首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

RDKit 官网:http://www.rdkit.org/ RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用,用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型...RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),Corina mol2和蛋白质数据库(PDB...ChemmineR的当前版本还集成了Open Babel C ++库实现的化学信息功能的一个子集。这些实用程序可以通过安装ChemmineOB软件包和Open Babel软件来启用。...最近的增加还包括快速和高效的指纹搜索,支持使用原子对或PubChem指纹,并通过新的SMIset对象类和SMILES导入/导出功能改进SMILES支持。...Chemkit提供的主要功能包括I/O化学文件格式(pdb、cml、cjson、cube、fhz、fps、inchi、mol、mol2、sdf、smi等),访问Web资源,计算各种分子描述符,自动原子分型和拓扑构建以及基于

2K31

RDKit | 化学信息学与AI(专辑)

RDKit提供各种功能,如不同的化学I/O格式,包括SMILES/SMARTS,结构数据格式(SDF),Thor数据树(TDT),Sybyl线符号(SLN),mol2和蛋白质结构文件(PDB);子结构搜索...的分子读写及入门 RDKit:基于分子文件输出分子结构 https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/82318084 RDKit | 分子处理入门...https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/100808051 RDKit | 可视化分子来自于xyz文件 https://blog.csdn.net...https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/103679476 RDKit | 基于RDKit处理化学信息学的反应方程式 https://blog.csdn.net.../102593918 RDKit | RDKit 的RECAP进行分子裂解 https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/102524938 基于RDKit

1.8K61

RDKit | 基于Ward方法对化合物进行分层聚类

导入库 from rdkit import rdBase, Chem, DataStructsfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem.Draw import...AgglomerativeClustering%matplotlib inlineprint(rdBase.rdkitVersion) 载入数据 suppl = Chem.SDMolSupplier('Screening_Collection.sdf...在scikit-learn,当达到指定数量的集群时,模型构建将终止。...主成分分析的累积贡献 通过将数据从多维数据转换为具有大量信息的轴来实现主成分分析。在尺寸减小的过程,从具有大量信息的轴中进行选择。在此过程,最初沿轴的信息量最少的信息会丢失。...scikit学习PCA对象将贡献比率存储在explained_variance_ratio_。在下面的代码,“ 累积贡献 ”是针对前20个组件进行计算和绘制的。

1.6K60

Python 对列表的字符串首字母大写处理

问题描述 有一列表 ['sDe', 'abc', 'SDF'] 问如何将该列表的字符串全部做首字母大写处理并输出?...示例 输入: ['sDe', 'abc', 'SDF'] 输出: ['Sde', 'Abc', 'Sdf'] 解法一 使用 map 函数,高阶函数。 并使用 Lambda 函数作为高阶函数的参数。...lt = ['sDe', 'abc', 'SDF'] mp = list(map(lambda x: x[0].upper() + x[1:].lower(), lt)) # map函数 print(...翻译一下就是说创建一个迭代器,该迭代器使用每个可迭代对象的参数来计算函数。当最短的迭代次数用尽时停止。 在本例中就是说使用迭代访问 lt ,将每个迭代对象作为前面函数的调用参数返回。...解法二 使用列表推导式 + capitalize 方法: lt = ['sDe', 'abc', 'SDF'] result = [i.capitalize() for i in lt] # 列表推导式

3.7K10

15-会话技术与Cookie

会话技术 会话 一次会话包含多次请求和相应,浏览器第一次给服务器资源发送请求,会话建立,直到有一方断开为止,会话结束 功能 再一次会话范围内的多次请求间共享数据 方式 客户端会话技术:Cookie...服务器端会话技术:Session Cookie 概念: 客户端会话技术,将数据保存到客户端 主要步骤: 创建Cookie对象,绑定数据 new Cookie(String name,String value...) 发送Cookie对象 response.addCookie(Cookie cookie) 获取Cookie对象,拿到数据(getCookies方法获取全部Cookie并返回数组) request.getCookies...,保证在一段时间内,无论浏览器是否关闭,cookie都有效(保存在本地文件) Cookie.setMaxAge(int seconds) 传入正数表示保存到秒数 传入0表示删除本地对应cookie信息...=new SimpleDateFormat("HH:mm:ss"); String t2=sdf.format(date);

39410

什么年代了,你还不知道 Servlet3.0 文件上传方式?

1.两种文件解析方案 对于上传文件的请求,SpringMVC 目前共有两种不同的解析方案: StandardServletMultipartResolver CommonsMultipartResolver...第三个接口我们就利用了 Servlet3.0 的 API,调用 getPart 获取文件,然后再调用对象的 write 方法将文件写出去即可。...文件上传这块松哥之前在视频也和大家分享过,公号后台回复 ssm 可以查看视频详情。 用法掌握了,接下来我们来看原理。...在进一步的解析,会首先判断这是文件还是普通参数,如果是普通参数,则保存到 multipartParameters ,具体保存过程还会判断是否为数组,然后再将参数的 ContentType 保存到...multipartParameterContentTypes 文件则保存到 multipartFiles ,最后由三个 Map 构成一个 MultipartParsingResult 对象并返回。

1.3K30

每日学术速递12.20

GLEE,这是一种用于定位和识别图像和视频对象对象级基础模型。...GLEE通过统一的框架,完成开放世界场景任意物体的检测、分割、跟踪、接地和识别等各种物体感知任务。...此外,GLEE 能够集成到大型语言模型,作为基础模型为多模式任务提供通用对象级信息。我们希望我们方法的多功能性和通用性将标志着 AGI 系统高效视觉基础模型开发的重要一步。...受自然语言处理(NLP)和计算机视觉(CV)等研究领域中网络规模、大容量预训练模型(即基础模型)令人印象深刻的开放集性能和内容生成能力的推动,我们致力于这项调查旨在探索 (i) 如何将 NLP 和 CV...我们引入 Mosaic-SDF (M-SDF):一种简单的 3D 形状表示,它通过使用一组分布在形状边界附近的局部网格来近似给定形状的符号距离函数 (SDF)。

21610

Nucleic Acids Research | PROTAC-DB:PROTACs在线数据库

此外,PROTAC-DB里的所有数据都可以下载成SDF或CSV文件形式。 2 方法 数据收集与处理 图1显示了PROTAC-DB的基本数据收集与处理阶段。...使用RDKIT工具包(http://www.rdkit.org)和ALOGPS计算了与类药物相关的10个重要理化性质,包括分子量、精确质量、分配系数(LogP)、水溶性(Log)、重原子计数、环计数、氢键受体计数...对于基于结构的搜索,用户可以在ChemDoodle编辑器输入SMILES字符串、上传MOL/SDF文件或绘制分子草图。...对于弹头和E3配体,搜索结果只显示了初始结构。修改后PROTAC的结构汇总在其相应的详细信息页面。此外,数据表还显示了初始结构的生物活性。同样,也可以根据这些标准对数据表进行排序。...为了方便用户,还增加了相似度搜索工具,以便在数据库查找该PROTAC的相似化合物。这里的相似性阈值是≥0.80。化合物的MOL和SDF文件也可在其中下载。

2.5K41

python流数据动态可视化

只有当Buffer持有的data对象与绘制的Element数据相同时,此优化才有效,否则所有数据都将正常更新。...) 最后,我们可以使用clear方法清除流和绘图上的数据: In [ ]: #dfstream.clear() 使用Streamz库¶ 现在我们已经发现了什么Pipe和Buffer可以做它的时间来展示如何将它们与...将streamz.Stream和Pipe一起使用¶ 让我们从一个相当简单的例子开始: 声明一个streamz.Stream和一个Pipe对象,并将它们连接到一个我们可以推送数据的管道。...,而是希望对象在新数据到达时异步更新。...本教程的最后几节将介绍如何将目前为止所涉及的所有概念纳入交互式Web应用程序以处理大型或小型数据集,首先介绍[参数和小部件](./ 12 参数 and_Widgets.ipynb)。

4.1K30
领券