我正在尝试使用BioPython通过输入登录号以及起始和结束位置来获取核苷酸序列。我需要获取很多序列，但是这个过程在3个序列之后就终止了。我得到了这个错误："urllib.error.HTTPError: HTTP Error 429: Too Many“。会不会是我之前使用BioPython运行blast的次数太多了？
浏览 17提问于2018-12-28得票数 0
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我下载了biopython版本1.59，并尝试用python运行设置代码，但它不起作用。我遗漏了什么？当我尝试在idle中运行安装文件时，我得到了这个错误消息：File "/Users/Cliff/Downloads/biopython
浏览 2提问于2012-05-27得票数 2
我是BioPython的新手，正在尝试使用几个模块。但是，如您所见，在使用Genbank或FASTA等文件的过程中，下一个模块中会出现这样的错误。我可以问如何解决这个问题吗?我应该经过什么程序呢？Genbank文件也保存在计算机中，但无法识别该文件。
浏览 4提问于2022-02-11得票数 0
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在运行我的python代码之前，我在cmd提示符中安装了biopython：然后，当我尝试在python中导入它时，我得到了一个错误提示'No modulenamed Bio‘同样的事情也发生在需要注意的是，我已经更新了PIP并运行了python 3.5.2。
浏览 12提问于2018-04-16得票数 14
我按照开发人员提供的安装说明安装了biopython，如下所示: Python我得到了以下错误(参见下面的消息)，我认为所有问题的主要问题是python3.5 -m pip install biopython也许有人有解决方案？完整输出： $ python3.5 -m pip install biopython
profiling:/media/biosys5/bigDisk/Users/Programs/Python-3.5.9/fi
浏览 18提问于2020-03-27得票数 0
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我目前正在努力能够在python脚本中导入Bio模块，该脚本位于不同的目录中。我一直收到的错误如下：我已经尝试重新安装Biopython，重新构建它，并更改路径(正如Stackoverflow上所有建议的那样，但我仍然收到此错误消息。install
对于Python和BioPython的工作原理，我仍然是个新手。对此有可能的解决方案吗？
浏览 2提问于2016-06-14得票数 0
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我遇到了一个我无法解决的错误。我正在尝试执行一组最简单的命令，这些命令将执行tBLASTn算法，寻找数据库中的序列(指定为"pytanie.fasta“文件的序列)(也指定为-> cucumber.fasta)。结果将保存在"wynik.txt“文件中。from Bio.Blast..Biopython包应该可以正常工作，因为它通过了biopython网站建议的测试。有人知道如何纠正这个错误吗？
浏览 1提问于2012-01-19得票数 1
以前有人问过这个问题的一个变体，但我不得不问，因为那里给出的解决方案对我不起作用。 我在anaconda 3中使用Jupyter，首先我使用!pip install biopython安装了biopython。它已成功安装，但当我绑定到‘`import’时，它返回了一个ModuleNotFoundError。后来，我在anaconda提示符中使用了conda install -c anaconda jupyter和conda install -c anaconda biopython来安装biop
浏览 42提问于2020-06-10得票数 0
在他们的文档中，他们提供了一个示例，说明如何将数据集导入到Python中。具体地说，他们在Biopython教程和Cookbook的第16页中提供了以下示例： print seq_record.id print len(seq_record)
现在，他们在第14页提到，Biopython注意，我在安装biopyt
浏览 0提问于2012-02-13得票数 1
我正在尝试安装biopython，以便在Windows7计算机上运行Python3.3。我已经下载了biopython可执行文件biopython-1.61.win32-py3.3-beta.exe。但是，当我尝试运行可执行文件时，收到消息"Python version3.3是必需的，注册表中找不到它“。我的电脑上安装了Python 3.3版。我已经通过它运行了一两个月的程序。它是从文件python-3.3.0.amd64.msi安装的，位于Program Files (x86)目录中。我尝试重
浏览 1提问于2013-03-01得票数 6
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我刚刚学会了使用python (和Biopython)，所以这个问题可能是我缺乏经验的原因。为了执行文件(FileA.fasta)中序列的MSA，我使用以下代码：inp = 'FileA.fasta'cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp)我得到以下错误：
ApplicationEr
浏览 5提问于2017-08-09得票数 0
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问题之一是网站限制了请求的数量，如果我超过它，就会发回HTTP错误429。顺便提一下--他们的限制太低了。大约每15秒有8次请求。我多次用浏览器破坏了它，只是刷新了等待价格变化的页面。
浏览 5提问于2013-11-27得票数 28
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我尝试在Spyder中导入biopython包，得到错误消息：尽管已经安装了biopython。我还检查了PYTHONPATH:有一个路径设置到存储包的目录中。
有人能帮帮忙吗？我错过了什么吗？谢谢你的帮忙!
浏览 0提问于2018-04-18得票数 2
随后，我遇到了一个我不知道如何解决的问题。ImportError: No module named BioSecuencias/Rocas/Rocas_Pia/Roca_Pia0.fna", "fasta")sys.path.insert(0
浏览 6提问于2012-08-20得票数 0
2回答
blast_result.write(result_handle.read())result_handle.close()
这是第一次运行得很好，但当我几天后尝试运行它时，我得到了一个错误result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", my_query) File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/biopython</e
浏览 0提问于2016-11-15得票数 2
我正在编写一个脚本，重新命名蛋白质结构(CIF文件)，然后保存它们(PDB文件: Biopython没有CIF保存功能)。from Bio import PDB
pdb_parser = PDB.MMCIFParser()io.set_structure(structure)
io.save(pdbfile[:-
浏览 1提问于2018-05-29得票数 1
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我正在运行GmailApp.search来查找未标记的电子邮件，对其进行分类，如果它与各种规则相匹配，则对其进行标记。该脚本每10分钟触发一次，但会收到“超出用户速率限制”的警告。下面是我正在运行的GmailApp搜索。通常情况下，我的收件箱里只有不到100封未贴标签的电子邮件，所以如果搜索有效率的话，我不认为这会占用大量的资源。{ if (threads.length > 0)
{
浏览 0提问于2017-02-10得票数 0
抱歉，如果这个问题已经被问了一千次，我还没有找到一个有效的解决方案，或者我理解。我对此非常陌生，刚刚通过homebrew (mac)安装了Biopython，并确认它可以在visual studio终端上工作，但在实际程序中给出了这个错误： # my code File "/Users/justinbeutel/Desktop/Python Programs 2
浏览 8提问于2020-06-13得票数 0
我正在使用模块Biopython模块NCBIWWW在线销毁一些序列。我想在可用的不同数据库上爆炸我的序列，但是我找不到它们的完整列表。from Bio.Blast import NCBIWWW
如您所见，数据库核苷酸集合被指定为
浏览 1提问于2015-02-06得票数 1
我已经编写了一些使用Biopython Entrez包装器的代码。代码在我以前的Win10笔记本电脑(Python3.5.1)上工作得很好，但我刚刚将代码移植到了新的Win10笔记本电脑上，并且安装了每个软件包和Python的相同版本，现在我得到了一个解码错误。回溯错误导致一个获取文本的函数-它试图使用cp1252解码文本，而实际上它应该使用UTF-8。我知道有人问过类似的问题，但没有人处理过发生在包中的这个问题(在我的例子中是Biopython)。复制Python/lib<e
浏览 15提问于2016-08-08得票数 4
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