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如何将Phylo树保存到文件中？
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我正在努力将Phylo树保存到文件中。它显示在Jupyter Notebook中，但文件是空的。fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)Phylo.draw
浏览 22提问于2019-11-19得票数 1
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我试图在phyloxml文件中编辑提示标签，这样它们只包含4位数字。例如，我目前在phyloxml文件中的名字是左边的I。ACOMAGAP002137-PA AGAP到目前为止，我拥有的代码可以使用替换方法提取出我想要的字符： print clade.name.replace(clade.name, clade.name[0:
浏览 4提问于2016-04-14得票数 0
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我有不同的语言组在每个股票级别，并想使不同的树基于这些最高级别的组。= c("I", "J", NA, "M", "N"), "name" = c("Andrea", "Kevin", "Charlie", "Naomi", "Sam")) 我正在尝试获得newick树格式的输出函数write.tree是否能够分析这样的数据并从中生成树(假设我
浏览 26提问于2020-07-28得票数 1
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我有几个系统发育树从Newick格式导入到R中。我使用ape包用plot.phylo命令绘制树。我希望能够将提示标签的字体系列(不仅是大小(我可以使用cex，或者用col)更改为单空间。我试着把它包含在par中，但也没有成功。编辑:字体系列规范在将图形保存到png时似乎有效，但devSVG则不行。如何将更新的字体保存到SVG
浏览 2提问于2012-03-01得票数 2
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我正在使用Biopython库的AlignIO和Phylo函数来比对多个序列并创建系统树。文档在这方面非常清楚，我在获得我的结果时没有任何问题。然而，我不想只在程序运行时显示结果，还想将它们保存到一个文件中(最好是不同的文件)。我找不到任何关于将这些结果写入文件的帮助。----------...--- M2.HpyFXIII.dna系统发育<e
浏览 2提问于2014-10-13得票数 0
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我对肠杆菌基因组中的4个管家基因感兴趣。我用最大似然法用MEGA7软件制作了系统发育树。我把树作为newick文件输出。就我个人而言，我尝试使用来自Bio.Phylo () ()的协商一致树。')
tree2=Phylo.read(fichier2, &#x
浏览 0提问于2017-04-03得票数 1
我正在尝试使用Biopython Phylo构建一个二叉树，但是我不能向当前节点添加新的子节点，并且我没有XML文件或任何类型的类似数据可供读取。我只想写代码，这样它就可以构建和绘制具有不同边大小的树。下面是我的代码： from Bio.Phylo.BaseTree import Tree, Clade
lengths = [10, 12, 32, 44]branch_length=lengths[0], clades = [Clade(br
浏览 45提问于2020-07-02得票数 1
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好吧，所以，我有一个系统发育树，我不得不修剪。我使用drop.tip命令删除提示，并通过创建新名称的数据帧并将其导入树的提示标签来更改提示标签。问题是当我试图使用命令write.beast导出它时，但是我得到了以下错误消息：我需要得到一个新的文件，其中包含新的树，有较少的分支和新的标签，但我不确定有什么问题。
浏览 8提问于2022-10-26得票数 1
功能和系统进化生态学在R，与完全相同的代码和数据文件，但有一点，有一个错误，我无法解决。树数据(my.phylo，name(my.sample[1，my.sample1，>0])
名字不是我的论点吗？
浏览 1提问于2018-07-18得票数 0
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如何将树(这是我的Java程序的输出)转换为R中的树状图？library("ape")最后，我在R中使用as.hclust将树转换为树状图虽然我插入了树枝的长度，但是我收到了一个错误:树不是超度量的：
As.hclust.<
浏览 6提问于2011-09-16得票数 5
我能够用hclust类绘制一个树状图，但是当我试图在ape包中将它转换为as.phylo时，它给出了图中的错误你知道是什么导致了这个问题吗？(diff(ll)))class(myhclust)="hclust"
plot(as.phylo
浏览 3提问于2015-02-05得票数 0
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我使用ape包的ape函数和read.tree函数在R中导入了一个read.tree树。我用计时函数估计分子的年龄，形成超度量的二叉树。我想在树状图对象中创建一个R构建。这棵树画得很好，是一个真实的物理物体。(test.tree.nu)> tree.phylo <- as.hclust.phylo(test.tree.
浏览 7提问于2010-12-13得票数 4
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我想从输入的单倍型数据中生成无根邻居加入树，然后根据变量对树的分支进行着色。我正在使用软件包Ape和ggtree。单变量和协变量(元数据)位于两个具有匹配样本名称的单独文件中。我已经能够通过变量生成树和给树的顶端着色，但不能通过树枝。via neighbour joining method我可以在Ape中绘制这棵树：plo
浏览 9提问于2020-02-19得票数 2
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在R中，我有一个名为Newick1、Newick2、Newick3等的100个phlyo对象的列表。我想在树之间进行成对比较(例如all.equal.phylo(Newick1, Newick2))，但由于每个文件都有不同的名称，我很难弄清楚如何有效地执行此操作。我认为下面的for循环会起作用，但是如何为循环的每次迭代指定不同的文件呢？由于显而易见的原因，我在下面的代码中输入的i和j不起作用，但我不知道用什么来替换它们。 for (j
浏览 2提问于2016-03-02得票数 1
我在用引导值导出BioPython树对象(从Bio.Phylo)时遇到了问题。树是直接在我的BioPython脚本中根据距离矩阵创建的。这些树基本上看起来不错，但是当我使用Bio.Phylo.write()函数将它们导出到一个文件(Newick、NEXUS或phyloXML格式)时，引导支持值似乎是以错误的格式导出的。树拓扑可以很好地显示，例如使用ITOL或Dendroscope，但是引导值不能显示。
树对象以及由此产生的newick
浏览 2提问于2015-03-18得票数 1
尝试使用biopython创建一个基本的类群树，特别是在文档页面之后。每次我使用fastfa文件时，我似乎都会得到一个错误。from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator File "/Library/Frameworks/Python.framework
浏览 1提问于2019-11-30得票数 0
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我正在尝试使用BioPython来运行PAML并运行这些代码：cml = codeml.Codeml(alignment = "lysin.phyFile "/home/bioinfo/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/biopython-1.66-py3.5-linux-x86_64.egg/Bio/PhyloFile "&#x
浏览 0提问于2015-12-24得票数 3
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系统发生树着色
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我已经根据我的酶序列建立了一棵系统发育树。我有一个简单的格式，只有分数显示，没有着色。现在我得到的序列是限制性内切酶，每个酶都有一个motif。我想给具有类似motifs的酶分支涂上颜色。我想知道一个很好的工具，它可以采用newick alignment 格式的树，也可以获取alignment信息。并允许我根据类似的主题传递颜色。我使用了来自Phylo库的BioPython类来开发树。我使用以下命令生成具有分数的树：
Phylo.draw(tree,branch_labels=lambd
浏览 3提问于2014-10-15得票数 2
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我想从基因数据中生成系统发育树。我在R和python中找到了一些看起来很棒的树绘制包，例如R中的ggtree，但这些包需要已经是树格式的数据输入，例如Newick。我认为大多数人从vcf文件开始并产生FASTA文件，但我的起点是基因型表-我处理的是单倍体有机体，所以每个位置要么是0 (ref)，要么是1(非ref)。由此，我使用R中的dist()计算成对遗传距离。Euclidean)
pdist = dist(df_t, method = "euclidean
浏览 9提问于2018-10-08得票数 1
最终目标是获得一个非常简单的进度条，让我知道我的脚本仍然在工作：
1)使用生物巨蟒的Phylo中的"support_tree = get_support(target_tree，list_of_trees)“向系统发育树添加引导支持值。2)启动一个新的进度条，当它遍历树上的节点时，检查低支持度的节点(已知节点的#，已知for循环的步骤)，当它通过树的节点循环时增加。我很确定这只是我缺乏经验，但我找不到一个教程，介绍如何将任何类型的进度条连接到循环函数中等等，或者它不仅适用于python2.x，任
浏览 2提问于2015-03-20得票数 1
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