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我有一个qsub脚本，如 #!user1/data1 /home/user1/run.sh $SEED
问题是--它将所有错误和输出文件(job1.eJOBID & job1.oJOBID)放到我运行qsub submit_jo
浏览 0提问于2012-02-01得票数 28
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是否有一种方法可以设置这些日志文件的默认应用程序，即使文件结束不断更改？我正在处理MobaXterm，在通过一个*.pbs文件运行了一些代码之后，我得到了表单中的错误和输出日志文件：sample_code.e23456
当我打开日志文件时，我被要求设置一个默认应用程序，并选择一个应用程序来打开日志文件。下一
浏览 3提问于2017-06-22得票数 1
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通过qsub提交时，我使用-N选项来指定作业的名称。但是，qsub会在作业名之后添加一些数字字符串，如手册页中所述:默认情况下，标准输出的文件名的形式为job_name.ojob_id，数组作业任务的文件名为job_name.ojob_id.task_id因此，每当我提交具有相同作业名称的新作业时，作业名称就会添加一个新的后缀.ojob_id，并且会创建一个新的输出文件。
我试图实现的是每次通过qsub提交作业时都有
浏览 4提问于2014-09-06得票数 2
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我尝试通过Torque PBS命令在集群上启动任务文件a.sh包含单个字符串：在命令qsub之后，我发出qstat命令，这将给出下一个输出：命令输出:版本: 2.5.13which qsub问题是文件a.txt (来自命令qsub -o a.txt a
浏览 11提问于2017-10-15得票数 1
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我想在不创建离散作业文件的情况下提交qsub作业。因此，假设我有一个名为"get_time.py“的python脚本，它只报告时间。cat>job.sub<<eof cd $PBS_O_WORKDIReof我希望能够绕过文件创建步骤，并将构造想象成如下所示：qsub -d .-e get_time.py
其中-e是我想象
浏览 2提问于2013-11-21得票数 3
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我要执行的命令如下所示：
...日志文件中的输出是：
INFO:job_submit:executing: qsub
浏览 0提问于2019-03-19得票数 2
1回答
我拼凑了一个shell脚本，在一个集群上提交多个作业，看起来没有给我一条错误消息，但是输出文件丢失了，错误日志文件也是空的。脚本应该做的是2.)将四个文件复制到每个文件(mainparams、extraparams、infile和structurejobsubmissionfile)
3.)然后将每个参数提交到集群，让它运行结构，同时每隔十个目录(即s/changethis/‘$k’&#x
浏览 1提问于2014-04-20得票数 0
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我希望使用Unix命令(如sed或awk )将字符串"#DONE"附加到文本文件中未包含字符串"#DONE"的第一行末尾。例如，输入文件将类似于qsub job2.sh #DONEqsub job4.sh qsub job1.sh #DONEqsub job2.sh #DO
浏览 2提问于2017-12-11得票数 1
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Intro对我来说，问题是标准输出和标准错误文件只出现在进程的末尾，而我希望能够直接监视进程的进展。Thoughts#PBS -o#PBS -j [oe/eo]
以指明标准输出</em
浏览 8提问于2016-08-26得票数 2
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我想要提交几个“猫作业”动态使用qsub集群。目前，我正在将几个文件与cat连接到命令末尾的单个文件(使用> output_file)。问题是qsub将命令中的> output_file作为qsub的一部分，将作业日志而不是cat输出放在那里。qsub -b y -cwd -q bigmem cmd1cat file1 file2 filen > output_file
浏览 8提问于2014-07-31得票数 2
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其思想是指定一个错误文件(也类似于输出文件)，该文件也包含作业数组中的任务ID。我读过，逃避对$SGE_TASK_ID的评估(在那个链接中是PBS的$PBS_JOBID，但类似的问题)应该有效，但当我尝试时
qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e $是否可以在错误文件的名称中使用$SGE_TASK_ID (错误文件的自动命名可以做到
浏览 4提问于2016-06-09得票数 10
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我通过qsub将这个简单的工作提交给SGE。我如何才能看到作业的输出，这是我的终端中的一个简单回显。我的意思是，我希望它直接出现在屏幕上，而不是将输出转移到日志文件或其他什么地方。下面是存储在Dummyjob中的作业：#$ -j y#$ -q long.q
echo "I'm done!"下面是qsub命令：
<
浏览 0提问于2016-03-23得票数 3
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有时，当我在PBS集群上运行作业时，我真的希望将joblog (-o文件)放在两个地方。tee $HOME/out1.o $HOME/out2.o $HOME/out3.o`####Parameterized${PBS_JOBID}.o`#PBS -m abe
echo `date`
浏览 9提问于2013-04-17得票数 4
3回答
我需要循环遍历由不同数字表示的文件列表，并应用脚本来分析每个文件。#!/bin/sh
do qsub pass_test.pbs其中，pass_test.pbs
浏览 2提问于2012-04-11得票数 12
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注释中的变量展开
、、
是否可以在bash脚本中扩展注释中的变量？
我想编写一个脚本来输入。qsub语法允许我使用bash脚本中以#$开头的行向网格引擎传递附加参数。
浏览 8提问于2013-02-05得票数 9
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如何同时提交多份R工作？
、、、
我有一个R脚本，它运行多个文件，比如file=1到50。我通常提交重复的工作，例如5次，每次10个文件，通过改变R-脚本中的数字。那么，我怎样才能一次提交5份工作而不提交5次呢？此外，我希望更新每个作业的<>default.out和错误文件。#!
浏览 0提问于2021-05-22得票数 1
我有一堆作业要提交到PBS队列中，输出应该在之后在本地进行后处理。由于作业是相似的(而且我不想经常手动更改它)，我编写了一个bash脚本，在本地生成一个PBS作业脚本，然后提交作业。编辑:如评论中所示(谢谢)，有些编辑：
不过，我考虑了可能的解决方案，并想出了以下一个无法工作的解决方案:我可以让bash脚本等待请求的时间，作为作业的挂钟时间编辑2:由于我不确定我是否总能像下面建议的那样以交互方式运行，我想到了以下几点:我让PBS作业脚本在完成之前创建一个(空的)文件。我的b
浏览 2提问于2013-08-22得票数 1
9回答
我有一个批处理脚本，它从几个qsub作业开始，当它们都完成时，我想捕捉它们。我相信扭矩可能有一些选择，但我正在运行SGE。谢谢P.s。如果您循环等待特定的ids，甚至可以收集所有的退出状态和其他运行统计信息(所花费的时间、当时完成的作业数)。
但是，我不知道如何在没有对某些值进行投票的情况下使用。可以使用巴什陷阱
浏览 8提问于2012-07-17得票数 41
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