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    GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

    GEO数据库中的数据是公开的,很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析,其中差异表达分析是最常见的分析策略之一,为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据,官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析...从名字也可以看出,该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的 GEOquery limma GEOquery...在网页上可以看到GEO2R的按钮,点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外,GEO2R还提供了一些简单的数据可视化功能。 1....点击Sample values, 可以看到对应的表达量值,示意如下 ? GEO2R进行差异分析的步骤如下 1....第一个参数用于选择多重假设检验的P值校正算法,第二个参数表示是否对原始的表达量进行log转换,第三个参数调整最终结果中展示的对应的platfrom的注释信息,是基于客户提供的supplement file

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    拓端tecdat|R语言计量经济学:虚拟变量(哑变量)在线性回归模型中的应用

    大多数数据都可以用数字来衡量,如身高和体重。然而,诸如性别、季节、地点等变量则不能用数字来衡量。相反,我们使用虚拟变量来衡量它们。 例子:性别 让我们假设x对y的影响在男性和女性中是不同的。...绘制查看x和y之间的关系,按性别给数据着色,并按地点分开。 plot(d,grid~location)  性别对Y的影响似乎是显著的。但当你比较芝加哥的数据和多伦多的数据时,截距不同,斜率也不同。...---- 最受欢迎的见解 1.R语言多元Logistic逻辑回归 应用案例 2.面板平滑转移回归(PSTR)分析案例实现 3.matlab中的偏最小二乘回归(PLSR)和主成分回归(PCR) 4.R语言泊松...Poisson回归模型分析案例 5.R语言回归中的Hosmer-Lemeshow拟合优度检验 6.r语言中对LASSO回归,Ridge岭回归和Elastic Net模型实现 7.在R语言中实现Logistic...逻辑回归 8.python用线性回归预测股票价格 9.R语言如何在生存分析与Cox回归中计算IDI,NRI指标

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    Alluvial plot 冲积图绘制

    Alluvial plot 冲积图绘制Alluvial plot(冲积图)是一种流程图,最初设计用于展示网络结构随时间的变化。...这种图表特别适用于展示数据中的分类如何从一个组别流向另一个组别,例如在分析不同子类型样本中的细胞如何在不同聚类中分布,或者在不同数据集中的细胞如何在不同聚类中分布的情况。...Alluvial plot 通过水平或垂直的流带(ribbons)来表示数据流,这些流带的宽度可以表示数据量或者数据的比例。在R语言中,可以通过ggalluvial包来创建这种图表。...今天在工作中需要绘制这么一张冲积图:将表格形式改成冲积图形式,即菌-代谢产物-基因的联系,其中这张表格展示了不同的肠道菌群(乳杆菌属、埃希氏菌属、梭菌属等)及其相关菌种,并列出了与这些菌群相关的基因或代谢标志物...如:乳杆菌属 (Lactobacillus):菌种列出了三个乳杆菌属的菌种:Lactobacillus ruminisLactobacillus plantarumLactobacillus paracasei

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    Python 3D数据可视化:7个实用案例助你快速上手

    在本示例的实现中,采用三角函数(正弦和余弦函数)来生成沿 z 轴方向螺旋上升的参数化曲线,这种方法有效地展示了如何利用周期性函数在三维空间中对循环现象进行数学建模。...这种可视化技术特别适合于表示标量场分布、双变量数学函数(如 f(x,y))的图形化表示,或者将经验数据集插值到规则网格上的结果可视化。...通过运用颜色渐变和高级着色算法(如 Phong 着色或 Gouraud 着色技术),曲面图能够有效地传达数据的拓扑结构特征,包括局部极值点(峰值和谷值)、地形脊线以及鞍点等关键特征。...使用 ax.plot_surface() 方法进行曲面可视化,其中 cmap='viridis' 参数指定颜色映射方案,edgecolor='green' 参数设置网格线颜色。...在拓扑分析方面,它有助于识别关键点(包括局部最大值、最小值和鞍点)并追踪等值线的分布。在可视化透明度方面,线框图允许观察者无障碍地查看表面重叠区域的内部结构。

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    5000个matlab常见问题锦集的雄关路(001)

    右键快捷方式,选择属性,并在 Start in 中设置启动时的工作路径。 需要注意的是,上述三种方法互有冲突,因此仅建议通过一种方式进行设置。 2、如何在新版本的 MATLAB 中绘制多边形?...对这些函数的传参数形式为:[最小值,最大值]。...使用字符向量的元胞数组指定标签。如果不希望显示刻度标签,请指定空元胞数组{}。若要在标签中包含特殊字符或希腊字母,请使用 Tex 标记,如 \pi。...如果您的 MATLAB 搜索路径有问题,请运行以下 MATLAB 命令, 然后重新启动 MATLAB。 9、MATLAB 中,如何在一组子图上插入标题?...如果图形存储在文件中,如 example.fig,则使用 openfig 函数打开图形文件。将 Figure 对象分配给变量fig。

    5.8K10

    比较基因组:点图介绍与可视化

    基因组点图(Genome Dot Plot)是一种用于比较两个或多个基因组的工具。它通过在一个二维矩阵中绘制基因组序列的相似性来显示基因组之间的相对关系。...序列分割:将比对得到的相似区域切割成较短的片段,通常是几十到几百个碱基对。 构建点图:将切割得到的片段在二维矩阵中表示。...矩阵的行和列代表不同的基因组,而每个片段在矩阵中的位置则反映了其在各个基因组中的出现位置。 着色和标记:根据相似性程度,将点图中的片段进行着色和标记。.../dotPlotly/pafCoordsDotPlotly.R \ -i result_minimap2.paf \ -o ctg \ -s -t -l 结果 往期推荐 如何在...在 PyTorch 中实现可解释的神经网络模型 如何在 Linux 中列出 Systemd 下所有正在运行的服务

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    【工具】用R软件绘制中国分省市地图

    【注】新版本的maptools包对很多函数进行了修改,对于修改的内容,文章中用红色的文字进行了说明。...鉴于最近有不少人在讨论用R软件绘制地图的问题,我也就跟着凑了凑热闹,对相应的方法学习了一番。...于是自然就产生了一个问题:如何获取某一个特定地区的ID,进而设置我们想要的颜色?事实上,在变量x中,就已经存储了我们想要的信息。...在x$att.data的第899行有一个NA,不知道它代表的是否就是中国澳门。 利用类似的方法就可以根据自己的需要对不同的区域进行着色,下面再举一例。...从国家统计局获取2007年我国各地区的人口数据,然后根据人口的多少对各省份进行着色。

    3.7K91

    一起来学matlab-matlab学习笔记9 高级绘图命令_2 图形的高级控制_视点控制和图形旋转_色图和颜色映像_光照和着色

    代表plot颜色或线型表中的一种颜色,例如,'r'代表红色;(2)三个输入的行向量,它代表一个单独的RGB值,如[.25,.50.75];(3)矩阵。...[cmin,cmax]=caxis返回映射到颜色映像中第一和最后输入项的最小和最大的数据。它们通常被设成数据的最小值和最大值。...三维表面图形的着色 三维表面图实际上就是在网格图的每一个网格片上涂上颜色。surf函数用默认的着色方式对网格片着色。除此之外,还可以用shading命令来改变着色方式。...shading faceted命令:将每个网格片用其高度对应的颜色进行着色,但网格线仍保留着,其颜色是黑色。这是系统的默认着色方式。...在该指令使用前,采用的是等强度各处相等的漫射光。一旦该指令被执行,虽然光源本身并不出现,但图形上“轴"、“面”等子对象所有与光有关的属性(如背景光、边缘光)都被激活。

    3.1K10

    Matlab绘图方法整理(超完整版)

    10] y = sin(x) plot(x,y,'-r*') 可以看到,x是一个长度为1001的一维数组,y是和x等长的在sin(x)上的一维数组,后边的-r*分别为曲线线性、颜色、数据点标记,其中参数的一些具体属性如下表所示...(x,y2) 图形修饰处理 前面写了一些基本绘图指令,可以对我们的图形进行简单的修整,让其变得更完备更好看,接下来是一些对图形修饰的方法。...) colormap(cmap) 用shading函数来改变着色方式 参数如下: 名称 作用 shading faceted 每个网格片用其高度对应的颜色进行着色,默认网格线是黑色 shading...将图形中需要裁剪部分对应的函数值设置成NaN,这样在绘制图形时,函数值为NaN的部分将不显示出来,从而达到对图形进行裁剪的目的。...,如改变坐标轴范围、设置字体和刻度点、设定线条风格等等,不过它们涉及到的使用更深入,在这里不再展开叙述,而事实上,对于我们非常熟知的figure,它也能加上参数来对窗格进行设置,这都是我们经常使用的,但也是经常忽略它们其它功能的函数

    2.9K30

    🤩 mLLMCelltype | 多种大语言模型助力细胞类型注释!~

    通过利用多种大语言模型(如GPT、Claude、Gemini、Grok、DeepSeek、Qwen等)的互补优势,该框架显著提高了注释准确性,同时提供透明的不确定性量化。...)来识别需要专家审查的模糊细胞群体 幻觉减少:跨模型讨论通过批判性评估主动抑制不准确或无支持的预测 对输入噪声的鲁棒性:通过集体错误修正,即使在标记基因列表不完美的情况下也能保持高准确性 层次注释支持:...UMAP 可视化显示参考(第一),mLLMCelltype 预测(第二),GPTCelltype 预测(第三),以及群组级别 popV 预测(第四)的细胞类型注释,按细胞类型着色。...b, UMAP 可视化展示了我们框架的注释,显示出在识别各种神经细胞类型和发育状态方面表现出强大的性能,当与大规模集成图谱中的参考注释进行评估时,具有很高的注释准确性。...参考注释是通过对 220 名健康捐赠者的免疫细胞进行全面分析生成的,这些捐赠者覆盖了从出生到超过 90 岁的 13 个年龄组,结合了转录组数据和专家注释。

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    绘制让人眼前一亮的美图--你需要这个!

    R包的安装 与常规的R包不同,ggthemr没有在发布在CRAN上,因此我们需要使用devtools中的install_github()从github上安装: devtools::install_github...我们可以使用如下命令清除主题并返回到ggplot2的默认设置: ##清除主题 ggthemr_reset() 由于ggplot2函数会存在一些bug,在绘图的时候可能会返回错误(如:颜色名称未知),我们可以通过调用...04 布局设置 布局设置可以设置主题中网格线和文本的外观和位置,可以通过我们个人的喜好对这些进行更改!...Type参数 Type参数主要分为内部和外部两种选择,设置为内部时,图的背景色不会超出图区域。设置为外部时,则会给整个图和背景着色。让我们对比一下看看效果吧!...= 0.3) example_plot 对图片进行校正: 当我们已经确定了一个主题的时候,如果我们想单独对里面的颜色进行微调(互换),swatch()函数就可以实现这个功能,让我们看看前后对比图。

    1.5K20

    Python实践:seaborn的散点图矩阵(Pairs Plots)可视化数据

    在本文中,我们将通过使用seaborn可视化库在Python中进行对图的绘制和运行。我们将看到如何创建默认配对图以快速检查我们的数据,以及如何自定义可视化以获取更深入的洞察力。...虽然后面我们将使用分类变量进行着色,但seaborn中的默认对图仅绘制了数字列。...the non-transformed columnsdf = df.drop(columns = ['pop', 'gdp_per_cap']) 虽然这种制图本身可以用于分析,但我们可以发现,通过对诸如大陆这样的分类变量进行数字着色...有三个网格部分填写PairGrid:上三角形、下三角形和对角线。要将网格映射到这些部分,我们使用grid.map 部分中的方法。...= 'darkred') 该map_upper方法接受任何两个变量数组(如plt.scatter)和关联的关键字(如color)的函数。

    4.2K20

    如何在 Python 中的绘图图形上手动添加图例颜色和图例字体大小?

    但是,并非所有情况都可以通过 Plotly 的默认图例设置来适应。本文将讨论如何在 Python 中手动将图例颜色和字体大小应用于 Plotly 图形。...数据帧中的“考试 1 分数”和“考试 2 分数”列分别用作 x 轴和 y 轴。“性别”列用于使用颜色参数对图中的标记进行颜色编码。 ...“size”列被指定为标记的大小,“color”列被指定为变量,用于根据支付账单的人的性别为标记着色。绘图的标题设置为“提示数据”。...生成的图显示了餐厅顾客的总账单和小费金额之间的关系,标记的大小由另一个变量调整,并由支付账单的人的性别着色。图例字体颜色设置为绿色,字体大小设置为 14 以提高可读性。...() 输出 结论 因此,我们学会了如何在 Python 中手动将图例颜色和图例字体大小添加到绘图图形中。

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