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对10X单细胞reads进行随机抽样

此功能使用样本中的信息通过指定的道具对每个分子的读数进行下采样。然后,它基于具有非零读取计数的分子构造一个UMI计数矩阵。...目的是消除技术噪声中的差异,这些差异可以按批次进行聚类,如downsampleMatrix中所述。 用downsampleReads对读数进行二次采样可以概括每个单元的测序深度差异的影响。...这提供了使用CellRanger aggr功能进行下采样或使用10X Genomics R套件进行下采样的替代方法。...请注意,这与使用downsampleMatrix直接对UMI计数矩阵进行二次采样有所不同。 如果bycol = FALSE,则对整个数据集中的所有读取执行不替换的降采样。...fastq文件进行随机抽样 #install conda install -c bioconda seqtk 双端测序数据的用法: seqtk sample -s100 read1.fq 10000 >

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如何对矩阵中的所有值进行比较?

如何对矩阵中的所有值进行比较? (一) 分析需求 需求相对比较明确,就是在矩阵中显示的值,需要进行整体比较,而不是单个字段值直接进行的比较。如图1所示,确认矩阵中最大值或者最小值。 ?...(二) 实现需求 要实现这一步需要分析在矩阵或者透视表的情况下,如何对整体数据进行比对,实际上也就是忽略矩阵的所有维度进行比对。上面这个矩阵的维度有品牌Brand以及洲Continent。...只需要在计算比较值的时候对维度进行忽略即可。如果所有字段在单一的表格中,那相对比较好办,只需要在计算金额的时候忽略表中的维度即可。 ? 如果维度在不同表中,那建议构建一个有维度组成的表并进行计算。...之后就比较简单了,直接忽略维度计算最大值和最小值再和当前值进行比较。通过这个值的大小设置条件格式,就能在矩阵中显示最大值和最小值的标记了。...当然这里还会有一个问题,和之前的文章中类似,如果同时具备这两个维度的外部筛选条件,那这样做的话也会出错,如图3所示,因为筛选后把最大值或者最小值给筛选掉了,因为我们要显示的是矩阵中的值进行比较,如果通过外部筛选后

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    matlab手写数字识别实验报告_如何用matlab将图像转为矩阵

    本文主要是根据《matlab手写神经网络实现识别手写数字》博客中的代码进行试验。由于没有数据集,所以采用了MNIST数据集进行代码的运行。数据集不同所以需要对代码进行微小改动。...这也就是所谓的onehot 由于数据集不同,图像的格式也不一样等因素,需要对代码稍微做修改,具体如下: 制作label时遇到的障碍,xlswrite()函数在写入矩阵时对矩阵大小有限制,一定要小心,...因为我的电脑安装的是2003,所以无法对4000列数据直接写入,只好行列互换后再存储,代码将生成两个xsl文件,分别是label.xsl和label2.xsl,分别是训练数据和测试数据的标签。...:图片路径 % x_train:训练样本像素矩阵(784,4000) % y_train:训练样本标签(10,4000) % x_test:测试样本像素矩阵(784,1000) % y_test:测试样本标签...1,每列代表一幅图 x_test = [x_test,x]; % 每循环一次加入一列数据 end end % 读取标签文件,注意:由于标签的存储问题,读入后需要进行转置

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    使用 Python 按行和按列对矩阵进行排序

    在本文中,我们将学习一个 python 程序来按行和按列对矩阵进行排序。 假设我们采用了一个输入的 MxM 矩阵。我们现在将使用嵌套的 for 循环对给定的输入矩阵进行逐行和按列排序。...创建一个函数 sortMatrixRowandColumn() 通过接受输入矩阵 m(行数)作为参数来对矩阵行和列进行排序。...调用上面定义的sortMatrixRowandColumn()函数,方法是将输入矩阵,m值传递给它,对矩阵行和列进行排序。...Python 对给定的矩阵进行行和列排序。...此外,我们还学习了如何转置给定的矩阵,以及如何使用嵌套的 for 循环(而不是使用内置的 sort() 方法)按行对矩阵进行排序。

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    如何对图片进行卷积计算

    1 问题 如何对图片进行卷积计算?...nn.Conv2d(in_channels=3,\ out_channels=16,kernel_size=3,\ stride=1,padding=1) (4) 建立全连接层然后对图片进行卷积计算...,然后对图片进行拉伸,再将拉伸后的图片交给全连接层,最后打印救过卷积计算的图片的尺寸 fc = nn.Linear(in_features=32*28*28,\ out_features=10)...= torch.flatten(x,1) # [128,32*28*28] out = fc(x) print(out.shape) 3 结语 这次实验我们更加深入的了解了torch的有趣之处,通过对图片进行卷积计算...,设置卷积计算的通道,设置卷积核尺寸大小,设置步长,设置补充,最后进行拉伸,得到最后的图片的尺寸,让我对卷积有了进一步的了解,对卷积的使用以及深度学习的魅力有了进一步的了解。

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    如何对代码进行调优?

    以后再需要该函数时,可以直接查表而不需要重新计算 1.3 高速缓存 最经常访问的数据,其访问开销应该使最小的 1.4 懒惰求值 除非需要,否则不对任何一项求值,这一策略可以避免对不必须的项求值 二,时间换空间法则...如果逻辑表达式的求值开销太大,就将其替换为开销较小的等价代数表达式 4.2 短路单调函数 如果我们想测试几个变量的单调非递减函数是否超过了某个特定的阈值,那么一旦达到这个阈值就不需要计算任何变量了 4.3 对测试条件重新排序...在组织逻辑测试的时候,应该将低开销的,经常成功的测试放在高开销的,很少成功的测试前面 4.4 预先计算逻辑函数 在比较小的有限阈上,可以用查表来取代逻辑函数 4.5 消除布尔变量 可以用if/else语句来取代对布尔变量...5.4.3 解决小的子问题时,使用辅助过程通常比把问题的规模变为0或1更有效 5.5 并行性 在底层硬件的条件下,构建的程序应该尽可能多的挖掘并行性 六,表达式法则 6.1 编译时初始化 在程序执行之前,应该对其尽可能多的变量初始化...6.2 利用等价的代数表达式 如果表达式的求值开销太大,就将其替换为开销较小的等价代数表达式 6.3 消除公共子表达式 如果两次对同一个表达式求值时,其所有变量都没有任何改动,我们可以用下面的方法避免第二次求值

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    python如何对类进行测试

    如果针对类的测试通过了,你就能确信对类所做的改进没有意外地破坏其原有的行为。1.各种断言的方法python在unittest.TestCase类中提供了很多断言方法。...如果该条件满足,你对程序行为的假设就得到了确认。你就可以确信其中没有错误。如果你认为应该满足的条件实际上并不满足,python经引发异常。下表描述了6个常用的断言方法。...Survey results:- English- Spanish- English- MandarinAnonymousSurvey类可用于进行简单的匿名调查。...进行上述修改存在风险,可能会影响AnonymousSurvey类的当前行为。例如,允许每位用户输入多个答案时,可能不小心出力单个答案的方式。...3.测试AnonymousSurvey类下面来编写一个测试,对AnonymousSurvey类的行为的一个方面进行验证:如果用户面对调查问题时只提供了一个答案,这个答案也能被存储后,使用方法assertIn

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    如何对集成树进行解释?

    2、资料说明 本篇文章将以新生儿的资料进行举例说明。目的是为了解特征与预测新生儿的体重(目标变数y)之间的关系。 资料下载||新生儿资料.csv列名说明 1\....训练好一个模型f(假设特征矩阵为X、目标变数为y、误差衡量指标L(y, f)) 通过损失函数计算出原始模型误差ɛᵒʳⁱᵍ= L( y, f(X))(例如:MSE) 将某一特征栏位(例如:妈妈年龄)的数据随机排列...部分相依图可以让资料科学家了解各个特征是如何影响预测的! 4.2 结果解释 ? 从这张图可以理解新生儿头围与新生儿体重有一定的正向关系存在,并且可以了解到新生儿头围是如何影响新生儿体重的预测。...优点: ** 1.容易计算生成 2.解决了PDP资料异质性对结果产生的影响 3.更直观**??...红色代表特征越重要,贡献量越大,蓝色代表特征不重要,贡献量低 7 参考资料 XAI| 如何对集成树进行解释? Python037-Partial Dependence Plots特征重要性.ipynb

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    如何在matlab矩阵中随机生成圆【含源代码】

    该问题所涉及的知点并不多也不难,主要就是如何生成圆以及矩阵赋值操作。因为矩阵是离散数据集,因此对矩阵的大小要有一定的限制,比如在一个2✖2或5✖5的矩阵中生成随机圆显然是没有意义的。...巴山将按以下步骤来解决该问题: 首先,初始化一定大小元素值全为false的逻辑矩阵JZ,并定义一个取值为0到2π的角theta,定义角是因为圆的参数方程要用到。...其次,随机生成圆心和半径,当然都得在矩阵大小范围内,特别提醒,这里的圆心只能取整数值,因为矩阵索引值不能为小数。...最后,根据半径和圆心生成圆的位置坐标并取整,剔除超过矩阵大小范围的位置,将矩阵中对应位置设置为true即可 以下是main函数及子函数randCircle: main函数: % 作者:巴山 % 欢迎关注...matlab爱好者公众号 clc;clear; M = 500; figure; JZ = randCircle(M); himg = imshow(JZ); % 更新圆 hold on; for

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