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R语言】因子在临床分组的应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R的因子(factor) 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组的应用。 我们还是以TCGA数据的CHOL(胆管癌)这套数据为例。...☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...】R的因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息...☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub

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何在Redhat配置R环境

本文档主要讲述如何在Redhat中使用源码方式编译安装及配置R的环境。 那么如何在CDH集群配置R的运行环境?如何使用R开发分析处理CDH集群数据?...内容概述 1.安装前准备 2.R源码编译 3.R环境变量配置 4.R代码测试 测试环境 1.操作系统:RedHat7.2 2.采用sudo权限的ec2-user用户操作 3.R版本3.4.2 4.Rstudio...R-3.4.2.tar.gz --2017-10-06 10:14:49-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.4.2...4.R环境变量配置 ---- 1.编辑/etc/profile文件,在文件末尾增加如下内容 R_HOME=/usr/local/R-3.4.2 PATH=$R_HOME/bin:$PATH [l07zb8ekwy.png...31-21-45 R-3.4.2]# echo $R_HOME [root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# R [z0mijmgvpw.jpeg] 如上图示则表示R环境变量配置成功,

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何在Bash遍历由变量定义的数字范围

问: 当范围由变量给出时,如何在Bash遍历这一范围内的数字?...我知道我可以这样做(在 Bash 文档称为“序列表达式”): for i in {1..5}; do echo $i; done 它会输出: 1 2 3 4 5 然而,我该如何用变量替换范围的任意一个端点呢...$END}; do echo $i; done 这会输出: {1..5} 答: 提问者代码不起作用的原因是花括号扩展在任何其他扩展之前执行,且其他扩展具有特殊含义的任何字符都会在结果中保留下来。.../software/bash/manual/bash.html#Brace-Expansion 相关阅读: 如何用Bash遍历文本文件的每一行 如何将一个大的文本文件拆分为行数相等的小文件 在bash:...-(冒号破折号)的用法 在Bash如何从字符串删除固定的前缀/后缀

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何在R操作非结构化数据?

本文将从非结构化数据的转化、处理以及可视化三个方面讨论如何在R操作非结构化数据。...JSON、List、DataFrame的三国杀 DataFrame 是R的结构化数据结构,List 是R的非结构化数据。...在实际处理字符串,一定要注意的就是R字符串的转义问题。比如\\表示\,\"表示"等等。我曾经因为Python和R的双层JSON解析多次遇到转义符号的问题。...示例二: 批量读取非空 csv 文件并且合并成一个 data frame: rlist扩展包充分利用了R语言中list对象的特性,定义了一整套函数来帮助用户灵活快速地要求处理各种非结构化数据,同时结合...更多操作 下面是rlist中提供的操作: 非结构化数据可视化 为了方便在R可视化JSON数据,jsonview将js的jsonviewer库引入到R

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何在Redhat安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat配置R环境后,我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的,在离线环境下如何安装R的包,能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意,PACKAGES文件记录了所有包的描述信息,且每个包只有一个版本。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件增加如下内容: [root@ip-172-31...(:设置R启动时加载的包、设置编辑器、制表符宽度等) 5.测试R私有源 ---- 1.进入R控制台,执行包安装命令 [ec2-user@ip-172-31-21-45 etc]$ R R version

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【DB笔试面试511】如何在Oracle写操作系统文件,写日志?

题目部分 如何在Oracle写操作系统文件,写日志? 答案部分 可以利用UTL_FILE包,但是,在此之前,要注意设置好UTL_FILE_DIR初始化参数。...image.png 其它常见问题如下表所示: 问题 答案 Oracle哪个包可以获取环境变量的值? 可以通过DBMS_SYSTEM.GET_ENV来获取环境变量的当前生效值。...在CLIENT_INFO列存放程序的客户端信息;MODULE列存放主程序名,包的名称;ACTION列存放程序包的过程名。该包不仅提供了设置这些列值的过程,还提供了返回这些列值的过程。...如何在存储过程暂停指定时间? DBMS_LOCK包的SLEEP过程。例如:“DBMS_LOCK.SLEEP(5);”表示暂停5秒。 DBMS_OUTPUT提示缓冲区不够,怎么增加?...如何在Oracle写操作系统文件,写日志? 可以利用UTL_FILE包,但是,在此之前,要注意设置好UTL_FILE_DIR初始化参数。

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工具 | 如何在Python调用R语言包?

Python又是当下最流行的编程软件之一,Python也是开源的,包含了非常丰富的第三方库(机器学习算法),那么如何让Python和R共同工作呢?利用Python的rpy2包就可以实现这一想法。...如何使用ry2 (1)在Python中加载R软件包 需要用到robjects的packages里面的importr函数,我们以R的stats包和ggplot2包为例,ggplot2是R超级强大的绘图包...当然,需要先在R软件中加载这两个包。 ? (2)访问R实例 需要用到robjects.r,它是在Python的嵌入式R进程,把r当作从python走向R的通道来看就可以了。...还可以用过R实例,直接在PythonR代码: 总之用robjects.r(' '),括号里面可以直接敲R的代码就是了!!...总结 本文主要介绍了利用rpy2包在Python访问R语言包和函数,其中最重要的子包是robjects,可以生成R的数据结构;最重要的实例是rojects.r(' '),可以通过三种方式访问R的数据和函数

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R文本挖掘 | 如何在用户词库添加搜狗词典?

本期大猫课堂将继续《R文本挖掘》系列,上节课已经教大家如何用jiebaR分词包进行分词,本期将教大家一个更加进阶的分词功能:把搜狗专业词库添加进自己的用户自定义词典。...稍微对中文文本挖掘有所了解的小伙伴们都知道,虽然当前的分词统计模型已经具有了部分识别未登记词(没有录入到内置词库的词)的能力,但是分词的好坏很大程度上仍旧取决于内置词库的的全面与准确性,这对一些专业领域来说尤其明显...需要注意的是,cidian包没有发布在CRAN,而是发布在github.com,安装需要使用install_github()函数。...C++库,jiebaR则是把这个C++库用R封装了)。...想知道更多技巧,请关注下一期的大猫的R语言课堂吧!

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【数据业务】几招教你如何在R获取数据进行分析

【IT168 编译】本文是《R编程语言》中一个系列的第二部分。在第一部分,我们探索如何使用R语言进行数据可视化。第二部分将探讨如何在R语言中获取数据并进行分析。  ...从文件读取数据   理想情况下,数据是可以储存在文件系统的。这些数据必须可读或写,用以识别当前目录中储存的文件。   ·目录设置   首当其冲的就是设置工作目录。   ...对于这个session,我已经创建了textsample.txtfile文件,它可以在R会话读取。...Fill Spread Sheet Type Data Through the Editor in R   通过编辑R填补传播表类型数据 x<-edit(as.data.frame(NULL)) R的数据集...  可以使用显示R的数据集的命令data()将可用数据集置入R

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何在 Linux 内存和 CPU 使用率查找运行次数最多的进程

在 Linux ,许多应用程序作为守护进程在系统后台运行,这会消耗更多的系统资源。...在 Linux ,您可以使用各种小工具或终端命令,也可以使用一个命令内存和 CPU 使用率显示所有正在运行的进程。检查 RAM 和 CPU 负载后,您可以确定要杀死的应用程序。...在这篇文章,我们将看到使用这些命令内存和 CPU 使用率显示正在运行的进程的ps命令。 在 Linux ,ps 代表进程状态。...$ ps aux --sort -%cpu 3.用户获取使用统计 如果您的系统有多个用户,您可以用户过滤掉 ps 输出数据。以下命令将帮助您了解每个用户正在使用多少资源。...请从您的软件包列表打开该应用程序并检查基于图形用户界面的系统使用情况。 小结 ps是一个预装系统工具,所以我们不需要在我们的 Linux 机器上进行任何额外的安装。

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神奇的 SQL ,高级处理之 Window Functions → 打破我们的局限!

Analytical Processing)函数   对数据库数据进行实时分析处理,例如市场分析、财务报表等,是标准的 SQL 功能   中文翻译过来,叫 窗口函数 ,或者 开窗函数 ,在 Oracle 也称...SELECT *, RANK() OVER(ORDER BY sale_unit_price DESC) AS ranking FROM tbl_ware;   2、假设我们对 tbl_ware 类别进行分组...,然后组内售价从高到低进行排名, SQL 又该如何写   有小伙伴一看到分组二字,第一反应肯定想到了 GROUP BY ,不只是你们,我也是一样的   但 GROUP BY 往往结合 聚合函数 使用,...,与 SELECT 子句末尾的 ORDER BY 子句完全相同   通过 PARTITION BY 分组后的记录集合称为“窗口”,代表“范围”。...子句或者 GROUP BY 子句处理后的“结果”进行的逐行操作   我们换个角度来看, 窗口函数 是不会改变结果行数的,而 WHERE 是会改变结果行数的,那把 窗口函数 放到 WHERE 子句的意义何在

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使用R或者Python编程语言完成Excel的基础操作

输入数据:直接在单元格输入数据。 2. 删除数据 删除行或列:右键点击行号或列标,选择“删除”。 清除内容:选中单元格,Delete键或右键选择“清除内容”。 3....使用查找和替换:Ctrl+F或Ctrl+H,进行查找和替换操作。 4. 查询数据 使用公式:在单元格输入公式进行计算。 查找特定数据:Ctrl+F打开查找窗口,输入要查找的内容。 5....在R编程语言中 处理表格数据通常依赖于dplyr和tidyr这样的包,它们提供了强大的数据操作功能。以下是一些基础操作在R的实现方式,以及一个实战案例。...在R语言中,即使不使用dplyr和tidyr这样的现代包,也可以使用基础包的函数来完成数据操作。...以下是如何在Python中使用Pandas完成类似于R语言中的操作,以及一个实战案例。

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