我希望能够使用我在与脚本相同的目录中下载的文件来编写多个序列比对。然而，在Biopython Cookbook中，显示这一点的唯一方式是通过写出字符串而不是加载文件。我希望能够做到后者。下面是在中进行多序列比对的方法from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Align
浏览 31提问于2019-12-01得票数 0
尝试使用biopython创建一个基本的类群树，特别是在文档页面之后。每次我使用fastfa文件时，我似乎都会得到一个错误。from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculatorUnboundLocalError: local
浏览 1提问于2019-11-30得票数 0
在Python/Biopython中，我试图获得一个与字符串"Human“匹配的蛋白质序列的枚举列表。下面的代码的问题是，我得到要解析的序列的枚举，而不是那些通过if循环过滤器的序列。sys.stdout = open("out_file.txt","w")
for index, seq_record in enumerate(SeqIO.parse("in_fi
浏览 2提问于2017-08-31得票数 0
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我有大量fasta格式的蛋白质序列。R中的任何包都可以用来获得蛋白质序列的blast相似性分数？
浏览 0提问于2011-06-30得票数 7
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我想要对FASTA文件中包含的每个蛋白质序列进行多次成对比较，然后打印序列相似度的百分比(平均或单独)。我认为我需要使用itertools来创建所有的组合，对齐它们，然后可能将匹配的数量除以对齐的序列长度，以获得%的序列相似度，但我在执行此操作所需的特定脚本方面遇到了问题，如果可能的话，最好使用biopython
浏览 0提问于2019-12-12得票数 0
我有一个超过500个序列的fasta文件，并且我需要从该文件中构建一个表，所以我正在尝试编写一个脚本来完成这项工作，而不是通过复制-粘贴来手动完成。我正在使用Biopython读取文件：seq=SeqIO.parse(handle, "fasta")
从每个序列中，我想知道蛋白质序列所属的物种，蛋白质
浏览 0提问于2013-02-14得票数 0
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我对“氨基酸使用”和“氨基酸同一性”这两个术语有一点混淆。如何计算氨基酸的使用量？我听说过"CodonW“。我们还有其他选择吗？其次，我们是否可以像在氨基酸同一性中所做的那样，使用氨基酸用途来建立系统发育关系？
谢谢
浏览 1提问于2018-08-10得票数 0
我有一个包含多个蛋白质序列的fasta文件。不同的蛋白质以files '>‘>开头，就像在所有fasta文件中一样.我需要这些蛋白质在一个文件中，exact.So，我不能只分裂文件。但我想过滤掉所有不是蛋白质序列的东西。：
我只能过滤掉第一个而不是其他的。或者我
浏览 1提问于2015-03-05得票数 1
我正在处理两个本地文件: human.fa和mouse.fa。我打算解析human.fa，用Blast在mouse.fa数据库中查找同源序列，并打印出人类序列ID、鼠标ID、类似的同源序列和相应的比对结果。
浏览 18提问于2020-10-23得票数 0
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如何计算文本字符串的多序列比对
、、、、
我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的复杂文件格
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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我有两个脚本来查看一个(多序列对齐) MSA是否有50多个列，缺口小于50%。第二种方法使用简单的IO来生成2D Numpy Array和MSA，使用1.2秒的进行相同的对齐。我有五个想法，也许其中一个或两个是有用的：
浏览 8提问于2012-11-25得票数 5
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我有一个Excel文件，其中给出了2000多个生物，其中每个生物都有一个关联的生物项目ID (如PRJNA12997)。我们的想法是使用这些I来获得序列，以便稍后与我在文本文件中的其他五个序列进行多重比对。
有没有人能帮我理解如何使用biopython来做这件事？至少是有生物项目ID的那部分。
浏览 0提问于2016-03-18得票数 1
我有几个已经比对的DNA序列，我想只保留在特定位置可变的碱基。from Bio import AlignIOalign_array
浏览 4提问于2016-09-30得票数 3
我正在编写python脚本，如果可能的话，我希望将查询序列信息作为字符串变量而不是FASTA格式文件传递给blastn。我使用Biopython的SeqIO将几个抄本名称存储为键，并将其序列存储为关联值。所以看起来就像这样for record in SeqIO.parse("transcript_sequences.fasta", "f
浏览 6提问于2016-11-03得票数 5
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我正在尝试使用Bio.codonalign根据蛋白质比对通过密码子比对两个基因序列。他们的例子在这里(在'build‘函数下)：。我已经尝试了他们的例子，它是有效的。现在，我希望从FASTA文件中获得序列(ap_20具有已对齐的蛋白质，而ug_20具有未对齐的基因)。以下是我的代码。Bio.codonalign import build
# Define set of orthologo
浏览 15提问于2020-05-19得票数 0
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我尝试按照文件中序列的字母顺序(而不是序列的ID )对fasta文件进行排序。fasta文件包含超过200个序列，我正在尝试在bit master (使用python代码)中查找重复的(我指的是几乎相同的蛋白质序列，但不是相同的ID)。所以我想用fasta文件做一个字典，然后
浏览 2提问于2017-02-21得票数 4
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我正在使用BioPython将Perl代码转换为Python代码。我得到了类似这样的东西：我正在寻找Biopython中类似的函数。有像这样的东西吗？
浏览 18提问于2016-09-09得票数 1
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我不知道如何在Python正则表达式中使用变量。如果我编写re.match( r'>Px016797(.*?)>',a,re.M|re.I)，它可以工作，但我需要使用变量。
谢谢。
浏览 5提问于2015-09-24得票数 0
1回答
我试图通过一个基因id (GI)号从NCBI中获取蛋白质序列，使用Biopython的Entrez.fetch()函数。然后，我使用以下方法读取数据：我可以打印结果，但是我不知道如何单独获得蛋白序列。proteinaXML[0]["GBSeq_feature-table&q
浏览 2提问于2013-11-14得票数 2
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所以我有一个程序，它从数据库中获取一堆序列，并将它们下载到一个fasta文件中。问题是这些序列可能是蛋白质，也可能是dna。我正在将大的fasta文件分成许多小的fasta文件，一旦我有了序列，我需要它们都是蛋白质。所以我想测试每一个，看看它是否是蛋白质。如果它们都是蛋白质，我很好，如果它们都是dna，我有一个优雅的方法来翻译它
浏览 2提问于2012-11-01得票数 0
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