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1
回答
如
何在
snakemake
中
调用
列表
样式
参数
、
我写了一些R脚本,我想使用
snakemake
将它们集成到一个分析管道
中
。我几乎完成了这个管道,除了一个R脚本。在这个R脚本
中
,其中一个
参数
是一个
列表
,如下所示: group=list(A=c("a","b","c"),B=c("d","e"),C=c("f","g","h")) 我不知道如
何在
snakemake
<
浏览 18
提问于2019-05-13
得票数 1
1
回答
使用python
中
的展开来创建具有多个配对变量的字符串(
snakemake
)
、
、
、
、
Snakemake
展开函数list_ranges=[[0,9],[10,19],[20,29],[30,33]]/user
浏览 8
提问于2022-08-23
得票数 2
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1
回答
用于R管道的
Snakemake
--安装
、
、
、
、
我正在寻找一些关于使用
Snakemake
处理我的R管道的基本信息。据我理解,最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本,或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法
中
的任何一种,那么我的R脚本应该是什么样的呢?R脚本如何知道如何查找和
调用
RData对象上的load,或者在为input提供名称的情况下
调用
read.table来读取csv文件。据推测,
Snakemake
将把任务提交到多个节点上,并自动使用多个核心,而无需修改代码。那么,使用cluster和/或cores<
浏览 2
提问于2019-07-02
得票数 2
1
回答
Snakemake
文件
中
的多个"params“
我有以下
Snakemake
文件: params: shell:
如
预期的那样工作: rule test: a = "a" "echo {params.a}
浏览 4
提问于2017-09-13
得票数 2
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2
回答
在
snakemake
中
是否有一个函数使输出
列表
依赖于传递到shell命令的
参数
、
、
、
我有一个
调用
python程序的
snakemake
规则,python程序的输出依赖于传递的
参数
。我想让
snakemake
知道在传递某个
参数
(布尔值)或不传递
参数
时,期望输出之间的差异。我的当前解决方案是根据
参数
的配置创建一个输出list_phen_gen_output
列表
。但是,当源程序接受改变源程序产生的输出
列表
的3
参数
时,这种情况会呈指数增长。output_dir}/all_phenotypes.fwf&
浏览 15
提问于2022-08-08
得票数 1
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1
回答
在
Snakemake
中
,线程、资源和优先级定义的不同级别(规则、
参数
、集群配置)之间有什么区别?
、
在Snakefile
中
,可以在规则中指定关键字线程、优先级、资源。这些也可以指定为params关键字
中
的子关键字。在一些应用程序
中
,它们也可以作为
参数
或选项放在shell命令
中
。此外,如果将作业提交到集群,也可以在cluster-config中指定这些
参数
。所以我被这些弄糊涂了。最佳实践是什么?将这些规范放在哪里?如果你把这些放在任何地方,哪一个在系统
中
是有效的。
浏览 2
提问于2019-05-13
得票数 2
1
回答
Snakemake
-下载数据的规则
、
但是,在我的示例
中
,“输入”是给访问服务器并下载数据的脚本的ID字符串。对于如
何在
snakemake
中
实现这样的场景,有什么想法吗?
浏览 1
提问于2019-11-26
得票数 3
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2
回答
snakemake
shell I/O重定向和使用脚本访问
snakemake
变量
、
问题很简单: 如果我使用shell注意:当然,可以将变量作为shell
中
的
参数
传递给脚本。但是,通过这样做,脚本不能区分文字变量和
列表
变量。input.genes_file} {params.frequencies} {output} {threads} 2> {log.err} 1> {
浏览 1
提问于2018-02-08
得票数 1
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1
回答
在使用DRMAA时用
Snakemake
设置SGE集群作业名?
、
、
问题 mpileupSPLI
浏览 2
提问于2017-05-25
得票数 0
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2
回答
Snakemake
输入函数的拟零输出
、
、
、
、
你好
Snakemake
社区 ls updated/*.updated.vcf.gz > {output.
浏览 0
提问于2018-12-19
得票数 0
回答已采纳
1
回答
如何使用
Snakemake
中
的expand函数对
列表
进行排列或组合
、
、
在
Snakemake
中
可能是一个非常基本的问题,但到目前为止我还找不到答案。假设我有一个样本
列表
典型的expand命令如下所示:但我希望得到相同样本
列表
的组合文档
中
,他们说: “默认情况下,expand使用python itertools函数product,该函数生成所提供的通配符值的所有组合。
浏览 0
提问于2020-08-17
得票数 3
1
回答
为多个数据集运行
snakemake
管道
我有一个
snakemake
管道,它包含
调用
其他程序和自定义R和python脚本的规则。 我有多个数据集,需要在这些数据集上运行这个管道。数据集之间的变化主要有4个
参数
:输入文件位置、引物、质量控制
参数
和结果输出dir。是否有一种方法可以拥有一个“主”配置文件,其中包含关于这4个
参数
的信息,以及一个snakefile,后者
调用
第二个snakefile的次数与数据集的数量一样多?这个想法对我来说像是一个for循环,它通过这4个
参数
的数组循环,但是我不知道如
何在</e
浏览 3
提问于2021-01-05
得票数 1
1
回答
从命令行的嵌套config.yaml文件中指定配置
参数
、
basecall: configuration: "dna_r9.4.1_450bps_hac.cfg"但是,我似乎无法覆盖base
浏览 2
提问于2021-03-03
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如
何在
snakemake
管道
中
运行bash脚本
我想在
snakemake
管道
中
运行bash脚本。但我不知道如
何在
bash脚本
中
调用
snakemake
的输入和输出。/bin/bash awk -F"\t" 'BEGIN {print "CHR\tPOS\tID\tREF\tALT@output[0][E::main] unrecognized com
浏览 14
提问于2022-03-31
得票数 0
回答已采纳
1
回答
如
何在
Kubernetes或OpenShift集群上运行
Snakemake
工作流?
、
、
、
我们试图在前提基础设施上运行Kubernetes上的
Snakemake
工作流。我们在OpenShift文件系统上更精确地使用MapR OKD。我们遵循命令:但是,为--default-remote-provider和--default-remote-prefix提供的命令行帮助并不清楚我们应该如
何在
一个前提库库或OpenShift集群上执行S
浏览 7
提问于2019-11-01
得票数 2
2
回答
错误:“属性"m_numa_nodes”不是整数值。“
我正在尝试运行一个带集群提交的
snakemake
,用于RNAseq分析。因此,在终端的工作目录
中
,我执行以下操作:但是,作业没有提交,并且我得到了以下错误:UnableError submitting jobscript (exit code 1):我还尝试在运行snake文件时直接设置节点变量,如下所示:
snakemake
--cluster "qsub -V -在这一点上,我不确定是本
浏览 1
提问于2017-04-12
得票数 0
2
回答
Snakemake
:在执行shell命令之前避免删除输出文件
、
在执行shell命令之前,是否有可能避免删除
snakemake
规则
中
定义的输出文件?我在这里找到了对这种行为的描述: 我要做的是为输入
列表
和输出文件
列表
(N:M关系)定义一个规则。然后,在shell命令
中
调用
的python脚本只创建那些不存在的输出,或者与已经存在的文件相比内容已经更改的输出(即在python脚本
中
实现了更改检测)。
中
的输出文件,那么有没有人知道如
何在
不更新所有输出文件的情况下将此工作流映射到
snakemake
浏览 0
提问于2018-03-08
得票数 2
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1
回答
如何让
snakemake
重建丢失的输入?
有没有办法让
snakemake
在输入丢失的情况下表现得像make一样?
snakemake
当前的行为是bug还是一个特性?b rule b: output: touch("b") output: touch("a") 5.20.1
浏览 14
提问于2020-08-14
得票数 2
1
回答
Snakemake
:如何使用
列表
中
的一个整数作为脚本的输入?
、
、
我正在练习用
snakemake
编写工作流。@input[[1]],
snakemake
@output[[1]],
snakemake
@params[['col']])Waiting at most 5 seconds for missing files.Missing
浏览 10
提问于2020-10-28
得票数 1
回答已采纳
3
回答
作为
Snakemake
工作流
中
输入的值数组
、
、
、
、
我开始将我的工作流从Nextflow迁移到
Snakemake
,并且已经在管道开始时碰到了墙壁,这通常是从一个数字
列表
开始的(从我们的检测器表示一个“运行号”)。这意味着,例如,75 63433将通过接收detector_id=75和run_number=63433作为输入
参数
的规则生成输出RUN_00000075_00063433.h5。我不太明白如
何在
Snakemake
中
做这样的事情,因为似乎输入和输出总是需要文件(远程的或本地的)。事实上,有些文件确实可以通过iRODS和/
浏览 2
提问于2022-02-16
得票数 2
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