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    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....文件格式 3.1 hapmap格式:genotype.hmp.txt 行头: rs# alleles chrom pos strand assembly# center...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped

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    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    大家好,我是邓飞,今天介绍一下hapmap格式的数据,如何变为plink格式的数据。 1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。...但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。...文件格式 3.1 hapmap格式:genotype.hmp.txt 行头: rs# alleles chrom pos strand assembly# center...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped bed格式的文件, 主要包括SNP的信息, 包括个体ID, 系谱信息, 表型和SNP的分型信息

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    高清视频编码格式_如何将高清视频转化为蓝光

    H.264格式的最大特点是在保证画面质量的情况下,它可以把文件大小控制在MPEG2格式的二分之一甚至三分之一。...微软公司在2003年9月提出了VC-1编码格式(开发代号Corona),目前已经得到了MovieBeam、Modeo等不少公司的采纳,同时也包含在HDDVD和蓝光中,包括华纳和环球等影业公司也有采用这种格式的意向...VC-1基于微软windows Media Video9 ( WMV9)格式,而WMV9格式现在已经成为VC-1标准的实际执行部分。...VC-1是最后被认可的高清编码格式,因为有微软的后台,所以这种编码格式不能小窥,相对于MPEG2,VC-1的压缩比更高,但相对于H.264而言,编码解码的计算则要稍小一些。  ...JPEG2000 是一种图像编码格式, 而并不是视频编码格式,设计之初是用于取代JPEG , 而视频序列的每一帧画面也相当于是一幅图像,与其前辈JPEG相比,JPEG2000放弃了以离散余弦变换DCT为主的区块编码方式

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    plsqldev 日期格式

    plsql中执行以下语句,查看日期格式 SELECT VALUE FROM NLS_SESSION_PARAMETERS WHERE PARAMETER = ‘NLS_TIMESTAMP_FORMAT’...=”YYYY-MM-DD HH24:MI:SS:FF6” 在注册表中设置Oracle环境变量的地方(也就是设置ORACLE_HOME的地方)设置NLS_TIMESTAMP_FORMAT的格式...(也就是创建这样一个字符串项,然后设置它的值为你、转换需要的掩码,我一般设置为YYYY-MM-DD HH24:MI:SS:FF6),然后关掉PL/SQL DEVELOPER,重新登录,如果没有效果,重启电脑...帖子三: 修改ORACLE-NLS_DATE_FORMAT时间格式的四种方式 1.可以在用户环境变量中指定(LINUX)。...glogin.sql文件增加一句: alter session set nls_date_format = 'yyyy-mm-dd hh24:mi:ss' ; 3.直接修改当前会话的日期格式

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    python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

    MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。

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