CWL(Common Workflow Language)是一种用于描述和执行科学工作流的开放标准。它允许用户以一种可移植和可重复使用的方式定义工作流,并在不同的计算环境中执行。
要将两个bash命令放入CWL文件,可以按照以下步骤进行操作:
.cwl
文件格式。run
字段来指定要执行的bash命令。可以使用shellCommand
关键字来定义bash命令,并将多个命令用分号分隔。以下是一个示例CWL文件的代码:
cwlVersion: v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: [bash, -c]
inputs:
- id: input1
type: File
inputBinding:
position: 1
- id: input2
type: File
inputBinding:
position: 2
outputs:
- id: output
type: File
outputBinding:
glob: output.txt
stdout: output.txt
stderr: error.txt
requirements:
ShellCommandRequirement: {}
steps:
- id: bash_commands
run:
shellCommand: |
echo "This is the first bash command"
echo "This is the second bash command"
echo "Input file 1: $input1"
echo "Input file 2: $input2"
echo "Output file: $output"
在这个示例中,我们定义了两个输入参数(input1
和input2
),一个输出参数(output
),并在bash_commands
步骤中执行了两个bash命令。这两个命令分别是输出两个字符串,并打印输入和输出文件的信息。
请注意,这只是一个简单的示例,实际的CWL文件可能会更复杂,具体的步骤和参数根据实际需求进行定义。
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