Tidyverse中包含一个purrr程序包,之前在看数据处理分析时候,一直看到别人的code中,涵盖purrr,map函数,但是一直不知道这个是干什么的,现在发现purrr真的是极大的加速了数据处理流程,减少了code的编写。
apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是使用者玩不转一类核心函数。
目录: windows命令行中执行R dataframe 常用函数、变量 1、windows命令行中执行R 前提:已经把R的命令目录加入了系统路径中。 在windows中,命令行执行R可以用以下两种方式: (1)RCMD BATCH xxx.r 这种方式也可以写成”r cmd BATCH“、”rcmd BATCH“、”R CMD BATCH“,这几个命令都是一样的,随便你用哪个 这种方式的输出结果不是直接显示在命令行中,而是会在r文件相同路径下,自动创建一个xxx.r.Rout文本文件,输出的内容在这个文
多元时间序列建模一直是吸引了来自经济,金融和交通等各个领域的研究人员的主题 ( 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据******** )。
5.3 增加新一列 e.p df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05)
今天给大家介绍下,R处理NASA下载的降雨量数据 在进行环境数据分析时候,经常需要用到降雨量的信息,而NASA提供了每年,每个月甚至每天的降雨量数据。 如何下载NASA降雨量数据,见此链接。
list是R中非常重要的一个基本数据结构,它可以任意嵌套其他的任意数据结构,所以很多数据结构的核心也是由list来完成的。
参考:https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/prog-prof.html
Lasso回归又称为套索回归,是Robert Tibshirani于1996年提出的一种新的变量选择技术。Lasso是一种收缩估计方法,其基本思想是在回归系数的绝对值之和小于一个常数的约束条件下,使残差平方和最小化,从而能够产生某些严格等于0的回归系数,进一步得到可以解释的模型。R语言中有多个包可以实现Lasso回归,这里使用lars包实现。
本文将描述如何在R中创建自定义Sankey图。我将首先解释Sankey图的基础,然后提供自动创建和手动控制的布局的示例。
在R中更易于处理的数据形式是data.frame,list并不是太好处理,常用操作就是对它进行循环迭代。
今天在使用连接操作时发现:虽然都是合并操作函数,dplyr 包里的 *_join() 和基础包里面的 merge() 存在差异,不同的数据结构,结果也会存在偏差。
做数据分析以及制作表格的时候,会遇到长宽格式数据之间相互转换的问题,之前介绍了如果在Hive是使用sql语句实现,现介绍一下如何在R语言中实现长宽格式数据相互转换。
1、merge(a,b),纯粹地把两个数据集合在一起,没有沟通a、b数据集的by,这样出现的数据很多,相当于a*b条数据;
R语言中,<- 与 = 这两个赋值运算符最主要的区别在于两者的作用域不同。大家可以从下面的例子感受一下。
如果想用其他形状,有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes/ggstar.html
apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是初学者玩不转的一类核心函数。很多R语言新手,写了很多的for循环代码,也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚,最后把R代码写的跟C似得。
R语言作为一门统计计算和数据可视化为核心特色的工具性语言,其在可视化领域或者说数据呈现方面有着非常成熟和系统的解决方案。
关联规则挖掘是一种无监督的学习方法,从交易数据中挖掘规则。它有助于找出数据集中的关系和一起出现的项目。在这篇文章中,我将解释如何在R中提取关联规则。 关联规则模型适用于交易数据。交易数据的一个例子可以是客户的购物历史。
在很多时候,我们需要对数据进行分类,比如根据血糖值将患者分成糖尿病组与非糖尿病组,亦或者按照年龄将样本分为老年人,中年人和青年人等等,这些就需要我们对数据进行重新编码。
上篇我们了解了Python中pandas内封装的关于数据框的常用操作方法,而作为专为数据科学而生的一门语言,R在数据框的操作上则更为丰富精彩,本篇就R处理数据框的常用方法进行总结: 1.数据框的生成 利用data.frame()函数来创建数据框,其常用参数如下: ...:数据框的构成向量的变量名,顺序即为生成的数据框列的顺序 row.names:对每一行命名的向量 stringAsFactors:是否将数据框中字符型数据类型转换为因子型,默认为FALSE > a <- 1:10 > b <- 10:1 >
要使Name列中的每个字符串都变为小写,选择Name列(参见数据选择教程),添加str访问器并应用lower方法。因此,每个字符串都被逐个转换。
本文介绍了笑哭的15种样式,包括emoji格式、字符串格式、图片格式、函数格式等。这些样式可以用于微信和朋友圈的分享,也可以用于写论文、写报告等场景。
对于data.frame大家应该很熟悉,它可以存储不同数据类型的向量数据。今天给大家介绍一个升级版的data.frame,其不仅可以存储不同数据类型还可以进行多列的并行运算。包的安装我们就不再赘述了(install.packages(“data.table”))。
tibble 是一种简单数据框,它对传统数据框的功能进行了一些修改,其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。
前面我们讲了R批量下载B细胞和T细胞受体VDJ序列文件,那么如何将这些fasta序列读到R里面,方便后面处理呢?今天小编就给大家演示一下如何利用R将fasta序列转成data.frame。我们就用上次下载到的BCR的VDJ序列为例,7个fasta文件存放在BCR_seq文件夹中。
好几位读者来信说,《R语言数据可视化之美》(增强版)的词云图的代码有问题,我今天更新了一轮,这主要原因在R语言及其包的更新,导致源代码有可能运行错误。R语言的优势在于其开源,有世界的专家学者一起开发新的包,以及其R语言本身不断更新迭代增强;这也是它的问题,因为很多时候不同包由于版本问题,会导致老版本的程序运行有误。
Data Frame一般被翻译为数据框,感觉就像是R中的表,由行和列组成,与Matrix不同的是,每个列可以是不同的数据类型,而Matrix是必须相同的。
1.创建数据集/矩阵【data.frame数据框、matrix矩阵、array数组】
第一步是创建数据库。使用dbConnect()函数为mtcars数据集创建一个适当的数据库。
data.table包提供了一个加强版的data.frame,它运行效率极高,而且能够处理适合内存的大数据集,它使用[]实现了一种自然地数据操作语法。使用下面命令进行安装:
R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快。包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上的优化,使用多线程,甚至很多函数是使用C写的,大大加快数据运行速度。因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率。这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理。
大家好,我是飞哥,很多时候,我们需要对Excel进行批量处理,毕竟,没有批量二字,就彰显不出程序员的气质。
接触过Python的小伙伴儿肯定都知道,Python中关于迭代器和可迭代对象运用的很广泛。迭代器可以以一种非常友好的方式使用在循环中,不仅节省内存,还能优化代码。 在R语言中,其实也有迭代的概念,但是需要借助第三方包的辅助。 今天要介绍的包是iterators和itertools,这两个包在最新开发的软件包工具中使用的非常频繁。迭代器作为一种特殊的容器,生成之后,只能按照顺序迭代完内部对象之后,便失效了,要想重新迭代就必须重新生成一个迭代器。 而我们在普通场景下构造的循环,一般都利用R语言内部的现有的数据结
数据框类似矩阵,有行列两个维度。数据框允许不同的列可以包含不同的类型数据。注意数据框可以看成每个组将长度相同的列表。
比如 Horticulture Research 中的论文 Comparative analysis of long noncoding RNAs in angiosperms and characterization of long noncoding RNAs in response to heat stress in Chinese cabbage 方法部分写道
本文作者蒋刘一琦,自嘲是一个有艺术追求的生信狗,毕业于浙江大学生物信息学专业,目前在复旦大学就读研究生,研究方向为宏基因组。
net<-graph_from_data_frame(d=links,vertices=nodes,directed = T)
交集、并集、补集、差集,这些在R语言中如何实现呢,这篇博客介绍一下。 首先,模拟一下数据:a为1-10的数,b为5-15的数。 这里,推荐dplyr中的函数, library(dplyr) a = 1:10 b = 5:15 a b 📷 1. 向量 1. 1 交集(intersect) R中的函数为:intersect「示例图:黄色线的区域,就是目标区域」 📷 # 交集 intersect(a,b) 📷 1.2 交集(union) R中的函数为:union「示例图:黄色线的区域,就是目标区域」 📷 在
geom_smooth()函数不需要指定任何参数,自己直接就添加的是二次方程的拟合曲线,当然以上结果是因为自己的数据非常标准,是直接用二次方程来生成的
R语言中计算交集、并集、并集、差集,这些数学概念,这里汇总一下。包括向量的操作和数据框的操作。可以说是非常全面了。
今天延续Day2讲完了全部的几个重要数据类型,都是后续生信分析非常重要的知识点以及小Tips,同时深深感受到代码思维的重要性。要写能换个环境和场景依然可运行的代码,而不是一次性的玩意儿
在数据分析中,往往会遇到各种复杂的数据处理操作:分组、排序、过滤、转置、填充、移动、合并、分裂、去重、找重、填充等操作。这时候R语言就是一个很好的选择:R可以高效地、优雅地解决数据处理操作。(本章节为R语言入门第二部分总结篇:数据操作)
each和times的区别是times输出的是abcdabcdabcd,each输出的是aaabbbcccddd
R语言究竟能不能处理大数据,其实这个问题的答案取决于你怎样定义所需处理的大数据。R是一种语言,同时也是一种工具,并且是运行在电脑上的,运行的结果也受到电脑的性能影响。那么既然要处理大数据,关键在于如何提高使用R语言处理分析数据的效率。 简单说,有三点: 1)使用运行速度更快的电脑; 2)学习使用各种高效的package; 3)使用Revolution R代替原生的R程序。 第一点暂不讨论,从第二点说起吧。 1. 适合处理大数据的R package 众所周知,R语言的主要优势在于各种包,有的包可以极大的提高工
今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8c,基因结构图,论文中文字部分对图的描述是 Gene structure of Lsat_6X11620. Closed bars represent exons, and open bars represent untranslated regions and introns. The positions of the SNPs in the promoter region are indicated by black triangles. An highly associated SNP, A-to-G transition at Chr. 6:15,542,968 is represented by a red triangle.
多元时间序列建模一直是吸引了来自经济,金融和交通等各个领域的研究人员的主题。多元时间序列预测的一个基本假设是,其变量相互依赖。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云