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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

然而，图形语法的翻译在ggplot2中没有对应关系（它的作用是由内置的R功能发挥的）。...4.3.2 使用gglot()创建绘图时的简单概念 Ggplot2的算法很简单：您提供数据，告诉ggplot2如何将变量映射到几何，使用什么图形，它负责细节。...在ggplot2中可用的不同坐标系中，笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。每个坐标系都有相关的功能。...但是，在某些情况下，例如出版物，我们可能希望将标题添加到绘图中，也可能希望更改X轴和Y轴标签。...刻面是在一个图中绘制多个图形。faceting的功能类似于lattice包中的panel。它经常出现在微生物组学研究的出版物上。在ggplot2中，刻面可以通过两种主要方式执行：网格刻面和包裹刻面。

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生信技能树七天学习小组 Day4笔记——R语言基础

mapping参数定义如何将数据集中的变量映射为图形属性，mapping参数总是与aes()函数成对出现注意：geom_point是函数，而mapping是它的参数1.2.1 ggplot2绘图模板ggplot...只能同时使用6种形状1.3.2 手动设置图形属性1.3.2.1让图中所有的点都变为蓝色ggplot(data = mpg)+ geom_point(mapping = aes(x=displ,y=hwy...见上图（2）在使用facet_grid(drv ~ cyl)生成的图中，空白单元的意义是什么？它们和以下代码生成的图有什么关系？...1.6.2 几何对象函数geom_point()geom_smooth()ggplot2中的每个几何对象函数都有一个mapping参数同一张图中可以放置多个几何对象ggplot(data = mpg)+...（5）在比例条形图中，我们需要设定group = 1，这是为什么呢？换句话说，以下两张图会有什么问题？任何图形都是数据集、几何对象、映射集合、统计变换、位置调整、坐标系和分面模式的一个组合！

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可视化绘制技巧｜对多图合理排版布局

但有的时候我们希望同时展示多幅图形，可能是因为这些图形有某种联系，需要共同展示才能够更好的表达数据中蕴含的信息。之前介绍的边际图形就是这样的一个例子。...本章节会介绍，当我们绘制了好了多幅图形之后，如何将多幅图形合并起来。 一、 合并多幅图形到一张图中 如果使用的是R的基础绘图形，则可以使用par和layout函数来将多幅图形放到一张图中。...require(ggplot2) ## Loading required package: ggplot2 # install.packages("gridExtra") # install.packages...代码 ’p1 + annotation_custom(grob = p2_grob, xmin = 0, xmax = 5,ymin = -2, ymax = 0)’ 表示将p2_grob这个图形元素添加到...图9 添加图形元素 从图可以看到，箱线图被添加到了图形的左下角的位置。使用这种方式可以以任意的方式合并图形。在这种情况下，需要注意的是，图形之间可能存在覆盖的显现，这种情形是需要避免的。

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Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

在本课中主要学习ggplot2绘图。 基础包绘图应用越来越少，因为ggplot2与基本R绘图函数相比功能更强大。ggplot2语法需要一些时间来适应，但一旦学会，会发现它非常强大、灵活。...ggscatter5 注意：可以使用example("geom_point")来探索可添加到绘图中的众多不同的映射和图层。滚动浏览不同的图，记住代码的修改方式。...将这些图层添加到当前图中，x轴标记为“年龄（天）”，y轴标记为“平均表达量”。 使用ggtitle图层为绘图添加标题。...注意：可以用代码将标题置于图中央位置`theme(plot.title=element_text(hjust=0.5))`。...自定义函数的语法结构是： name_of_function <- function(arguments) { statements or code that does something } 现在，设置包含以下内容的主题

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中了数据可视化的毒：BBC如何使用R语言绘制数据图表？

如何将图表标题对齐到左上角？就是这类问题。 通过与视觉与数据新闻团队的设计师紧密合作，我们逐一解决了这一问题，将解决方案放入了易于重复使用的函数中。...之前我们讨论了需要加入到该软件包中的功能。我们是否应该创建制作特定图表类型的函数？预选择条形图的颜色以匹配我们的设计调色板好不好？...在创建图表时，团队成员可以求助这个「食谱」，寻找答案和解决方案——比如如何绘制特定类型的图表（如 dumbbell chart）或如何在你的图中加入文本注释。...R 能够满足我们所有的制图需求吗？不是的。...在这六周之中，参与者会学习如何将数据载入 R、不同的数据类型、使用 tidyverse 软件包在 R 中进行一些非常基本的数据操作和分析、对 ggplot2 的介绍。

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如何在Python里用ggplot2绘图

为了严格实现图形语法，ggplot2提供了一种非常直观和一致的方式来绘制数据。ggplot2的绘图方法不仅确保每个绘图包含特定的基本元素，而且在很大程度上简化了代码的可读性。...facet指的是子图的规范，也就是说，在单独的图中，将数据中的多个变量相邻地绘制在一起。统计转换主要指在图表中包含汇总统计信息，例如中位数或百分位数。坐标描述了不同的坐标系。...defining what variable to use 10 + geom_bar(size=20) # defining the type of plot to use 11) 上述代码将产生以下输出...如果你想可视化三个变量之间的关系，您可以将美学添加到另一个二维图中： 1(ggplot(mpg) 2 + aes(x='displ', y='hwy', color='class') 3 + geom_point...Highway Miles per Gallon', x='Engine Displacement, in Litres', y='Highway Miles per Gallon') 5) 将颜色添加到美学中会提示

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R绘图|基因表达水平分布图绘制

在整理转录组下游的时候，看到中科新生命的报告中的基因表达水平分布部分有这么一个图 从图中可以非常直观的看出来不同样本在不同表达区间的分布情况。由于报告没有给出源代码，我们模仿的画一画。...\t", header = T) library(edgeR) express_cpm <- log2(cpm(rawcount)+1) 标准化后的基因表达矩阵 数据的分布情况 接下来我们需要将现有的表达情况按一定标准分类...(as.numeric(longdata$value), breaks = c(0,1,5,10,30,50,Inf),right = F,include.lowest = TRUE) # 将分组结果添加到...[3] # 载入R包 library(ggplot2) # 画图 ggplot(longdata, aes(x = X2, fill = group, y = value)) + geom_bar...: https://www.rdocumentation.org/packages/ggplot2/versions/3.3.5

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gggenes绘制多物种基因结构比较

1初识ggplot2绘制几何对象 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 ggplot2学习笔记之图形排列 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 一个震撼的交互型3D可视化...如果在负链，注意起始位置的写法跟bed文件不同了) end: 基因结束位置 (负链的基因起始位置绝对值大于结束位置) strand: 基因属于哪条链 (可选) 如果想显示基因的子区域，如外显子、或翻译为特定功能域的区域等...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...在下面的例子中，forward被用来反转所有反链上所有的基因方向，与xmin和xmax暗指的方向相反。...查看子基因（subgene）片段 我们可以使用geom_subgene_arrow()突出显示子基因片段，例如蛋白功能域或局部比对区域。

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R语言绘图之ggplot2

当我们看到很多优美的绘图时，你是否会有据为己有的冲动？我反正是有的。那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。...1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...ggplot的绘图有以下几个特点：第一，有明确的起始（以ggplot函数开始）与终止（一句语句一幅图）；其二，图层之间的叠加是靠“+”号实现的，越后面其图层越高。...3. ggplot2的函数介绍： ggplot2里的所有函数可以分为以下几类： 用于运算（我们在此不讲，如fortify_，mean_等） 初始化、展示绘图等命令（ggplot，plot，print等）...geom_crossbar crossbar图（类似于箱线图，但没有触须和极值点） geom_density 密度图 geom_density2d 二维密度图 geom_errorbar 误差线（通常添加到其他图形上

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ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

一 载入R函数包及数据集 library(ggplot2) data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row.names = 1) head(data) #查看数据类型...二 ggplot2绘制火山图 2.1 绘制简单的火山图--点图 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val))) + geom_point...和文献中的差距较大，以下几个方面可改进： A：上下调基因的区分； B：横轴，纵轴的阈值线； C：重点基因的标示。...4） 解决基因名重叠问题 基本和paper一致，但是因为差异表达基因太多，存在重叠情况，现使用R语言的ggrepel包解决标签太多导致的重叠问题。...5） 标示感兴趣的基因的表达情况 将我们感兴趣的基因添加到数据的LABEL列中，假设以下几个基因是我们重点关注的基因，单独查看以下基因的表达情况 ?

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R tips：debug并修复一个ggplot2绘图错误的例子

clusterProfiler的cnetplot函数绘制一个富集分析图，正常情况下，它应该是出图如下： bug重现 出现问题的R对象是一个clusterProfiler的富集分析对象，已经把它打包到百度网盘，如果需要也可以下载尝试...col_with_bug){ data[[i]][[j]] <- unclass(data[[i]][[j]]) # 使用unclass将AsIs还原 } } } 现在只有一个问题，就是如何将这个...fix bug代码添加到ggplot_build.ggplot函数中。...前文中，我们已经知道ggplot_build是一个S3泛型方法，而此处的x其实是ggplot2对象。...注意，只是导入ggplot2包是没有用的，因为不是所有的方法都是ggplot2包的导出方法，所以绝对引用也必须是三个“:”的绝对引用。

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咦！这样画基因结构图够好看！（结尾有送书福利）

初识ggplot2绘制几何对象 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 ggplot2学习笔记之图形排列 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 一个震撼的交互型3D可视化...如果在负链，注意起始位置的写法跟bed文件不同了) end: 基因结束位置 (负链的基因起始位置绝对值大于结束位置) strand: 基因属于哪条链 (可选) 如果想显示基因的子区域，如外显子、或翻译为特定功能域的区域等...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...在下面的例子中，forward被用来反转所有反链上所有的基因方向，与xmin和xmax暗指的方向相反。...查看子基因（subgene）片段 我们可以使用geom_subgene_arrow()突出显示子基因片段，例如蛋白功能域或局部比对区域。

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数据可视化

我们打开前6行可以看到以下部分： X head(X) 其中country就是统计的国家啦，year则是统计获得的年份，这份数据采集了1952年到2007年的数据，每五年进行一次统计，pop则是人口的数目...下面我们将就这些数据利用ggplot2做出进一步分析。 首先，我们做出基本的散点图。...不过2.0以后，ggplot2的编写者为了鼓励大家放弃qplot这种简单暴力的绘图函数，使用ggplot2提供的更多其他的绘图功能，所以不再在qplot里支持更改拟合模型的功能。...此外，如果我们还可以将箱线图中的数据散点化并绘制出如下的结果。...或许有的同学觉得上图还是比较凌乱，为了增强对比，我们可以选择将各个大洲的统计图单独绘制，就像这个样子： qplot(lifeExp,data=X,geom="histogram", facets=continent

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为什么 ggplot2 不支持两个 y 轴？

稍微对ggplot2有所了解的小伙伴都知道，ggplot2中是无法同一张图中画出两个y轴的，也即，下面这张图用“正常”的ggplot是画不出来的（大猫会在最后给出一个奇技淫巧的实现办法）： ?...是ggplot2的作者 Hadley 能力有限吗 ？当然不是，实际上，ggplot2的这个功能缺失是 Hadley 有意为之的。 W hy ?...给定在图中的一点，你无法把它映射回原有的数据空间中。 和其他选项相比，它们阅读起来更加困难。具体可以参考“ A Study on Dual-scale Data Charts”这篇文章。...我认为把许多独立的变量画在同一个图中是一种特别简洁的方法（a compact way）。这也是一项被许多人所要求，并且广为使用的功能。” “@hadley。...也就是说，我认为，能够同时画两个y轴是非常有用的功能。” ? 确实上面的这些批评意见很有道理——我可以不给客户看，但我自己在做数据分析的时候画给自己总行了吧？

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ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

ggforce是ggplot2的扩展包，“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。先将整体分为几个重要的“版图”，然后根据“线索”重点放大后在此区域进行精细“搜寻”，最终找到“ONEPIECE”！?...二 ggforce绘制轮廓 1 添加轮廓 geom_mark_...()系列函数能够非常简单的围绕数据组绘制轮廓,以下四个参数可以绘制不同的轮廓： geom_mark_circle() geom_mark_ellipse...3 更改主题设置 ggforce作为ggplot2的扩展包，也能直接使用ggplot2的主题设置 p + geom_mark_rect(aes(label = tzone), show.legend =...注：原图中Pacific/Honolulu不展示。...好了 ，现根据“组”添加轮廓，再重点“zoom”特定区域。 其实可以做很多事情，遇到需要区别，重点展示的案例不妨试一下！

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