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轻松获取GSE matrix文件等稳定下载链接

引言当我们想获得一个gsematrix文件和补充文件, 一般情况下可以直接用网页下载, 用 R 的话也可以使用 getGEO(gse) 和 getGEOSuppFiles(gse)函数 , 但是如果在服务器或者网络非常不好情况下...:图片基于此, 有大佬设计了基于文本替换和网页元素爬取ftp链接获取代码, 我又稍加修改, 加入了GPL注释信息链接获取....shinyAPP代码:library(shiny)library(xml2)library(DT)library(shinyjs)# Define UIui <- fluidPage( useShinyjs...}) # Get list of files and display in table when submit button is clicked output$fileList <- renderDT....使用 git clone https://github.com/sandy9707/getGEOFileLinks.git 下载文件, 在服务器上使用 Rscript shinyAPP.R 就可以了,

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在ChatGPT帮助下创造简单shinyAPP

代码 Q1: 给我写一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵shinyAPP, 用中文注释 下面是一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵shinyAPP,注释包含了代码解释和中文注释: library...(ui = ui, server = server) 该APP界面包含了一个输入疾病名称或疾病列表文本框,以及一个选择分析方法下拉框和一个计算按钮。...在服务器端逻辑,根据用户选择分析方法使用DOSE包对应函数计算疾病相似度矩阵,并将结果输出到界面上。用户可以多次输入不同疾病名称或列表进行计算,并根据计算结果进行分析和决策。...(ui = ui, server = server) Q3 我现在想用a b两个术语集来进行对比, 代码{a <- c("DOID:14095", "DOID:5844", "DOID:2044",...(ui = ui, server = server) 该应用程序提供了两个文本框,分别用于输入a、b两个术语集,以及一个下拉框,用于选择计算相似度方法。

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基于R语言shiny网页工具开发基础系列-01

runApp和其他R许多函数(read.csv, read.table)一样,第一个参数是从工作目录到app目录文件路径,以上代码假设my_app文件夹包含在你工作路径,因此,只需要输入文件夹名字...当shiny app启动后,R会话框会变成忙碌状态,不能运行任何其他代码,R会监控app并处理app反应。...改改代码练习一下 在工作目录创建一个新文件夹App-1,用上面的代码创建一个app.R,看起来像这样 # 输入命令启动一下看看 runApp("App-1") 终止app并尝试做如下更改 1.把标题从...2.设置滑块最小值为5 3.把直方图边框颜色从白色改成黄色 改好了看看能否出现下面的结果吧,我成功了哦 默认情况下,app以"normal"模式展示,就像上图一样。...Shift+Enter) 点击灰色向下展开小箭头还有更多惊喜哦 一个个点点看 5.回顾一下怎么创建一个app 创建一个以myapp为名路径(文件夹) 保存app.R到myapp文件夹 使用runApp

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「R」Shiny:用户界面(三)布局

在我们知道如何创建一系列输入和输出控件之后,我们需要学会如何在一个页面对它们进行排列,以达到比较好展示效果。这正是布局函数工作,布局函数提供了一个应用高层次可视化结构。...这篇文章内容聚焦于 fluidPage() 函数,它提供了大多数应用使用布局风格。在未来文章我们将讨论布局函数家族其他成员,仪表盘、对话框。 依旧先载入 Shiny。...library(shiny) 概览 Shiny 应用布局由层次函数调用创建,其中 R 层次结构与输出层次结构匹配。...目前操作很简单吧,只是在 fluidPage() 设置 theme 参数。...这样可行原因是Shiny 代码本质上就是 R 代码,读者可以使用 R 已知任何工具增强效率、减少重复。请谨记三原则:当你拷贝和粘贴代码超过 3 次,就应该考虑编写一个函数或者 for 循环。

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基于shinydashboard搭建你仪表板(五)

前言 承接系列四,这一节介绍一下主体4种box函数。顾名思义,box函数是在主体创建一些对象框,而对象框内可以包含任何内容。 四种box函数 ?...tabItem(tabName = "Plot1", fluidPage( box("仅仅设置宽度为6"), box("在上图基础上加上对象框title背景颜色为...上述代码:侧边栏创建3个菜单栏,每一个菜单栏对应主体界面布局为基于行主体布局,每一个界面的第一个行整体用于解释第二个行整体。...总结 到这里将shinydashborad标题栏、侧边栏以及主体简单介绍一下,可以开发出自己shinyapp了。...下面章节将介绍如何将shinyapp共享到服务器上以及对shinyapp加密,输入账号和密码才能访问shinyapp

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Shinyforms | 用 Shiny 写一个信息收集表

当前功能 •表单结果保存到本地文件;•支持必填字段和可选字段(在问题列表中使用 mandatory 参数);•仅用一行代码即可为 Shiny UI 和 server 添加表单;•可以在同一 App 包含多种不同形式...;•以干净和用户友好方法来捕获和报告错误;•问题和表格数据采用 R 列表格式;•支持问题类型:文本,数字,复选框;•能够多次提交同一表单(在表单信息列表中使用 multiple = FALSE 参数以禁止多次提交...validations 参数);•可选加入“重置”按钮,用于重置表单字段(在表单信息列表中使用 reset = TRUE 参数);•问题可包含提示文本,显示在标题下方(在问题列表中使用 hint...再举一个例子 此示例与上一个示例相似,但进一步说明了其他一些功能。它显示了如何在一个应用程序插入两个表格,以及如何使用管理员查看功能。...如何将收集结果保存至 Google Sheets 在此示例,我们将首先创建一个新 Google 表格文档。

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基于R语言shiny网页工具开发基础系列-04

告诉shiny如何在server函数构建对象,该对象会在它代码构建一个小工具时候反应 第一步:加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族,将R对象转换成在UI输出,每个函数创建特定类型输出...,包含所有用来更新appR对象代码,每个R对象在list要有自己条目(名字) 在server函数,可以通过在output定义一个新元素来创建条目,如下,元素名字应该与ui反应元素使用参数一致...因此,表达式应该返回你期望对象(文本,图,数据框等),当表达式不返回对象或错误对西那个类型时会报错 使用小工具(widget)值 当用上面的代码构建app后,会发现app长这样 文本不会对小工具作出反应...那应该怎么做呢 通过在构建文本时,让shiny调用小工具值,从而实现文本反应 看一下代码发现,server函数第一行有两个参数input和output 已知output是个列表类对象,储存构建app...,操作选择框时候文本也会随之改变 在改变时候,反应部分代码甚至会变黄,有助于理解反应输出 练习 在上面的App加第二行反应文本,加到app主面板,展示 “You have chosen a range

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「R」Shiny:用户界面(二)输出控件

前端每一个输出控件函数对与后端一个 render 函数对应。Shiny 中有 3 类输出控件,对应你报告中经常会使用到文本、表格和图形。...library(shiny) 文本 使用 textOutput() 和 verbatimTextOutput() 分别输出普通文本和固定代码及控制台输出。...注意,render 函数 {} 应对单行代码是非必须。后端函数写为如下形式显得更加紧凑。...output$code <- renderPrint(summary(1:10)) } 另外,这里两个 render* 函数区别是: renderText() 显示代码返回文本。...renderPrint() 显示代码打印文本。 为了帮助读者理解它们区别,我们看下下面这个函数。该函数打印 a 和 b,并返回 "c"。R 中一个函数能够打印很多东西,但只能返回单个值。

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「R」Shiny:响应式编程(一)server 函数

在前面的文章,我们介绍了如何创建用户界面。现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端讨论,它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩生。 在 Shiny ,我们使用响应式编程表达服务逻辑。...响应式编程是一种优雅且强大编程范式,但由于它与我们编写脚本范式不同,因此一开始读者可能会感到困惑。响应式编程核心思想是指定依赖关系图,以便当输入发生更改时,所有相关输出都会自动更新。...一开始它初始值是 100,如果用户在浏览器端更改了它将会自动更新。 与常规列表不同是,input 对象仅可读。如果你尝试在 server() 函数更改它,你将会收到报错信息。...} 在 UI ,ID 是有双引号,而后端没有。...render 函数做了两项工作: 它建立了一个特殊响应式语境用于自动捕获(追踪)输出使用输入 它将 R 代码输出转换为了 HTML 内容用于网页展示 像 input 一样,output 对使用方式也很挑剔

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基于R语言shiny网页工具开发基础系列-02

例,下面的ui函数创建了一个含有标题面板和侧栏布局(侧栏面板和主面板)页面布局,这些元素都应放在fluidPage函数 ui <- fluidPage( titlePanel("title panel...app代码 网页面板对应位置就会显示设置文本,通过逗号分隔,同一个面板能插入多个元素 ui <- fluidPage( titlePanel("My Shiny App"), sidebarLayout...格式化文本 shiny 提供了许多标签函数格式化文本,跑例子是最简单了解他们fangfa 试试把下面的代码粘贴到app合适位置 ui <- fluidPage( titlePanel("My...,探索一下是如何格式化文本 5.图片 图片能增强app外观,帮助用户理解内容。...www文件夹,shiny会通过特殊处理,将这个文件夹文件与浏览器共享,www就是存放图片,样式表等东西大本营,里面的文件用于浏览器构建app网页部分。

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6详解AppBar小部件

由于它是一个如此常用组件,因此 Flutter 为该功能提供了一个名为AppBar专用小部件。 在本教程,我们将通过一些实际示例向您展示如何在 Flutter 应用程序自定义 AppBar。...AppBar 包含各种属性,包括颜色、大小、图标主题、文本主题等等。 背景颜色 以下代码将 AppBar 背景颜色更改为深橙色。500添加以访问颜色特定阴影,900即最暗和最亮50。...AppBar( backgroundColor: Colors.deepOrange[500], ), 图标主题 下面的代码将图标的颜色更改为绿色,将大小更改为36: AppBar( actionsIconTheme...: IconThemeData(color: Colors.green, size: 36), ), 文字主题 假设您想将文本颜色更改为带有较浅阴影琥珀色,200并将字体大小设置为24: AppBar...下面的代码将 AppBar 阴影颜色更改为orangeAccent。 AppBar( shadowColor: Colors.orangeAccent, ), 很酷,对吧?

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CSS 删除线:在 CSS 中使用文本装饰和划线

在上面的列表,你知道服务器已经启动,HTML 已经上传,但 CSS 仍然需要测试。或者,它可以用来划掉一些永远不正确东西。在会话写作,删除线可以用来“审查”自己,删除不该说的话。...这些属性可以更改放置在文本线条、样式和颜色,例如蓝色下划线。如何使用删除线 HTML 标记?HTML 删除线标记用于表示已删除文本。它看起来像这样:罢工!...但 CSS 作用是让您更轻松地根据需要动态更改页面。例如,假设您有以下代码:H2 { 文本装饰:直通 }然后所有的 H2 都会被删除。...从那里,您可以通过更改一行而不是必须更改每个独立 H2,从每个 H2 删除文本装饰罢工。如何删除 CSS 删除线?...因此,如果您需要确保您文本在任何浏览器中都可读, 标签是一个很好后备方案。CSS 也可用于设置删除线文本样式。例如,您可以使线条变粗、更改颜色或使其闪烁。

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基于shinydashboard搭建你仪表板(二)

说明 以下所用到app.R脚本按照标准shinydashboard代码书写,谨记:侧边栏一般放置输入项以及菜单栏,主体呈现输出部分,故输入项函数和菜单栏函数写在ui脚本dashboardSiderbar...(),输入项函数输出项*Output()函数写在ui脚本dashboardBody(),render*函数写在server脚本与之对应。...请留意上图代码输入项selectInput函数书写位置以及输出函数plotOutput以及renderPlot位置,两者是通过“Plot”变量名对应。...注意上图代码输入项sliderInput函数书写位置以及输出函数dataTableOutput以及renderDataTable位置,两者是通过“Data”变量名对应。...textInput输入项 用于交互式文本输入。

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【Flutter】滑动效果评价组件

「Flutter」是GoogleUI工具包,可通过一个代码库构建漂亮,本机编译移动,Web和桌面应用程序。 在在本博客,我们将探讨「Flutter**Reviews Slider。...当用户点击微笑并向左或向右旋转或向左旋转时,然后更改微笑形状。 该演示视频演示了如何在flutter中使用评论滑块。...它显示了使用「Flutter」应用程序「reviews_slider」包,评论滑块将如何工作。当用户从左到右或从右到左旋转微笑并更改形状时,它显示了一个具有变化微笑动画小部件。...**optionStyle:**此参数用于审阅标题文本样式,例如颜色,大小等。 **initialValue:**此参数用于滑块初始值。缺省值init值为2。...「在ReviewSlider,我们将添加」optionStyle」表示评论标题文本样式,例如颜色,大小等,而「onChange则」意味着只要指针更改了滑块值并且不再与屏幕接触,就会触发。

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Shiny学习(四)||响应式输出

Shiny应用程序控件选中值可以通过生成响应式输出来显示。用户切换控件值,输出文本也随着控件值自动响应。...每个函数都会创建特定类型输出。 ? 每个render*函数都有一个参数:R表达式用花​​括号括起来{}。表达式可以是一行简单文本,也可以包含一组指令。...表达式可以返回想到对象(一段文本,一个图,一个数据框等)。 例如返回一段文字: 上述ui代码textOutput它带有一个参数,即字符串"selected_var"。...一般放在uisidebarPanel或mainPanel。每个*Output函数都需要一个参数:一个Shiny将用于反应元素名称字符串。 步骤2:提供R代码来构建对象。...在ui设置Shiny在哪里显示对象后,接下来,需要告诉Shiny如何构建对象。为此,需要在server函数构建对象。server会建立一个outputlist,其中包含更新R对象代码

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单细胞分析工具||ShinyCell交互式展示单细胞数据

文章中介绍,ShinyCell相比同类工具具有多个优势,例如直观side-by-side降维可视化方式,hdf5格式保存表达矩阵从而读取快速,支持pdf/png保存图片,支持多种常见单细胞数据类型等...default "1" # grp "TRUE" ID, fID 对应原始数据;UI, fUI, fCL 分布表示在shiny展示...(3)最后运行shiny网页即可 # 在本地浏览器3344端口打开 runApp("shinyApp/", launch.browser = T, port = 3344) 3....模块介绍 (1)完成上述步骤后即可在本地生成一个shiny网页,下面结合作者分享示例http://shinycell1.ddnetbio.com/介绍其内容; 在每个模块,均有3个Toggle选项支持筛选细胞...= "library", new.labels = c("fm", "pr", "nr", "rr")) # (4)修改在shiny细胞注释可视化颜色(fCL

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