如何在Python中通过HTTP与UniProt交谈？ - 腾讯云开发者社区

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如何在Python中实现安全的密码存储与验证

那么，如何在Python中实现安全的密码存储与验证呢？本文将向你介绍一些实际的操作和技术。 1、避免明文存储密码首先，绝对不能以明文形式存储密码。...在Python中，我们可以使用hashlib模块来实现哈希算法。常用的哈希算法包括MD5、SHA-1和SHA-256等。...通过使用盐值，即使黑客获取到数据库中加密后的密码也无法直接破解，因为他们不知道盐值是什么，加大了密码破解的难度。在Python中实现安全的密码存储与验证需要使用哈希算法，并避免明文存储密码。...此外，为了进一步增强密码的安全性，我们还可以结合其他技术，如多重认证、密码策略等来提高整体的安全性。希望本文可以帮助你了解如何在Python中实现安全的密码存储与验证。...通过采取合适的密码存储与验证方法，我们可以保护用户的个人信息，提高系统的安全性。当然，安全是一个持续不断的工作，我们应该时刻关注最新的安全技术和防护措施，为用户提供更加安全可靠的服务。

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王老板Python面试（1）：HTTP中GET与POST的区别？

王老板的创业新公司刚刚融资一个亿，公司新业务又得需要招人了，这次招市场最火语言Python开发工程师！ Let,s go Python!...GET和POST是HTTP请求的两种基本方法，要说它们的区别，接触过WEB开发的人都能说出一二。最直观的区别就是GET把参数包含在URL中，POST通过request body传递参数。...GET参数通过URL传递，POST放在Request body中。（本标准答案参考自w3schools） “很遗憾，这不是我们要的回答！” ? 请告诉我真相。。。...HTTP协议中的两种发送请求的方法。 HTTP是什么？HTTP是基于TCP/IP的关于数据如何在万维网中如何通信的协议。 HTTP的底层是TCP/IP。...在我大万维网世界中，还有另一个重要的角色：运输公司。不同的浏览器（发起http请求）和服务器（接受http请求）就是不同的运输公司。虽然理论上，你可以在车顶上无限的堆货物（url中无限加参数）。

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如何在Python中实现高效的数据处理与分析

Python作为一种强大的编程语言，提供了丰富的数据处理和分析库，帮助我们轻松应对这个挑战。本文将为您介绍如何在Python中实现高效的数据处理与分析，以提升工作效率和数据洞察力。...在Python中，数据分析常常借助pandas、NumPy和SciPy等库进行。...在Python中，使用matplotlib和seaborn等库可以进行数据可视化。...在本文中，我们介绍了如何在Python中实现高效的数据处理与分析。从数据预处理、数据分析和数据可视化三个方面展开，我们学习了一些常见的技巧和操作。...通过合理的数据预处理，准确的数据分析以及直观的数据可视化，我们可以更好地理解数据，发现数据中的规律和趋势，为决策提供有力的支持。

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HTTP协议：连接世界的语言 —— Python中的实践与探索

HTTP（HyperText Transfer Protocol），即超文本传输协议，是互联网上应用最为广泛的一种网络协议。它定义了客户端（如浏览器）与服务器之间的数据交换方式，是Web通信的基础。...本文将深入探讨HTTP协议的基本原理，并通过Python实践案例，帮助新手朋友更好地掌握这一连接世界的语言。一、HTTP协议基础 HTTP是一种用于分布式、协作式和超媒体信息系统的应用层协议。...下面将通过几个实践案例来展示如何在Python中使用HTTP协议。...下面将介绍如何在Python中实现这些高级应用。处理Cookie Cookie是一种用于在客户端存储服务器信息的机制。我们可以使用requests库来处理Cookie。...四、总结与展望通过本文的介绍和实践案例，相信你已经对HTTP协议有了更深入的了解，并掌握了在Python中使用HTTP协议的基本方法。

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如何在Apache和Resin环境中实现HTTP到HTTPS的自动跳转：一次全面的探讨与实践

如何在Apache和Resin环境中实现HTTP到HTTPS的自动跳转：一次全面的探讨与实践摘要猫头虎博主的探索之旅在数字时代的大潮中，网络安全和信息保护越来越受到人们的重视。...今天，让我们一起探讨在Apache和Resin环境中，如何实现从HTTP到HTTPS的自动跳转，以构建一个更安全的网络空间。正文 1....安全之基石：HTTP与HTTPS 在进入技术实践之前，理解HTTP和HTTPS的基本概念和它们之间的区别是至关重要的。 HTTP（超文本传输协议）：无状态的、不安全的数据传输协议。...SSL证书的申请、安装和配置：通过证书颁发机构（CA）获取SSL证书，并将其配置到Apache服务器上。...总结技术的力量，保卫每一个数据包的安全传输经过这一篇详尽的探讨和实践，我们不仅理解了HTTP和HTTPS的基本概念，也学习了在Apache和Resin环境中，如何实现从HTTP到HTTPS的平滑过渡

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J. Chem. Inf. Model. | 用于查找和注释蛋白质结构以进行计算分析

每个实验结构序列使用成对比对与UniProt的参考序列对齐，以注释缺失残基、与UniProt序列的偏差和突变。...对于配置文件或命令行中的每个UniProt访问号，PDBminer使用3D-Beacons数据库或PDBe来识别与特定蛋白质相关的所有PDB结构，并访问其元数据。...此外，PDB文件中编码的蛋白质序列与UniProt序列的任何差异都以红色突出显示，便于检查突变的存在。...PDBminer2network 则可视化PDBminer找到的蛋白质复合物，通过创建网络图表来实现（图3B）。网络图将感兴趣的蛋白质通过其UniProt访问号放在中心，并分支出其他节点。...每个节点进一步分支到通过其UniProt访问号识别的结合蛋白质。

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Python每日一谈｜No.26.实例.7-Bioinfor.1-Blast-Python调用

目前这套软件包含五种基本功能： •核酸序列对核酸序列库比对（blastn）：直接将输入的核酸序列与数据库中的核酸序列进行比对。...•蛋白质序列对蛋白质序列库比对（blastp）：直接将输入的蛋白质氨基酸序列与数据库中的氨基酸序列进行比对。...•蛋白序列对核酸序列库比对（tblastn）：将输入的蛋白质氨基酸序列，与由核酸数据库中的序列翻译而来的潜在的蛋白质氨基酸序列进行比对。...用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。...--- 来源于中国药科大学图书馆官网地址：http://www.uniprot.org/ 数据库下载地址：https://www.uniprot.org/downloads#uniprotkblink

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使用TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释

第一步：根据叶绿体基因组的genbank注释文件获得蛋白编码基因序列提取序列的python脚本 import sys from Bio import SeqIO input_file = sys.argv...") as fw: for a,b in protein_coding.items(): fw.write(">%s\n%s\n"%(a,b)) 使用方法 python...extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta 第二步：使用diamond将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对，获得TBtools做GO注释需要的.../knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz bgzip uniprot_sprot.fasta.gz 下载diamond wget http://github.com...-db uniprot_sprot 运行完目录下多了一个uniprot_sprot.dmnd文件比对自己的数据，我的是核苷酸序列，使用blastx ~/mingyan/Bioinformatics_tools

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如何使用 uniprot ID 进行 KEGG 和 GO 富集？

UniProt ID 是指在 UniProt 数据库中为每个蛋白质赋予的唯一标识符。...信息整合：通过 UniProt ID，可以快速访问蛋白质的详细信息，包括功能描述、亚细胞定位、序列特征、与其他蛋白质的相互作用、文献引用等。...跨数据库链接：UniProt ID 还可以用于与其他数据库（如 NCBI、PDB、KEGG 等）的链接，方便获取更全面的生物学信息。...序列比对和分析：UniProt 提供的工具（如 BLAST 和 Align）允许通过 UniProt ID 进行序列比对和进化分析。...Download按钮：就会得到一个蛋白名字与基因名字对应的tsv表格，读取并简单处理： rm(list=ls()) library(clusterProfiler) library(Matrix) library

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Alphafold2-I

alphafold2的安装方法有两种： docker安装版本通过conda安装不用docker版本今天我们主要介绍的是第二种， AlphaFold Non-Docker setup 首先第一步...64.sh && bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 第二步：创建conda环境并且更新和激活 conda create --name alphafold python...Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License"); # You may obtain a copy of the License at http...echo "Downloading PDB70 database" pdb70_filename="pdb70_from_mmcif_200401.tar.gz" wget -P "$pdb70" "http...uniprot/$trembl_unzipped_filename" mv "$uniprot/$trembl_unzipped_filename" "$uniprot/uniprot.fasta" rm

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常用生物信息 ID的介绍

由于 entrez id 相对稳定, 所以也被众多其他数据库, 如 KEGG 等采用. Entrez Gene ID 就是一系列数字, 也比较容易辨识。...狗中TP53的Gene ID是403869，他们都有着相同的Official Symbol：TP53。 ?...两个首字母如 ”NC_”、”NM_”、”NP_”分别对应DNA、mRNA、Protein。可参考【生物数据库】。...ID是UniProt 数据库【https://www.uniprot.org/】中蛋白质的编号。...4.sangerbox：http://sangerbox.com/IdConversion 5.biomart工具：http://www.biomart.org/ 6.FunRich软件，在我之前的文章就有介绍

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AlphaSync: 同步 UniProt 的下一代AlphaFold结构数据库

AlphaFold 结构的更新需求显著 AlphaFold2 虽然提供了高精度结构预测，但当前 AFDB（AlphaFold Protein Structure Database）中的模型常与最新 UniProt...研究人员发现，在 20,639 个经 UniProt 审核的人类参考蛋白中，有 676 个（3.3%）蛋白在 2022–2025 年间被更新或新增。...其流程如下：从 AFDB 获取结构模型并提取其序列；与最新 UniProt 序列进行完美匹配；若 AFDB 中无匹配结构，则利用 AlphaFold2 对序列重新预测；统一残基层级注释：溶剂可及性...、无序区、二面角等；添加全原子非共价接触信息；通过 Web、API 形式提供可视化与数据下载。...同工型结构预测拓宽生物功能解析能力 UniProt 中大量蛋白拥有同工型结构，许多疾病相关基因通过剪接变体实现不同功能。

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RNAseq-GO、biomaRt转换ID

支持Uniprot ID。MSU ID转换为 Uniprot ID（PlantGSEA） 5 CARMO：http://bioinfo.sibs.ac.cn/carmo/result.php?...job_id=1625924324108758969 只更新到 2015年，支持 LOC ID 将MSU ID（LOC）转换为 Uniprot ID，PlantGSEA 将Uniprot ID粘贴到PANTHER...#3.1建立与ensemble数据库的链接 #在ensemble plants上能看到所有已提交的物种信息 ensembl = useMart(biomart = "plants_mart",host...它描述了从有限N个物件（其中包含M个指定种类的物件）中抽出n个物件，成功抽出该指定种类的物件的次数（不放回）。拿不到结果？...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容，请发送邮件至举报，一经查实，本站将立刻删除。

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基因功能注释

基因功能注释就是将待查基因与已知数据库进行比对，如果比对上则认为二者为同源基因，执行相同的功能。宏基因组中通常包括很多新发现的基因，无法比对上已知数据库。...首先，将物种的基因集序列，一般我们采用氨基酸序列，与数据库进行 blast 同源比对。比对完了之后对 blast 结果进行过滤，因为我们需要在数据库中找到与物种基因集里面基因保持同源的序列。...通过把所有完整基因组的编码蛋白一个一个的互相比较确定的。...KEGG 的另一个任务是一个将基因组中的一系列基因用一个细胞内的分子相互作用的网络连接起来的过程，如一个通路或是一个复合物，通过它们来展现更高一级的生物学功能。...最好基因的氨基酸文件 -o: 输出结果前缀 -m: 使用 HMMER 策略还是 DIAMOND 策略，默认使用 HMMER，新版本只支持 diamond --cpu：使用的线程数 --translate：如使用的核酸序列

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Nat. Struct. Mol. Biol. | AlphaFold 数据库正在“变老”: 为什么 2 亿结构模型也会过时？

尤其在人类蛋白组的 20,504 个 AlphaFold 结构中，有 631 条序列已经与 2025 年的最新 UniProt 数据不一致——意味着3.08% 的结构模型不再与当前的真实蛋白序列对应。...斑马鱼差异竟高达 46.68%，原因是 UniProt 对其蛋白序列进行了大规模清理。这说明：随着时间推移，AlphaFoldDB 与生物学“真实世界”的差距会越来越大。结构真的会变吗？...例如： ZNT2（Q9BRI3）是一种与新生儿短暂性锌缺乏相关的锌转运蛋白。新版本 UniProt 在约 100 位点处新增了 50 个氨基酸插入片段。...始终以 UniProt 为主参考，检查序列是否仍然匹配许多机构（如 UniProt、Swiss-Model）已经开始添加标记，专门提醒用户结构是否对应旧序列。 2....最新进展：AlphaFoldDB 已发布更新版（2025）研究人员在准备文章时，EMBL-EBI 宣布了与 2025 年最新 UniProt 序列完全对应的 AlphaFoldDB 新版本。

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ensemble database_oracle数据库执行计划怎么看

Ensembl与NCBI的NCBI Map Viewer和UCSC是最为常用基因组检索数据库。...数据来源为新的基因组数据，UniProt/SwissProt和UniProt/TrEMBL的蛋白序列，NCBI的RefSeq里的DNA和蛋白序列和EMBL的cDNA序列。...UniProt 主要集中于蛋白质的信息注释。...因此Ensembl基因组数据库中，会有两种注释。...The GENCODE gene sets被其他项目作为参考而广泛使用(如 1000 Genomes).

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分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

从 UniProt 数据库查看一条蛋白质序列（http://www.uniprot.org/）。在UniProt数据库的首页上有一个关于 UniProtKB 数据库的统计表。...Entry 这一列是蛋白质序列在 UniProtKB 数据库中的检索号，Entry_Name 是检索名，检索号与检索名平行运行，都是一条序列在数据库中的唯一标识，两者作用相同，只是写法不同。...包括 UniProtKB 中直接与这个蛋白质有两两相互作用的蛋白质序列的链接，以及这个蛋白质在各种蛋白质相互作用数据库或蛋白质网络数据库中涉及的数据库记录链接。...最后，这些都是在蛋白结构已知的蛋白分子对接，如果我们要对接的蛋白，没有晶体结构，在PDB中是检索不到的，在UniProt 中的Structure是不会显示的。...比如DRAM1这个蛋白，是没有结构的，所以在UniProt 中的Structure是灰色。 ? 如果要对接的蛋白没有结构，我们又要对接，那就只能是自己通过软件预测了。

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如何在 Fedora 35 上通过 Ansible 自动化配置集群中的 K8s 服务，简化复杂容器管理与部署流程？

本文是一篇面向生产环境与DevOps实践的深度技术解决方案教程，结合具体硬件配置、参数、AnsiblePlaybooks与Kubernetes集群自动化配置细节，A5IDC将系统讲述如何在Fedora35...K8s集群通常由控制平面（Master）与工作节点（Worker）组成，通过APIServer、Scheduler、etcd等组件协作维护集群状态。...Ansible作为自动化工具，可将这些重复安装与配置任务通过Playbook形式描述并自动化执行，确保一致性与可重复性。...八、总结A5IDC从实际部署需求出发，结合Fedora35环境，通过Ansible自动化实现Kubernetes集群部署的全流程：自动化安装Kubernetes核心组件自动初始化Master与加入Worker...网络插件与应用服务通过Ansible管理生产环境建议与扩展能力分析这种自动化方式不仅减少人工命令输入，还确保配置一致性，是构建可维护、可扩展K8s平台的重要实践。

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SMART:蛋白质结构域数据库

SMART是蛋白结构域的数据库，该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息，覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。...官网如下 http://smart.embl-heidelberg.de/ 该数据库有以下两种模式 normal genomic normal模式下包含了所有uniprot, ensembl的蛋白质信息...两种模式可以通过SETUP菜单进行切换，通过颜色可以辨别所处的模式，示意如下 ? 通过右上角的Search SMART按钮，可以检索该数据库，支持以下蛋白名称和domain两种检索方式。...输入uniprot或者ensembl 数据库中的蛋白ID进行检索，示例如下，根据uniprot数据库中的蛋白IDC1S_HUMAN进行检索 http://smart.embl-heidelberg.de

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生物医药蛋白分子数据采集：支撑大模型训练的技术实践分享

作为生物信息学领域的数据工程师，近期在为蛋白质相互作用预测AI大模型构建训练集时，我面临着从PDB、UniProt等学术数据库获取高质量三维结构、序列及功能注释数据的核心挑战。...● 合规要求高：需遵守《赫尔辛基宣言》等学术伦理规范二、基础数据采集实现2.1 环境配置# Python环境conda create -n bio-crawler python=3.10conda...代理网络 → 动态住宅代理 ● 点击「创建通道」，配置以下参数： ● 通道类型：选择「动态住宅代理」 ● 并发数：根据采集需求设置（建议初始设为5-10） ● 地域锁定：选择目标数据库服务器所在地（如美国...添加数据使用声明： print("This data is used for academic research purposes only.")通过综合运用反爬对抗技术与生物信息学工具，成功构建了包含...另外在应用中还需要持续监控目标数据库的API更新和反爬策略变化，保持采集系统的灵活性。

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Alphafold2-I

常用生物信息 ID的介绍

AlphaSync: 同步 UniProt 的下一代AlphaFold结构数据库

RNAseq-GO、biomaRt转换ID

基因功能注释

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ensemble database_oracle数据库执行计划怎么看

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SMART:蛋白质结构域数据库

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