前言 之前我们已经说过一些拼图的知识了：[[88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案]] [[89-R可视化21-利用aplot拼图实现类似热图注释柱效果]] [[119-R可视化37...-利用循环实现ggplot批量作图并拼图]] 最近有同学在后台向我提问，如何能够把原本拼图的间隙调小一些。...比如我们创建NULL 或者空的ggplot() 白版。 接着，我们需要在 1x2 1x2 的位置加入这些白板，形成空隙的视觉。而且它需要按照顺序插入到我们用于排列的列表对象中。...如之前图所示： 如果是去掉axis 的text 与title，patchwork 还可以“紧紧” 地把图片压在一块吗？...那么aplot 那种贴合的作图方法是怎么做到的呢？手撕一下源码？ 有没有更加优雅的拼图间隙控制的方法呢？欢迎后台告诉我哦。
马赛克拼图可以通过数据所占据的面积大小来有效地显示分类数据的相对比例。...您可以使用tabplot包中的tableplot功能，快速汇总大量数据 地图可视化 R语言中最新的东西是通过Javascript库来进行数据可视化。...使用来自图中的3D绘图选项 下面的代码不是用户输入的，是自动生成的。...便签：当我们交换图的坐标轴时，您应该看到有着相应代码的图，我们是如何使用xlab和ylab来传递轴标签，图标题用Main函数，颜色是col参数。...Python也许在Seaborn（译者注：Seaborn是python中基于matplotlib的统计绘图模块）和ggplot（译者注：ggplot是用于绘图的R语言扩展包在Python的移植）上获得进展
ggplot2及其衍生包可以绘制各种各样的复杂绘图，常见的使用场景是使用ggplot2绘制单图，使用ggpubr、cowplot、gridExtra及patchwork等工具包进行拼图，尤其是patchwork...拼图可以解放很多ggplot2的绘图限制，是一个非常有意思的话题。但是如果做过拼图的人就会发现，拼图只是简单的将两个图摆放在一起，图与图之间依然保留着很多空白空间。...ggplot_1 假如可以去除这个空白空间，那就可以实现无缝拼图，可以在很多复杂图表的绘制中发挥作用。...ggplot_2 为了更清晰的展示这个图的两个子图，可以在子图的panel上添加一个边框，可以发现两个子图的绘图区域的确是无缝拼接。...复杂绘图往往比较个性化，具体情况就不展开了，最后留一个小问题： 如果仔细看的话，会发现本文所举例子中的无缝拼图中间的x轴上有两个细微的空白gaps，这个是怎么造成的？
这就是R语言，它提供了令人难以置信的帮助。 R语言提供了令人满意的一套内置函数和库（如 ggplot2， leaflet， lattice）用来建立可视化效果以呈现数据。...通过使用~符号，我可以将（萼片的长度）的伸展是如何跨各种类别（的物种）进行可视化。我在最后的两个图中演示了调色板。调色板是一组颜色，用来使图标更有吸引力，而且能帮助在数据中创建醒目的区别。...马赛克拼图可以通过数据所占据的面积大小来有效地显示分类数据的相对比例。...使用来自图中的3D绘图选项 下面的代码不是用户输入的，是自动生成的。...Python也许在Seaborn（译者注：Seaborn是python中基于matplotlib的统计绘图模块）和ggplot（译者注：ggplot是用于绘图的R语言扩展包在Python的移植）上获得进展
参数设置包括：1)连续型9种颜色；极端型11种颜色等2）配色高大上，基本满足大部分的使用场景3）可以生成多种自己喜欢的颜色库。...4.名称：ggsci包 简介：ggsci提供了包括nature/cell/JCO等多个顶刊的推荐配色方案，使用palette可以直接在ggplot2基础上添加配色，告别审美不过关的问题，用顶刊的逼格弥补自己的审美...5.名称：ggannotate包 简介：在github上，对于ggplot2觉得调legends的位置，图形形状觉得费力的同学，可以使用ggannotate进行交互式修图，让你使用R有一种使用Graphpad...优点是提供了一些其他包中没有的图表如等值线，蜡烛图还有3D图。...需要先安装好devtools和curl两个包，然后可以从github上安装最新版的ggplot2和ggtech。
这就是R语言，它提供了令人难以置信的帮助。 R语言提供了令人满意的一套内置函数和库（如 ggplot2, leaflet, lattice）用来建立可视化效果以呈现数据。...通过使用~符号，我可以将（萼片的长度）的伸展是如何跨各种类别（的物种）进行可视化。我在最后的两个图中演示了调色板。调色板是一组颜色，用来使图标更有吸引力，而且能帮助在数据中创建醒目的区别。...马赛克拼图可以通过数据所占据的面积大小来有效地显示分类数据的相对比例。...使用来自图中的3D绘图选项 下面的代码不是用户输入的，是自动生成的。...Python也许在Seaborn（译者注：Seaborn是python中基于matplotlib的统计绘图模块）和ggplot（译者注：ggplot是用于绘图的R语言扩展包在Python的移植）上获得进展
，可以非常方便的设置出来数字拼图 关键函数： lay_new() 创建拼图画布 lay_show() 显示拼图画布 mat数字矩阵必须从1开始，且必须连续 library(ggplot2)library...2 cowplot包 ---- cowplot是一个ggplot2包的简单补充，意味着其可以为ggplot2提供出版物级的主题等。...更重要的是，这个包可以组合多个”ggplot2”绘制的图为一个图，并且为每个图加上例如A,B,C等标签， 这在具体的出版物上通常是要求的。...3.1 子母图 字母图，主要是形成局部放大的效果，既可以从整体上对比，又兼顾特别小的数据组，或特别密的数据点可以查看，而没有必要单独做2张图 library(ggplot2)library(grid)...子母图 grid包可以画字母图 安装gridExtra包后，ggplot2中多了一个ggplotGrob()函数，可以创建grob对象参数 library(ggplot2) library(gridExtra
很多工具包都可以进行拼图或嵌图， 比如cowplot、patchwork、ggpubr、gridExtra等等，但是gtable是相对底层的进行操纵ggplot2对象的包。...cowplot的很多功能实现就依赖于gtable。 最近探索了一下gtable的使用，主要是两个方面：如何进行拼图和嵌图。...对于ncol、nrow参数而言，它们几乎已经是拼图布局的行列定义的标签了，在多个拼图工具中都能见到，比如ggpubr的ggarrange函数，当然这也不奇怪，毕竟ggarrange就是依赖的cowplot...gtable进行拼图 如果要使用gtable进行拼图，只需要创建一个1行2列的gtable对象，然后每个位置填入相应的图像即可。 填充图形是使用的gtable_add_grob实现的。...# 将待拼图转换为gtable对象（grob table) # 以下两种方式都可以，函数来源于ggplot2 g1 <- ggplotGrob(p1) g2 <- ggplot_gtable(ggplot_build
在10月CRAN更新的R包中，发现了一个挺有意思的R包——customLayout，听名字就很神奇。...它可以用来完成自由拼图，可以使用矩阵自定义图形位置和顺序，用数字来定义每一个模块的长宽比，试用了一遍简直爱不释手，在这里分享给大家。...这个包不仅支持数字拼图，还支持R内置的base绘图对象、grid绘图对象等（也就是支持ggplot2对象）。...这样的话，对于需要制作简单仪表盘的场景，完全不必要使用rmarkdown+flexdashboard或者shiny+shinydashboard也可以快速生成仪表盘原型。...不同层级的对象仍然支持拼接在一起。 除此之外，也可以将一个模块嵌入到两一个模块特定位置。
也正因其代表不同的图层，因此也可以利用新的图层对旧的图层进行叠加（或覆盖）。 先后顺序 但也正和图层的叠加一样，R中ggplot 的叠加也有先后顺序，后来的图层会覆盖在原来的图层上。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”，使重叠的点产生错位，也因此能够完全地显示在图像里。 柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。...theme 中的参数，如通过rel函数将字体大小提升到1.5倍： ggplot(new_metadata) + geom_point(aes(x = age_in_days, y= samplemeans...ggplot2 绘图中的标签进行修改。...图层存在先后顺序，后来的图层越靠近顶层。 ggplot2 无法借助循环直接批量将绘图映射在同一层面上，可以借助列表先存储这些绘图，再使用拼图函数将它们拼接在同一画面上。
具有以下主要功能目标： PieChart需要展示一个由一或多个扇形组成的圆，一个在圆的固定位置的指示圆点，一个在圆的左侧或右侧固定位置的标签。 圆的每个扇形表示一个显示项（Item）。...接下来分析PieChart绘制标签和绘制圆所涉及到的边界大小的计算逻辑，以及PieChart作为布局容器，它如何分配给PieView需要的显示区域。 9....绘制区域计算 为了绘制标签和圆，首先需要知道它们的位置和大小，这里就是需要确定PieChart和PieView对象的位置和大小。...PieChart要显示的内容包括标签和圆，以及指示点。这里只有标签和圆需要平分绘制空间，而 指示点本身是绘制在圆内的， 标签和指示点的连线也是由标签和圆的相对位置决定的。...这样做的原因是，圆需要转动所以为了可以独立地开启硬件加速，绘制圆的工作放在了单独的类PieView中。标签和圆是不会重合的，所以标签可以在PieChart自身中绘制。
本推文介绍一下如何实现，涉及（1）颜色调整 ；（2）标签顺序设定 ；（3）pathwork组图拼图 。...注：group.by 选择metadata中的某列 即可以进行展示了 。当然可以添加你想展示的各种score，表达量，时序结果等等。...1.2 设置标签顺序 标签顺序可以自定义为自己想展示的顺序 #设置sample的顺序 sce2@meta.data$sample <- factor(sce2@meta.data$sample,...三 patchwork拼图 上两部分最后都涉及到了拼图，最终把所有结果合在一起，并添加A B的标识 ，建议通过小括号来区分优先级 。...pathwork的拼图规则： （1）+ 运算符进行图形拼接（并不提供任何布局信息，并列） （2）|：图形并列放置，即按行排列 （3） /：图形竖直堆叠，即按列排列 （4）plot_layout中的widths
而相较于2D结果，3D图形更加直观，使我们可以更容易地理解各个细胞群的空间相对位置关系。 ?...在SeqGeq™基因集位置，会生成不同细胞群上调和下调基因，可导出供使用。 - 3D Plot Only ? 3D Plot Only 用来生成3D 交互图形。...Differential Expression为分析单细胞数据专用，在SeqGeq™中，选中基因及聚类参数（如kmeans），计算得到每个cluster差异表达的基因。...二、如何在FlowJo® SeqGeq™安装iCellR - 下载iCellR插件 进入FlowJo®和SeqGeq™插件网站FlowJoexchange, 下载最新版iCellR插件。...- 关联软件 将FlowJo®SeqGeq™与R安装的位置和软件安装目录下 Plugin文件夹的位置进行关联，并将下载好的插件包中的iCellR.jar文件复制至关联的Plugin文件夹中。
1初识ggplot2绘制几何对象 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 ggplot2学习笔记之图形排列 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 一个震撼的交互型3D可视化...R包 - 可直接转ggplot2图为3D ?...bed文件不同了) end: 基因结束位置 (负链的基因起始位置绝对值大于结束位置) strand: 基因属于哪条链 (可选) 如果想显示基因的子区域，如外显子、或翻译为特定功能域的区域等。...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...在下面的例子中，forward被用来反转所有反链上所有的基因方向，与xmin和xmax暗指的方向相反。
如何在一个版面上呈现不同行政级别的地理信息； 如何给版面添加mini导航定位窗口； 关于九段线问题。 关于第一个问题的解决方案，其实很简单，就是通过两个不同行政级别的图层进行叠加来达到目的。...其实这个问题多少跟第一个问题有些关联，也是旨在给我们要呈现的中心地图一个区域定位的作用。解决方案依然是拼图，不过这次是拼的图表（整个图表对象），而非图表中的图层。...第三个问题；也是被吐槽最多的九段线问题，这个问题，其实严格来说，我也没有办法搞定。 一般的九段线标识方法有两种，一种是在实际位置框定九段线范围，另一种则是将九段线的实际范围单独移至版面的边缘位置。...但是既然是在R里面写代码，突然跑去玩PS总感觉怪怪的，能用代码解决的问题就不算问题，没错拼图嘛，R依然搞的定。 首先你要有个九段线素材图片。...我找的这个九段线素材可能跟中国地图风格搭配的不是很好，当然各位使用的时候可以自己去找相对准确、美观的素材使用。
它提出了以下问题来解决这个问题： 我们能否以这样一种方式来设计这个任务，即我们可以从现有的图像生成几乎无限数量的标签，并使用这些标签来学习图像的表现形式？ ?...图像超分辨率 形式: 使用图像下采样的方式准备训练对(小的，缩放的)。 ? 基于GAN的模型如SRGAN在此任务中很受欢迎。生成器获取低分辨率图像并使用全卷积网络输出高分辨率图像。...图像修复 形式： 我们可以通过随机去掉图像中的某个部分来生成成对的训练图像（损坏的，复原的）。 ?...与超分辨率类似，我们可以利用基于GAN的架构，在此架构中，生成器可以学习如何重构图像，而discriminator则可以将真实图像和生成的图像分开。 ?...如果我们知道排列的方式，我们就能解决这个难题。 ? 为了解决拼图问题，模型需要学习识别零件是如何在一个物体中组装的，物体不同部分的相对位置和物体的形状。
初识ggplot2绘制几何对象 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 ggplot2学习笔记之图形排列 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 一个震撼的交互型3D可视化...R包 - 可直接转ggplot2图为3D ?...bed文件不同了) end: 基因结束位置 (负链的基因起始位置绝对值大于结束位置) strand: 基因属于哪条链 (可选) 如果想显示基因的子区域，如外显子、或翻译为特定功能域的区域等。...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...在下面的例子中，forward被用来反转所有反链上所有的基因方向，与xmin和xmax暗指的方向相反。
调整集合面板 修改标签和刻度 修改geom 添加标签 修改位置和颜色映射 隐藏set size面板 调整交集矩阵面板 交集矩阵条带 添加标题 背景色半透明 交集矩阵的更多调整 主题 对不同的面板使用不同的主题...非常神奇，由于是支持ggplot的，所以完全支持patchwork的拼图操作！...(u1 | u2) + plot_layout(guides='collect') image-20220516205014238 当然是可以和其他ggplot2图形拼图的： p1 <- ggplot...plot来说，它本身也是通过patchwork来拼图的，所以也可以使用patchwork调整高度。...OK，这就是complexUpset全部的功能，看完之后，果然如最开始所说：具有UpsetR的所有优点，且完全支持ggplot2语法！
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