我在nextflow脚本中运行两个进程(如下所示)。第一个进程输出一些绘图，第二个进程必须包含这些绘图才能生成pdf文件。这两个进程都在docker容器(docimage:1.0.0)中运行。当我运行这个nextflow脚本时，第一个进程运行得很好，但是第二个进程没有完成，因为latex文件找不到绘图，因为包含绘图的输出
浏览 63提问于2021-01-15得票数 0
问题是，当我在docker容器中运行相同的python命令(在交互模式下)时，它可以正常工作。但是，当我使用带有码头容器的nextflow启动它时，它会抛出错误。#!有趣的是，但,
启动nextflow的$PWD -->目录的
浏览 5提问于2021-03-01得票数 2
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一个VM用于运行nextflow，另一个VM上有一个Jenkins构建服务器。Jenkins负责构建新的Docker映像，并将新的Docker映像推送到我们的google容器注册中心。我的nextflow.config文件如下所示： withLabel: awesome_image {
container = "eu.gcr.io/best-project-1234&#x
浏览 2提问于2020-12-14得票数 1
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我正在尝试构建一个安装了nextflow的奇异容器。完成构建后，我将其安装在dir中，并将其作为ROOT安装。当我试图运行容器时，它会失败，因为我不是root用户。我查看了最佳实践，并指出如下：BootStrap: yumMirrorURL: http://mir
浏览 1提问于2019-10-03得票数 1
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这两台计算机都安装了nextflow (v22.04.5)和docker。但是，一台计算机显示错误消息。请看所附的截图。我检查了日志文件，它只有一个“命令未找到”。nextflow脚本params.outdir = '.
浏览 39提问于2022-10-03得票数 1
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我正在运行一个Nextflow管道，它在不同的Docker容器中运行每个进程。我在VM中运行此管道。虽然其中一些进程运行良好，但其中一个进程出现错误： java.io.FileNotFoundException: file_fastqc.zip (Permission denied)
Approxat容器是biocontainers/fastqc:v0.11.8dfsg-2-deb_cv1 我以sudo身份
浏览 111提问于2020-01-18得票数 1
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以前，我能够将一个文件夹作为卷附加在我的桌面上，在我的容器中，如下所示：
docker run -it --rm -v /Users/me/Desktop/Jupyter:/home/jovyan/workdocker run -it -v /Users/me/Desktop/nfscripts:/usr nextflow/nextf
浏览 2提问于2019-05-15得票数 0
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我一直在尝试使用我在服务器上创建的Docker镜像运行nextflow管道。我已经在本地客户机上测试了这个管道，它工作得很好，但是尝试在服务器(ArchLinux，docker version18.09.6)上运行它会出现许多不同的错误。在本地客户端上，我对nextflow使用了temp标志，它相当于--mount type=volume,src=<src_path>,target=/tmp标志。这在本地客户端上工作得很好。我发现这个错误很不寻常，因为我的<
浏览 167提问于2021-04-14得票数 0
运行nextflow时出现了一个错误，由以下句子组成原因如下：我使用以下脚本。"""
bwa-mem2 index "
浏览 2提问于2022-05-23得票数 1
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作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从一个进程获取输出，该进程是一个.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列后续条件进程的变量。我可以在Perl中使用类似下面的内容来管理它，尽管我似乎不能将该变量添加到Nextflow脚本中： my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';
open (RESLISTsplit
浏览 17提问于2020-07-22得票数 1
我试图在进程临时目录中创建一个文件，由nextflow检查其输出，使用nextflow的原生脚本语言(Groovy)。#!/usr/bin/env nextflow echo true file((path)
output.ap
浏览 3提问于2022-02-17得票数 1
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我目前正在开始使用Nextflow开发生物信息学管道。下面，我创建了一个包含FASTQ文件的params.files变量，然后将其输入到fasta_files通道中。流程trimming及其脚本将此通道作为输入，然后理想情况下，我将将所有$sample".trimmed.fq.gz输出到输出通道trimmed_channel中。，当我运行这个脚本时，我会得到以下错误：
Missing output file(s) `trimmed_files` expected by proc
浏览 12提问于2022-03-07得票数 1
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假设我有一个Docker容器，其中包含一些数据。我希望这些数据持久化-如果容器被停止、删除、升级等。我仍然希望数据位于主机操作系统文件系统上的可访问位置。目前，我的解决方案是在我的主机(我使用Ubuntu14.10)上创建一个目录/srv/service-name，然后使用-v /srv/service-name:/path/inside/container参数运行我的服务。通过反复
浏览 1提问于2015-08-12得票数 3
“我的码头”在其vhost.conf中有以下内容 // ...ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log</VirtualHost>access.log ->
浏览 2提问于2020-04-24得票数 1
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此卷需要位于默认卷位置以外的位置，最好是在桌面上。这是因为我正在运行一个web服务器，并且希望某些目录可以被VSCode这样的东西编辑，所以我不必总是在容器中编辑一个文件。我不会使用Docker撰写，而是将使用一个Docker文件的容器。我要实现的功能相当于Dockerfile，但在Dockerfile中或通过docker run，最容易实现的是：
volumes
浏览 6提问于2020-09-13得票数 0
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我想选择AWK获得的不同输出到nextflow进程的路径，但是我无法得到它。通过在视图后写入$it，我可以在工作目录中获得输出，但我需要选择$PATH。在这里，我将一个简单的awk函数放入到下一段流程中。我应该使用工作流功能吗？提前感谢！PathFile = "/home/pvellosillo/nextflow_test/test.csv"
浏览 18提问于2022-04-29得票数 1
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我在docker容器中运行一个节点应用程序，当我执行docker容器并执行ps -fea时，我看到所有节点都像预期的那样运行进程(node app.js)，但我注意到应用程序目录上有一个节点进程正在运行我找不到这是什么意思，这是否意味着子进程正在该目录中运行？我的docker容器来自node:最新官方镜像。我在容器</e
浏览 0提问于2018-04-26得票数 0
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我所看到的关于停靠守护进程日志的所有内容都是在journalctl -u docker下可以找到，以防systemd出现。
最近我的码头(1.13.1节)集装箱挂了。sudo journalctl -u docker只提供我的应用程序生成的容器日志。我没有看到码头守护进程的输出。Docker日志驱动程序是journald。我还在/etc
浏览 1提问于2018-01-18得票数 1
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从用户github源设置容器
、、、、
如果我在这篇文章中遗漏了任何信息，请允许我在评论中提供。克隆到我的工作目录中？现在我相信我应该继续构建一些东西，所以我进入了下面的目录；在包含一个坞-复合. the文件，我不知道这是做什么，但通过观察，它似乎是发送了一堆指令，我只能推测是实际部署或构建整个容器从这里开始，我做下面的事情；正如我们所看到的，我相信它构建了<em
浏览 3提问于2017-11-27得票数 0
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