如何在R中创建包含多个序列的fasta文件

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r、bioinformatics、fasta

我一直在从一个在线数据库(uniprot)中提取fasta文件，方法是使用下面的库获取它们的登录号： install.packages("protr") library("protr我遇到的问题是将多个序列写入一个单独的合并fasta文件。目前，我已经确定了一种方法，为我使用下面的代码抓取的每个单独的序列编写单独的</

浏览 168提问于2021-11-19得票数 1

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在fasta文件中插入空行

r、fasta

我想读取一个包含多个dna序列的fasta文件，将其转录成rna，然后将结果写入fasta格式，代码如下：dna <- readDNAStringSet("D:/R/smpl.fasta")rna A RNAStringSet

浏览 0提问于2016-02-07得票数 0

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函数，它读取文件的内容并创建带有大写内容的新文件。

python、formatting、filenames、uppercase、fasta

我是Python (3.5.1，Windows 10)的新学生，我的任务是编写一个函数，读取Fasta文件的内容(该文件的名称由用户指定)，并创建一个新文件(用户也给出的名称，可以是.fasta或.txt)，并使用大写的Fasta序列。fasta文件是格式化的，因此序列<em

浏览 4提问于2016-04-07得票数 0

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随机子序列fasta序列与变更序列名

r、bioinformatics、fasta、bioconductor

我有一个fasta文件(fas2)，它有大约1000个fasta序列，下面是fasta序列的两个示例：ATGGCTACTCCTTCGATGATGCCGCAGTGGTCTTACATGCACATCGCCGGGCAGGATGCCTCCGA文件。所以我用这个评论来读我的文件： fas3 <- readDNAStringSet(fas2, "fasta<

浏览 1提问于2015-03-18得票数 0

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如何使用R读取多个FASTA文件？

r、fasta

我有以下问题:我有10个不同的FASTA文件，每个文件中有数千个序列。我想从每个fasta文件中读取所有的序列，然后(用粘贴)创建一个包含所有序列的大文件。我的问题是:如何在同一时间读取不同的文件？我也尝试了命令read.fasta，但它给了我一个奇怪<em

浏览 5提问于2012-02-17得票数 1

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如何根据CSV格式的名称列表从FASTA文件中选择基因？

r、dataframe、fasta

我正在寻找一种R解决方案来从一个FASTA文件中提取多个序列，基于与单独文件(.csv)中的标题ID列表的匹配。我是R的新手，我正在尝试找到一种方法:获取一个包含fasta头文件中的字符串的文件 header_ID_strings文件看起来像这样: CAP3

浏览 12提问于2019-01-25得票数 0

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连接同一物种名称下两个文件中的DNA序列

python、bioinformatics、biopython、fasta

我有两个FASTA文件包含编码两种不同蛋白质的DNA序列。我想将不同蛋白质和同一物种的序列连接成一个长序列。TACGATCAGCTA>sce>act可能有一点问题是，物种在两个文件中出现的顺序不同，其中一个文件中有一些序列，但另一个<em

浏览 30提问于2019-08-15得票数 0

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使用bash计算包含多个序列的fasta文件中每个序列中出现的字符数。

linux、bash、grep、fasta

我希望计数fasta文件中每个序列中出现的字符数，但使用我使用的方法，我计算fasta文件中字符的总数：有什么方法可以使用包含多个序列的fasta文件对每个序列进行处理吗？<em

浏览 4提问于2022-10-05得票数 1

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将文件名添加到循环内多个fasta文件的fasta标头

bash、awk、bioinformatics、fasta、sequencing

我有10个fasta文件(每个文件包含来自10个样本的20个基因序列)。我想创建20个文件，特定于10个样本中的每个基因。"_file1"}1' > gene_name1.fasta 我成功地为每个样本中的每个基因创建了多个基因fasta文件(loop<em

浏览 20提问于2017-08-22得票数 2

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python、bioinformatics、biopython

我有一个包含447个基因的Nexus文件，但我需要447个单独的Nexus文件(每个基因一个)有人知道怎么做吗？编辑:我尝试使用bioPython，但是每个文件只支持一种对齐方式。

浏览 30提问于2020-07-17得票数 1

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将多个FASTA文件拆分成多个单独的文件，并保留其原始名称

awk、split、sequence、fasta

我正在尝试使用AWK脚本，这是早些时候在这个论坛上发布的。我正在尝试将包含多个DNA序列的大型FASTA文件拆分成单独的FASTA文件。我需要将每个序列分离到它自己的FASTA文件中，并且每个新FASTA文件的名称需要是来自原始的大型multifasta<e

浏览 6提问于2014-01-31得票数 0

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遍历FASTA条目并重命名重复项

r、bioinformatics、fasta

我有一个包含大量条目的FASTA文件。虽然所有的DNA序列都不同，但FASTA的一些名字是相同的。如果一个名字有多个副本，我想附加一个数字，使它们成为唯一的名字。因为我计划在R中使用它，所以我将fasta序列导入到R中，并将其作为数据帧df。) ddply(df, Name_Column, transform, Column = paste(Na

浏览 1提问于2011-10-19得票数 2

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将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)

python、converters、fasta

我正在尝试将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)，以便能够将其上传到IQTREE，以便用于系统发育分析。fasta文件是对齐的合并文件，是将个体排序成5个种群中的一个的映射。已附上此文件的示例。我试过R和python，但没有取得任何成功。

浏览 6提问于2022-11-01得票数 -1

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我有一个包含I和序列的fasta文件，如下所示：GSMSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPSAAMVLAYYSGYAGNYAALTRYAASFNAVAVDFYNITAQGAVTGNGDPAPNDAISFLLGRKIPAYGCVSNVDGNGNWSADIAHAVSTSAQSQAVANLVKF

浏览 0提问于2021-11-14得票数 0

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