如何在Nextflow中运行Python脚本

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python-3.x、workflow、nextflow

我是Nextflow的新手，我尝试在Nextflow中运行Python脚本。因此，我将Python脚本存储在与Nextflow Pipeline相同的文件夹中，并尝试运行它，但总是收到这个错误：.command.sh: line 2: ./usr/bin/env nextflow input_ch = Channel.fromPath('d

浏览 125提问于2020-07-26得票数 3

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如何以arparse样式打印nextflow脚本参数？

command-line-interface、argparse、nextflow

我希望将我的nextflow脚本的参数打印为帮助菜单(例如，nextflow run main.nf --help)，类似于arparse在python中的方式(即script --help)。我已经在web和help docs中进行了拖网，并找到了如何使用脚本中的log.info命令打印自定义菜单，但这只显示了实际运行脚本时的自定义日志标准输出。我的解决方案是grep脚本，如下所示：grep -E '^p

浏览 15提问于2022-03-18得票数 1

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在使用容器运行Nextflow时无法找到./bin脚本

nextflow

我有一个nextflow脚本，该脚本源位于./bin目录中，位于我调用nextflow脚本的位置。当我在没有容器的情况下运行工作流时，Nextflow可以找到并执行这些脚本。但是，当我使用容器运行Nextflow时，无法找到脚本，尽管我试图将这些脚本添加到容器文件中。我想我要么没有正确地将可执行文件添加到容器中，要么

浏览 2提问于2022-01-24得票数 1

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如何通过Nextflow将参数传递给正在调用的模板脚本

nextflow

假设我们从Nextflow中调用一个模板脚本。我们如何把参数传递给那个脚本呢？someinput) path(someoutput) template 'myscript.py' 但是，如果我向模板字符串中添加了一个参数output: template 'myscript.py -someargume

浏览 12提问于2022-07-07得票数 1

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如何在对接器容器中通过nextflow运行python脚本，而不会出现任何路径或env相关问题？

python、bash、docker、aws-batch、nextflow

我正在尝试使用nextflow和docker运行python脚本。我正在使用一个dockerfile (如下面所示)来创建一个docker映像。Nextflow脚本有一个python脚本的简单启动。问题是，当我在docker容器中运行相同的python命令(在交互模式下)时，它可以正常工作。但是，当我使用带有码头容器的nextflow启动它时，它会抛出错误。 Dockerfile：

浏览 5提问于2021-03-01得票数 2

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在nextflow脚本块中导入自己的python模块？

python、nextflow

我在utilities.py目录中创建了一个名为bin/的python脚本：import pandas as pdimport io我想在我的工作流中的不同进程中的几个脚本块中使用这些函数。目前，当我尝试从实用程序模块导入一个函数时： #!/bin/bash <e

浏览 3提问于2021-08-21得票数 2

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如何使用文件脚本而不指定绝对路径？

nextflow

/usr/bin/env nextflow params.db = "" file top_hits file top_hits2 python3psi_blast_output_to_fa

浏览 0提问于2018-11-23得票数 2

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如何指示下一个输出在哪里？

nextflow

我在python中有一个脚本，它将一个文件保存在特定的目录中。open("project/results/txt/output.txt", "w") as f:所以我在"project/src“中执行我的脚本，这个脚本的输出在"project/results/txt/”<

浏览 0提问于2018-11-21得票数 0

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Nextflow: python脚本不保存输出

python、nextflow

我在Nextflow中使用Python脚本有问题，我的目标是在python脚本中编写一个文件，并使用nextflow来接受它，并将该文件保存在publishdir中(以及在我在其他进程中使用该文件之后)我在nextflow中的流程类似于这样(文件是在前面定义的)：publishDir "${params.output_dir}/formatted"

浏览 0提问于2020-09-28得票数 1

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Nextflow不拉“最新”码头形象

docker、jenkins、nextflow

我在运行两个越南船民。一个VM用于运行nextflow，另一个VM上有一个Jenkins构建服务器。我的nextflow.config文件如下所示： withLabel: awesome_image { }在使用Jenkins服务器构建了一个新映像之后，我运行了一个新的nextflo

浏览 2提问于2020-12-14得票数 1

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nextflow没有找到我所有的python模块。

python-3.x、import、nextflow

我正在尝试制作一个利用python脚本的Nextflow脚本。我的python脚本导入了许多模块，但是在Nextflow中，python3找不到7个模块和崩溃的两个模块(cv2和matplotlib)。如果我直接从bash调用脚本，它可以正常工作。我想避免创建一个码头形象来运行这个脚本。提前感谢帮助其他可能在nextflow脚本中使用<e

浏览 1提问于2021-08-15得票数 3

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将日志转发到http服务器

linux、http、ubuntu

我有一个用nextflow运行的管道，这是一个工作流框架。它可以选择在http服务器上查看实时日志。这样做的命令如下：但是当我打开我的网页浏览器时，我什么也没看到。我在登录到ubuntu实例时转发了端口，python服务器似乎运行良好。提前感谢！

浏览 2提问于2021-11-12得票数 0

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无法正确安装nextflow

nextflow

我尝试在我的Windows命令提示符-bash中安装带有命令"curl get.nextflow.io _ bash“的Nextflow，但是我始终看到这样的错误:无法初始化nextflow环境。同时，在远程服务器上，Nextflow安装有相同的命令，我可以使用ls命令验证这一点。但是，当我准备一个示例脚本(hello.nf)时，通过"nextflow运行hello.nf“执行它会显示Nextflow没有特征。在任

浏览 7提问于2022-01-04得票数 1

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如何在workflow.onError中调用进程

nextflow

process finish_error{ """ """}N E X T F L O W ~ version 20.10.0 Launching `test

浏览 4提问于2020-11-20得票数 1

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有没有办法从.tab文件中提取一个字符串作为Nextflow中的变量？

perl、bioinformatics、nextflow

作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从一个进程获取输出，该进程是一个.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列后续条件进程的变量。我可以在Perl中使用类似下面的内容来管理它，尽管我似乎不能将该变量添加到Nextflow脚本中： my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';my $topidentity = $

浏览 17提问于2020-07-22得票数 1

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如何在nextflow中获取当前临时工作目录的路径

nextflow

我试图在进程临时目录中创建一个文件，由nextflow检查其输出，使用nextflow的原生脚本语言(Groovy)。#!/usr/bin/env nextflow echo true file(path output.append('exe

浏览 3提问于2022-02-17得票数 1

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选择节点以使用Kubernete执行Nextflow工作流

kubernetes、kubernetes-pod、nextflow

我正在使用以下命令运行我的Nextflow工作流： ./nextflow kuberun user/repo -c nextflow.config -profile kubernetes -v my_pvc:/mounted_path -with-report_report.html -with-trace _trace 我想在一组特定的节点上运行我的nextflow工作流。kubectl label nodes node2 disktype=my_expe

浏览 84提问于2021-08-11得票数 1

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Nextflow教程获得错误“没有这样的变量”

nextflow

我从这个站点的教程开始： (我是安装了nextflow的人)。#!/usr/bin/env nextflow cat $x | tr '[a-z]' '[A-Z]'} 但是当我运行</

浏览 6提问于2022-04-20得票数 4

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gzip命令块返回“太多级别的符号链接”。

gzip、bioinformatics、bioconductor、nextflow

尝试在我的fastq文件中执行一个相当简单的gzip命令，但是一个奇怪的错误返回。}Command error: gzip: trimmed_SRR19573319_R2.fastq: Too many levels o

浏览 12提问于2022-11-21得票数 2

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如何在Nextflow管道中指定AWK操作？

nextflow

awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output 如果我将这一行放入Nextflow (用groovy(Java)编写)管道脚本，它将显示一个错误，其中提到了变量表示法的问题它在Nextflow之外运行很好。不然我怎么能在这里放变量才能起作用呢？期望的输出是它只在Nextflow中工作。

浏览 1提问于2020-02-13得票数 1

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