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ggcor |相关系数矩阵可视化

相关系数矩阵可视化已经至少有两个版本的实现了,魏太云基于base绘图系统写了corrplot包,应该说是相关这个小领域中最精美的包了,使用简单,样式丰富,只能用惊艳来形容。Kassambara的ggcorrplot基于ggplot2重写了corrplot,实现了corrplot中绝大多数的功能,但仅支持“square”和“circle”的绘图标记,样式有些单调,不过整个ggcorrplot包的代码大概300行,想学习用ggplot2来自定义绘图函数,看这个包的源代码很不错。还有部分功能相似的corrr包(在写ggcor之前完全没有看过这个包,写完之后发现在相关系数矩阵变data.frame方面惊人的相似),这个包主要在数据相关系数提取、转换上做了很多的工作,在可视化上稍显不足。ggcor的核心是为相关性分析、数据提取、转换、可视化提供一整套解决方案,目前的功能大概完成了70%,后续会根据实际需要继续扩展。

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Cerebral Cortex:有向脑连接识别帕金森病中广泛存在的功能网络异常

帕金森病(PD)是一种以大规模脑功能网络拓扑异常为特征的神经退行性疾病,通常通过脑区域间激活信号的无向相关性来分析。这种方法假设大脑区域同时激活,尽管先前的证据表明,大脑激活伴随着因果关系,信号通常在一个区域产生,然后传播到其他区域。为了解决这一局限性,我们开发了一种新的方法来评估帕金森病参与者和健康对照组的全脑有向功能连接,使用反对称延迟相关性,更好地捕捉这种潜在的因果关系。我们的结果表明,通过功能性磁共振成像数据计算的全脑有向连接,与无有向方法相比,识别了PD参与者与对照组在功能网络方面的广泛差异。这些差异的特征是全局效率的提高、聚类和可传递性与较低的模块化相结合。此外,楔前叶、丘脑和小脑的有向连接模式与PD患者的运动、执行和记忆缺陷有关。总之,这些发现表明,与标准方法相比,有向脑连接对PD中发生的功能网络差异更敏感,为脑连接分析和开发跟踪PD进展的新标志物提供了新的机会。

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为建模做准备的人脑结构连接矩阵

人脑代表了一个复杂的计算系统,它的功能和结构可以通过各种聚焦于脑组织和活动的独立属性的神经成像技术来测量。我们捕获组织的白质纤维扩散加权成像获得使用概率扩散束造影术。通过将纤维束造影的结果分割成更大的解剖单元,就有可能推断出系统这些部分之间的结构关系。该管道产生了一个结构连接矩阵,其中包含了所有区域之间连接强度的估计。然而,原始数据处理是复杂的,计算密集,并需要专家的质量控制,这可能会让在该领域经验较少的研究人员感到沮丧。因此,我们以一种便于建模和分析的形式提供了大脑结构连接矩阵,从而被广泛的科学家社区使用。该数据集包含大脑结构连接矩阵,以及潜在的原始扩散和结构数据,以及88名健康受试者的基本人口学数据。

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