如何将基因探针ID与R中数据帧中的基因符号进行匹配
基因探针ID与R中数据帧中的基因符号进行匹配的方法可以通过使用基因注释数据库和R语言中的相关函数来实现。
- 首先，需要使用基因注释数据库来获取基因探针ID与基因符号之间的对应关系。常用的基因注释数据库包括NCBI Gene、Ensembl、UCSC等。这些数据库提供了基因的详细信息，包括基因探针ID和基因符号的对应关系。
- 在R中，可以使用相关的包和函数来进行基因探针ID与基因符号的匹配。常用的包包括
biomaRt、AnnotationDbi等。- 使用
biomaRt包可以连接到Ensembl数据库，并通过基因探针ID查询对应的基因符号。具体步骤如下：- 安装
biomaRt包：install.packages("biomaRt") - 加载
biomaRt包：library(biomaRt) - 连接到Ensembl数据库：
ensembl = useMart("ensembl") - 获取基因注释信息：
annotation = getBM(attributes = c("probe_id", "external_gene_name"), filters = "probe_id", values = probe_ids, mart = ensembl) - 这样就可以得到基因探针ID与基因符号的对应关系。
- 安装
- 使用
AnnotationDbi包可以连接到其他基因注释数据库，并进行基因探针ID与基因符号的匹配。具体步骤如下：- 安装
AnnotationDbi包：install.packages("AnnotationDbi") - 加载
AnnotationDbi包：library(AnnotationDbi) - 连接到相应的基因注释数据库：
db = AnnotationDbi::AnnotationDbi(dbname = "your_database_name") - 查询基因探针ID对应的基因符号：
gene_symbols = select(db, keys = probe_ids, keytype = "PROBEID", columns = "SYMBOL") - 这样就可以得到基因探针ID与基因符号的对应关系。
- 安装
- 使用
- 匹配完成后，可以将基因探针ID与基因符号的对应关系添加到R中的数据帧中。具体操作可以使用R中的相关函数，如
merge()、match()等。- 使用
merge()函数可以将基因探针ID与基因符号的对应关系添加到数据帧中。具体步骤如下：- 假设数据帧为
df，基因探针ID与基因符号的对应关系为annotation，基因探针ID列名为probe_id，基因符号列名为gene_symbol。 - 执行合并操作：
merged_df = merge(df, annotation, by.x = "probe_id", by.y = "probe_id", all.x = TRUE) - 这样就将基因探针ID与基因符号的对应关系添加到了数据帧中。
- 假设数据帧为
- 使用
match()函数可以根据基因探针ID在基因符号列表中查找对应的基因符号。具体步骤如下：- 假设数据帧为
df，基因探针ID与基因符号的对应关系为annotation，基因探针ID列名为probe_id，基因符号列名为gene_symbol。 - 执行匹配操作：
df$gene_symbol = annotation$gene_symbol[match(df$probe_id, annotation$probe_id)] - 这样就将基因探针ID与基因符号的对应关系添加到了数据帧中。
- 假设数据帧为
- 使用
以上是将基因探针ID与R中数据帧中的基因符号进行匹配的一般步骤和方法。具体的实现方式可能会根据数据的格式和具体需求而有所不同。在实际操作中，可以根据具体情况选择适合的方法和工具来完成匹配任务。
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1回答
从Ensembl基因ID转换为不同的标识符
r、biomart
我从Canis (狗)继承了一个RNAseq输出数据集。我有Ensembl格式的基因标识符，具体来说，它们是这样的，ENSCAFT00000001452.3。我试图使用bioMaRt将它们转换为更常见的ID，并需要帮助。我对R很陌生，认为自己很无知。有什么可以开始的吗。
这些Ensembl ID可以转换为任何其他Ensembl ID(例如。不同的物种)？这些Ensembl ID能转换成RefSeq，GI评估#吗？多么
从这一点开始：
library('biomaRt')
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",
浏览 1提问于2018-08-29得票数 1
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不能将狗的群号转换成基因名
r、bioinformatics、biomart
我通常使用biomaRt将基因ids转换为符号。然而，这一次我拥有的集合I(对于狗)与生物艺术数据集"clfamiliaris_gene_ensembl“的集合I不匹配。
我还尝试使用ensembl门户，狗数据集在那里被称为ROS_Cfam_1.0。看来我的基因和他们数据集上的基因不匹配。我的基因是这样的：
"ENSCAFG00000045440“"ENSCAFG00000000001”"ENSCAFG00000000002“"ENSCAFG00000041462”"ENSCAFG00000000005“
以下是我的biomaRt代码：
ense
浏览 6提问于2021-12-22得票数 1
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如何将Ensembl ID转换为R中的基因符号？
r、dataframe、bioinformatics、bioconductor
我在一列中有一个包含Ensembl ID的data.frame；我想为该列的值找到相应的基因符号，并将它们添加到我的数据框中的新列中。我使用了bioMaRt，但它找不到任何Ensembl It！
以下是我的示例数据(df[1:2,])：
row.names organism gene
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378
我想要这样的东西
row.names organism gene id
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 CDKN3
浏览 1提问于2015-02-16得票数 21
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在查找biomaRt hgu133a探测集ids的entrez ids时，我遇到了一个关于affymetrix包的问题。例如，biomaRt找不到"206323_x_at“。
当我在affy_hg_u133a列表中列出所有探测器in时，只有19872个探测器in，而HGU133a上有22245个探测器(或带有控制探测器的22313个)。是脚本有问题还是数据库不完整？
谢谢!
library(biomaRt)
mart<-useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
affyids=&
浏览 1提问于2012-07-12得票数 3
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3回答
使用biomaRt查找转录起始站点
r、bioconductor
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浏览 1提问于2012-10-22得票数 3
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1回答
是否可以使用R (biomaRt)注释从Ensembl到符号的所有myID？
r、package、annotations、install.packages、biomart
我有一个带有基因集合的人类数据集，我想将I注释为符号，而不是这些数据集中的ensembl --我有整整20176个基因，我使用了两种方法，但在这两种方法中，我都得到了一些基因中的NAs。
First方法：
图书馆(BiomaRt)
library(org.Hs.eg.db)
keytypes(org.Hs.eg.db)
Data <- read.csv("Data.csv", header = T, row.names = 1)
Data$SYMBOL <- mapIds (org.Hs.eg.db, keys = row.names(Data), keytyp
浏览 8提问于2022-04-07得票数 0
1回答
捕获组可以嵌套在非捕获组中吗？
regex、r
我试图在R中使用类PERL正则表达式分割一个FASTA头。
输入字符串的一些示例：
>P04259 SWISS-PROT:P04259 Tax_Id=9606 Gene_Symbol=KRT6B Keratin, type II cytoskeletal 6B
>ENSEMBL:ENSBTAP00000024146 (Bos taurus) similar to alpha-2-macroglobulin isoform 1
>ENSEMBL:ENSBTAP00000024462 (Bos taurus) 47 kDa protein;>ENSEMBL:ENSBTAP0
浏览 1提问于2016-03-02得票数 3
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我想转换一组基因，我可以用生物技术来转换它们。
musGenes <- c("Hmmr", "Tlx3","STSRAAA1", "Cpeb4")
convertMouseGeneList <- function(x){
require("biomaRt")
human = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
mouse = useMart("ensembl", dataset = &
浏览 1提问于2018-02-21得票数 0
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1回答
根据基因id获取SNPs列表的最佳方法？
r、bioinformatics、bioconductor、biomart
我有一个长的数据框架的基因和各种形式的ids为他们(如OMIM，Ensembl，Genatlas)。我想得到与每个基因相关的所有SNP的列表。(这与相反。)
到目前为止，我找到的最好的解决方案是使用。有一个例子说明了我需要进行的查找。符合我的目的，这是我的代码：
library(biomaRt)
#load the human variation data
variation = useEnsembl(biomart="snp", dataset="hsapiens_snp")
#look up a single gene and get SNP data
浏览 3提问于2017-01-05得票数 5
2回答
如何在分离包含键值对的值的基础上有效地派生新变量？
r、performance、tidyr
问题
如何根据包含键值对(例如ensembl_end_phase=-1)的数据帧的值有效地派生新变量？
变量的名称应该是键，内容应该是值。我寻找类似于tidyr::separate的东西，其中into: Names of new variables to create as character vector向量是根据观察到的键动态创建的。
应用:从基因注释文件中获取Tidy数据帧
我希望有一个整洁的R数据框架，用于的遗传分析。
下面是这样一个文件的示例(制表符分隔符)：
seqname source feature start end score strand frame at
浏览 1提问于2016-10-05得票数 2
2回答
R统计包:包装GOFrame对象
r、statistics、bioinformatics、bioconductor
我正在尝试生成GOFrame对象，以便在R中为不受支持的生物生成基因本体映射(请参阅)。
然而，照字面意思去做并不能帮到我。下面是我执行的代码( 64位ubuntu koala上的R 2.9.2 )
library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organi
浏览 0提问于2009-11-12得票数 1
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1回答
在具有条件的R中使用for循环
r、for-loop、bioinformatics
我正在尝试编写一个rscript，它将使用生物导体包中的biomaRt找到芯片-seq峰值的注释。我正在从这里修改注释代码，我需要在绑定峰值2.5到5kb的范围内找到TSS站点。不像在例子网站，我必须在整个基因组做它。
我知道代码适用于注释--目前，代码块被复制了22次，而不是循环。
如果染色体上没有正在重复的峰，我也需要找出以避免脚本退出的方法。
#!/usr/bin/Rscript --vanilla --slave
# Change to data directory
setwd("/data/met/bowtie_out/tAfiles/MLE15/2/");
#
浏览 2提问于2013-06-10得票数 0
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6回答
数十亿行mysql表/ cassandra模型-(以及一些生物学：)
mysql、nosql、cassandra
我在一个生物学实验室工作，我必须设计一个数据库来存储许多DNA微阵列实验结果。
每个实验由多个微阵列组成(平均10个)，每个微阵列包含500多万个探针。每个探针被映射到一个特定的基因id，当然，在所有的实验中，相同的探针匹配相同的gene_id。其目的是存储每个微阵列的强度值，以便能够在特定实验中快速检索特定基因id的探针的强度值。
实际上，一个简单的mysql表就足够了，看起来如下所示：
强度表：|probe_id|experiment_id|microarray_id|gene_id|intensity_value
具有由(probe_id、experiment_id、microarray
浏览 12提问于2012-04-05得票数 5
2回答
如何删除“”从数据框中的列内容？
r、dataframe
我有一个包含许多ensembl基因注释的数据帧，DF看起来像这样：
geneID
1 ENSG00000000005.5
2 ENSG00000001561.6
3 ENSG00000002726.18
4 ENSG00000005302.16
5 ENSG00000005379.14
6 ENSG00000006116.3
因此，我想删除这一点。以及每个ID末尾的数字。总共有11224行。我尝试使用gsub命令gsub(".","",colnames(dataframe))，但这没有任何帮助。
有什么建议吗？提前谢谢你。
浏览 1提问于2017-07-31得票数 2
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4回答
64 x R在具有200 in的linux集群中: plyr包不足以连接表
r、memory、bigdata、plyr、jointable
我遇到了一个问题，试图使用data.frames R中的plyr包加入多个。
也许这不是连接表的最佳工具/语言，用于大型数据集？如果有人能提出替代方案，我们会非常感激的(例如，替代R包、unix，或者可能是MapReduce/Hadoop或python注意:我没有python或mapreduce/hadoop的经验。
我正在linux集群上运行一个64倍的R位版本，该集群有多达200 to的可用内存。
我有22个样例/data.framework，每个样本都有2列("ensembl_gene_id"和"FPKM"值)，其中大约有60,000行我需要合并在一起。因
浏览 8提问于2017-10-02得票数 1
1回答
代码都是复制于官网https://cloud.tencent.com/document/product/382/11672，
稍做修改发现不能正常发送短信，返回：
{'result': 1014,
'errmsg': '模版未审批或内容不匹配，错误详解见:https://cloud.tencent.com/document/product/382/9558#.E8.BF.94.E5.9B.9E1014.E9.94.99.E8.AF.AF.E5.A6.82.E4.BD.95.E5.A4.84.E7.90.86.EF.BC.9F', 'ex
浏览 972提问于2019-07-18
请描述您的问题
标题：数据迁移问题 - 数据库MySQL - 产品文档 - 帮助与文档 - 腾讯云
地址：https://cloud.tencent.com/document/product/236/11275#1.E3.80.81.E5.A6.82.E4.BD.95.E6.8A.8A.E6.9C.AC.E5.9C.B0.E7.9A.84-sql-.E6.96.87.E4.BB.B6.E5.AF.BC.E5.85.A5.E5.88.B0-mysql-.E6.95.B0.E6.8D.AE.E5.BA.93.E4.B8.AD.EF.BC.9F
浏览 559提问于2018-02-26
4回答
一种检测外显子/内含子/非编码区基因组位置的方法？
r、annotations、bioinformatics、bioconductor、genetics
我想测试一下这种形式的一组基因组位置：
chr4:154723876-154724615
chr6:139580853-139581090
chr18:30440532-30441569
我想知道它们是否位于UTR、内含子、外显子或基因间序列中。我不关心哪些基因的内含子(等)这些坐标是。
我假设每个已知的遗传元素(如外显子)都定义了基因组位置(每个染色体上基因组中的起始-结束位置)。我知道这对于外显子和内含子是正确的，例如Ensemb1对基因组中的每个外显子都有in :参见的示例。我想用上面的位置列表查询这些位置的数据库，如果两者之间有重叠(理想情况下，我应该能够指定重叠，比如说，至少10bp
浏览 8提问于2013-11-20得票数 5
1回答
从数据帧中提取两列并将它们与第二数据帧合并
r、database
我在处理数据帧时遇到了一些困难。
我有一个数据框架(df1，参见图1)，我需要从最后一列(注释)中提取I，下面一行可以这样做：
genes <- sapply(df1$Comment, function(x){
paste(substring(x, as.numeric(gregexpr("SL1344_RS", x)[[1]]),
as.numeric(gregexpr("SL1344_RS", x)[[1]]) + 13), collapse=";")
})
现在，我需要将这个ID与它们对应
浏览 1提问于2020-05-17得票数 0
回答已采纳
2回答
在新的多索引级别下连接Pandas列
python、pandas、multi-index
给定数据框字典，如下所示：
dict = {'ABC': df1, 'XYZ' : df2} # of any length...
其中每个数据帧具有相同的列和相似的索引，例如：
data Open High Low Close Volume
Date
2002-01-17 0.18077 0.18800 0.16993 0.18439 1720833
2002-01-18 0.18439 0.2
浏览 4提问于2014-05-12得票数 66
回答已采纳
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