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沙龙
1
回答
如
何在
Slurm
脚本
中
编写
hostfile
、
、
/bin/bash -l #SBATCH --ntasks-per-node=4 scontrol show hostname $
SLURM
_JOB_NODELIST
浏览 75
提问于2021-01-22
得票数 0
回答已采纳
1
回答
在
Slurm
runscript
中
运行OpenMPI作业时出现段错误
、
、
、
当我通过手动启动MPI作业时它运行良好,也可以在多个节点上运行,并且充分利用了Infiniband。好的。然而,当我从
Slurm
runscript内部调用我的MPI应用程序时,它崩溃了,并出现了奇怪的Segfaults。我使用
Slurm
支持编译了OpenMPI,而且PMI似乎也可以工作,所以我可以简单地
编写
在
Slurm
运行
脚本
中
,它会自
浏览 70
提问于2016-09-15
得票数 3
回答已采纳
1
回答
如何从多个目录
中
同时执行
SLURM
脚本
?
、
、
、
我希望同时从多个目录
中
执行
SLURM
脚本
。更具体地说,我有十个数组文件夹,它们通过array_1通过array_10编号,我想从其中执行
脚本
。在每个目录
中
,
脚本
创建了10个子目录,标记为${
SLURM
_ARRAY_TASK_ID}_ztag。但是,我必须从十个array_目录
中
的每个目录
中
手动执行
SLURM
脚本
。通常,使用shell
脚本
,这将是一个简单的for循环,但是由于#SBA
浏览 5
提问于2020-06-01
得票数 0
回答已采纳
2
回答
在
Slurm
上运行Spark
、
、
如
何在
Slurm
集群上运行Spark?我非常有兴趣在我的程序
中
定义SparkContext并设置我想使用的节点数,但是如果我必须为它
编写
一些bash
脚本
,也是可以的。
浏览 1
提问于2015-03-28
得票数 2
1
回答
调用其他
SLURM
的主
SLURM
脚本
、
、
我是一名癌症研究人员,我们想知道你们
中
是否有人知道如何
编写
一个调用其他
SLURM
的
SLURM
脚本
。如果上一个
脚本
成功完成,则继续执行下一个调用。也就是说,类似于:#call first
slurm
#if it completes successfully sbatch b.
slurm
浏览 7
提问于2018-12-07
得票数 2
1
回答
将
SLURM
批处理命令行参数传递给R
、
、
、
、
我正在尝试使用各种参数运行
SLURM
sbatch命令,我可以在R
脚本
中
读取这些参数。当使用PBS系统时,我习惯于
编写
qsub -v param1=x,param2=y (+其他系统参数,
如
内存要求等,以及PBS要读取的
脚本
名称),然后在R
脚本
中使用x = Sys.getenv(‘param1/bin/bash echo $PWD module load R/common
浏览 12
提问于2017-08-09
得票数 1
回答已采纳
1
回答
如
何在
slurm
集群上启用python提交
脚本
?
、
我可以使用
slurm
访问集群,并希望将其扩展为使用python来
编写
批处理提交
脚本
。我该怎么做?#!/bin/python他们
中
任何一个都没有成功。如
何在
集群
中
激活此功能? #!/var/spool/
slurm
/d&
浏览 13
提问于2020-03-27
得票数 0
2
回答
如
何在
Slurm
下运行Open
、
、
我无法通过一个Open MPI在
Slurm
下运行
Slurm
-script。#!/bin/bash#SBATCH -e
slurm
.err # STDERRcd NPB3.3-SER/ mpirun --hos
浏览 2
提问于2019-03-20
得票数 4
1
回答
为单机设置
slurm
.conf文件
嗨,我正在尝试利用一个处理管道,它是用来使用
slurm
在多个计算机集群上运行的,但是我更愿意在单个编译器上运行它。我在Ubuntu 18上,已经安装了
Slurm
,但是我无法让管道读取我的
slurm
.conf文件,这是我从SlurmVersion18.08配置工具在线创建的,目的是将它作为一个节点运行,所以我不必重写管道代码每次我尝试运行这个管道sh
脚本
时,日志文件都会给出这个错误。S批处理:错误:_parse_next_key:在无法识别的键处解析错误: SlurmctldHost批处理:错误:在文件/etc
浏览 0
提问于2018-10-28
得票数 6
1
回答
将bash变量导入
slurm
脚本
我见过类似的问题,但与我的不完全相同:Use Bash variable within
SLURM
sbatch script,因为我不是在讨论
slurm
参数。我想为我的每个示例文件启动一个
slurm
作业,所以假设我有3个vcfs,我想为每个vcfs运行一个作业: 我创建了一个
脚本
来遍历一个文件,在这个文件
中
我
编写
了sampleIds,以便对每个示例运行另一个
脚本
,如果我想直接用bash运行它,这将是完美的: while read line sampleID=&
浏览 19
提问于2020-04-29
得票数 1
回答已采纳
4
回答
如何配置
slurm
通知电子邮件的内容?
当某些类型的事件发生时,
Slurm
可以使用--mail-type和--mail-user等选项通过电子邮件通知用户。我以这种方式收到的电子邮件包含了一个空洞的主体和一个看起来像: 我想配置
slurm
,这样邮件的标题或更好的正文包含了与
slurm
命令squeue --format返回的类似的其他信息。
浏览 7
提问于2018-10-26
得票数 8
1
回答
在带有
slurm
的多节点上运行Mpirun的主机文件
、
、
我有两个可执行文件,我希望以以下方式运行:对于每个节点,我希望启动N-1个进程到exe1和1个exe2 在以前的
slurm
系统上,它是这样工作的: #!| perl -ne 'chomb; print "$_"x1'> myhostall mpirun --mca btl_openib_a
浏览 88
提问于2020-12-24
得票数 3
回答已采纳
1
回答
在SBATCH /
SLURM
中使用ptemcee ( Monte包)运行python
脚本
、
、
、
、
我需要使用sbatch /
slurm
运行python
脚本
,
脚本
工作到必须使用ptemcee的步骤(即运行monte马尔可夫链)。在这个步骤
中
,什么都不会发生(就像
脚本
落入无限循环中一样)。我知道
脚本
中
没有错误,因为当我从
slurm
中
运行它时,它工作正常。有人知道我应该如
何在
S批/
slurm
中
运行ptemcee (或emcee)? #!
浏览 5
提问于2021-11-21
得票数 0
1
回答
R
脚本
不能在
Slurm
批处理作业
中
运行
、
、
、
、
我正在运行一个
脚本
,该
脚本
如下所示:#./geneiase -t static -i mydata.tab 如果我直接在命令行
中
对我的数据运行该
脚本
,它启动时不会出现错误或警告。但是程序对计算的要求非常高,所以我需要使用名为
Slurm
的作业调度程序将作业提交到集群。当我在批处理作业文件
中
编写
完全相同的表达式(
如
第二段所示),然后使用sbatch提交作业时,它会立即终
浏览 2
提问于2017-11-02
得票数 0
1
回答
脚本
中
MPI进程的结果
、
我想
编写
一个MPI
脚本
,用于使用gromacs程序,并且我希望更改每个任务的输入数据(每个任务的输出将是前一个任务的结果)。我将
脚本
中
的一部分复制result*.dat到copyfile.sh#!/bin/shEOF srun -n $
SLURM
_NNODES -N $<em
浏览 5
提问于2016-03-09
得票数 0
回答已采纳
2
回答
配置
SLURM
,使其需要用户指定--account
、
、
、
我正在尝试弄清楚如何配置
SLURM
,以便用户在使用
SLURM
命令(salloc、sbatch、srun)时需要指定--account。实际上,我想禁用默认帐户行为。
浏览 0
提问于2014-09-05
得票数 1
1
回答
在集群
中
运行奇点对接器
、
、
、
对于一个科学的项目,我需要在这里使用奇点项目:然后我得到了一个新的环境:我尝试创建一个bash文件,
如
:#!data/TOOLS/TETools/dfam-tetools.shech
浏览 3
提问于2020-12-02
得票数 0
回答已采纳
2
回答
"#“(评论)是低俗的职位提交
这个问题与普林斯顿研究计算引入
SLURM
一文有关。例如,SBATCH在第一个#之后将被执行,而在第二个#之后的create
浏览 0
提问于2019-11-05
得票数 2
回答已采纳
4
回答
Slurm
作业,知道它在哪个节点上
、
在bash/
slurm
中
是否有一种方法可以让
脚本
知道它运行在哪个节点上?sstat是这样做的,但是我需要知道我的工作id是什么,
脚本
似乎也不知道这个id(或者至少我还没有找到它)。
浏览 7
提问于2017-05-12
得票数 4
回答已采纳
1
回答
调度比MaxArraySize更多的任务
这些命令被生成并存储在一个文件
中
,每一行一个。我想使用
Slurm
来调度和运行这些命令。然而,MaxArraySize的限制是2000年。因此,我不能使用一个作业数组来调度所有这些任务。给出了一种解决方案,在
中
,我们创建四个单独的作业,并在文件中使用算术索引,最后一个作业有较少的任务要运行(233)。 curID=$(( ${
SL
浏览 9
提问于2022-05-10
得票数 1
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