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R语言基于树方法:决策树,随机森林,套袋Bagging,增强树

p=9859 概观 本文是有关  基于树  回归分类方法。用于分割预测变量空间分割规则可以汇总在树,因此通常称为  决策树  方法。...树方法简单易懂,但对于解释却非常有用,但就预测准确性而言,它们通常无法与最佳监督学习方法竞争。因此,我们还介绍了装袋,随机森林增强。...这些示例每一个都涉及产生多个树,然后将其合并以产生单个共识预测。我们看到,合并大量树可以大大提高预测准确性,但代价是损失解释能力。 决策树可以应用于回归分类问题。我们将首先考虑回归。...但是,考虑将每个可能分区划分为J个区域在计算上是不可行  。为此,我们采取了  自上而下,  贪婪  方法。它是自顶向下,因为我们从所有观测值都属于一个区域点开始。...可以处理没有伪变量定性预测变量。 缺点: 树木通常不具有与传统方法相同预测准确性,但是,诸如  套袋,随机森林增强等方法  可以提高性能。

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Nature子刊:用于阿尔茨海默病痴呆评估多模态深度学习模型

作者发现在NACC测试集(图3a,第1行)外部验证集(OASIS;图3b)之间,COGNC任务模型性能很强大,接收者操作特征(AUC)曲线下面积分别为0.945[95%置信区间(CI):0.939...如上所述,医师队列诊断准确性与使用ROCPR曲线模型性能进行比较。用于可视化模型临床医生表现图形约定如上文a中所述,并且再次显示成对Cohenkappa值以证明评估者之间一致性。...在NC、MCI、ADnADD整体4分类,作者观察到融合模型准确度(平均值:0.558,95%CI:[0.482,0.634])达到了神经科医生准确度(平均值:0.565,95%CI:[0.529...然而,仅MRI模型确实在ADD任务诊断准确性(平均值:0.692,95%CI:[0.649,0.735])比神经放射科医生(平均值:0.566,95%CI:[0.516,0.616])有适度提高(...对于这两组临床医生,作者还使用Cohen's kappa(κ)计算了注释者之间一致性。

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    分类I-树、延迟概率笔记

    CP是成本复杂度参数.决策树算法不足是容易产生偏差过度适应问题,条件推理树可以克服偏差,过度适应可以借助随机森林方法或树修剪来解决。...Kappa : 0.3901 knn算法采用相似性距离来训练分类,比如使用欧氏距离或曼哈顿距离...优势在于学习成本为0,不需要假设分布,可以处理任意类型数据;不足在于难以理解,数据集较大计算代价非常高,高维数据要先降维。字符类型数据要先处理成整型,k=3分配到最近3个簇。...Kappa : 0.8794 逻辑回归易于理解,直接输出概率置信区间,能迅速合并新数据集...朴素由叶斯算法假设特征变量都是条件独立,优势相对简单,应用直接,适合训练数据集规模树比较小,可能存在缺失或者数据噪音情况。不足在于上面的条件相互独立同等重要,在实际世界很难实现。

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    一套完整基于随机森林机器学习流程(特征选择、交叉验证、模型评估))

    这样更方便提取每个变量,且易于把模型x,y放到一个矩阵。 样本表表达表样本顺序对齐一致也是需要确保一个操作。...个基因做最优决策 (mtry),OOB估计错误率是9.8%,挺高。...模型预测显著性P-Value [Acc > NIR] : 2.2e-16。其中NIR是No Information Rate,其计算方式为数据集中最大类包含数据占总数据集比例。...某套数据,分组A有80个样品,分组B有20个样品,我们只要猜A,正确率就会有80%,这就是NIR。如果基于这套数据构建模型准确率也是80%,那么这个看上去准确率较高模型也没有意义。...绘制ROC曲线,计算模型整体AUC值,并选择最佳模型。

    8.8K31

    瑞典前列腺AI研究成果登《柳叶刀·肿瘤》,可媲美23名病理学家?

    为了缓解这些问题,瑞典研究团队开发了一种具有临床上可接受准确性的人工智能系统,用于前列腺癌检测、定位格里森分级(Gleason分级是一种被广泛采用前列腺癌组织学分级方法)。...在2012年5月至2014年12月之间进行基于瑞典前瞻性人群STHLM3诊断研究,瑞典研究团队从976名随机选择年龄在50-69岁参与者数字化了6682张针核活检切片,并从93名研究外男性数字化了...通过受试者工作特征肿瘤范围预测,将预测肿瘤长度与报告病理学家测量值相关联,来评估鉴别性能,并使用Cohen’s kappa对AI系统泌尿病理学专家评分一致性进行了量化。...其结果是,AI在接收器工作特性曲线下获得了一个区域,该区域在0·997(95CI 0·994–0·999)下可以区分独立测试数据集上良性(n = 910)恶性(n = 721)活检核心外部验证数据集上...由AI预测并由报告病理学家指定癌症长度之间相关性对于独立测试数据集为0·96(95CI95-0·97),对于独立测试数据集为0·87(0·84-0·90)。

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    分类II-神经网络支持向量机 笔记

    libsvmSVMLite都是非常流行支持向量机工具,e1071包提供了libsvm实现,klap包提供了对后者实现。...SVM优势在于利用了面向工程问题核函数,能够提供准确度非常高模型,同时借助正则项可以避免模型过度适应,用户不必担心诸如局部最优多重共线性难题,弊端是训练测试速度慢,模型处理时间冗长,不适合规模庞大数据集...神经网络一样,都属于黑盒算法,结果较难解释。另外如何确定合适核函数,也是一个难点,正则化也是需要考虑问题。...,利用算法并行化实现对大数据集高效训练,无参模型,避免参数估计错误。...# ####nnet install.packages('nnet') library(nnet) # 利用前面分好训练测试集 隐藏单元size,初始随机数rang,权值衰减参数decay, 最大迭代次数

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    有道云笔记 - Markdown模板(文首附markdown源码,即.md文件)

    有道云笔记内置Markdown编辑器使用指南,非技术类笔记用户,千万不要被「标记」、「语言」吓到,Markdown语法十分简单,常用标记符号不超过十个,用于日常写作记录绰绰有余,不到半小时就能完全掌握...code: *这是斜体* **这是粗体** 注意: 符号与文本之间无需空格 4. 链接图片 链接:在 Markdown 插入链接只需要使用 [显示文本](链接地址) 即可。...图片:在 Markdown 插入图片只需要使用 ![显示文本](图片链接地址)即可。 注:插入图片语法链接语法很像,只是前面多了一个 ! ?...链接图片** 链接:在 Markdown 插入链接只需要使用 [显示文本](链接地址) 即可。 图片:在 Markdown 插入图片只需要使用 !...注:插入图片语法链接语法很像,只是前面多了一个 ! !

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    批处理衰落,流处理兴起,大数据处理平台从Lambda到Kappa演进

    这里计算购买次数最多商品例子相对比较简单,在实际业务场景,一般需要做更为复杂统计分析机器学习计算,比如构建用户画像时,根据用户年龄性别等基础信息,分析某类用户最有可能购买哪类商品,这类计算耗时更长...但数据流会有事件乱序等问题,使用早期流处理引擎,只能得到一个近似准确计算结果,相当于牺牲了一定准确性来换取实时性。...在融合过程,需要不断将批处理层数据覆盖流处理层生成较老数据。很多数据分析工具在数据融合上下了不少功夫,Apache Druid。...流处理引擎以一个更早时间作为起点开始消费,起到了批处理作用。 Flink流处理引擎解决了事件乱序下计算结果准确性问题。...Kappa架构适用于一些逻辑固定数据预处理流程,统计一个时间段内商品曝光和购买次数、某些关键词搜索次数等。

    1.2K11

    数据科学31 |机器学习-模型评价

    ,用于连续型数据 灵敏度 减少假阴性 特异性 减少假阳性 准确性 对假阳性、假阴性平均加权 一致性 ROC曲线 在二元预测,通常会估计样本出现其中一种结局(阳性)概率,需要找到一个常数,即阈值(threshold...通过变动这一阈值,可以改变预测特异性灵敏度。 变动阈值可能带来影响可以通过来进一步观察,ROC曲线可对一个区间内门槛值画出特异性敏感度之间关系。...因此需要用独立数据集验证模型是否有效,来获得更好模型参数估计、更高测试集准确性。...交叉验证将已有的样本训练集再分为训练集测试集两部分,根据新训练集建立模型,使用另一部分测试集进行验证,重复过程可以计算平均估计误差。...CI : (0.899, 0.9319) #准确性置信区间 No Information Rate : 0.6061 P-Value [Acc > NIR] : <

    1.1K10

    弃用 Lambda,Twitter 启用 Kafka 和数据流新架构

    此外,我们需要保证对存储系统交互数据进行快速查询,并在不同数据中心之间实现低延迟准确性。为了构建这样一个系统,我们把整个工作流分解为几个部分,包括预处理、事件聚合和数据服务。...批处理组件源是 Hadoop 日志,客户端事件、时间线事件 Tweet 事件,这些都是存储在 Hadoop 分布式文件系统(HDFS)上。...为了克服这一数据损失问题,减少系统延迟,并优化架构,我们建议在 Kappa 架构构建管道,以纯流模式处理这些事件。关于 Kappa 架构更多信息,请参阅《什么是 Kappa 架构?》...(What is Kappa Architecture?)在该解决方案,我们去掉了批处理组件,利用实时组件实现了低延迟高准确度数据,从而简化了架构,减少了批处理管道计算成本。...这样我们就可以执行一个预定查询,以便对所有键计数进行比较。 在我们 Tweet 交互流,我们能够准确地批处理数据进行超过 95% 匹配。

    1.7K20

    吴恩达最新医学 AI 成果:利用 AI 提高脑动脉瘤检测准确率,显著减少临床医生诊断时间

    通过人工智能产生分割预测来增强临床医生能力,与没有增强相比,临床医生在灵敏度、准确性评分者信度方面取得了统计学上显著改善: 临床医生平均敏感度增加0.059(95CI,0.028-0.091...统计分析 在确定检查是否包含动脉瘤二元任务,使用敏感性、特异性准确性来评估具有不具有模型增强临床医生表现。...为了确定研究结果鲁棒性以及结果是否包括实习放射科医生神经外科医生,我们进行了敏感性分析:我们仅计算了对经过认证放射科医师敏感性、特异性准确性差异t检验。...对有或无模型增强临床医生进行诊断平均时间计算为连续诊断电子表格平均进入时间之间差异; 使用95% t值置信区间来评估估计值可变性。...研究表明,二维神经网络在CT头颅检查检测颅内出血其他急性脑部表现,肿块效应或颅骨骨折方面具有很强性能。 最近,一项研究检查了深度学习在诊断基于磁共振血管造影检查脑动脉瘤潜在作用。

    1.1K40

    使用单一智能手机照片进行分类监测青少年特发性脊柱侧凸深度学习模型

    在前瞻性测试,模型对无或轻度AIS(即无干预)预测AUC为0.839(95%置信区间[CI],0.789-0.882),对严重AIS(即考虑手术)预测AUC为0.902(95%CI,0.859-0.936...模型在前瞻性测试数据集中对曲线类型预测AUC分别为T型0.777(95%CI,0.745-0.808),TL/L型0.760(95%CI,0.727-0.791)混合型0.860(95%CI,0.834...与资深外科医生相比,模型预测准确性相当(T型:72.51% [95%CI,69.04%-75.78%] vs 71.08%;TL/L型:72.93% [95%CI,69.48%-76.19%] vs...表 3 对于使用该应用程序进行随访患者曲线进展区分,该模型预测准确性为70.49%(95%CI,57.43%-81.48%),AUC为0.757(95%CI,0.630-0.858),敏感性为...该模型没有额外辐射,仅有极低成本,并可以提供连续监测,并在检测到病情进展时触发及时干预措施。应用可以通过为医生管理决策提供计算机辅助实时评估,为患者提供进一步治疗规划监测。

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    比较R语言机器学习算法性能

    Algorithms in R 译文:http://geek.csdn.net/news/detail/58172 作者: Jason Brownlee 译者:刘翔宇 审校:赵屹华 责编:周建丁 你如何有效地计算出不同机器学习算法估计准确性...使用重采样方法,交叉验证,就可以得到每个模型在未知数据上精准度估计。你需要利用这些估计从你创建一系列模型中选择一到两个最好模型。...我们将使用重复交叉验证,folds为10,repeats为3,这是比较模型常用标准配置。评估指标是精度kappa,因为它们很容易解释。 根据算法代表性学习风格方式进行半随机选择。...比较R语言机器学习算法密度图 点图(Dot Plots) 这些点非常有用,它显示了平均估计精度以及95%置信区间(例如,95%观测点所落入范围)。...我认为这在以后对分析不同方法如何在组合预测结合很有帮助(例如堆叠),尤其当你在相反方向看到有相关运动时。 ?

    1.4K60

    GEE好文推荐——利用样本点迁移方法快速实现全球范围内1984年至今基于Landsat影像土地分类

    在本研究,我们在 GEE 实施了射频分类器,利用 Landsat-8 Sentinel-2 数据集对 2022 年植被生长季节不同空间尺度进行了时间序列土地分类。...,并比较图像分辨率对分类准确性影响。...云计算平台快速发展,谷歌地球引擎(GEE),以及从陆地卫星哨兵-2对多源卫星图像访问,使机器学习算法在图像分类应用成为可能。...结果表明: (i)通过计算1986-2022年陆地卫星时间序列各波段采样点,确定无陆地等级变化采样点最大差值(阈值)为0.25;(ii)陆地卫星8同一传感器kappa系数观测精度均高于TM...,样本点迁移阈值为 0.25,利用 OA kappa 系数评估精度,并计算迁移样本点数量。

    36110

    开发验证用于在手术前识别高风险术后不良事件患者机器学习模型

    作者目的是评估仅使用电子健康记录数据来识别手术高风险不良结果患者自动机器学习模型准确性。 全球范围内,致死率前两大原因是心脏病中风,合在一起占所有死亡事件25%以上(1500万例)。...进一步分析ACS-SRC显示,当应用于独特手术、患者、机构地区时,其预测准确性会在局部下降。其他机构创建了预测算法,杜克大学健康创新研究所Pythia计算器,在交叉验证中表现优于SRC。...对于死亡,训练集 AUROC 为 0.972(95% CI,0.971-0.973),测试集 AUROC 为 0.946(95% CI,0.943-0.948)(图 2A)。...对于 MACCE 或死亡模型,在训练队列上达到了 0.923(95% CI,0.922-0.924),在测试队列上达到了 0.899(95% CI,0.896-0.902)(图 2B)。...这两个模型训练测试 AUROC 相似,没有显示出过拟合。前瞻性评估显示,死亡 AUROC 为 0.956(95% CI,0.953-0.959)(图 3)。

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    腾讯云原生实时数仓建设实践

    如何保障数仓时效性是首要难题。 架构复杂度 如何在保障时效性同时,降低架构复杂度以减少开发维护成本,是需要重点考虑问题。...数据准确性 保证数仓数据指标的准确性,不能存在异常或者错误,是对实时数仓基础要求。 成本 在实际生产使用计算与存储资源并不是免费,如何优化实时数仓使用成本也是值得关注问题。...Kappa 架构 为了解决 Lambda 架构带来诸多问题, Kappa 架构诞生了。 Kappa 架构将流批融为一体,不再分为两条数据处理链路。...Kappa 架构解决了 Lambda 架构离线层实时层之间由于引擎不同,导致开发运维成本高昂问题,整体架构简洁明了。但 Kappa 架构也有其痛点。...那么是否存在一种存储技术,既能够实现分钟级到秒级数据接入处理,保障数仓时效性;又能实现数据流批统一读写,简化数仓架构;还可以支持高效数据回溯历史数据更新,保证数据准确性呢?

    2.2K20

    帝国理工:如何用AI解决80%专科医生担忧心律装置移植手术难题

    剩下“训练集”用于训练网络,分为两个不同阶段:第一个阶段是决定使用哪个底层网络(包括结构特征,数量大小)以及训练快慢(称为 “学习率”)。...使用费希尔精确检验,对网络准确性进行了不同子组评估。韦尔奇不等方差t检验通过计算每张图像拉普拉斯方差来评估部门便携式x线片在图像清晰度方面的差异,采用R软件进行统计分析。 结果 ?...测试集45种型号每种型号由5个样本组成,总共225个样本。 ? (左)条形图显示了识别5个人类报告者神经网络设备制造商比较准确性。p值是指中位数最佳人类评分之上神经网络优越性。...值得注意是,在其中8个预测,正确型号是前3个预测1个。因此,通常描述为“前3名”准确率为99.6% (95% CI: 97.5到100.0)。 ?...型号识别矩阵 便携式X光图像型号识别准确率为89.5% (95% CI: 75.2 - 97.1),而部门X线图像准确率为97.9% (95% CI: 94.6 - 99.4)(两组间差异p = 0.029

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    R语言中进行期权定价Heston随机波动率模型|附代码数据

    p=12111 最近我们被客户要求撰写关于Heston随机波动率研究报告,包括一些图形统计输出。...它试图通过使用随机过程来模拟波动率利率来重新创建市场定价。Heston模型特点是将波动率函数平方根包含在整个定价函数。...我们将为3个欧洲看涨期权定价,具有3种不同行权价格。我们在15年使用100000个模拟,每个月进行一次。...我们看到这三个期权蒙特卡洛价格与使用函数(直接使用公式来计算价格)计算价格相当接近。...95置信区间包含理论价格。 下面是期权价格,作为模拟次数函数。计算理论价格用蓝色绘制,蒙特卡洛平均价格用红色绘制,阴影区域表示均值(蒙特卡洛价格)周围95%置信区间。

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    「R」基本统计分析

    basic=T计算其中所有值、空值、缺失值数量,以及最大值、最小值、值域还有总和。desc=T计算中位数、平均数、平均数标准误、平均数置信度为95%置信区间、方差、标准差以及变异系数。...N维列联表 prop.table(table, margins) 依margins定义边际列联表将表条目表示为分数形式 margin.table(table, margins) 依margins定义边际列联表计算条目的...如果可以拒绝原假设,那么你兴趣就会自然地转向用以衡量相关性强弱相关性度量。 vcd包assocstats()函数可以用来计算二联表phi系数、列联系数Cramer's V系数。....: 0.367 Cramer's V : 0.394 vcd包提供了一个kappa()函数,可以用于计算混淆矩阵Cohen's kappa值以及加权kappa值。...Wilcoxon符号秩和检验是非独立样本t检验一种非参数替代方法。它适用于两组成对数据无法保证正态性假设情境。

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