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「R」t 检验

今天把之前组团翻译的 Cookbook for R 也放到了 Gitee 上，国内访问和阅读的体验感会上升很多。...默认的不是Student t检验而是使用了Welch t检验。注意Welch t-test结果中df=17.776，这是因为对不同质方差进行了校正。...数据配对是指你可能有对某种药物治疗前后有观测值或者不同治疗有配对的研究对象。 再次说明，t-test函数可以用于有分组变量的数据框或者两个向量。它依赖相对位置来决定配对。...如果你使用有分组变量的长格式数据，group=1的第一行与group2的第一行配对。确保数据排序好并且不存在缺失值是非常重要的；否则配对可以丢弃。...这种情况中，我们能通过group和ID变量进行排序来确保顺序是一样的。关于排序更多信息参见Sorting。

1.4K20
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绘制带显著性比较的bar图

概述：本文介绍如何轻松地为ggplot图形添加P值和显著性水平： 比较两组或多组的均值 自动地将P值和显著性水平添加到ggplot图形中，如箱形图，点图，条形图和折线图等 使用工具： R语言中的ggplot2...包和ggpubr包 均值比较的方法 均值比较的常见方法： 方法 R实现函数 描述 T-test t.test() 比较两组(参数检验) Wilcoxon test wilcox.test() 比较两组(...非参数检验) ANOVA aov()或anova() 比较多组(参数检验) Kruskal-Wallis kruskal.test() 比较多组(非参数检验) 用于添加P值的R函数 介绍两个ggpubr...包中的函数 compare_means()：用于执行均值比较 stat_compare_means()：用于在ggplot图形中自动添加P值和显著性水平 compare_means() 两样本间的比较...p.signif", method = "t.test", ref.group = "0.5") #设置参考组，每一个组和和ref组比较 image.png 多个分组变量

4.1K01

TensorFlow 分布式之论文篇 Implementation of Control Flow in TensorFlow

解释这些数据流图如何由 TensorFlow runtime 执行，包括在一组混合设备（如CPU、GPU和TPU）上的分布式执行方式。 描述如何对控制流结构进行自动求导。 本文图均来自原始论文。...对于每个 while 循环，TensorFlow 运行时会设置一个执行帧，并在执行帧内运行 while 循环的所有操作。执行帧可以嵌套。嵌套的 while 循环在嵌套的执行帧中运行。...图 9 嵌套 7. 自动微分 TensorFlow 支持自动求导。例如，用户可以定义一个带有损失函数的神经网络，而 TensorFlow 将自动推导并构建反向传播数据流图。...本节解释了 TensorFlow 如何在有 cond 和 while_loop 的情况下自动构建反向传播图。我们假设读者对自动反向传播的工作方式有一定的了解。...保存在一个堆栈中，所以我们会在 backprop 中重使它们。这对于在内存有限的设备（如GPU）上进行训练是一个限制。

10.5K10

R语言系列第四期：①R语言单样本双样本差异性检验

之前详细介绍了利用R语言进行统计描述，详情点击：R语言系列第三期：③R语言表格及其图形展示、R语言系列第三期：①R语言单组汇总及图形展示、R语言系列第三期：②R语言多组汇总及图形展示 从这个部分我们就开始为大家介绍统计推断的内容了...实例：11位女性的每日摄入能量记录存放到intake变量中： > intake=c(5260,5470,5640,6180,6390,6515,6805,7515,7516,8230,8770) 我们可以先进行简单的描述再来作推断...0.05的条件下，拒绝零假设，认为数据显著地偏离了原假设中的均值7725千焦。...我们只要传递一个模型方程，就能通过R中的t.test和wilcox.test来分析这样格式的数据。...#Tips：本节前面的部分有一个与intake数据集重名的变量，在索引intake的时候，会优先找出变量intake而不是数据集intake，因此我们可以通过> rm(intake)来先把intake变量删除

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R语言系列第四期：①R语言单样本双样本差异性检验

之前详细介绍了利用R语言进行统计描述，详情点击：R语言系列第三期：③R语言表格及其图形展示、R语言系列第三期：①R语言单组汇总及图形展示、R语言系列第三期：②R语言多组汇总及图形展示 从这个部分我们就开始为大家介绍统计推断的内容了...实例：11位女性的每日摄入能量记录存放到intake变量中： > intake=c(5260,5470,5640,6180,6390,6515,6805,7515,7516,8230,8770) 我们可以先进行简单的描述再来作推断...0.05的条件下，拒绝零假设，认为数据显著地偏离了原假设中的均值7725千焦。...我们只要传递一个模型方程，就能通过R中的t.test和wilcox.test来分析这样格式的数据。...#Tips：本节前面的部分有一个与intake数据集重名的变量，在索引intake的时候，会优先找出变量intake而不是数据集intake，因此我们可以通过> rm(intake)来先把intake变量删除

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DRL实验中到底需要多少个随机种子？

他们使用了当下热门的深度强化学习的算法，如 DDPG、ACKTR、TRPO 和 PPO 等，并结合 OpenAI Gym 中的经典基准测试，如 Half-Cheetah, Hopper 和 Swimmer...统计问题的定义 一段算法的表现可以通过数学建模成一个随机的变量 ? 并且在环境中运行该算法可以得到实现 ? 将这个过程重复 ? 遍，可以得到统计样本 ? 。一个随机变量通常可以用其平均值 ?...T-test 和 Welch's test 为了验证两个种群具有相同的均值的假设（零假设 ? ）。一个 2-sample t-test 可以在两个种群的变量假设为一致时进行测试。...T-test 包含几个假设： 数据测量的规模必须是连续的和有序的，强化学习是满足条件的； 数据是通过从种群中收集代表性样本获得的，在强化学习中，是合理的； 测量是独立分开的，在强化学习中，看起来也是合理的...示例二： 为了更好的理解本文的含义，使用两个DDPG的算法：一个有执行扰动（Algo1），一个有参数扰动（Algo2）。两个算法都在OpenAI Gym框架下的Half-Cheetah环境中执行。

1.1K10

R in action读书笔记（6）-第七章：基本统计分析（下）

你可以使用 ggm包中的pcor()函数计算偏相关系数,函数调用格式为：pcor(u,S) 其中的u是一个数值向量，前两个数值表示要计算相关系数的变量下标，其余的数值为条件变量 （即要排除影响的变量）的下标...在多元正态性的假设下，psych包中的pcor.test()函数①可以用来检验在控制一个或多个额外变量时两个变量之间的条件独立性。...使用格式为：pcor.test(r,q,n) 其中的r是由pcor()函数计算得到的偏相关系数，q为要控制的变量数（以数值表示位置），n为 样本大小。...psych包中的r.test()函数提供了多种实用的显著性 检验方法。...如果各组不独立（如重复测量设计或随机区组设计），那么Friedman检验会更合适。

1.2K20

t检验的工作原理和在Python中的实现

在本教程中，你将了解如何在Python中从头开始实现t检验。 完成本教程后，你将了解： 假设样本来自同一种群，t检验将评论是否可能观察到两个样本。 如何从头开始为两个独立样本实现t检验。...本教程分为三个部分; 他们是： t-测试 独立样本的t检验 相关样本的t检验 t检验 t检验（Student’s t-Test）是一种统计假设检验，用来检验两个样本是否如逾期一样来自同一人群。...每个样本的大小大致相等。 样本具有相同的方差。 实现 我们可以使用Python标准库，NumPy和SciPy中的函数轻松实现这些方程。 假设我们的两个数据样本存储在变量data1和data2中。...这里，sed计算如下： sed = sd / sqrt(n) 其中sd是相关样本均值之差的标准差，n是成对观察的总数（如，每个样本的大小）。...你了解了如何在Python中从头开始实现t检验。

9K50

强化学习实验里到底需要多少个随机种子的严格证明

他们使用了当下热门的深度强化学习的算法，如 DDPG、ACKTR、TRPO 和 PPO 等，并结合 OpenAI Gym 中的经典基准测试，如 Half-Cheetah, Hopper 和 Swimmer...并且在环境中运行该算法可以得到实现 ? 将这个过程重复 ? 遍，可以得到统计样本 ? 。一个随机变量通常可以用其平均值 ? 和其标准偏差 ? 来表示特征。当然了，平均值和偏差都是未知的。...T-test 和 Welch's test 为了验证两个种群具有相同的均值的假设（零假设 ? ）。一个 2-sample t-test 可以在两个种群的变量假设为一致时进行测试。...T-test 包含几个假设： 数据测量的规模必须是连续的和有序的，强化学习是满足条件的； 数据是通过从种群中收集代表性样本获得的，在强化学习中，是合理的； 测量是独立分开的，在强化学习中，看起来也是合理的...示例二 为了更好的理解本文的含义，使用两个DDPG的算法：一个有执行扰动（Algo1），一个有参数扰动（Algo2）。两个算法都在OpenAI Gym框架下的Half-Cheetah环境中执行。

1.5K30

Day4：R语言课程（向量和因子取子集）

注意：微信自动屏蔽外链，所以链接打不开，请查看原版材料。...1.将数据读入R 无论要执行的R中的具体分析是什么，通常都需要导入数据用于分析。...2.检查数据结构 R有很多基本函数可用于检查数据并对其进行汇总。以测试数据metadata为例。 输入变量名metadata，回车来查看数据框; 变量中包含样本信息。...索引表示一个向量中的元素数目（桶中的隔室编号）。R索引从1开始。编程语言如Fortran，MATLAB和R从1开始计数，符合人类的思维模式。...---- 因子的relevel 我们已经简要地讨论了一些因子，但只有在实战之后，这种数据类型才会变得更加直观。稍微绕道而行，了解如何在一个因素中重新定义类别。

5.6K21

识别肿瘤功能失调子通路的方法ICDS

当ASk+1评分超过（1+r）ASk时没有其他基因增加，或者在当前子通路中任何两个节点之间的距离大于3，以保持局部搜索，搜索算法将停止。...选择的改进率（improvement rate ）r避免了太大的subpathway区域（导致增加了冗余弱信息）。...在应用于生物网络的贪心启发式算法中，有证据表明参数r = 0.05是合适的 (Chuang et al., 2007)。...（其实就是上述1.（1）（2）（3）中得到的结果文件）： exp.p：Student’s t-test 计算差异基因表达，然后校正P值 meth.p：Student’s t-test 差异甲基化，然后校正...method1的置换次数 #method1,是否使用method1 #nperm2，执行method2的置换次数 #method2，是否使用method2 head(keysubpathways) 7

53810

bsseq 进行差异甲基化分析

当原始数据准备好之后，首选需要读取所有样本的原始数据，然后导入到R中，生成一个bbseq定义的对象。...这里以mc_imr90_r1_22和mc_imr90_r2_22两个样本的原始数据为例，详细展示了读取过程。我们只需要根据自己的数据，适当修改上述代码就可以了。...在实际分析中，由于甲基化位点很多，所以这一步时间特别久，为了提高速度，可以添加mc.cores参数，这个参数指定了CPU个数，用于并行执行。...T-test 在分析之前，有必要过滤掉覆盖度较低的甲基化位点。通常保留在所有样本中覆盖度大于2的甲基化位点，但是也可以修改这个条件。...cutoff 指定DMR的阈值，这个阈值根据t-test的结果进行调整。subset对差异甲基化的结果进行筛选，筛选包含甲基化位点个数大于3而且meanDiff 大于0.1的甲基化区域。

1.3K10

手把手教你R语言方差分析ANOVA

在R语言中，实现方差分析主要涉及到以下步骤：数据导入数据清洗ANOVA计算结果解析ANOVA评估首先，你需要一个数据集，其中包含至少一个分类变量（通常是因子类型）和一个或多个数值型变量。...这些数值型变量是你要分析的目标，而分类变量则用于将数据分成不同的组。...如果你的数据已经存储在一个外部文件中（如CSV、Excel或RData），你需要使用适当的R函数（如read.csv(), readxl::read_excel(), load()等）将其加载到R环境中...在R中，你可以使用aov()函数来执行方差分析。这个函数需要一个公式，该公式描述了你要分析的数值型变量和分类变量之间的关系。...(变量中的水平数减1)和残差的自由度(观察总数减1和自变量中的水平数减1)； Sum Sq列显示平方和(即组均值与总体均值之间的总变化)。

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强化学习实验里到底需要多少个随机种子的严格证明

他们使用了当下热门的深度强化学习的算法，如 DDPG、ACKTR、TRPO 和 PPO 等，并结合 OpenAI Gym 中的经典基准测试，如 Half-Cheetah, Hopper 和 Swimmer...并且在环境中运行该算法可以得到实现 ? 将这个过程重复 ? 遍，可以得到统计样本 ? 。一个随机变量通常可以用其平均值 ? 和其标准偏差 ? 来表示特征。当然了，平均值和偏差都是未知的。...T-test 和 Welch's test 为了验证两个种群具有相同的均值的假设（零假设 ? ）。一个 2-sample t-test 可以在两个种群的变量假设为一致时进行测试。...T-test 包含几个假设： 数据测量的规模必须是连续的和有序的，强化学习是满足条件的； 数据是通过从种群中收集代表性样本获得的，在强化学习中，是合理的； 测量是独立分开的，在强化学习中，看起来也是合理的...示例二 为了更好的理解本文的含义，使用两个DDPG的算法：一个有执行扰动（Algo1），一个有参数扰动（Algo2）。两个算法都在OpenAI Gym框架下的Half-Cheetah环境中执行。

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「R」管道统计分析——rstatix使用指南

rstatix 包提供了一个与「tidyverse」设计哲学一致的简单且直观的管道友好框架用于执行基本的统计检验， 包括 t 检验、Wilcoxon 检验、ANOVA、Kruskal-Wallis 以及相关分析...每个检验的输出都会自动转换为干净的数据框以便于可视化。 另外也提供了一些用于重塑、重排、操作以及可视化相关矩阵的函数。...该包还包含一些用于识别单变量和多变量离群点、评估变异正态性和异质性的帮助函数。...促进R的ANOVA计算 factorial_design(): build factorial design for easily computing ANOVA using the car::Anova...成对比较 成对比较：如果分组变量包含多于2个分类，会自动执行成对比较 # Pairwise t-test pairwise.test % t_test(len ~ dose) pairwise.test

2.6K20

R中的常用的检验方法

1.独立样本的t检验 t.test调用格式1：其中是一个数值型变量，x为二分变量 t.test(y~x， data) t.test调用格式2：其中有y1,y2为数值型变量。...library(MASS) t.test(Prob ~ So,data=UScrime) 输出： Welch Two Sample t-test data: Prob by So t = -3.8954...2.非独立样本的t检验 如，年长的男性与年轻的男性失业率概率是否相同，此时，年龄与失业率是有关的，所以是非独立的。 非独立样本的t检验假定组间差异呈正态分布。...3.卡方独立性检验 卡方检验可以使用chisq.test()函数对二维表的行变量或者列变量进行检验。...############################################################## 以下为在真实病例中的应用，检验两种不同的疾病与年龄，性别以及发病部位有无显著差异

93520

r语言的for循环_两效十MVR强制循环

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 R语言for循环 for循环 本教程将针对初学者，探讨如何在R语言中编写基本的for循环和嵌套式for循环。...简单for循环 R 中for循环的基本语法是： for(i R简单for循环示例： # for loop in R 上述例子中直接将结果进行print，在实际应用中基本不会这么做。...如下： x 5) for(i in 1:5) { x[i] 2 } x # output [1] 1 4 9 16 25 嵌套式for循环 R 中嵌套式for循环的基本语法是...当嵌套两个循环时，外部循环控制内部循环的完整重复次数。这样，每执行一次外部循环，就执行n次内部循环。...如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 举报，一经查实，本站将立刻删除。

3.8K30

R常用基本 函数汇总整理

搜索包含制定字串或pattern的命令 R.Version() 查看系统情况和版本 compareVersion() source() 执行R脚本 demo() 运行R的演示脚本...，如demo(plotmath)演示数学注释（表达式）的情况 example() 自动执行命令的在线说明文档中的所有例子 工作环境 (envioronment) commandArgs...ls() 列出指定环境中的对象，如果无参数，列出其调用环境中的对象 object() 同ls rm() 删除当前环境中的变量 exists() 在指定位置是否存在某变量...system.time() 返回执行某任务所花的时间 system() 执行系统命令 options() 查看或修改环境中的全局options getOption()...) 返回一个逻辑向量中值为真的元素的下标 with() 对一个envioronment中的变量执行某函数 unique() 去掉重复的元素 rep() 按照指定方式重复向量中的元素

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八个示例，帮你更好地提升调试技巧

使用 Javascript 写代码，如论是在 Node 后端环境还是前端单页应用，调试是资深程序员的进身之阶！ 程序员的水平提示之路只有一条，那就是乐此不疲地调试代码。某非著名非大师山月如是说道。...如何进行调试 Resume: 执行到下一个断点 Step Over: 执行下一语句 Step Into: 执行下一语句，如遇到函数，则进入函数执行 Step Out: 跳出当前函数 要素也就以上四点，如同五子棋的五子连珠...如何通过调试获取函数的返回值 当函数返回的是一个表达式时，如何在 debug 中，在当前函数中获取到返回值 如下例所示，如何在 sum 函数中通过调试得到 7，而非获取到 a 和 b 再两者相加 const...(a, b) } sum(3, 4) return-value 解: 将断点打到 return 语句，执行到该行，并再次 Step Over，将在调试功能的变量面板中得到 Return value...总结 今天讲了许多关于 Javascript 调试的基础与示例，以后关于调试的文章将会涉及到以下两点 在调试源码(React/Vue)时有哪些技巧？ 如何在 Node/VSCode 中调试？

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