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MindSponge分子动力学模拟——定义Collective Variables(2024.02)

在前面的几篇博客中,我们介绍了MindSponge分子动力学模拟框架的基本安装和使用和MindSponge执行分子动力学模拟任务的方法。这里我们介绍一个在增强采样领域非常常用的工具:Collective Variable(CV),或者我们也可以直接称呼其为一个物理量。因为像化学反应或者是蛋白质折叠等问题中,经常会存在一个“路径(Path)”,使得反应沿着这个路径来进行。其中最简单的一种形式,就是成键断键。换句话说,我们可以通过调控这根键的键长,进而去调控这其中的化学反应,这也是分子力学层面的增强采样的一个基本思想。而随着增强采样技术的发展,越来越多的形式的CV被应用在不同的领域和问题当中。本文将会介绍,如何在基于深度学习框架MindSpore的分子动力学模拟软件MindSponge中,去定义一个CV。

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Arch Linux (Manjaro) 配置与常用软件安装指南

以前就有听说Manjaro大大简化了Arch繁琐的安装,而且排名也相当不错,但一直没有尝试。正好@某昨在群里提到,于是我就心血来潮的装了个试试。Manjaro是我第三次尝试(之前是Ubuntu和短暂的Deepin)将Linux作为一个独立系统(而非WSL、虚拟机)用于日常使用。经过一段时间的使用体验后,我深刻体验到了Arch系软件包之全的好处,其社区之完善与软件包质量之高是我之前未曾想到的。不过,其实Manjaro诸多软件的安装、配置还是有一些需要注意的地方,于是在这篇文章中我会记录我在系统配置、安装软件时遇到的坑,与一些解决方法。 文中使用的桌面环境为KDE。文章将会持续更新。如有问题或希望贡献你自己的经验,欢迎留言或发邮件至admin@kaaass.net。

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