如何在grep中将多行作为一个结果处理，或者至少在不发生突变的情况下进行过滤 - 腾讯云开发者社区

3.4K7 0

肿瘤panel测序研究不应该公开基因列表吗

但是找那些公司索取的时候，居然说是保密的？？？我就纳闷了，基因列表有什么好保密的？本身在各个会展都可以看到公司的panel的宣传啊，那些基因明明是打印出来了作为宣传单！...基因列表肿瘤panel测序文章解读一般来说就是5个步骤： snv和cnv的突变全景图 cnv的gistic2结果展示突变的临床分类探讨突变的临床关联探讨生存分析确定临床意义 snv和cnv的突变全景图...More than 10% of the patients had mutations in the following five genes: 绝大部分病人都有somatic的突变位点，而且112个基因至少在两个及以上的病人出现过...学徒作业-两个基因突变联合看生存效应 TCGA数据库里面你的基因生存分析不显著那就TMA吧对“不同数据来源的生存分析比较”的补充说明批量cox生存分析结果也可以火山图可视化既然可以看感兴趣基因的生存情况...第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余，查找，切割，替换，合并，补齐，熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。

6983 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

生物信息重要的文本处理命令(实例命令及解释)

linux文本处理命令是一类对文件进行操作的命令，通过使用文本处理命令，可以轻松的对文件进行排序，拆分，合并等操作,熟练掌握文本处理命令，在生物信息文本处理中，有十分重要的意义。...统计字节数 wc –L test.txt 打印最长行的长度五.grep/egrep命令 grep为过滤命令,一般情况下支持基本正则表达式，可以通过参数-E支持扩展正则表达式，常用命令如下: 命令...解释 grep '10' test.txt 过滤含有10的行10的行 grep -n '10' test.txt 打印包含10的行和行标10的行和行标 grep -c '10' test.txt 统计包含...过滤第二行大于20并且第三行大于30的行 awk -F ':' '{print $1}' file 以：作为域分割符,打印第一列八.cut命令 cut命令命令从文件的列剪切字节、字符、域,并将这些字节...Xargs命令常跟管道连用,处理管道中的数据流命令解释 cat test.txt | xargs 多行输入单行输出 cat test.txt | xargs -n3 -n选项多行输出 echo "nameXnameXnameXname

1.2K1 0

体细胞突变的过滤方法--肿瘤基因组测序数据分析专栏

文件对应的注释列进行过滤，比较简单，这里介绍其他的方法。...多个体细胞突变检测工具取交集很多文章会使用多个软件 call 突变，然后进行合并，常用见的方法就是多个软件得到的结果中，一个突变在两个或两个以上的软件检测到即保留，认为其可信度较高，这是在较多文章中出来的方法...不过在这之后，还可能对保留的突变位点再进一步的过滤。但是不同的突变检测工具，得到的 vcf 文件并不完全一致，因为不同工具定义的 format tag 不太一致。所以直接进行合并可能导致格式有问题。...其体细胞突变检测的结果分为 SNV 和 INDELs 两个 vcf 文件，需要先进行合并，这里为了后面方便操作，就不保留 vcf 文件的 header 信息： $ zcat 6.strelka/case1...然后再用 awk 对两个vcf文件的突变坐标进行判断，如果坐标一致就保留，主体区的其他信息如 info format等，也是来自于 Mutect2： cat 6.mutect/case1_biorep_B_filter.vcf

4K1 0

在bash中cat

问：我需要编写一个脚本来向程序(psql)输入多行输入。...读取到该点的所有行都将用作命令的标准输入(或者文件描述符n，如果指定了n)。...如果word中的任何字符被加引号，则分隔符是word中删除引号的结果，并且here-document中的行不会展开。...在Bash中将多行字符串传递给一个文件 $ cat print.sh #!/bin/bash echo \$PWD echo $PWD EOF 3....在Bash中将多行字符串传递给管道 $ cat <<EOF | grep 'b' | tee b.txt foo bar baz EOF 参考文档： stackoverflow question 2500436

2391 0

grep note

grep 会尝试把 ‘–test–‘ 作为一个选项解析： grep -e '--test--' FILENAME 如何在grep中使用 OR 的逻辑运算？...grep -E 'word1|word2' FILENAME 或者 egrep 'word1|word2' FILENAME 或者可以这样做grep 'word1\|word2' FILENAME 如何在...按照下面的语法显示所有包含了单词 ‘word1′ 和 ‘word2′ 的结果： grep 'word1' FILENAME | grep 'word2' 或者可以这样：grep 'foo....你可以使用下面的语法测试一个字符在序列中的重复的次数： {N} {N,} {min,max} 匹配包含两个字母 v 的字符串结果：egrep "v{2}" FILENAME 下面的例子中将检索文件内包含...下面的例子中将匹配至少含有3个字母 c 的结果：egrep 'c{3,}' FILENAME 下面的示例将匹配 “91-1234567890″ 格式的手机号码（即 “两位数字-十位数字”） grep "

2.6K2 0

【直播】我的基因组63：wegene芯片跟二代测序的简单比较

对此，我专门录制了一个视频来说明wegene芯片基因型跟二代测序的基因型比较，我视频里面有秀探索的方法，还有代码。我这里就说结果吧，他们的芯片包括了22条常染色体，还有X、Y、MT信息。...每条染色体以及对应的探针个数如下：然后基因型除了ATCG的组合，还有DD,DI,II这样的表明是插入或者缺失，在比较的时候，我把它们剔除掉了。...还有就是我只比较了wild,het,hom，其实并没有考虑，如果同一个位点，在芯片和测序结果是突变成了不同的碱基的情况，如果要考虑，会更复杂一点，下次再讲吧。...结果如下：中间文件：首先过滤掉wegene数据里面的头文件还有那些没有被dbSNP数据库收录的位点，还有没有被检测到的位点，还有X,Y,MT染色体探针。这样过滤了3万多位点。...含有2的那些不需要管，是一个位点有多种突变形式，本来就不准确。在总共的534239位点里面，有266728个位点，在芯片测序结果和WGS的VCF里面都是野生型。

1.2K8 0

快速掌握grep命令及正则表达式

grep 会尝试把 ‘–test–‘ 作为一个选项解析：grep -e '--test--' FILENAME2、如何在grep中使用 OR 的逻辑运算？...按照下面的语法显示所有包含了单词 ‘word1′ 和 ‘word2′ 的结果：grep 'word1' FILENAME | grep 'word2'或者可以这样：grep 'foo....你可以使用下面的语法测试一个字符在序列中的重复的次数：{N}{N,}{min,max}匹配包含两个字母 v 的字符串结果：egrep "v{2}" FILENAME下面的例子中将检索文件内包含 “col...” 和 “cool” 的字符串结果：egrep 'co{1,2}l' FILENAME下面的例子中将匹配至少含有3个字母 c 的结果：egrep 'c{3,}' FILENAME下面的示例将匹配 “91...关于 grep 和 egrepegrep 即 grep -E ，它把模式作为一个扩展的正则表达式解释。

1.4K4 0

你真的理解体细胞突变吗？

是否有不具有体细胞突变的参考材料理想情况下，将肿瘤测序结果与不具有体细胞突变的参考材料进行比较，潜在的克隆性造血功能使我们对突变是衰老过程的一部分更为熟悉。...一个例子是患有血细胞减少症和TET2基因的获得性变异的患者。该突变可以证明其克隆性，这对于诊断意义不明的克隆性血细胞减少症至关重要。因此，该突变在诊断分类中将是I级或II级。...这些软件大都是直接对肿瘤-正常样本的每个位点进行比较，对肿瘤样本中明显高于正常样本的次等位基因进行标记，作为体细胞变异，同时排除种系突变和杂合性丢失（LOH）情况。...因此，我们建议对当前使用大规模数据集进行诊断的短期策略和长期方法，以加深我们对恶性过程和治疗选择的理解。夸大一个突变的重要性显然是危险的，但是具有未知临床意义的突变的报告可能很难转化为临床结果。...血液学中的第一个全基因组测序研究表明，当过滤已知拷贝数变异，结构变异和基因变异时，灵敏度和特异性都有所提高。编码区域外的突变很难与功能关联。

4.5K4 4

实用干货 | FFPE样本DNA测序的策略和建议

靶组织(如肿瘤区域)应进行最佳富集。FFPE-DNA提取至关重要，应谨慎进行。平均片段长度是一个易于确定的度量，与覆盖均匀性相关，这是FFPE-DNA测序中最重要的质量标准之一。...理想情况下，片段参数应针对单个样本进行微调，以避免过度片段化，或者，当DNA已经极度片段化时，可以跳过片段化步骤。...当肿瘤突变等位基因频率通常较低时，存在肿瘤内异质性，对于从中分离出FFPE-DNA的FFPE组织样品中的低肿瘤含量，或者对于具有转移潜力和临床可操作性的亚克隆突变的检测，推荐使用重复文库方法进行肿瘤突变负荷分析...生物信息学过滤是计算包含或排除标准的应用，可以使用单一标准（如变异质量得分过滤）或任意复杂度的多个标准（如变异质量和感兴趣基因）。...目前生物信息学过滤的方式有多种，例如可以对比对序列的映射质量进行生物信息学过滤；概率变异检测器使用统计模型评估观察到的变异的多个特征，并计算它们作为Artefacts的概率；机器学习技术已被用于更广泛的特征集来对变异进行分类

8054 0

最全癌症驱动基因汇总：2.8万个肿瘤样本66种癌型覆盖568个驱动突变基因

这些方法在癌症研究中的应用识别出了第一个癌症驱动基因，以其驱动肿瘤发生的突变形式命名。...02 驱动基因的系统研究 IntOGen方法示意图：共分为三个层面（1）预处理步骤：保证以正确的格式和操作参数接收输入（从同一肿瘤中提取的样本进行重复数据删除，或者删除非同义突变或超突变表型的异常比例的样本...（3）假阳性驱动基因的自动过滤。...一些基因在许多种癌型中起驱动作用，而另一些则倾向于作用于具体的癌型。大多数基因充当驱动机制只在一个或两个肿瘤类型，只有一小群基因能够作为20多个恶性肿瘤的驱动突变基因。...（2）虽然驱动基因是通过积极选择的信号被独立地识别出来的，但肿瘤实际上是一系列驱动突变作用发生的。（3）最后，理解除了体细胞突变外的其他特征是如何在肿瘤发生中协同作用的是一个挑战。

5983 0

Linux三剑客入门

grep文本过滤工具 grep命令是Linux系统中最重要的命令之一，功能是从文本文件或管道数据流中筛选匹配的行和数据，如果再配合正则表达式，功能十分强大，是Linux运维人员必备的命令语法： grep...-v 排除匹配结果 -n 显示匹配行与行号 -i 不区分大小写 -c 只统计匹配的行数 -E 使用egrep命令 --color=auto 为grep过滤结果添加颜色 -w 只匹配过滤的单词 -o 只输出匹配的内容...sed是操作、过滤和转换文本内容的强大工具。常用功能包括对文件实现快速增删改查，其中查询的功能中最常用的两大功能是过滤（过滤指定字符串）、取行（取出指定行）。...sed的内置命令字符用于对文件进行不同的操作功能，如对文件增删改查 sed常用内置命令字符： sed的内置命令字符解释 a append，对文本追加，在指定行后面添加一行/多行文本 d Delete...#删除11行一直到文件结尾 awk基础入门 awk是Linux实际工作中最重要的强大工具. awk不仅是Linux系统一个命令，也是种编程语言，可以处理数据/文件生成Excel。

1.2K3 0

Shell Style Guide

除了以下两种情况例外：导入模块语句注释中包含的URL 如出现长度必须超过120个字符的字符串，应尽量使用here document或者嵌入的换行符等合适的方法使其变短。...如果那样做，会使得代码在调试时难以跟踪并出现意想不到的结果。主函数main 对于包含至少了一个其他函数的足够长的脚本，建议定义一个名为 main 的函数。...Bash可以很好的处理空字符串测试，请使用空/非空字符串测试方法，而不是过滤字符，让代码具有更高的可读性。...常见的不建议的用法例如：cat和grep连用过滤字符串; cat和wc连用统计行数; grep和wc连用统计行数等。...正确使用返回与退出除特殊情况外，几乎所有函数都不应该使用exit直接退出脚本，而应该使用return进行返回，以便后续逻辑中可以对错误进行处理。

7.5K1 0

一天一个 Linux 命令（22）：xargs 命令

转载自joshua317博客 https://www.joshua317.com/article/156 一、简介 xargs英文全拼： extended arguments xargs 是给命令传递参数的一个过滤器...xargs 处理输入内容默认是按空格和换行符作为分隔符，输出 arguments 时按空格分隔 -E EOF_STR EOF_STR 是 end of file string，表示输入的结束 -e,...，会报无法找到命令 hello的错误，因为反引号在shell中会将hello作为一个命令来执行，但是 hello不是一个命令 # echo `hello` world -bash: hello: command...my name is joshua317 默认情况下，xargs将换行符和空格作为分隔符，把标准输入分解成一个个命令行参数。...y 6.如何在xargs后面运行多项命令要使用xargs运行多个命令，使用-i或者-I选项。在-i或者-I后面自定义一个传递参数符号,如%，所有匹配的项都会替换为传递给xargs的参数。

1.9K2 0

提升UMI分析精度和计算效率：Sentieon UMI分子标记处理模块

为了更仔细的对结果进行评估，我们把每个位点上的pile up分成三类：较为常见的情况下3个碱基全部一致（如AAA）， 2个一致（如AAC），和较为罕见的3个都不同的情况（如ACG）。...举例来说，在一些例如同组UMI序列数量不足，序列正反链碱基不一致，原始序列质量值过低等情况下，以fgbio为代表的工具倾向于采用剪裁丢弃序列，或者直接标记N等简单粗暴的做法。...在通过统计学模型计算出质量值以外，软件会保存原始的序列信息吗？会的，软件会把family size等原始信息写在BAM文件的XZ tag里，供用户查询或者进行个性化的进一步过滤。6....序列的过滤推荐在哪一步进行？Adapter trimming最好在UMI处理之前进行，在consensus之后软件会尽量保留所有的序列，以质量值区分可信度。...所以如果后续变异检测软件能够读取并利用质量值，那么无需在变异检测之前进行过滤。如果质量值无法被利用，用户可以根据质量值和写在XZ tag里面的原始信息进行自行过滤。

3330 0

Linux中的Grep命令使用实例

在本教程中，您将学习如何在Linux中使用非常重要的grep命令。我们将讨论为什么此命令至关重要，以及如何在命令行中将其用于日常任务中。让我们深入了解一些解释和示例。目录为什么我们使用grep？...如本教程第一个示例所示，使用grep搜索ls命令的输出时，使用grep可以很方便。...您可以使用grep搜索标签的方法有几种，但是大多数方法都是实验性的，或者在不同的发行版中可能不一致。...搜索时区分大小写如果我们要搜索一个字符串，其中第一个可以是大写或小写，但字符串的其余部分应该是小写怎么办？在这种情况下，无法使用-i switch 忽略大小写，所以一种简单的方法是使用方括号。...对结果进行排序将grep的输出传递给sort命令，以按某种顺序对结果进行排序。默认为字母顺序。 $ grep string filename | sort ? 希望这个教程对您有一定的帮助！

58.5K4 5

WES，WGS等DNA测序数据找变异流程服务

肿瘤或者家系的WES，WGS等DNA测序样品的fastq数据，需要比对到参考基因组并且找变异并且注释，我们仅仅是收取一个计算机资源的费用，800-8000元人民币（根据样品数量不同收费不一样）即可，.../download.sh & 2、了解文章WES数据处理的相关步骤和参数 (三) GATK准备bam文件用于找变异 1、比对GATK官网提供的参考基因组 #====step 1 首先质空，查看数据是否需要进行过滤...1、过滤种系突变首先需要一个germline variant sites VCF文件，去官网下载af-only-gnomad.hg38.vcf.gz文件。...`sed`命令承接上一个管道输出的内容，保留标记为HIGH或者MODERATE的位点 cat HQ461-untreated.filtered.ann.vcf | grep -v "#"| \ sed...这也是进一步检验我们pipeline的正确性的重要环节（当然也不能迷信文章的结果，但是7+文章的数据分析质量应该还是可以作为一个较好的参考）。

2.3K1 0

Spring Cloud 分布式实时日志分析采集三种方案~

Logstash作为日志收集器 2. Filebeat作为日志收集器 3 引入缓存队列的部署架构 4. 以上三种架构的总结问题及解决方案 1. 问题：如何实现日志的多行合并功能？ 2....Logstash作为日志收集器这种架构是比较原始的部署架构，在各应用服务器端分别部署一个Logstash组件，作为日志收集器，然后将Logstash收集到的数据过滤、分析、格式化处理后发送至Elasticsearch...问题：如何实现日志的多行合并功能？系统应用中的日志一般都是以特定格式进行打印的，属于同一条日志的数据可能分多行进行打印，那么在使用ELK收集日志的时候就需要将属于同一条日志的多行数据进行合并。...解决方案：使用grok分词插件与date时间格式化插件来实现在Logstash的配置文件的过滤器中配置grok分词插件与date时间格式化插件，如： input { beats { port...问题：如何在Kibana中通过选择不同的系统日志模块来查看数据一般在Kibana中显示的日志数据混合了来自不同系统模块的数据，那么如何来选择或者过滤只查看指定的系统模块的日志数据？

1.6K4 0

Linux正则与文本处理工具

正则表达式 (Regular Expression, RE, 或称为常规表达式)是通过一些特殊字符的排列,用于『查找/替换/删除』一行或多行文字或字符串,简单的说,正则表达式就是用在字串的处理上面的一种...『表示公式』,正则表达式并不是一个工具程序,而是一个对字符串处理的标准依据,如果您想要以正则表达式的方式处理字串,就得要使用支持正则表达式的工具程序才行,这类的工具程序很多,例如 vi,vim,sed,...其实这种区别只在Shell当中适用,因为用来在文件当中搜索字符串的命令,如 grep、awk、sed 等命令可以支持正则表达式,而在系统当中搜索文件的命令,如 ls、find、cp 这些命令不支持正则表达式...g"#对sed命令我们要知道的是,它所有的修改都不会直接修改文件的内容,而是在内存中进行处理然后打印到屏幕上#如果想要写入文件,请使用 sed -i 选项才会保存到文本中.在进行实验之前,首先创建一个文件...,将脚本作为命令行自变量传递给awk是非常简单的,而对于多行程序就比较难处理.当程序是多行的时候,使用外部脚本是很适合的.首先在外部文件中写好脚本,然后可以使用awk的-f选项,使其读入脚本并且执.

2.4K3 0

SNP注释

背景人类基因组测序数据分析得到的变异位点，如 SNV、INDEL 等，只是给出了位点信息，不便于解读。需要经过注释。...一、注释原理注释软件可以选用 annovar，vep，snpeff，oncotator 等，原理都是将 SNP 位点信息与已知数据库位点信息进行匹配，可以判断 SNP 氨基酸的影响，或者改突变对表型带来的影响...例如是否对某种靶向药物敏感或者耐药。例如在非小细胞肺腺癌里，EGFR 基因的突变频率非常高，尤其是亚裔非吸烟的女性患者。...snpeff 主要用来预测 snp 突变的影响，包括氨基酸变化等，这个根据密码字表就可以判断，不需要依赖数据库，输入文件是变异检测得到的 vcf 文件； snpsift 的功能是用来操作变异结果文件...，包括过滤，注释，统计，合并，分割等等操作。

5845 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

【直播】我的基因组 45：SNV突变(6种)频谱的制作

肿瘤panel测序研究不应该公开基因列表吗

生物信息重要的文本处理命令(实例命令及解释)

体细胞突变的过滤方法--肿瘤基因组测序数据分析专栏

在bash中cat

grep note

【直播】我的基因组63：wegene芯片跟二代测序的简单比较

快速掌握grep命令及正则表达式

你真的理解体细胞突变吗？

实用干货 | FFPE样本DNA测序的策略和建议

最全癌症驱动基因汇总：2.8万个肿瘤样本66种癌型覆盖568个驱动突变基因

Linux三剑客入门

Shell Style Guide

一天一个 Linux 命令（22）：xargs 命令

提升UMI分析精度和计算效率：Sentieon UMI分子标记处理模块

Linux中的Grep命令使用实例

WES，WGS等DNA测序数据找变异流程服务

Spring Cloud 分布式实时日志分析采集三种方案~

Linux正则与文本处理工具

SNP注释

扫码

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

资源

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐