1) #可以提供最小值、最大值、四分位数和数值型变量的均值，以及因子向量和逻辑型向量的频数统计 ?...f = as.data.frame(a1) #对象类型转变为数据框 mode(f) #查看对象x的模式：空（NULL），数值（numeric），字符（character），逻辑（logical）...（依旧在列上，位置保持不变的变量）；variable.name：为新列变量取名； value.name：对应值所在的变量名 ?..." = "Journal")) #merge 函数类似于 Excel 中的 Vlookup，可以实现对两个数据表进行匹配和拼接的功能；by.x，by.y：指定依据哪些行合并数据框，默认值为相同列名的列
使用tidyverse进行简单的数据处理： 盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select，玩转列操作 盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行 Tidyverse|数据列的分分合合...，一分多，多合一 Tidyverse| XX_join ：多个数据表（文件）之间的各种连接 本次介绍变量汇总以及分组汇总。...一 summarize汇总 汇总函数 summarise()，可以将数据框折叠成一行 ,多与group_by()结合使用 1.1 summarise完成指定变量的汇总 统计均值，标准差，最小值，个数和逻辑值...is.na(x)) ：返回非缺失值的梳理； n_distinct(x)：返回 唯一值的数量。...#1 setosa 50 #2 versicolor 50 #3 virginica 50 2.3 逻辑值的计数和比例 当与数值型函数一同使用时， TRUE 会转换为 1，
在R语言中，涉及到数据去重与缺失值处理的函数一共有下面这么几个： unique distinct intersect union duplicated #布尔判断 is.na()/!...对含有重复值字段的数据框去重 ?...duplicated(mydata$B),] #剔除重复值，仅保留唯一值 ?...pandas中的序列和数据框都有固定的缺失值检测、描述、差值方法： myserie=pd.Series(["A","B",np.nan,"C"]) mydata=pd.DataFrame({ "A":[...#针对数据框而言，默认情况下，dropna丢弃含有缺失值的行。
❝在近期使用 「dplyr」 进行多列选择性操作，如 mutate_at() 时，发现文档提示一系列的 「dplyr」 函数变体已经过期，看来后续要退休了，使用 across() 是它们的统一替代品，所以最近抽时间针对性的学习和翻译下...原文来自 [dplyr 文档](Column-wise operations • dplyr (tidyverse.org "dplyr 文档")) - 2021-01❞ 同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用..._at() 函数是 「dplyr」 中唯一你需要手动引用变量名的地方，这让它们比较奇怪且难以记忆。 为什么过了这么久才发现 across()？...但是 across() 的开发工作离不开以下三个最新发现： 你可以有一个数据框的列，它本身就是一个数据框。...我们可以使用没有外部名称作为将数据框列解包为单独列的约定。 你如何转移已经存在的代码？
行 raw 列 column，简化为col 5.有一个问题，你需要先学会新建数据框，才能复制我的示例数据哈哈。...新建一个数据框并赋值给bioplanet这个变量（赋值符号<-还记得嘛）括号里是“列名”=列值，这里列名要加双引号。这里涉及的几个给列填充数值的函数有 rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。...这是一种组织表格数据的方式，提供了一种能够跨包使用的统一的数据格式。 有多统一？ 每个变量（variable）占一列，每个情况（case，姑且这么翻译）和观测值（observation）占一行。...准备工作： 准备好Rstudio 安装tydir：install.packages("dplyr") 加载tydir：library（dplyr） 一、测试数据 1.新建数据框 frame1<-data.frame...•semi_join只保留第二个表格中包含的id ? 只是把表1中的gene4去掉了，但并没有加上表2的annotion列。 •anti-join只保留第二个表格中不包含的id ?
data(iris) #本文使用iris示例数据集。 2）数据记录筛选（行筛选） filter函数:按指定条件筛选符合条件中逻辑判断要求的数据记录。...arrange(iris,Sepal.Length) # 将数据按照Sepal.Length升序排序 5）变量变换/重构 mulate()函数可以数据拓展，也可以在保留原变量的基础上增加变量，进行数据处理...)) 利用概述函数概括数据，输入数值向量而返回单一数值： first 向量的第一个值。...Min ；Max Mean ；Median ；Var ；Sd等 summarise(iris, max(Petal.Width), first(Sepal.Width)) #返回数据框中变量的最大值及第一四分位值...(x,y,by = NULL) #内连接，合并数据仅保留匹配的记录 by设置两个数据集用于匹配的字段名，默认使用全部同名字段进行匹配，如果两个数据集需要匹配的字段名不同，可以直接用等号指定匹配的字段名
），与value（原先的数据），并通过 - （原先的行），对数据框进行转换。...A 1 2 B 0 3 C 3 4 4 5 E 5 # 还可以写成 X$X2 <- replace_na(list(X2=0)) 通过fill，可以将指定列中的缺失值替换为该缺失值所在行的上一行中的数据...使用，获取指定组别不同类型内容的统计数值。...arrange(x2,Sepal.Length) 如果依靠变量的传递，每一步都需要将结果指定若干个中间变量，再将指定的这些中间变量，作为输入值传递给下一个值。...left_join&&right_join 左连（按照左边，保留所有左边数据），右连（按照右边，保留所有右边数据）。其中另外一边中缺失的数据用NA 填充。
-（2）列表使用不方便——simplify = T简化结果，简化成矩阵 -（3）注意：之前提到过，矩阵的某一列不能单独转换数据类型，需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型；或者把这列单独提取出来再转换其数据类型...#从大到小 2. distinct()去重复 # distinct，数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T) 其中.keep_all = T表示...-（2）用多次嵌套避免中间变量不直观，且容易出错； ——设置彩虹括号，可以在多层嵌套时看清楚哪个括号和哪个括号是一对： options -- code -- display --use rainbow...转换数据：把表格转换成两列数据 -（1） 第一步：转置 -（2） 第二步：把行名作为一列添加到数据中（因为ggplot2容易把行名丢掉，所以倾向于把行名作为一列） -（3） 第三步：新增一列“group...4. full_join 保留所有的，缺失的位置填充NA 5. semi_join 半连接，效果是取子集：以右边表格为参考对左边取子集 6. anti_join 保留左边表格在右边表格里没有的东西 test1
使用dplyr处理关系数据 在实际应用中，我们常会涉及到多个数据表，必须综合使用它们才能找到关键信息。存在于多个表中的这种数据统称为关系数据。...本章中的很多概念都和SQL中的相似，只是在dplyr中的表达形式略微不同。一般来说，dplyr 要比 SQL 更容易使用。...处理关系数据有三类操作： 合并连接：向数据框中加入新变量，新变量的值是另一个数据框中的匹配观测。 筛选连接：根据是否匹配另一个数据框中的观测，筛选数据框中的观测。...键 用于连接每对数据表的变量称为键。键是能唯一标识观测的变量（或变量集合）。 键的类型有两种。 主键：唯一标识其所在数据表中的观测。...下面借助图形来帮助理解连接的原理： ? 有颜色的列表示作为“键”的变量：它们用于在表间匹配行。灰色列表示“值”列，是与键对应的值。
这一部分介绍一下R和Python数据处理用到的筛选、衍生以及计算函数。主要介绍如何使用R语言和Python中的两个程序包进行数据处理，R语言中的dplyr和Python中的dfply第三方包。...正如上图所示，两种工具的函数名几乎是一样的，是因为Python包中的dfply是两位工程师是在pandas DataFrames中使用python中的管道函数进行R语言风格开发的数据处理程序包。...注意Python与R语言中有点不同，Python中使用X记录了每一步的结果，当需要选择结果中的列的是需要使用X，而R语言则不需要这个中间变量。...注意：python中按比例抽样和抽样指定的几列，是通过参数限制的；R语言按比例抽样使用sample_frac()函数，抽样几列使用sample_n()函数 4.4 distinct函数 选择唯一值...，这里需要注意的是，查看某列有几个唯一值，python中需要先select()函数选择这一列，然后再使用distinct,或者先distinct，再使用select；若直接使用distinct，则所有列全部输出
#学习这部分内容之前先加载这个包哦library(dplyr) #这边随便用内置数据生成一个数据框test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]#去掉行名，这一步的目的是为了调整编号哦...1.arrange()排序# arrange()函数默认是升序，调整某一列的数值排序，会对整个数据框进行相应调整arrange(test,Sepal.Length)## Sepal.Length Sepal.Width...()去重复# distinct，数据框按照某一列去重复distinct(test,Species) # 该函数默认只保留去重复那一列## Species## 1 setosa## 2...versicolor## 3 virginica# 若想保留所有列可以通过修改.keep_all这个参数distinct(test,Species,.keep_all = T) ## Sepal.Length...# 1.多次赋值，产生多个中间的变量# 这种代码对于小白很友好，易懂且出了问题也不难检查x1 = select(iris,-5)x2 = as.matrix(x1)x3 = head(x2,50)pheatmap
(exp)#去重复的代码还可以是dat=distinct(dat,gene_name,.keep_all=T),.keep_all = T 可能是指定在删除重复项时是否保留所有信息。...在某些情况下，当删除重复项时，可能会默认只保留第一行，而 .keep_all = T 可能指示保留所有重复行。但这取决于 distinct 函数的具体实现。...过滤标准不唯一。#过滤之前基因数量：# 3.基因过滤##需要过滤一下那些在很多样本里表达量都为0或者表达量很低的基因。过滤标准不唯一。...语言中，使用factor(x, levels = c("NC", "OMV2"))会设定因子x的取值顺序为"NC"和"L"。...library(tinyarray)#已经变成因子型变量，normal在前，tumor在后table(group)## group## NC OMV2 ## 3 3### 5.保存数据save
，select中不能直接使用字符向量筛选，需要使用one_of函数R语言中使用vars参数指定数据框中需要分析的字段索引范围在R语言中，我们经常需要对数据框进行分析和处理。...数据框是一种二维的表格结构，其中包含了多个变量(字段)和观测值(行)。在进行数据分析时，有时我们只对数据框中的特定字段感兴趣，而不需要使用所有的字段。...这时，我们可以使用vars参数来指定需要分析的字段索引范围，从而提取出感兴趣的字段进行后续操作。vars参数是dply包中select函数的一个参数，它允许我们通过指定字段的索引范围来选择需要的字段。...值计数函数计算数据集中列唯一值的数量count(test,Species)## Species n##1 setosa 2##2 versicolor 2##3 virginica 2dplyr...处理关系数据可参考https://www.jianshu.com/p/1f4c7bfed3d4內连inner_joininner_join(test1, test2, by = "x")#保留同时存在于两个表中的观测左连
前言 ---- 在数据处理和分析过程中，可能会涉及到数据的聚合操作（可理解为统计汇总），如计算门店每天的营业总额、计算各地区的二手房的平均价格、统计每个消费者在近半年内最后一笔交易时间等。...在R语言中提供了几种实现数据聚合的常用函数，它们分别是基于stats包中的aggregate函数、基于sqldf包中的sqldf函数以及基于dplyr包中的group_by函数和summarize函数。...，包含多种聚合函数）；另一个是无法对数据集中多个不同的数值型变量使用不同的聚合函数。...SQL语句，并且以字符串形式写入SQL语句； stringsAsFactors：bool类型的参数，是否将字符型变量转换为因子型变量，默认为FALSE； row.names：bool类型的参数，是否保留数据框中的行名称...：指定数据库中的哪些变量需要用作分组变量； add：bool类型的参数，是否在已分组的数据框上再添加group_by的分组设置，默认为FALSE；summarise(.data, ...) .data：
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列注意⚠️没有赋值就没有改变管道符号%>%-实现连续的步骤非常易读彩虹代码展现嵌套函数的逻辑。...save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata")，这句代码将几个第一个脚本有用的变量保存到Rdata文件中，下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。-Rdata不仅可以保存数据框，也可以保存其他任何数据结构，包括复杂的对象！...数据分析筛选。表达矩阵：一行是一个基因在所有样品里的表达，一列是一个样本里所有基因的表达。在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。...富集分析-找功能PPI网络：蛋白互作-相关文献7.5 常见图表7.5.1 热图输入数据是数值型矩阵/数据框颜色变化表示数值大小7.5.2 散点图和箱线图散点图向量即可画图可以帮助理解箱线图箱线图输入数据是一个连续型向量
在分析之前，先将数据集 birthwt 中的分类变量 low、race、smoke、ht 和 ui 转换成因子。...对于数值型变量，如 age、lwt、plt、ftv 和 bwt，函数 summary( )给出最小值、下四分位数、中位数、均值、上四分位数和最大值；对于分类变量，如 low、race、smoke、ht...epiDisplay 包的函数 summ( )作用于数据框可以得到另一种格式的汇总输出，它将变量按行排列，把最小值和最大值放在最后两列以方便查看数据的全距。...( )同时计算数据框中多个变量的指定统计量。...例如，计算数据框 cont.vars 中各个变量的样本标准差： sapply(cont.vars, sd) 基本包中没有提供计算偏度和峰度的函数，我们可以根据公式自己计算，也可以调用其他包里的函数计算，
，数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T)##.keep_all=T保留数据框 ## Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length...R语言中，select函数用于选择数据框中的列，可以使用列名或者向量来指定要选择的列。...例如，若要选择数据框df中的列x和y，可以使用以下代码：library(dplyr)，df 10且y 10 & y < 5)，与select函数类似，filter也可以使用多个逻辑条件组合...默认情况下，head()函数显示数据框的前6行，而tail()函数显示数据框的后6行。可以使用可选参数n来指定要显示的行数。
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