我为一个分子生成了一堆异构体。对于每个符合条件,我希望将坐标保存在SDF文件中。我尝试了以下方法,但sdf文件中的坐标与conformer中的坐标不同。 from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.EnumerateStereoisomers import EnumerateStereoisomers
from rdkit.Chem.EnumerateStereoisomers import StereoEnumerationOptions
aspirin = 'CC(=O)OC1=C
我一直在通过jupyter笔记本使用VS代码。所以,我必须生成由15个分子组成的网格图像,并将其保存到我的计算机上,但我一直使用的脚本没有显示任何错误,但仍然没有生成任何图像,也没有将它们保存到我的计算机指定的文件中,即使电池气体已经成功执行。
我是新的和新的世界计算化学,并将感谢任何帮助!
我的剧本在下面。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import MolsToGridImage
from rdkit.Chem import SDMolSupplier
suppl = Che
这是我第一次尝试用and解析来写东西,我真的迷路了。此脚本的目标是读取file.sdf,然后将其写回file2.sdf
这是我的剧本:
import argparse
import rdkit as rdkit
from rdkit.Chem import PandasTools
import pandas as pd
parser = argparse.ArgumentParser(description='This is a work in progress')
parser.add_argument("-i", "--input", he
我正在使用RDKit完成一些任务,并遇到了一些问题。我正在尝试使用SaltRemover()函数对我的数据集进行清理,但是发生了ArgumentError,但我找不到它。
所使用的代码如下:
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.PandasTools import LoadSDF
A1 = LoadSDF('finaldata_A1.sdf', smilesName='SMILES')
A1 = A1['SMILES']
for mol i
我试图用Pyinstaller将Python文件导出为.exe文件。我的Python程序使用RDKit包,默认情况下,Pyinstaller不支持这个包。我尝试设置标志--hidden-import='rdkit',并将一个钩子文件与代码放在Pyinstaller目录中。
hiddenimports = [
"rdkit.*",
"rdkit.ANY.*"
]
但是我仍然收到了很多来自Pyinstaller的'lib not found'警告。当我运行.exe文件时,我会得到错误
"No such file
目的:根据rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps,我目前正在与rdkit一起为我的分子结构着色。现在,我想使用matplotlib图像SimilarityMaps函数将它们引入到熊猫的dataframe中,并以html文件的形式导出这个表。
代码:--我试图用下面的代码来实现这一点
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
from rdkit.Chem.Draw import IPyth
我使用的是。
在使用py2exe构建之后,当我调用Draw.MolToImage方法时,会出现一个错误:
Warning: unable to load font metrics from dir
C:\pythonApp\dist\library.zip\rd
kit\sping\PIL\pilfonts
Traceback (most recent call last):
File "app.py", line 470, in <module>
img=Draw.MolToImage(part[i])
File "rdkit\C
我想在Jupyter环境中使用RDKit。然而,在我遵循了this document中概述的过程之后。 在完成这个过程之后,包括获取jupyter的内核,我尝试访问RDKit并使用它。 (rdkit-test) [user] ~ $ python
Python 3.7.9 (default, Aug 31 2020, 07:22:35)
[Clang 10.0.0 ] :: Anaconda, Inc. on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for
我试着用RDKIT获得微笑化学相似性。我的dataframe "subs_df“包含两个列,其中一个列包含微笑数据。
import time
import random
import sys
from pathlib import Path
import seaborn as sns
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from rdkit import Chem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.ML.Cluster import
我开始使用rdkit,并尝试用postgres在Django中实现。因此,我用pip install rdkit-pypi在django虚拟环境中安装了rdkit,还安装了django-rdkit()。这个命令:python3 -c "from rdkit import Chem; print(Chem.MolToMolBlock(Chem.MolFromSmiles('C1CCC1')))"对我来说很好。但是当我运行迁移时,它失败了。错误是:
django.db.utils.OperationalError: could not open extension
我正在尝试将一个预联接表与另一个表并排连接,但似乎不起作用。
代码如下:
SELECT
r.domainid,
r.dombegin AS DomainStart,
r.domend AS Domain_End,
d.ddid,
d.confid1 AS confid,
c.pdbcode,
c.chainid,
a.pdbcode AS "cath_pdbcode",
c.pdbcode
FROM dyn_dyndomrun d, cath_domains a
INNER JOIN dyn_conformer c ON d.confi