英国广播公司(British Broadcasting Corporation;BBC)是全球最大的新闻媒体,其中各类新闻稿件采用的统计图表能很好地传达信息。为了方便清洗可重复数据和绘制图表,BBC数据团队用R对数据进行处理和可视化,经年累月下于去年整理绘图经验并开发了R包-bbplot,帮助我们画出和BBC新闻中一样好看的图形。
若要使右侧的线条可以通过主题元素进行自定义,我们可以通过添加一条辅助轴线的方式来将Y轴右侧轴线变为实际可操作的元素。
漂亮的圆形图。我不确定对数据分析师本身是否有额外的好处,但如果能吸引决策者的注意,那对我来说就是额外的价值。
学习了ggplot2的基本绘图元素ggplot2|详解八大基本绘图要素,可以初步绘制出需要展示的图形,legend可以对图例进行细节的修改ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢,那theme有什么用呢?
umap/tsne图作为单细胞转录组的王牌图形之一,当seurat 或者 singleR 直接绘制的umap/tsne 图需要调整的时候,可能比较难调整,当然AI或者PS都可以办到 。但是本次主要分享使用ggplot2进行可视化,能比较方便的进行后期的微调 ,也学习回顾了ggplot2的基本参数。
概括的说元素函数主要有四种:element_text(文本)、element_lines(线条)、element_rect(矩形块)和element_blank(主题), 方式总体为 theme(主题元素=函数(参数))
今天云朵君给大家系统介绍Matplotlib图表层次结构,通过步骤分解,详细了解一个图表绘制的过程 。
R中的ggplot2是一个非常强大灵活的数据可视化包,熟悉其绘图规则后便可以自由地生成各种可视化图像,但其默认的色彩和样式在很多时候难免有些过于朴素,本文将要介绍的ggthemr包专门针对原生ggplot2图像进行美化,掌握它之后你就可以创作出更具特色和美感的数据可视化作品。
从本周开始会每周推送1~2次高质量R可视化内容,本系列内容来自github上面超级火爆的R语言可视化项目:tidyTuesday。tidyTuesday每周更新数据,大佬们会使用这些数据集自由创作出各种高质量的R语言可视化作品,是学习R语言数据分析和可视化极好的素材。
早上听完讲座才想起来,今天 520 了。那这样吧,小编给做了个小小的惊喜给读者们,年轻的盆友可以用这“小玩意”给自己心仪的对象表白了。
本系列内容来自github上面超级火爆的R语言可视化项目:tidyTuesday。是学习R语言数据分析和可视化极好的素材。
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1. ggplot2的安装:install.packages("ggplot2")。
cowplot是ggplot2包的一个简单插件(或称拓展包),它的目的是为ggplot2提供一个出版级别的主题,使用少量代码即可实现主题统一的修改,如轴标签大小、画图背景。它主要的作用是可以给研究生和博士后更加容易的画图。
等高线指的是地形图上高程相等的相邻各点所连成的闭合曲线。把地面上海拔高度相同的点连成的闭合曲线,并垂直投影到一个水平面上,并按比例缩绘在图纸上,就得到等高线。 等高线也可以看作是不同海拔高度的水平面与实际地面的交线,所以等高线是闭合曲线。在等高线上标注的数字为该等高线的海拔。
今天给大家介绍的的图表为雷达图(Radar/Spider chart),这种类型图表在生活中较常使用,是一种以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个定量变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。较常用的场景多为分析企业经营状况(收益性、生产性、流动性、安全性和成长性)。本期推文带你使R-Python绘制雷达图,主要内容如下:
文章来源:"Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular carcinoma patients with liver transplantation" (2021,npj Precision Oncology),数据与代码全部公开在https://github.com/sangho1130/KOR_HCC。
有一些不食人间烟火的评论,说这样的包对大家的技术进步并没有如何作用,仅仅是傻瓜式修改代码。它们也不过是另外一种封装,并不能有助于用户对ggplot2语法的理解。
雷达图是以从同一点开始的轴上表示的三个或更多个定量变量的二维图表的形式显示多变量数据的图形方法。
ggplot函数所制作的图表默认设计风格虽然经过设计师的精雕细琢,但是并不是尽如人意。 毕竟在这个大众审美水平水平越来越高的时代里,企业中的各式报告也强调与企业的VI相互统一,形成自身风格与特点。 这样就要求R语言所制作的图表能够根据所需的风格与主题,高度可定制。当然ggplot函数中是支持这种多样性的订制需求的,甚至像那些知名的咨询或者顶级财经媒体的御用图表模板已经被制作成了图表主题分享在R语言的主题包之中。 接下来要介绍关于图表主题设置的一些细节: 关于柱形图与条形图的转化问题: 这个问题昨天已经提到了
绘图过程中,通过给图形中添加适量的注释(图形、公式、注释)以及图形整体的外观,可以使读图者更快速、更准确的了解图形表达的含义。
在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如:
ggplot2包中的主要功能是ggplot(),它可用于使用数据和x / y变量初始化绘图系统。 例如,以下R代码将数据集初始化为ggplot,然后将一个图层(geom_point())添加到ggplot上,以创建x = Sepal.Length的散点图y = Sepal.Width:
不可否认的是里面的优秀资源确实不少,比如;https://rpubs.com/Mentors_Ubiqum/geom_col_1 一步步带你绘制各种各样条形图:
https://stackoverflow.com/questions/7549694/add-regression-line-equation-and-r2-on-graph
对于文献的阅读各有各的目的。我们在阅读文献之前都是带着各种目的去阅读的。比如需要写一篇综述,那阅读文献的时候,主要是来想要知道这篇文献目前的结论是什么;又比如想要学习文章的整体思路进而来丰富自己的课题方向。当然文章里面有图片,如果一个文章图片做的好的话,也是值得我们学习的。上周我们解读了一篇代谢反应轴的高通量分析文献。笔者发现,这个文章当中的图片很好的。所以这里就从做图的角度来学习一下这个文献。
其实我们做分享这近十年,很多资源都是反复分享了,只不过呢很多小伙伴都是关注咱们《生信技能树》时间不长,所以很有必要再次把以前推荐的资料重新发一次。比如:sthda网站的ggplot核心图表示例:
ggplot2提供了强大的可视化能力,通过修改theme,可以实现各种精美图表。但是想绘制出好看的图表不仅需要强大的工具,还需要个人的审美、配色等能力,ggthemr包提供了近20种精美主题,极大的方便了图表绘制工作。 ggthemr介绍 ggthemr为ggplot2提供了多种主题,可以直接使用,也可以根据需要设置配色,或修改参数,改变图表展示细节。下图为几个ggthemr主题案例图,更多介绍可参考GitHub主页:https://github.com/cttobin/ggthemr#install
但绝大部分小伙伴仍然是选择躺平,不愿意动手实战,提高自己。对这样的小白来说,各种拥有操作界面的软件可能是更适合,比如orgin和prism等等,其实R里面也有类似的骚操作,比如新手绘图一站式R包 ggpubr ,你就可以看成是一个商业化拥有操作界面的软件:
今天这篇推文小编给大家介绍一个一直想绘制的图表-议会图(parliament diagrams),当然这也是柱形图系列变形的一种。绘制这种图表也是超级简单的,只需使用R-ggpol包进行绘制即可,当然,改包还提供其他优秀的绘图函数,下面就一起来看下吧。
R具有强大的统计计算功能和便捷的数据可视化系统。目前R主要支持四套图形系统:基础图形(base)、网格图形(grid)、lattice图形和ggplot2。其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观,逐渐成为R中数据可视化的主流选择。
不过,我做不到,我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形,而且我个人觉得,把ggplot2学习到这个程度就足够了。一张统计图就是从数据到几何对象(点、线、条形等)的图形属性(颜色、形状、大小等)的一个映射。
[toc] 直接看图解释 image.png 由上图,我们可以看到,1)x横坐标与柱状图有一些距离,那么现在我们要去掉这个距离。怎么办?,2)还发现,y坐标与柱状图也是有距离的。咋去除? 接下来,我们
年初的时候我好像打算对ggplot2进行一个教程,后来因为其他事情耽搁了,今天打开以往的git日志,才发现有这么一个坑(ggplot2初探),虽然现在绘图的包层出不穷,但是ggplot真的是一个基础的绘图包了。
论文对应的代码是公开的 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID
CSS网格布局(Grid)是一套二维的页面布局系统,它的出现将完全颠覆页面布局的传统方式。传统的CSS页面布局 一直不够理想。包括table布局、浮动、定位及内联块等方式,从本质上都是Hack的方式,并且遗漏了一些重要的功能(比如:垂直居中)。Flexbox的出现部分解决了上述问题,但Flex布局是为了解决简单的一维布局,适用于页面局部布局。而Grid天然就是为了解决复杂的二维布局而出现的,适用页面的整体布局。在实际工作中,Grid和Flexbox不但不矛盾,而且还能很好的结合使用。做为WEB程序员,我们在页面布局问题上都付出过努力,也将不断探索新的方案。而Grid是第一个专门为布局问题而生的CSS模块,我们有理由对Grid充满期待。
用Arcgis专业作图工作制作中国地图时候,往往会添加南海九段线,其中南海九段线是因为需要保证中国土地的主权完整性。在Arcgis中操作时候,会根据标准中国地图,实现增加第二个图层,然后只截取南海部分,完成两个图层展现在同一副图中。 那么问题来了,如何在R中实现该操作? 现在绘制地图经常会用到ggplot与sf,如何实现同一副地图中,添加南海九段线呢。 主要是借助于cowplot包,可以实现两个图层的叠加。
Python 的绘图功能非常强大,如果能将已有的绘图库和各种复杂操作汇总在一个自己写的库/包中,并实现一行代码就调用并实现复杂的绘图功能,那就更强大了。所以本博文只强调绘图代码的实现,绘图中的统计学知识(名义变量,数值变量,xx图与xx图的区别等等)与 Python 基础库操作(seaborn,matplotlib)并不会提及。
先和大家说一句圣诞快乐呀,最近 DIY 涂鸦圣诞树非常受欢迎,小编琢磨着能否用 R 语言来绘制一颗圣诞树呢,最后终于让小编找到了教程[1],这不赶紧在今天分享出来给大家,一起动手试一试吧~
但绝大部分小伙伴仍然是选择躺平,不愿意动手实战,提高自己。对这样的小白来说,各种拥有操作界面的软件可能是更适合,比如orgin和prism等等,其实R里面也有类似的骚操作,比如新手绘图一站式R包ggstatsplot,你就可以看成是一个商业化拥有操作界面的软件:
R有几种不同的系统用来产生图形,但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法,一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2,我们能够快速学习,多处应用。
PCA(Principal Component Analysis),即主成分分析方法,是一种使用最广泛的数据降维算法。在数据分析以及生信分析中会经常用到。
我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图,云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。我们可以使用自定义的半小提琴函数geom_flat_volin()、箱型图函数geom_boxplot和抖动散点图函数geom_jitter()叠加实现。
注意:本文仅供需要时参阅,无休闲阅读属性,前方高能(枯燥),非战斗人员请速速撤离。
R的画图功能是非常强大的,这非常有利于数据可视化,对于R画图,我们一 般使用三个画图系统,分别是R自带的画图系统,另外还有两个包,他们的画图功能也很强大,即lattice包和GGplot包,一般我们从
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