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如何将基因探针ID与R中数据帧中的基因符号进行匹配
r、dataframe、bioinformatics、glmnet
我有一个包含基因和样本(癌症与正常)的数据框架，我已经做了套索和交叉验证来选择最佳的lambda，以及找到具有非零系数的基因(下面代码中的x是包含这些的数据框架)。我下一步要做的是向x添加另一列，其中包含与x中系数非零的基因对应的基因符号(来自原始数
浏览 27提问于2019-12-09得票数 1
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我怎样才能把阿弗莱米特里克斯探针转换成基因符号？
r、bioinformatics、genetic-algorithm、genetic-programming、sequencing
我已经进行了阿弗莱米特里克斯数据分析与橄榄和角膜缘。现在我需要对上调和下调的基因进行基因富集分析(在EnrichR上，通过搜索基因符号)。然而，当我注释我的数据(使用clariomshumantranscriptcluster.db库，因为我100%确信数据属于人类细胞)并为每个探针ID找到相应的基因符
浏览 7提问于2022-03-24得票数 0
我正在使用从Gene Expression Omnibus下载的ExpressionSet对象中的微阵列数据。此对象中的表达式数据行使用探针名称进行标记，但对于下游分析，我确实需要基因符号。值得庆幸的是，编译这个数据集的人在伴随这种对象的元数据中包含了相应的基因符号<
浏览 15提问于2019-08-08得票数 0
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Python :重叠序列位置
regex、python-2.7、dna-sequence
我使用这个表达式在较长的DNA序列中找到一个短序列：这些参数是：
错配:我允许来自基因组的探针</em
浏览 0提问于2014-03-01得票数 0
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我有一个包含基因表达数据的数据帧，如下所示：Probe10.9 0.8 1.1我想要对数据进行子集，以便只保留唯一的基因，并且在每种情
浏览 2提问于2015-08-03得票数 2
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根据一列中的唯一值比较多个数据帧，并在R中的多个数据帧中查找第二列中的重叠值
r、dataframe、compare、intersection、overlap
我有几个数据帧(最多12个)，其中有多个列，显示了基因随时间的变化(例如5个时间点)以及其他基因如何与这种变化相关(即，其他基因也以与数据中其他基因相关的方式下降或上升)。该分析一次提取每个基因，使用该基因作为参考，并针对每个单独的基因进行测试，以查看这些基因随时间的
浏览 16提问于2019-01-27得票数 0
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我从哪里下载基因表达数据？
download、bioinformatics、genome
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？任何帮助都是非
浏览 0提问于2012-03-23得票数 7
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从affyBatch对象中提取原始数据
r、extraction、bioconductor
我有一个包含基因表达数据的affyBatch对象。数据是使用dat <- ReadAffy()读取的，不带任何选项。然后提取我感兴趣的5600个基因，dat <- RemoveProbes(listOutProbeSets，cdfpackagename，probepackagename)
然后，我使用dat.rma<- rma(dat)对表达式数据进行标准化。现在，我希望将原始数据和经过rma标准化
浏览 4提问于2011-06-20得票数 1
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我已经读取了R中数据帧中的两个文件。"ShortListedGenes“包含841个基因，"EmpPval”包含6,000个基因。我想将"shortListedGenes“中存在的每个基因与"EmpPval”中存在的基因进行匹配，并提取"Emp
浏览 39提问于2019-01-03得票数 0
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创建一个新的数据帧，当某些行与另一个数据帧匹配时，该数据帧包含一个数据帧的两列
python、python-3.x、pandas、dataframe
我有两个大的数据帧。“gene”的结构是这样的(虽然超过三列)：COSM1000525 123 V617A Mutation ID COSM1003372
COSM10048
浏览 2提问于2018-01-26得票数 1
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从在另一列中共享值的一列中选择值
sql、sqlite
该数据库描述了物体(不同物种的基因)之间的对称和可转移关系。如果物种1的X基因与物种2的Y基因相关，而物种2的Y基因与物种3的Z基因相关，则物种1的X基因与物种3的Z基因相关。请注意，每个基因id只存在于一个物种中
浏览 2提问于2020-03-20得票数 1
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mclapply遇到错误取决于核心id？
r、parallel-processing、mclapply
我有一组基因，需要并行计算一些系数。系数是在GeneTo_GeneCoeffs_filtered中计算的，它以基因名称作为输入，并返回两个数据帧的列表。GeneTo_GeneCoeffs_filtered无法返回它们具有模式的数据帧列表的基因索引。在分配给mclapply的7个核的情况下，它是gene_array的4、11、18、25、.95个元
浏览 0提问于2018-10-10得票数 1
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我有一个GMT文件，其中我需要用基因符号替换ensembl I以运行基因集分析，我有一个数据框架列出了ensembl I及其匹配的基因符号。我可以为一列运行此代码，它可以工作：但是我不知道如何对我拥有的GMT文件的495列进行循环。GMT
浏览 0提问于2021-03-31得票数 0
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R中具有不同范围/尺度的连续异质变量的系统聚类
r、cluster-analysis、bioinformatics、correlation、hierarchical-clustering
我想使用R来使用描述相同样本的两组变量来执行分层聚类。一组是微阵列基因表达数据(针对特定基因)，这些数据已经标准化并进行了批量效应校正。另一组也有一些描述相同样本的定量临床参数。然而，这些临床变量还没有被归一化或进行任何类型的转换(即原始连续值)。
例如，其中一个变量的值范围从2到35，而另一个变量的值范围从0.1到0.9，依此类推。因此，我的最终目标是实现分层聚
浏览 13提问于2017-01-28得票数 2
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为R中的读取计数矩阵生成行名时出现问题
r、edge-list、rna-seq
https://combine-australia.github.io/RNAseq-R/06-rnaseq-day1.html 我已经能够使用我自己的数据来执行其中的大部分，但我现在正在尝试执行路径丰富分析然而，我遇到了问题，因为我不能标记我的初始重新计数矩阵的行，因为它考虑到了基因ID。 我尝试简单地使用Gene创建一个新列，但是这会将矩阵更改为数据帧，并阻止我使用DGEL
浏览 63提问于2020-01-03得票数 0
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在R中使用1000个基因组数据进行ldheatmap软件包
r、vector
因此，我从1000个基因组阶段3下载了SNP数据，使用在线工具"VCF到PED转换器“。我有.ped和.info文件。然后我使用了一个R包‘LDheatmap’(它可以计算r^2中的LD，并可以在热图中可视化LD )。但是来自1000个基因组的文件(.ped，.info文件)并不是LDheatmap的兼容输入文件。LDheatmap的示例数据集"CEUData“包含一个数
浏览 1提问于2015-11-25得票数 2
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绘制斜率和截距的回归图(格子或ggplot2)
r、plot、ggplot2、lattice
我有一个微阵列数据集，我对其进行了limma lmFit()测试。如果你以前没听说过，这是一个强大的线性模型包，用来测试>20k基因的差异基因表达。你可以提取斜率，从模型中截取每一个基因。*
我的表(称为"slopeInt")的截距为第1列，斜率为第2列，并有与基因名称相对应的行名。他们的名字是这样的：
浏览 7提问于2015-02-25得票数 2
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按名称匹配行
python、r、data-science、bioinformatics
我有2个数据集(基因名称的列表/列)，例如：SUMO2COPB2CAPNS1df2
SUMO2CAPNS1我想创建一个新的数据集，它有2列，基因名称匹配。第一列包含所有df1基因，第二列包含所有匹配的df2基因。NA的第二列没有匹配</
浏览 1提问于2019-12-24得票数 0
因此，我有一些基因表达计数数据，列中包含所有样本，每一行包含一个ENSEMBL ID列表显示的~60000个基因。我将数据转换为TPM，并使用以下代码将所有非零值更改为"1“：因此，我的问题是，如何将这些行号
浏览 0提问于2021-05-25得票数 1
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R中重复的行名出错，但是任何重复的( rownames ())都不返回任何内容吗？
r、duplicates、rowname
我正在运行pSI包中的candidate.overlap函数，并收到有关行名的错误消息：[1] 0> str(psI_output)
浏览 0提问于2016-03-14得票数 0
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