灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。 可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。...可重复性：通过使用容器技术（如Docker和Singularity）和Conda环境，Snakemake支持高度可重复的科学分析，确保不同环境下的分析结果一致。...集成性：Snakemake可以轻松地与其他生物信息学工具和语言集成，如R和Python，使得复杂分析的步骤更加灵活。...F1000Research DOI：https://doi.org/10.12688/f1000research.29032.2 滚动更新，介绍Snakemake的设计理念、特性以及如何在生物信息学和数据分析中有效应用它...测试检查无误后，即可提交后台运行 nohup snakemake --cores 4 --keep-going 1>snak.log 2>&1 & -cores #设定可调用的核数 --keep-going
所有的输入文件将会在工作流中各自独立执行。 此外，snakemake 还可以与conda 搭配。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。 我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...牵一发而动全身，如果执行软件TrimmoMcAwesome 要修改某些参数，又得再echo 一遍吗？...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。
1-指定软件使用的线程 如bwa 等软件，我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。...执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...2-配置文件 我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...4-日志文件 在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。
获取样本列表的方式为：sample=config["samples"]。...另外，如果在shell中要使用这个参数，还需要加上wildcards，即{wildcards.sample}。...output} \ -V {params} \ -L bed/Covered.bed" 这一步需要用到所有样本的vcf文件，使用python的expand命令将每个样本的vcf文件依次添加到一个列表中...在这里定义了参数sample，Snakemake从rule all回溯到这里的时候就知道了sample代表的具体样本名。...扩展 rule中还可以添加其他的参数，比如说threads、log，如果输出文件重要，可以添加protected参数设置为保护文件，相反，如果跑完程序就可以删除的文件，可以添加temp参数设置为临时文件
/bin --verbose /home/yulan/database/hg38 & # 重要参数说明 bismark_genome_preparation --bowtie2/--hisat2：调用...此文件夹必须包含未修改的基因组（如 .fa 或 .fasta 文件）以及在 Bismark 基因组准备步骤中生成的两个亚硫酸氢盐基因组子目录。...shotgun)，如 RRBS、amplicon or target enrichment libraries。...有关选项的完整列表，请在命令行输入 bismark_methylation_extractor --help 关键的提取甲基化数据，可以分 2 次进行 step1.加mbias_only，用生成的结果查看...step2.依据M-bias，增加参数，提取甲基化 (snakemake) yulan 22:47:34 ~/wgbs_test/extractor $ cat m.sh outP=/home/yulan
如果是在输出导向的snakemake 中，则需要先确定输出文件。...中除了利用 shell 运行shell命令外，还可以通过script来直接调用脚本， 当前支持Python, R, R Markdown, Julia 和Rust。...在config.yaml中添加一些注释使用的参数 OrgDb: org.Mm.eg.db txdb: TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene 差异peak寻找 差异peak...那我们编写一个rule 来调用生成报的的Rmd程序。...峰形较宽，转录因子和一些组蛋白如 H3K27ac 的 Peak 的峰形是窄的，一些组蛋白如 H3K36me3、H3K9me3 等的 Peak 是宽的。
ps：这里如果直接使用samtools 的-o 参数呢？...ps：这里-T 参数实际也是指定的临时文件的前缀。...这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果 的介绍。...当然，我还是觉得如docker 之类的容器软件更加方便一些。...能不能推广到DIY 如转录组在内的流程呢？
组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。...rule 每个rule定义流程中的每一步，相当于一个脚本。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...如 rule test: input: "test.py" output: "out.py" params: cat="-n"...提供 ❝--use-conda ❞ 解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa = "fastq
1-pandas 类似于R 中的data.frame，python 中的pandas 也提供了一套处理数据框的操作。而同样是基于python 框架的snakemake，可以帮助我们很好的将二者融合。...规则 通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...而在接下来的shell 命令中，也是通过input.fq1 这样的方式进行调用。...function returns on that wildcards input: fq_dict_from_sample(wildcards) 此时，我们就不需要为两个文件分配设置函数，并在input 中调用了
、降低维护难度； 通过使用各类编程语言自带的包管理器解决依赖问题，便于其他用户安装和调用。...R 包中inst/bin下面的文件。...这类语言/工具最核心的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如 Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...pyflow-ATACseq 项目提供的 ATAC-seq 数据分析流程： 图五 ATAC-seq Snakemake 示例流程图 snakemake 示例文件： rule targets:...命令行参数也常常结合配置文件同时使用，这么做的主要原因： 可以有效减少动态更新和管理配置文件的次数； 通过命令行修改参数也更加透明和便于日志记录。
、降低维护难度 通过使用各类编程语言自带的包管理器解决依赖问题，便于其他用户安装和调用 我目前主要是R语言、Python写命令行程序、函数、R包/模块，同时用CRAN、PyPI以及GitHub分发。...R包中inst/bin下面的文件。...这类语言/工具最核心的部分：定义每一个计算过程（脚本）的输入和输出，然后通过连接这些输入和输出，构成数据分析流程（图二，图三）（如Galaxy, wdl，cromwell，nextflow，snakemake...图五 ATAC-seq Snakemake示例流程图 snakemake示例文件： rule targets: input: "plots/dataset1.pdf",...命令行参数也常常结合配置文件同时使用，这么做的主要原因： 可以有效减少动态更新和管理配置文件的次数 通过命令行修改参数也更加透明和便于日志记录 | Jupyter notebook和R markdown
Scripts即脚本语言，就是利用Unix shell语言或者其他的编程语言如Python、Perl等，将所需要的分析各部分串联起来，最后达到自己想要的结果。...通常，生信刚入门的同学们会选择这种方式，简单而暴力；段位较高的同学，则会选择将分析内容进行包装，然后提供多个参数选择，增加流程灵活性。...Make是最常用的软件编译器，作为一个1977年诞生的工具，其存在的年代确实有点久远了，但是其依然在科学计算流程管理文件转化中焕发了新生。...Implicit convention frameworks（基于Make的框架） 这类框架最典型的例子是Nextflow、Snakemake，它们在保留了make一贯的隐式通配符的风格（即用rule中定义的通配符来实现上下游文件的依赖关系...（Galaxy WES workflow） 此外，有些功能较多的生物信息学工具（如：SpliceGrapher）也会提供一个配置文件来管理参数，这样的好处是使得参数的浏览和修改更加直观，减少命令行参数的动态修改
Matplotlib是最受欢迎的二维图形库，但有时让你的图变得像你想象中好并不容易。 如何更改图例上的标签名称？如何设置刻度线？如何将刻度更改为对数刻度？如何在我的图中添加注释和箭头？...我们可以通过调用plt.tight_layout()它来修理它。它清理子图之间的边距以获得更清晰的外观。 调用之前 ? 之后 ? 问：。如何在我的图中添加网格线？...plt.grid(True) 风格和属性 问：如何更改线条颜色、宽度或样式？ 你可以传入参数color，linewidth和linestyle。...问：如何更改标记样式或颜色？ 你可以传递参数marker和color，如下所示。...将图例保存到变量L后，你可以使用L.get_text()[0]调用图例的第一项，并手动将文本设置为您想要的内容。在下面的示例中，我将我的图例设置为’line123’。
如何在Python中命名变量 在Python中，我们应该使用 snake_case 命名样式。 根据Python样式指南： 变量名与函数名遵循相同的约定。...你可以使用比函数定义中定义的参数更少或更多的参数来调用函数。默认情况下，为缺少的参数分配 undefined 值，并且可以使用 arguments 对象访问其他参数。...这是JavaScript中的示例： ? 注意如何使用三个参数调用函数，但是函数定义的参数列表中仅包含两个参数。 ?...其参数列表定义了创建实例必须传递的值，该列表以 self 作为第一个参数开头。 在JavaScript中，构造函数方法称为 constructor 函数，它也具有参数列表。 ?...此参数列表以 self 参数开头，以引用正在调用该方法的实例。在此列表之后，我们编写一个冒号（:)，并将该方法的主体缩进。
Extensions：扩展模块，提供丰富的编辑功能，如加粗、斜体、列表、链接等。...文档模型由节点（Node）和标记（Mark）组成，节点表示文档的结构元素，如段落、标题和列表等；标记表示文本的样式，如加粗、斜体和链接等。...我们如何在TipTap 上去实现一个扩展（Extension），以及扩展的实现原理 在 Tiptap 中，插件的各种能力（如快捷键、命令等）是通过扩展（Extension）的 API 实现的。...inputRules 是一种基于输入模式的快捷键，例如在输入 * 和空格时自动创建一个列表。keymap 是一种基于按键组合的快捷键，例如按 Ctrl+B 时切换加粗样式。...当用户输入或按下快捷键时，编辑器会自动调用相应的命令。 命令：在扩展中定义 commands 方法，可以添加命令。命令是一个函数，接受一个参数 params，并返回一个处理函数。
如何在Python中命名变量 Python推荐使用蛇形命名法（snake_case）。 根据Python样式指南： 变量名遵循与函数名相同的约定。...您可以使用比函数定义中定义的参数更少或更多的参数来调用函数。缺省的参数被赋予未定义的值，额外的参数可以通过Arguments对象访问。 ?...在Python中，调用了初始化新实例的构造函数init （带有两个前导和尾随下划线）。创建类的实例以初始化其属性时，将自动调用此方法。其参数列表定义了创建实例必须传递的值。...该列表以self第一个参数开头。 在JavaScript中，构造函数方法被调用，constructor并且它还具有一个参数列表。 ?...Python和JavaScript中的方法 在Python中，我们使用def关键字，其名称和括号内的参数列表定义方法。此参数列表以参数开头，self以引用正在调用该方法的实例。
>：此参数的效果和指定“-ls”参数类似，但会把结果保存为指定的列表文件； -follow：排除符号连接； -fprint：此参数的效果和指定“-print”参数类似，但会把结果保存成指定的列表文件...； -fprint0：此参数的效果和指定“-print0”参数类似，但会把结果保存成指定的列表文件； -fprintf：此参数的效果和指定“-printf”参数类似，...它涵盖了如何在macOS、 Debian/Ubuntu Red Hat 和 Arch Linux 上安装程序。...例如，假设你想要找一个 Markdown 文档，其中包含单词 services 作为文件名的一部分： $ fd services downloads/services.md 如果仅带一个参数调用，那么...的所有目录： $ fd -td services applications/services library/services 如何在当前文件夹中列出所有带 .md 扩展名的文档？
因为内容比较多的缘故，建议你通过使用sourcegraph[5] 搜索杂志中感兴趣的内容。...其页面有点点像notion： 我把我前几期做的一个读书笔记，也做成一本书啦：卷首语 - 可重复工作执行简明指南 (gitbook.io)[7] 感觉gitbook 默认的页面也挺好看的： 3、如何在命令行模式下最快找到文件...(qq.com) 作者总结了几个常用的linux 中查找文件的命令。...，正好就有一篇文献讲了开发的一款基于snakemake 的转录组分析的工具。...**如小指相对越长，掌长相对越短，双手斗型花纹越多；而食指远端指节（指纹形成处）相对越长，斗形花纹则越少。 论如何科学的看手相。
因为wx.html.HtmlWindow控件仅设计用于简单样式文本显示，而非用于全功能的多媒体超文本系统。它只支持最基本的文本标记，更高级的特性如层叠样式表(css)和JavaScript不被支持。...使用下表16.3中的方法，可以如通常的浏览器一样浏览这个历史列表。 表16.3 HistoryBack()装载历史列表中的前一项。如果不存在则返回False。...如果指定了fixed_face参数，那么参数sizes则应是一个代表字体的绝对尺寸的包含7个整数的列表，它对应于HTML逻辑字体尺寸（如 font标记所使用的）－24之间。...参数b是间隔的像素宽度（整数值）。 如何在窗口的标题栏中显示页面的标题？ 在你的web浏览器中，你可能也注意到了一件事，那就是浏览器中不光只有显示窗口，还有标题栏和状态栏。...拓展HTML窗口 在这一节，我们将给你展示如何处理HTML窗口中的HTML标记，如何创造你自己的标记，如何在HTML中嵌入wxPython控件，如何处理其它的文件格式，以及如何在你的应用程序中创建一个真实的
本文将详细介绍如何在 Python 中以表格格式打印列表，以便更好地展示和呈现数据。使用标准库 - tabulatePython 中有许多库可用于以表格格式打印列表，其中最常用的是 tabulate。...最后，我们使用 tabulate 函数将数据和表头转换为表格格式，并指定了表格的样式为 "pipe"。tabulate 函数的第一个参数是要打印的数据，可以是一个二维列表或其他可迭代对象。...第二个参数是表头，它可以是一个列表或元组。tablefmt 参数用于指定表格的样式，常见的样式包括 "plain"、"simple"、"grid" 和 "pipe" 等。你可以根据需要选择适合的样式。...通过这种方式，我们可以使用 format 函数自定义表格的格式，并灵活地控制对齐和宽度等参数。总结本文详细介绍了如何在 Python 中以表格格式打印列表。...希望本文对你理解如何在 Python 中以表格格式打印列表有所帮助，并能够在实际编程中得到应用。通过掌握这些技巧，你可以更好地处理和展示列表数据，提高编程效率和代码质量。
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