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(6789)
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沙龙
1
回答
如
何在
R
中
根据
样本
id
标记
PCA
点
我有一个使用对象“tab”制作的
PCA
图: >tab1 G495 -0.0074331465 -3.837111e0.0866563029 2.645573e-025 G163 -0.0200554468 2.769749e-02
PCA
图的代码: plot(tab$EV2, tab$EV1, xlab="eigenvect
浏览 34
提问于2020-07-20
得票数 0
3
回答
从
PCA
和QQ图中识别和去除异常值
、
、
、
我正在寻找异常值,所以我对数据集运行了
pca
,并使用以下命令完成了前4个组件的qqplotplot(
pca
$x, pch = 20,col = c(rep("red", 33), rep("blue", 99))) qqPlot(
pca
$x[,2],pch = 20, col有没有什么简单的方法可以计算出数据
中
这些
点
的索引,以
浏览 0
提问于2013-10-30
得票数 4
回答已采纳
1
回答
我如何可视化n维特征?
、
、
我的问题是如何可视化矩阵A和B,以便
根据
给定的组清楚地区分它们?
浏览 2
提问于2015-07-29
得票数 1
回答已采纳
1
回答
在
R
(或Python)
中
编码从核苷酸到0/1/2的基因型
、
、
TG TT TT TG GG在这个表中有超过1,000个
样本
和547000个来自的位
点
,我想做一个大规模的主成分分析(
样本
根据
总体着色)。为了做到这一
点
,我需要首先对我的基因型进行编码。我想知道,我该如何做到这一
点
(最好是在
R
/Python
中
,因为文件对于JMP基因组学来说太大了)?,但我如何对其进行编码
浏览 5
提问于2015-06-16
得票数 0
2
回答
向ordiplot3d()添加点
、
、
我正在用vegan{}做一个主成分分析,我也想通过因子来
标记
我的
点
(而不是像biplot.rda()默认的那样,通过它们唯一的行标识)。我想问一下wise
R
社区是否有3D版本的这种方法来创建自定义
标记
的
PCA
。", scaling = 3) 这将
点
绘制在3D空间上,而不是向量(第一个问题--当我使用rgl时,我也遇到了这个问题--我认为这些
点
是在普通biplot.rda() biplot.rda
中
绘制的向量的末端这对我来说并不重要,但如果有
浏览 1
提问于2012-05-23
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何将一些
样本
名称转换为符号,
如
R
中
PCA
中
的
点
或星号?
、
、
、
有两类10个数据(SNP1-SNP10),我希望用符号来分隔它们,但如
何在
R
中
写代码。我的代码如下: data=read.table(file= "snp.txt",header= T,sep = "")library(ggplot2)
pca
.data<-data.frame(Sample=rownames(
pca
$x), X=
pca
$x[,1], Y=<em
浏览 18
提问于2020-12-19
得票数 1
5
回答
在对训练数据进行聚类后,如何预测新数据的聚类?
、
、
我已经使用hclust训练了我的聚类模型结果看起来很好:现在我得到了一些新的数据记录,我想预测每个数据记录都属于哪个集群。我该怎么做?
浏览 8
提问于2014-01-11
得票数 16
回答已采纳
1
回答
如何重叠
PCA
图中的不同信息?
、
、
我试图绘制表示两种类别的修改后的
PCA
图。下面是示例数据集。
pca
_df<-prcomp(df[,-c(1,2)], scale.=TRUE)autoplot(
pca
_df, data=df, colour='Kingdom', frame.type='norm')
浏览 4
提问于2021-11-01
得票数 1
回答已采纳
2
回答
高基数范畴变量的Logistic回归
我有一个logistic回归模型,在这个模型
中
,我只关心预测能力而不是可理解性。我对预测电子游戏的胜率很感兴趣。目前,我将这些字符
中
的每一个作为一个虚拟变量。此外,我在每个变量之间都有一个交互变量。目前,模型
中
没有包括字符的位置。我知道我可以通过排除低播放率字符来缩小模型的大小,但我担心的是,对于模型的复杂性而言,所需的
样本
大小仍然太小。如有任何建议,将不胜感激。
样
浏览 0
提问于2016-11-07
得票数 5
回答已采纳
2
回答
由于大数据集,
R
中
的PCoA出现错误
、
、
、
但是,在使用
R
执行此分析时,我遇到了一些问题。[,1] [2,] Integer,33741我尝试过的:清除垃圾回收,重新启动GUI,重新启动系统。
浏览 0
提问于2013-05-14
得票数 0
回答已采纳
1
回答
用于读取
R
循环中具有相同扩展名的每个文件的通配符
、
我正在尝试使用for循环读取
R
中
的一些vcf文件。我所做的是遍历我的
样本
列表
中
的每个
样本
ID
,然后为每个
样本
创建一个变量,我将相应的vcf分配给每个
样本
。我有一个名为每个
样本
ID
的目录,其中只有一个vcf (但每个vcf的名称与其对应的
样本
ID
不同)。sampleList){ nam <- paste(i, '_vcf', sep=""
浏览 23
提问于2020-04-24
得票数 0
回答已采纳
1
回答
Keras
中
的VAE在3类图像上可视化潜在空间
、
、
我正在用未
标记
的输入图像训练一个变分自动编码器(VAE)。我感兴趣的是在潜在空间中可视化3类未
标记
的数据。我将潜在维度设置为128,并进一步使用
PCA
在2D中进行可视化。我对此还是个新手,并在寻求一些关于这一
点
的澄清。首先,当我训练网络时,我看到了准确性和验证准确性。由于网络的输入图像没有
标记
,我想知道准确计算的依据是什么。(
根据
我所读到的,准确性=正确预测的
样本
数量/
样本
总数)。val_loss', factor=0.5, ver
浏览 43
提问于2020-09-21
得票数 1
1
回答
用于筛选数组的聚合管道
、
、
、
我有一个数组,
如
:我的收藏品看起来: _
id
: asdsadasd, }, _
id
: qweqewqe, }我希望筛选tags数组,使其不包含集合
中
的任何
标记
(tagName字段)。
样本
输出: ["b", "c
浏览 1
提问于2020-04-29
得票数 1
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2
回答
在
r
中
为多个箱形图创建循环
、
、
229个变量为血清标志物,1个为时间
点
。观察结果是不同的
样本
boxplot((BreakfastM$Variable~BreakfastM$Timepoint)) 有没有一种快速的方法来测试数据帧
中
的所有变量,通过在
R
中
编写循环代码来测试时间
点
浏览 2
提问于2016-11-02
得票数 2
3
回答
基于
PCA
的手写体数字分类
、
、
、
我不知道
PCA
作为分类方法是如何工作的。我学会了把它作为一种降维方法,从它的平均值
中
减去原始数据,然后计算协方差矩阵、特征值和特征向量。从那里,我们可以选择主成分,而忽略其余的。
浏览 6
提问于2013-01-30
得票数 1
1
回答
演绎、遗传编程、
PCA
或聚类机器学习是按照汤姆米切尔的定义进行的吗?
、
、
、
Mitchell将机器学习定义为
根据
佩德罗·多明戈斯(见毫升的5个部落)的说法,“象征主义者部落”使用逆演绎。虽然我不太确定什么是逆演绎,但是有一组真语句和推理规则(
如
淡水湖 )来创建更多/其他真语句的想法是很清楚的。
PCA
PCA
和其他一些降维算法在某种程度上是“固定的”。该算法不随数据量的增加而变化。它没有参数。考虑到这一
点
,人们可能会认为
浏览 0
提问于2018-08-07
得票数 2
1
回答
大日志
中
多个采样数据点的大数据可视化
、
、
、
、
我有一个日志文件,我需要用python将其绘制为具有不同数据点的多线图,其中每个
点
都有一条线,问题是在一些
样本
中
,一些
点
可能会丢失,而新的点将被添加到另一个点中,如图所示,每行表示n个
点
的
样本
,其中n是可变的在上面的第一个
样本
中
,存在“鼠标”,但在第二行
中
没有,每个
样本
中都添加了新的数据点,
如
“cod”,“fish” 那么,如
何在
python
中
以最快、最干净的方式
浏览 2
提问于2015-06-21
得票数 0
1
回答
如何
根据
年龄和
R
中
的当前日期计算生日
、
我只有参与者的年龄和当前日期(年龄以年份表示,
如
56.07231)。现在我需要知道他们的出生日期。 我如
何在
R
中
做到这一
点
呢?我在网上能找到的就是如何
根据
两个日期来计算年龄。谢谢!
浏览 93
提问于2021-07-08
得票数 0
回答已采纳
1
回答
对
R
中
的多个文件使用相同的命令
我想做的是,对这些文件
中
的每个文件执行一些函数,然后在我的全局环境中使用相同的名称,即每个文件使用D1或D2。= file$b,]为此,我创建了一个函数,然后使用apply命令,但它创建了一个包含所有值的巨大矩阵。
浏览 1
提问于2014-08-17
得票数 1
1
回答
找出一段时间以来的异常行为
、
、
、
、
我想要检测石油管道
中
的异常行为,那里的油是在一定压力下流动的。我有一个传感器,用来监控时间和压力,并把它推到我的云服务器上。我们能用简单的统计模型来做吗?还是需要机器学习? 能为这个场景推荐最合适的机器学习算法吗?
浏览 0
提问于2018-02-13
得票数 0
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