如何在R中删除heatmap.2中的列名？
在R中删除heatmap.2中的列名，可以通过以下步骤实现：
- 首先，确保已经安装了
gplots包，可以使用以下命令安装：
install.packages("gplots")- 加载
gplots包：
library(gplots)- 创建一个矩阵作为示例数据：
data <- matrix(1:12, nrow = 3, ncol = 4)
colnames(data) <- c("A", "B", "C", "D")- 使用
heatmap.2函数绘制热图，并设置参数ColAxisColors为NA，以隐藏列名：
heatmap.2(data, ColAxisColors = NA)这样就可以在heatmap.2中删除列名。请注意，以上答案中没有提及任何特定的云计算品牌商，如有需要，可以根据实际情况选择适合的云计算平台。
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在heatmap2中将行标签设为斜体
r、plot、heatmap、plotmath、gplots
我尝试使用R函数heatmap.2使我的行标签变为斜体。没有默认的选项，我也不能通过设置par(font=3)来解决这个问题。如何在heatmap.2中将行标签设置为斜体
set.seed(123)
data = matrix(sample(100), nrow=10, ncol=10)
rownames(data) = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J")
libra
浏览 199提问于2019-07-26得票数 4
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如何用指定的行和列填充矩阵？
r、matrix
假设您有一个矩阵(X)和第二个矩阵(src)，使得X的行名是src的行名的子集，X的列名是src的列名的子集。用src的行和列、X的数据以及用缺省值(如0或NA)填充的缺失数据创建矩阵的最佳方法是什么？
下面是我的尝试，但我觉得在R中必须有一种标准的方法来做这件事。
# Assume row and columns are named
PadColumns <- function(x, src, fill = NA) {
# pad columns with default values
result <- matrix(fill, nrow = nrow(x), ncol
浏览 0提问于2016-08-31得票数 1
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访问R中的坐标heatmap.2
r、graphics、heatmap
我已经为定义在0,1上的两个变量用heatmap.2绘制了一个图，现在我想画一个abline(v=0.2)。这将是“错误的”(相对于我想要的，而不是R的内部logid，我假设)，因为heatmap.2还将其他东西放在绘图区中，比如颜色键(我猜，热图的轴也是内部的其他东西，因为我只是在下面的例子中重命名轴)。
我的问题是:如何才能最方便地放置像abline这样的东西，最好是根据实际热图的坐标，而不是整个绘图区。
rm(list=ls())
library(rpart)
library(gplots)
library(RColorBrewer)
N <- 150
# just some
浏览 0提问于2015-06-18得票数 1
1回答
R热图，Y轴上的标签非常接近
r、heatmap
我使用R绘制CSV文件中数据的热图(10 (列)条件和1000 (Rowa))
以下是我正在使用的代码。
nba <- read.csv("1317754115.csv", sep=",")
nba_matrix <- data.matrix(nba)
cexRow = 0.2 + 1/log10(1000),
cexCol = 0.2 + 1/log10(10),
nba_heatmap <- heatmap(nba_matrix, Rowv=cexRow, Colv=cexCol,
col = heat.colors(256),
浏览 0提问于2011-10-05得票数 2
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1回答
R转换图
r、matrix、graph、transition
我想画一个转移矩阵，但我希望每个状态都有两列。
我的矩阵是：
> R
0 30 60 90 <NA>
0 0.75 0.37 0.17 0.07 0.97
30 0.15 0.40 0.32 0.02 0.02
60 0.00 0.20 0.19 0.05 0.01
90 0.00 0.00 0.03 0.52 0.00
NA 0.10 0.03 0.29 0.35 0.00
因此，从状态0开始，75%剩余，15%变为30，依此类推。
问题是我不想要下面的图：
library(diagram)
plotmat(R)
相反，我希望每个州都有2
浏览 8提问于2015-02-05得票数 4
1回答
热图和热图之间的执行时间差
r、heatmap、execution-time
我试图想象相当大的矩阵(即10000 x 100)。如果我假设我对在列或行上执行的任何附加集群不感兴趣(这可能会造成问题，因为维度很高)，这似乎是可行的。
我从来自gplots包的增强的gplots开始。由于我想忽略集群或重新排序，根据文档和堆栈建议(例如)，我设置了适当的参数
heatmap.2(some_data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, dendrogram = "none", trace="none")
但是，执行时间却很长，就好像是二次，取决于行数，情况就是这样。请参见下面的图中的依赖项。
另一方面，当我使用了来自hea
浏览 1提问于2017-12-12得票数 1
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1回答
按标识符列组合列表中的矩阵
r、list、function、merge
此问题试图通过列标识符连接集合中的矩阵。我们可以用以下形式来表达这个问题：
设置
mat1 <- data.frame(matrix(nrow=4, ncol =3, rnorm(12,0,1)))
mat2 <- data.frame(matrix(nrow =5, ncol=3, rnorm(15,0,1)))
mat3 <- data.frame(matrix(nrow=3, ncol =3, rnorm(9,0,1)))
mat4 <- data.frame(matrix(nrow =6, ncol =3, rnorm(18,0,1)))
colnames(ma
浏览 0提问于2019-07-29得票数 0
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5回答
pheatmap: NA的颜色
r、na、pheatmap
使用R包pheatmap绘制热图。有没有一种方法可以给输入矩阵中的NAs分配颜色？似乎在默认情况下，NA会被染成白色。例如：
library(pheatmap)
m<- matrix(c(1:100), nrow= 10)
m[1,1]<- NA
m[10,10]<- NA
pheatmap(m, cluster_rows=FALSE, cluster_cols=FALSE)
谢谢
浏览 0提问于2014-09-19得票数 13
2回答
合并两个DataFrames匹配的行/列
r、loops、dplyr、merge
给定两个不同维度的数据帧，我如何将一个数据帧合并到另一个数据帧之上，保持较大的df的维度，并在需要的地方插入较小的数据帧。
x = matrix(data = 1:4, nrow = 20, ncol = 22)
y = matrix(data = NA, nrow = 26, ncol = 26)
类似这样的东西，其中Y是一个全空矩阵，X是一个实际数据点的矩阵。我如何合并它们，以便将来自X的数据覆盖到Y的矩阵上
我试过像这样的东西
Z<- merge(Y, X, by = "Country", all.x= TRUE)
但最终发生的是，我得到的DF是列大小的两倍，数据
浏览 13提问于2021-05-27得票数 0
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2回答
如何为R中的热图重新排序矩阵？如何以相同的方式重新排序具有相同值的实际矩阵，使其与热图相对应？
r、matrix、heatmap
当从给定矩阵在R中绘制热图时，它会自动重新排序行和列，以便可视化更容易。
我想知道它是如何做到这一点的，以便我可以用数字重新排序实际的数据帧本身。(因此，包含数字的矩阵被重新排序)
我希望这是有意义的。
谢谢
浏览 1提问于2017-03-27得票数 0
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热图中的边界单元格
r、graph、heatmap
我正在尝试使用一个相关矩阵和一个p值矩阵在R中构造一个热图。
我使用这个来构建热图，没有任何问题。它工作得很完美。我甚至可以在右边的单元格中引入第二个矩阵(p值矩阵)中的一些值。
但是，当我尝试突出显示相应的单元格时，它不起作用。我使用这个来生成边框。我使用gplots和RColorBrewer包来使用RStudio v0.97。代码是：
library(gplots)
library(RColorBrewer)
my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n =
浏览 1提问于2014-01-24得票数 1
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将向量转换为矩阵(在R中)
r、matrix、reshape、spread、dcast
我想从“nx1”向量创建一个“nx8”矩阵。
-问题:我为什么要这么做？
-答案:为了使矩阵与“8x8”马尔可夫链概率转移矩阵相乘，并返回预测状态的“nx8”矩阵。
-解决方案:我已经在下面的尝试3中解决了这个问题，但是想知道是否有更好的方法来解决这个问题(而不是使用两个转置函数)？
R码
创建一个虚拟的“nx1”向量：(这里我们使用n= 2)
> temp_vector <- c("state 4", "state 7")
> temp_vector
[1] "state 4" "state 7"
预期产出：
浏览 2提问于2018-05-25得票数 2
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彩色矩阵R保存乳胶
r、image、matrix、import、latex
我在R中有这个“彩色”矩阵
library(gplots)
#Build the matrix data to look like a correlation matrix
x <- matrix(rnorm(64), nrow=8)
x <- (x - min(x))/(max(x) - min(x)) #Scale the data to be between 0 and 1
for (i in 1:8) x[i, i] <- 1.0 #Make the diagonal all 1's
#Format the data for the plot
xval &
浏览 4提问于2016-09-29得票数 1
1回答
使用名称填充矩阵和Rcpp
r、performance、matrix、rcpp
假设存储在列表中的向量的命名元素应该分配给矩阵的匹配列(参见下面的示例)。
library(microbenchmark)
set.seed(123)
myList <- list()
for(i in 1:10000) {
myList[[i]] <- list(sample(setNames(rnorm(5), sample(LETTERS[1:5])), ceiling(runif(1,1,4))))
}
myMatrix <- matrix(NA, ncol = 5, nrow = 10000)
colnames(myMatrix) <- LETTERS[1
浏览 6提问于2017-10-17得票数 0
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4回答
将多个复杂图合并为单个图形中的面板
r、layout、plot、heatmap
@backlin介绍
通过使用layout或par(mfrow=...)，可以将多个简单的绘图合并为一个图形中的面板。但是，更复杂的打印往往会在内部设置自己的面板布局，从而使其无法用作面板。有没有一种方法可以创建嵌套布局并将复杂的绘图封装到单个面板中？
我感觉grid包可以做到这一点，例如，通过在不同的视口中绘制面板，但还不能弄清楚如何做到这一点。这里有一个玩具示例来演示这个问题：
my.plot <- function(){
a <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
plot.new()
par(mfrow=c(2,2))
p
浏览 2提问于2012-10-26得票数 20
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2回答
R:用NAs计算互信息矩阵时的性能问题
r、performance、nested-loops、mutual-information
我意识到用NA使用R的infotheo包计算数据中的相互信息不会产生错误，但结果不正确。更详细地描述了这个问题，但是虽然我现在有了一个数学上正确的解决方案，它只删除了成对、不完整的情况，而不是跨越所有列，但大数据集的性能却是灾难性的。我想是嵌套的for循环导致计算时间过长，有人知道如何提高以下代码的性能吗？
library(infotheo)
v1 <- c(1,2,3,4,5,NA,NA,NA,NA,NA)
v2 <- c(1,NA,3,NA,5,NA,7,NA,9,NA)
v3 <- c(NA,2,3,NA,NA,6,7,NA,7,NA)
v4 <- c(NA,N
浏览 9提问于2022-06-16得票数 0
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R中的Recenter热图2
r、heatmap
我使用下面的代码来生成一个热图，使用R的heatmap.2。key="F“去掉了顶部的颜色键。但是，绘图不会重新缩放，在先前由颜色键占据的位置上留下一个空白。我如何通过消除顶部的空格来重新居中绘图？
dImp_heatmap <- heatmap.2(dSet_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(20), dendrogram="none",trace="none", key="F",margins=c(1,8),colsep=c(1:6),rowsep=(1:62),sepwidth
浏览 0提问于2012-03-20得票数 5
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在R闪亮中，如何反应地链接一系列可扩展的用户输入矩阵？
r、shiny、observers、shiny-reactivity
在以下缩短的代码中，用户输入在三个用户输入矩阵中“链接”(也在下面的图像中说明)：
矩阵1:如果用户想要运行一个粗略且快速的场景，用户将只输入矩阵1。一个变量，一个场景。
矩阵2:如果用户想要运行更复杂的场景，用户可以选择将矩阵1输入到矩阵2的“下行流”到矩阵2的第1列/列2中，以便将其种子化。矩阵2垂直扩展以容纳生成曲线的额外用户输入。
矩阵3:如果用户想要运行多个复杂的场景，用户可以选择地输入矩阵3，而矩阵3的场景1是矩阵2的下游镜像反射。矩阵3垂直和水平扩展，以适应用户输入+附加场景。
请注意，更完整的App运行生成曲线的内部/外推计算。为了简单起见，下面的代码将运行一个简单(且荒谬的)
浏览 3提问于2021-11-07得票数 0
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根据日期名称聚合稀疏矩阵
r、matrix、aggregate、sparse-matrix
我有一个非常大的稀疏矩阵，每天出现不同单词的频率超过3年。矩阵只包含该单词在该天的频率，因此行名实际上是该单词，而列名称是从2014-01-01到2017-12-31的日期。我想按月聚合矩阵，所以我的想法是从日期中删除日期，这样我每个月都有相同的列名称，但我不知道如何正确地将它们相加。至于在几周内聚合，我不知道怎么做。我看到在数据帧中聚合相对容易，但我不想转换我的矩阵，因为它真的很大，比如2 2gb。我也读过关于plyr的文章，但不知道如何真正使用它。我也知道Matrix.utils aggregate.Matrix，但我完全不理解有关groupings操作符的文档。我希望这是有意义的。
矩阵
浏览 0提问于2018-01-21得票数 0
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如何将热图列标签更改为R中的符号
r、heatmap、gplots
正如上面的标题所指出的，我希望将heatmap.2生成的热图中的列标签从R中的package gplots更改为symbols而不是text。我想知道这是否可行，如果可行，如何做到？
这是使用heatmap2生成热图的示例代码：
library(gplots)
data<-sample(1:100,size=80)
M<-matrix(data,nrow=10,ncol=8)
colnames(M)<-c("W1_1","W1_2","W1_3","W1_4","B1_1","B1_2&#
浏览 18提问于2017-01-16得票数 1
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