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GEO2R:GEO数据库数据进行差异分析

GEO数据库数据是公开,很多科研工作者会下载其中数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见分析策略之一,为了方便大家更好挖掘GEO数据,官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便进行差异分析...从名字也可以看出,该工具实现功能就是将GEO数据库数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductorR包实现 GEOquery limma GEOquery...在网页可以看到GEO2R按钮,点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外,GEO2R还提供了一些简单数据可视化功能。 1....点击Sample values, 可以看到对应表达量值,示意如下 ? GEO2R进行差异分析步骤如下 1....第一个参数用于选择多重假设检验P值校正算法,第二个参数表示是否原始表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果展示对应platfrom注释信息,是基于客户提供supplement file

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拓端tecdat|R语言计量经济学:虚拟变量(哑变量)在线性回归模型应用

大多数数据都可以用数字来衡量,身高和体重。然而,诸如性别、季节、地点等变量则不能用数字来衡量。相反,我们使用虚拟变量来衡量它们。 例子:性别 让我们假设xy影响在男性和女性是不同。...绘制查看x和y之间关系,按性别给数据着色,并按地点分开。 plot(d,grid~location)  性别对Y影响似乎是显著。但当你比较芝加哥数据和多伦多数据时,截距不同,斜率也不同。...---- 最受欢迎见解 1.R语言多元Logistic逻辑回归 应用案例 2.面板平滑转移回归(PSTR)分析案例实现 3.matlab偏最小二乘回归(PLSR)和主成分回归(PCR) 4.R语言泊松...Poisson回归模型分析案例 5.R语言回归中Hosmer-Lemeshow拟合优度检验 6.r语言中LASSO回归,Ridge岭回归和Elastic Net模型实现 7.在R语言中实现Logistic...逻辑回归 8.python用线性回归预测股票价格 9.R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标

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5000个matlab常见问题锦集雄关路(001)

右键快捷方式,选择属性,并在 Start in 设置启动时工作路径。 需要注意是,上述三种方法互有冲突,因此仅建议通过一种方式进行设置。 2、如何在新版本 MATLAB 绘制多边形?...这些函数传参数形式为:[最小值,最大值]。...使用字符向量元胞数组指定标签。如果不希望显示刻度标签,请指定空元胞数组{}。若要在标签包含特殊字符或希腊字母,请使用 Tex 标记, \pi。...如果您 MATLAB 搜索路径有问题,请运行以下 MATLAB 命令, 然后重新启动 MATLAB。 9、MATLAB ,如何在一组子图上插入标题?...如果图形存储在文件 example.fig,则使用 openfig 函数打开图形文件。将 Figure 对象分配给变量fig。

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比较基因组:点图介绍与可视化

基因组点图(Genome Dot Plot)是一种用于比较两个或多个基因组工具。它通过在一个二维矩阵绘制基因组序列相似性来显示基因组之间相对关系。...序列分割:将比对得到相似区域切割成较短片段,通常是几十到几百个碱基。 构建点图:将切割得到片段在二维矩阵中表示。...矩阵行和列代表不同基因组,而每个片段在矩阵位置则反映了其在各个基因组出现位置。 着色和标记:根据相似性程度,将点图中片段进行着色和标记。.../dotPlotly/pafCoordsDotPlotly.R \ -i result_minimap2.paf \ -o ctg \ -s -t -l 结果 往期推荐 如何在...在 PyTorch 实现可解释神经网络模型 如何在 Linux 列出 Systemd 下所有正在运行服务

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【工具】用R软件绘制中国分省市地图

【注】新版本maptools包很多函数进行了修改,对于修改内容,文章中用红色文字进行了说明。...鉴于最近有不少人在讨论用R软件绘制地图问题,我也就跟着凑了凑热闹,相应方法学习了一番。...于是自然就产生了一个问题:如何获取某一个特定地区ID,进而设置我们想要颜色?事实,在变量x,就已经存储了我们想要信息。...在x$att.data第899行有一个NA,不知道它代表是否就是中国澳门。 利用类似的方法就可以根据自己需要对不同区域进行着色,下面再举一例。...从国家统计局获取2007年我国各地区的人口数据,然后根据人口多少各省份进行着色

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一起来学matlab-matlab学习笔记9 高级绘图命令_2 图形高级控制_视点控制和图形旋转_色图和颜色映像_光照和着色

代表plot颜色或线型表一种颜色,例如,'r'代表红色;(2)三个输入行向量,它代表一个单独RGB值,[.25,.50.75];(3)矩阵。...[cmin,cmax]=caxis返回映射到颜色映像第一和最后输入项最小和最大数据。它们通常被设成数据最小值和最大值。...三维表面图形着色 三维表面图实际就是在网格图每一个网格片涂上颜色。surf函数用默认着色方式网格片着色。除此之外,还可以用shading命令来改变着色方式。...shading faceted命令:将每个网格片用其高度对应颜色进行着色,但网格线仍保留着,其颜色是黑色。这是系统默认着色方式。...在该指令使用前,采用是等强度各处相等漫射光。一旦该指令被执行,虽然光源本身并不出现,但图形“轴"、“面”等子对象所有与光有关属性(背景光、边缘光)都被激活。

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Matlab绘图方法整理(超完整版)

10] y = sin(x) plot(x,y,'-r*') 可以看到,x是一个长度为1001一维数组,y是和x等长在sin(x)一维数组,后边-r*分别为曲线线性、颜色、数据点标记,其中参数一些具体属性如下表所示...(x,y2) 图形修饰处理 前面写了一些基本绘图指令,可以对我们图形进行简单修整,让其变得更完备更好看,接下来是一些图形修饰方法。...) colormap(cmap) 用shading函数来改变着色方式 参数如下: 名称 作用 shading faceted 每个网格片用其高度对应颜色进行着色,默认网格线是黑色 shading...将图形需要裁剪部分对应函数值设置成NaN,这样在绘制图形时,函数值为NaN部分将不显示出来,从而达到图形进行裁剪目的。...,改变坐标轴范围、设置字体和刻度点、设定线条风格等等,不过它们涉及到使用更深入,在这里不再展开叙述,而事实,对于我们非常熟知figure,它也能加上参数来窗格进行设置,这都是我们经常使用,但也是经常忽略它们其它功能函数

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绘制让人眼前一亮美图--你需要这个!

R安装 与常规R包不同,ggthemr没有在发布在CRAN,因此我们需要使用devtoolsinstall_github()从github安装: devtools::install_github...我们可以使用如下命令清除主题并返回到ggplot2默认设置: ##清除主题 ggthemr_reset() 由于ggplot2函数会存在一些bug,在绘图时候可能会返回错误(:颜色名称未知),我们可以通过调用...04 布局设置 布局设置可以设置主题中网格线和文本外观和位置,可以通过我们个人喜好这些进行更改!...Type参数 Type参数主要分为内部和外部两种选择,设置为内部时,图背景色不会超出图区域。设置为外部时,则会给整个图和背景着色。让我们对比一下看看效果吧!...= 0.3) example_plot 图片进行校正: 当我们已经确定了一个主题时候,如果我们想单独里面的颜色进行微调(互换),swatch()函数就可以实现这个功能,让我们看看前后对比图。

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Python实践:seaborn散点图矩阵(Pairs Plots)可视化数据

在本文中,我们将通过使用seaborn可视化库在Python中进行绘制和运行。我们将看到如何创建默认配对图以快速检查我们数据,以及如何自定义可视化以获取更深入洞察力。...虽然后面我们将使用分类变量进行着色,但seaborn默认图仅绘制了数字列。...the non-transformed columnsdf = df.drop(columns = ['pop', 'gdp_per_cap']) 虽然这种制图本身可以用于分析,但我们可以发现,通过诸如大陆这样分类变量进行数字着色...有三个网格部分填写PairGrid:三角形、下三角形和对角线。要将网格映射到这些部分,我们使用grid.map 部分方法。...= 'darkred') 该map_upper方法接受任何两个变量数组(plt.scatter)和关联关键字(color)函数。

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何在 Python 绘图图形上手动添加图例颜色和图例字体大小?

但是,并非所有情况都可以通过 Plotly 默认图例设置来适应。本文将讨论如何在 Python 手动将图例颜色和字体大小应用于 Plotly 图形。...数据帧“考试 1 分数”和“考试 2 分数”列分别用作 x 轴和 y 轴。“性别”列用于使用颜色参数图中标记进行颜色编码。 ...“size”列被指定为标记大小,“color”列被指定为变量,用于根据支付账单的人性别为标记着色。绘图标题设置为“提示数据”。...生成图显示了餐厅顾客总账单和小费金额之间关系,标记大小由另一个变量调整,并由支付账单的人性别着色。图例字体颜色设置为绿色,字体大小设置为 14 以提高可读性。...() 输出 结论 因此,我们学会了如何在 Python 手动将图例颜色和图例字体大小添加到绘图图形

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OpenGL & Metal Shader 编程:ShaderToy 内置全局变量

由于主流 Shader 编程网站, ShaderToy, gl-transitions 都是基于 GLSL 开发 Shader ,加上 MSL 和 GLSL 语法差别不大,后面系列文章将以 GLSL...ShaderToy 常用内置全局变量 在 ShaderToy ,有一些内置全局变量可以在着色器代码中使用。...这些内置全局变量可以在 ShaderToy 着色器代码中使用,以控制着色行为和效果。 你可以使用它们来创建基于时间动画、响应屏幕分辨率效果等等。...请注意,纹理通道(iChannel0到iChannel3)需要通过输入纹理数据进行初始化。 一些内置全局变量用法 iTime 当前时间(以秒为单位),从着色器加载后开始计时。...你可以在 ShaderToy 片段着色器中使用 iMouse 来根据鼠标位置或点击状态进行交互操作。

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R语言k-means聚类、层次聚类、主成分(PCA)降维及可视化分析鸢尾花iris数据集

p=22838 原文出处:拓端数据部落公众号 问题:使用R鸢尾花数据集 (a)部分:k-means聚类 使用k-means聚类法将数据集聚成2组。  ...画一个图来显示聚类情况 使用k-means聚类法将数据集聚成3组。 画一个图来显示聚类情况 (b)部分:层次聚类 使用全连接法观察值进行聚类。 使用平均和单连接观测值进行聚类。...绘制上述聚类方法树状图。 问题01:使用R建立鸢尾花数据集。 (a):k-means聚类 讨论和/或考虑对数据进行标准化。...= "鸢尾花数据前两个主成分,椭圆代表90%正常置信度,使用K-means算法2个类进行预测") + PCA双曲线图 萼片长度~萼片宽度图分离度很合理,为了选择在X、Y使用哪些变量,我们可以使用双曲线图...# 数据iris$KMeans预测<- groupPred# 绘制数据plot(iris,col = KMeans预测)) 绘制上述聚类方法树状图 树状图着色

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