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沙龙
1
回答
如
何在
R
中
获取
热
图
的
每个
簇
中
的
基因
列表
r
、
heatmap
、
gplots
我使用下面的代码为我
的
大型数据集制作了这个
热
图
。现在我想要
获取
第二个集群
的
行名(
基因
的
名称)(红色在左边,绿色在右边)。首先,我试图按照this page上
的
说明来划分集群,但由于y轴上树状
图
的
复杂性,解决方案对我来说并不实用。然后,我尝试在制作
热
图
之前进行聚类,希望得到相同
的
结果。this page上
的
代码没有生成相同
的
<em
浏览 57
提问于2020-09-03
得票数 1
1
回答
为特定
的
数据组织构建堆叠条形
图
r
、
ggplot2
、
bar-chart
、
data-visualization
、
bioinformatics
我想构建一个堆叠
的
条形
图
,x轴代表
基因
组(或仅仅是有机体)
的
数量,y轴代表
基因
组的确切数量中出现
的
基因
簇
的
数量。因为我知道这些
基因
来自哪些有机体,我希望
每个
条形
图
都能显示
每个
基因
组在构建这个条形图中
的
影响。; 1)第一列显示了
每个
基因
簇
所涉及
的
基因<
浏览 17
提问于2019-05-20
得票数 0
1
回答
将颜色标签键添加到corrplot
r
、
r-corrplot
我正试着给我
的
corrplot
热
图
添加一个第二色
的
标签键。我已经使用
r
值生成了
热
图
。我有两个数据集,其中一个包含我用来构建相关矩阵
的
数据。第二个是
基因
及其来源
的
列表
。我想在
图
的
左边加一个颜色标签,表明
每个
基因
的
来源。下面是我想要添加
的
类别:
基因
来源 X人类 Y HumanM
浏览 27
提问于2019-01-29
得票数 0
3
回答
如
何在
R
的
热
图中放置黑色边框
r
、
map
、
heat
嗨,我使用"heatmap.plus“在
R
中
创建了一个
热
图
,
如
链接中所示 如
何在
R
中
的
每个
热
图元素中放置黑色边框
浏览 2
提问于2011-02-18
得票数 9
回答已采纳
1
回答
有没有一种方法可以在
热
图中保留聚类,同时减少观察值
的
数量?
r
、
permutation
、
hclust
、
pheatmap
我有跨20列
的
90个观察值(行)
的
数据集。我已经生成了一个非常整洁
的
热
图
,它使用pheatmap包将我
的
数据分成两组。虽然它不是完全干净
的
,但根据我
的
情况,这两个树状
图
很大程度上将我
的
样本分为两个不同
的
组。或者任何其他将我
的
观察结果减少到最小集合
的
软件包,仍然可以通过现在所看到
的
聚类顺序来保持?cluster_col=T,fontsize_row
浏览 0
提问于2017-05-05
得票数 2
2
回答
层次聚类:从大
热
图中提取观测值
python
、
scikit-learn
、
seaborn
目前,我正试图将一个大型数据集可视化为
热
图
。这本身就很顺利,但我很难从有趣
的
集群
中
获得洞察力。具体来说,我有两个非常相关
的
问题: 首先,我发现了一些有趣
的
特性,并正在寻找一种系统
的
方法来在特定级别提取平面集群(但是F集群函数似乎做了一些不同
的
事情,而切_树不适用于这些树)。我希望在树状
图
的
指定深度上得到分层聚类
的
一部分。这可能是在链接矩阵Z
中
编码
的
,但我很难理解如
浏览 0
提问于2019-10-08
得票数 4
回答已采纳
1
回答
以一对多关系合并两个数据集
r
表1 (900行)标识了
每个
集群
的
调节器:a 0 59e 1 46g 2 66表2 (90行)标识了属于
每个
簇
的
基因
:1 03 05 07 1a 6 59b 3 52 b
浏览 0
提问于2014-08-26
得票数 2
1
回答
利用matlab对数据进行聚类
matlab
、
cluster-analysis
、
hierarchy
、
dendrogram
我在试着把我
的
数据聚在一起。我有一千个
基因
和一百个参数。我想根据
基因
和参数对数据进行聚类,并使用聚类
图
进行聚类。因为有很多
基因
,所以很难用图片来理解任何东西。现在我想要我
的
数据
中
的
15到20个最大
的
基因
簇
的
文本信息。我
的
意思是15-20个
基因
列表
,它们属于不同
的
集群。我该怎么做?谢谢 这是我从我
的</e
浏览 2
提问于2014-04-15
得票数 2
回答已采纳
3
回答
python
中
基于
基因
表达矩阵
的
层次聚类
python
、
numpy
、
machine-learning
、
matplotlib
、
scipy
我如
何在
Python中进行分层聚类(在本例
中
是针对
基因
表达数据),以显示
基因
表达值矩阵和树状
图
?我
的
意思是像下面这样
的
例子: 如
何在
Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作?另外,用欧几里德距离作为度量,用大约11,000个
基因
的
浏览 0
提问于2010-06-05
得票数 3
1
回答
RSelenium:在文本框
中
输入值
html
、
r
、
web-scraping
、
rselenium
我希望使用RSelenium将一些
基因
名称输入到一个在线存储库
中
,该存储库为这些
基因
创建一个功能注释
热
图
。 但是,我正在努力解决如
何在
文本框
中
输入
基因
列表
以生成
热
图
的
问题。这是一个文本框
的
图像和与之相关
的
html。 ? 到目前为止,我拥有的代码(见下文)可以成功地导航到适当
的
页面,并选择适当
的
文本框,但我
浏览 22
提问于2020-10-01
得票数 2
回答已采纳
1
回答
在
R
中生成
热
图
(无法分配向量警告)
r
、
heatmap
、
regular-language
所以我试着在
R
中生成一个
热
图
用于
基因
表达分析...我在C中有536 GB
的
内存,但是当我尝试执行
热
图
时,它显示了这条消息。错误:无法分配11.1 Gb大小
的
向量另外:警告消息: 1: In distfun(x):已达到总分配3544Mb:请参阅帮助(memory.size) 我怎么才能解决这个问题呢?我正在Windows操作系统
中
运行
R
,64位
浏览 2
提问于2015-08-29
得票数 0
1
回答
无法制作用于差异
基因
分析
的
缩放热
图
r
、
heatmap
、
bioinformatics
、
bioconductor
、
pheatmap
我是
R
的
新手,所以对我来说容易些,我在为我
的
基因
生成
热
图
时遇到了麻烦。我用DESeq2软件包进行了差异
基因
分析,找到了30个下调最多
的
基因
,并用fdr<0.05对细胞系进行了分析。我试图使用pheatmap包创建一个
热
图
,但我无法生成我想要
的
热
图
。我想为
每个
细胞系
的
前30个
基因
(共8个)
浏览 32
提问于2021-05-19
得票数 0
1
回答
如何统计
R
中
给定范围内超过某一值
的
实例数?
r
、
heatmap
、
genome
我有一个相当大
的
数据集,研究整个
基因
组
中
的
SNPs。我正在尝试生成一个
热
图
,它基于在整个
基因
组
中
x个碱基对
的
滑动窗口内有多少SNP具有超过50
的
BF (贝叶斯因子)值来缩放。例如,在第一个1,000,000个碱基对
中
可能有5个感兴趣
的
SNP,然后在接下来
的
1,000,000个碱基对中有3个SNP,依此类推,直到我到达
基因
组
的
末端
浏览 12
提问于2021-04-22
得票数 0
1
回答
在pheatmap和heatmaply
R
包
中
的
聚类
r
、
hierarchical-clustering
、
pheatmap
、
heatmaply
我正在使用
R
热
包来制作交互式
热
图
。我喜欢这个软件,但我想从它
中
得到与我使用
的
pheatmap包相同
的
集群(行和列
的
排序)。因此,我希望这两个命令产生相同
的
输出:pheatmap (scale (mtcars))最近,我问了另一个关于颜色输出
的
类似问题,即不分
簇
,输出,这个问题在这里得到了很
浏览 6
提问于2020-05-21
得票数 0
回答已采纳
1
回答
当
基因
名称重复时,如何通过
R
中
的
RNAseq数据
中
的
基因
in调用数据框?
r
、
macos
我有一个.csv文件,它包含第一列
中
的
基因
名称和后续列
中
每个
患者
的
每个
基因
的
“每百万条转录数”计数。有56,632个
基因
被读取,并且似乎有许多重复
的
基因
ID。下面是我
的
数据矩阵示例:TSPAN6 1.45问题:我
浏览 0
提问于2015-10-24
得票数 0
1
回答
如
何在
R
中将图例添加到我
的
热
图
?
r
、
legend
、
heatmap
、
colorbrewer
我有一个
基因
表达
的
大型数据集。这些行就是
基因
。柱子是特定
的
组织--因此它是该组织
中
的
基因
表达。我使用下面的代码来制作一个
热
图
:我不知道如何创造一个传奇我试着单独创建图例/键,但我不知道如
何在
brewer.
浏览 3
提问于2021-05-05
得票数 0
1
回答
RNA-seq -
R
-如何将
基因
长度导入RPKM计算
的
日期集
r
、
rna-seq
所以,原则上归一化一个原始计数RNAseq文件是非常简单
的
…如何/从哪里导入
基因
长度并将其与集成ID进行匹配?我使用来自cpm值
的
EdgeR rpkm,它返回“rpkm.default(x_cpm)中出错:缺少参数"gene.length”,没有默认值“ 谢谢
浏览 10
提问于2020-06-05
得票数 0
1
回答
将ggplot
的
y轴按另一个因子排序(不是按字母顺序)
R
r
、
ggplot2
、
r-factor
我读了很多关于在ggplot2
中
对
热
图
的
y轴进行排序
的
问答,因此我觉得写另一个
热
图
很糟糕,但我似乎无法实现我想要
的
。(这可能是因为我是
R
的
新手,刚刚开始掌握
R
的
术语和工作原理。)提前感谢您
的
帮助!我正在尝试生成一个用于
基因
富集分析
的
热
图
。我
的
数据以以下形式导入为.csv文件:
浏览 0
提问于2013-06-08
得票数 0
回答已采纳
1
回答
CummeRbund csHeatmap:调整
基因
id文本大小
的
方法?
r
、
ggplot2
、
bioconductor
我想知道是否有人知道一种方法来修改由
R
包CummeRbund
中
的
csHeatmap()函数生成
的
热
图
的
基因
id文本标签?我知道这是一个ggplot对象,但我找不到一种方法来1)按照
基因
in在图像
中
的
显示顺序提取它们,或者2)修改它们
的
相对大小。目前,文本大小太大,无法阅读。 有没有人遇到过这个问题?
浏览 1
提问于2013-04-08
得票数 0
1
回答
当有许多名称时,MATLAB
热
图
树状
图
没有显示列名
matlab
、
heatmap
、
dendrogram
我根据三种不同
的
实验条件(阿尔法、贝塔和伽马)列出了每种蛋白质
的
蛋白质和值。包含这些值
的
数组称为“heatmap_data”。蛋白质
的
名称在一个名为“text”
的
数组
中
。我生成了一个
热
图
:rowscell = cellstr(rows) dm=DataMatrix(heatmap_data,rowscell,我得到了预期<
浏览 0
提问于2017-05-09
得票数 0
回答已采纳
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