1.初识 ggplot2 包 ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统，它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点，将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中，最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量，可以绘制直方图或密度曲线图。...密度曲线还能用于对不同数据的分布进行比较。...例如，要比较不同治疗方式下体重改变量的分布，输入下面的代码： p3 曲线图，箱线图也经常用于展示数值型变量的分布，尤其多用于各组之间分布的比较。
目前课程的主要方向是 科研、统计、地理相关的学术性图形绘制方法，后续也会增加商务插图、机器学等、数据分析等方面的课程。课程免费新增，这点绝对良心！...安装 在R中安装ggpubr可以使用以下命令： install.packages("ggpubr") 主要特点 ggpubr是一个基于ggplot2的扩展，因此它继承了ggplot2的所有功能，并添加了更多的实用功能和自定义选项...可以设置分组、堆叠和分面。 ggboxplot()：创建箱线图，用于展示不同组别之间的分布差异。支持分组、分面和添加自定义标记。 gghistogram()：创建直方图，用于展示单一变量的分布情况。...可以设置分组、密度曲线和填充颜色。 ggviolin()：创建小提琴图，用于展示不同组别之间的分布情况。支持分组、分面和添加自定义标记。...ggqqplot()：创建QQ图，用于检验数据是否符合正态分布。支持添加参考线和自定义颜色。 ggdensity()：创建核密度图，用于展示单一变量的分布情况。支持分组、填充颜色和密度曲线。
一、简介 ggplot2是R语言中四大著名绘图框架之一，且因为其极高的参数设置自由度和图像的美学感，即使其绘图速度不是很快，但丝毫不影响其成为R中最受欢迎的绘图框架；ggplot2的作者是现任Rstudio...，这是一种语法规则和参数设置介于常规plot与ggplot2之间的一种绘图函数； 与plot相似，qplot()的基本参数是x、y，分别代表所要绘制图像的x轴与y轴，并且为了和数据框高度契合（我也十分鼓励将变量都放进数据框中规整起来...——绘制散点图，以ggplot2中自带数据集diamonds作为示例，这是一个关于50000多颗圆切钻石各个指标的数据集，变量说明如下： 变量名 变量说明 price 钻石价格 carat 钻石重量...data, geom=c('point','smooth'), method='lm') 也可以与其他包联动起来，如在加载MASS包的情况下，传入method='rlm'，便可以以一种对异常值不敏感的拟合方式绘制拟合直线...，我们在ggplot中创建了基础的数据映射之后，又接连添加了两个图层，第一个图层绘制出以因子转化后的cyl为shape的散点图，第二个图层绘制出以因子转化后的cyl为colour的光滑拟合曲线，这时summary
）分组是Tumor vs Normal ，患病 vs 不患病 等使用临床信息进行分组的可以直接根据下载到的临床数据进行分组； （2）亚型分组指的是可以先将转录组数据进行 NMF 或者 一致性聚类，然后以得到的分子分型信息分组...差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析 ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 R|clusterProfiler-富集分析 ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ggplot2|绘制...R|生存分析 - KM曲线 ，必须拥有姓名和颜值 注：可以使用其他机器学习的方法进行筛选，如lasso，随机森林，SVM等，可以参考使用机器学习方法构建预后模型的集大成者文献，2010年NC的文章 Pan-cancer...绘制ROC曲线的方式很多种，一般绘制 1年，3年和5年的ROC曲线。...R-apply| 基因表达量批量二分类，Get！（修正版） 数据处理|R-dplyr 2，可视化 可视化部分的话，多看一下具体特定函数的帮助文档，出现报错多使用??
在基因表达分析中，箱线图可以用来显示不同组（例如，疾病组和对照组）中基因的表达水平。箱线图的中位线表示基因在每个组中的中位表达水平，箱子的上下边界表示上四分位数和下四分位数，即表达水平的分布范围。...因此，在评估模型性能时，通常需要结合其他指标，如精确率、召回率、F1分数等，来进行全面的评估。 ---- 起码从R的角度来说，箱线图直接到ROC曲线，顺便计算得到AUC值是很容易的。...同样的，我也是让chatGPT做了一下：使用R代码举例一个差异分析，并且绘制ROC曲线和表达量差异箱线图 ---- 以下是一个使用R进行差异分析、绘制ROC曲线和箱线图的示例。...而且前面的表达量差异分析和后面的ROC曲线没有关系。。。。 其实R语言提供了一系列的函数来处理各种统计分布，包括正态分布、二项分布、泊松分布等。...这些函数通常有四种形式，分别用于生成密度函数（d）、累积分布函数（p）、生成随机变量（r）和分位数函数（q）。
导语 GUIDE ╲ 我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。...小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。...通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...每个组的密度曲线的波峰、谷线和尾部可以进行比较，以确定哪些组是相似的，哪些组是不同的。...R包，可在一个页面直接绘制多组图，喜欢简洁风格的小伙伴可以试试这个。
ROCR包与ROC 一个用于分析ROC的数据是一组连续变量和一组二分类变量，连续变量是预测变量，分类变量是响应变量。 在ROCR包中，这两组数据被称为“predictions“和”labels“。...对于一个ROC曲线而言，它不直接得出哪个阈值最好，而是把所有的阈值都尝试一遍，得出一组（FPR，TPR）坐标，然后绘制成曲线，然后就可以根据曲线来选择最好的阈值：尽可能大的TPR，尽可能小的FPR。...同时一条ROC曲线的展示的预测能力优劣可以由AUC（Area under curve）来衡量：0.5代表随机分布，预测变量没有预测能力；0.5-0.7，较低的预测能力；0.7-0.9，有一定的预测能力，...，auc就是这里面的y。...也可以使用ggplot2进行绘制： tibble(x=perf_roc@x.values[[1]], y=perf_roc@y.values[[1]]) %>% ggplot(aes(x=x, y=y
用几何函数指定图的类型 ggplot()函数指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示。目前，有37个几何函数可供使用。以下列出常用的函数。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...~sex) 添加光滑曲线 这一部分我们着重分析一下添加平滑曲线到散点图的方法。 我们可以使用geom_smooth()函数来添加一系列的平滑曲线和置信区域。...在ggplot2中标尺的概念很普遍，可以通过查看以scale_开头的函数来了解更多信息。 主题 主题可以让我们控制这些图的整体外观。...将多个ggplot2包的图形放到单个图形中最简单的方式是使用gridExtra包中的grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。 让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形中。
大数据文摘出品 编译：睡不着的iris、陈同学、YYY 不知道如何在地图上可视化网络图？下面这篇博客将使用R中的igraph、ggplot2或ggraph包来介绍三种在地图上可视化网络图的方法。...准备工作 首先，我们需要加载下面的库： library(assertthat) library(dplyr) library(purrr) library(igraph) library(ggplot2...除了世界地图（country_shapes）中的国家多边形以外，我们还需创建三个几何对象：使用geom_point将节点绘制为点，使用geom_text为节点添加标签；使用geom_curve将节点之间的边绘制成曲线...请注意，几何对象的顺序非常重要，因为它决定了哪个对象先被绘制，并可能会被随后在下一个几何对象层中绘制的对象所遮挡。...另一个不错的功能是，geom_node_text可以通过repel = TRUE 来分布节点标签，这样它们就不会互相遮挡太多。 请注意，图的边与之前ggplot2的图采用了不同的绘制方式。
4.6 ggplot2程序包 ggplot2是R中用于绘图的高级程序包，它将绘图视为一种映射—数学空问到图形元索空间的映射，例如将不同的数值映射为不同的颜色或其他图形属性。...ggplot2在画图时就是采用了类似photoshop的图层设计方式，允许用户一步步构建图形，并且便于图层的修改。...(2)几何对象 基本图层确定了数据源和映射后，通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数，在图中绘制图形元素其他类型的图形，如直方图、箱线图等。...如点、线、多边形等，还可以用来绘制. ? 上面函数内部的基本参数都是一样的。...R绘制好的图可以保存成多种格式，对应的生成函数名即它的扩展名。
生存分析相关推文： 生存分析和KM曲线：R|生存分析（1） 分析结果一键输出：R|生存分析-结果整理 时间依赖生存分析：R|timeROC-分析 一 载入数据，R包 R-survival包生存分析，R-survminer...#构建模型 fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data=lung) #绘制原生KM曲线 plot(fit) ?...可以很容易的发现与文献中的差异，部分可优化点： 1）区分两条线的颜色和legend 2）坐标轴，标题，主题优化 3）Risk table 4）P值，OR值，CI值等注释信息 三 KM曲线“美颜” 1 survminer...绘制KM曲线 p1 <- ggsurvplot(fit) p1 ?...3）添加其他信息 可类似上述annotation得方式，使用ggplot2添加文字，箭头，公式等其他信息，下面为你可能需要的ggplot2的几个知识： ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2
----- Hadley Wickham 一 ggplot2 背景介绍 ggplot2是由Hadley Wickham创建的一个十分强大的可视化R包。...本文将从ggplot2的八大基本要素逐步介绍这个强大的R可视化包。...直方图 单变量连续变量：可绘制直方图展示，提供一个连续变量，画出数据的分布。...箱式图 箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...#添加默认曲线 #method 表示指定平滑曲线的统计函数，如lm线性回归, glm广义线性回归, loess多项式回归, gam广义相加模型(mgcv包), rlm稳健回归(MASS包) ggplot
abline()、hline()与vline() 在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()： ...为b na.count <- melt(na.count,id='Day') #绘制数据集缺失情况概括图，以变量名为分面依据 p <- ggplot(na.count,aes(x=Day,y=value...~variable) p 2.5 density()与density2d() 很多时候当我们获取的数据集样本数量足够时，通常我们可以绘制密度估计图来大致描述数据集数据的分布，ggplot2中当然提供了这类方法...，我们先从一维的说起： geom_density()： 和R基本绘图系统中的密度曲线绘制方法很接近： library(ggplot2) data <- data.frame(matrix(rnorm...~cut) p 2.8 curve()与segment() 有时候我们需要在已绘制的图形中添加线段、曲线、小箭头之类的注解，这时候就可以用到ggplot2中的geom_curve()与geom_segment
本期为大家分享一个网站 ggplot2 extensions - gallery，该网站中包含了若干使用ggplot2及其扩展包实现的可视化案例，并附有详细绘图步骤和R语言代码。...ggh4x:定制刻面、多种色标和其他选项 ggbeeswarm 在较小的数据集中展示每个数据点的分布和密度。 survminer:利用ggplot2绘制生存曲线图。...ggalluvial:绘制流程图和分层桑基图 ggridges:绘制密度图和堆叠图，用于展示数据在一个连续变量上的分布。 ggside:用于创建分面图（faceted plots）的扩展包。...ggmosaic 通过 geom_mosaic在 'ggplot2' 中实现马赛克图。 ggfx “ggplot2”和“grid”的像素过滤器。...gggenes:绘制基因组图谱,通过简单而灵活的方式来可视化基因组注释数据。 ggblend 用于混合、复制、调整、转换和合成 ggplot2 层的运算代数。
经过这么长时间对R语言的学习，相信对于R中的四种独立图形系统，你肯定也不会感到惊奇。...四种常见的作图系统中，ggplot2包基于一种全面的图形“语法”，提供了一种全新的图形创建方法。这个包极大地扩展了R绘图的范畴，提高了图形的质量。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...我们在前面已经见过了函数geom_smooth()的例子，该函数中的参数含义依次为：method代表要使用的平滑函数，如lm、glm等；参数formula代表在函数中使用的公式，和回归分析中的参数formula...基础图形中，参数mfrow和函数layout()可以绘制组合图形，ggplot2里面函数grid.arrange()可以实现这一点（如图16，具体见代码）。
前言 在前几天对数据分析师与算法工程师进行岗位对比分析的文章中，我们使用了密度分布图和箱线图对薪资水平与学历对薪资的影响进行了分析，那么早起就对这两种图形的绘制方法进行解析，也借着这个机会讲一下我最喜欢的绘图包...：ggplot2 密度分布图 在频率分布直方图中，当样本容量充分放大时，图中的组距就会充分缩短，这时图中的阶梯折线就会演变成一条光滑的曲线，这条曲线就称为总体的密度分布曲线。...这条曲线排除了由于取样不同和测量不准所带来的误差，能够精确地反映总体的分布规律，密度分布图其实就是密度分布曲线的填充。 原文的的密度分布图的绘制软件为R，为啥不用Python？...","salary") 接着使用下面的代码加载ggplot2，并设置x轴，此时图形长这样?...结束语 以上就是使用R绘制漂亮的密度分布图过程，我已将原始数据放在公众号后台回复招聘获取，感兴趣的读者可以利用原始数据自己使用python进行处理得到我们需要的数据格式再绘制，最后留一个问题，怎样绘制学历关于薪资的箱线图
Q: 如何加载一个以符号分隔的文本文件中的数据？...也使用了管道 第二章：快速浏览数据 简单的函数我们经常使用R基础包中的绘图函数，但是如果图形更复杂，ggplot2就会成为更好的选择。...绘制散点图 library(ggplot2) ggplot(mtcars, aes(x= wt, y= mpg))+geom_point() #这里的第一部分ggplot2创建绘图对象，将数据框传递给该函数...#每只动物分别通过橙汁或抗坏血酸(维生素C的一种形式，代号为VC)两种给药方式中的一种，接受三种剂量水平的维生素C(每天0.5、1和2毫克)中的一种。...boxplot：当箱线图分布值长度为奇数时，箱线图的下，上边缘分别为一分位和三分位。若为偶数则有余数决定。只有任意n/4的余数为1或者2，那么分位数等于观察值，否则则为两观察值的中间数。
a、斜率为b的斜线 points()：在以由图形绘制点图 lines()：在已有图形绘制线图 plot.new()：绘制新的图形，如若不设置参数，绘制一个新的空白图形 segments()：根据起止点坐标...倍箱子高度（四分位数间距），设置add=T可以讲箱形图绘制在当前图像上。...2.3Ggplot2绘图 ggplot2（http://ggplot2.tidyverse.org/reference/）是专门用来绘制数据图形的R软件包，与其他R语言包相比，其语法相对独特，是基于图形语法...此外，数据中还可能包含数据的统计变换（statistical transformation，stats），最后绘制在某个特定的坐标系（coordinatesystem，coord）中，而分面（facet...⑵直方图 在ggplot2中，geom_histogram()可以在图层上添加直方图，stat_density()可以在图层上添加密度曲线，我们使用ggplot内置的示例数据mpg做直方图，如下所示：
用来描述数据正态性的问题，配合正态性检验进行分析 主要的函数和参数 stat_qq() color, shape and size：和之前一样 代码 rm(list = ls()) # 导入需要的包 library(ggplot2...，ggpbur也可以进行qq图的绘制 # 使用ggpbur包中的ggqqplot函数绘制 library(ggpubr) p2 % ggqqplot( x = "weight...ECDF图 ECDF：Empirical cumulative distribution function，用于描述数据的分布，横坐标为指标，纵坐标为累计概率 从图中可以看出数据的分布比例 代码 # 绘图...p3 % ggplot(aes(x = weight)) + # ECDF函数 # 设置性别组，绘制两条曲线 stat_ecdf(aes(color = sex,...结束语 此次为ggplot2系列的最后一次内容，基本的图形已经介绍完毕，总体来说，ggplot语法结构大同小异，用的时候查函数就行。
image.png 3 20分钟掌握如何使用R语言绘制火山图~数据代码公开 时长 20分51秒 https://www.bilibili.com/video/BV185411j7GY...image.png 7 R语言绘制Y轴截断的柱形图的简单小例子~数据代码公开~非常好的R语言入门学习素材 时长 27分05秒 https://www.bilibili.com/video/BV16k4y1C7RC...image.png 8 R语言ggplot2频率分布直方图的简单小例子 时长 13分 28秒 https://www.bilibili.com/video/BV1Ua411w7uQ ?...image.png 9 10分钟掌握R语言的ggplot2包制作饼状图 时长 12分25秒 https://www.bilibili.com/video/BV1nA411778g ?...image.png 10 ggplot2散点图分组添加拟合曲线~数据代码全公开 时长 14分18秒 https://www.bilibili.com/video/BV1Ci4y137p3 ?
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