Jupyter 创始人 Fernando Pérez 的说法,他最初的梦想是做一个综合 Ju (Julia)、Py (Python)和 R 三种科学运算语言的计算工具平台,所以将其命名为 Ju-Py-te-R。发展到现在,Jupyter 已经成为一个几乎支持所有语言,能够把软件代码、计算输出、解释文档、多媒体资源整合在一起的多功能科学运算平台。
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言,其使用,具有跨平台的特点,可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用,其编写的代码在不同平台上运行时,几乎不需要做较大的改动,使用者无不受益于它的便捷性。
可以参考docker容器,功能就相当于在你电脑中搭了一个只有单个python的虚拟机,每个环境都是独立的,因此只要不删除base环境,删除其他虚拟环境都是不影响anaconda的本体。纯净python也有创建虚拟环境的功能,但是anaconda的好处是可以指定python版本,而纯净python的虚拟环境依赖python安装时的环境。
如果已有环境能够满足所需的环境依赖,则不用进行环境安装。直接激活已有的环境(E.g. source activate tensorflow_py3)或者打开某个环境的Jupyter Notebook即可,可以跳过后面的操作指引。
Conda是目前为止,最流行的Python软件包与管理环境。Conda分为 miniconda 与 anaconda 两种。前者从名字上就能猜出是精简版,后者预装了很多常用的功能,但比较臃肿。实际工程中,一般都使用 miniconda,按需安装软件包,本文的下面篇幅也以 miniconda 为例进行说明。
http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/47008981
Anaconda是一个免费开源的Python和R语言的发行版本,用于计算科学(数据科学、机器学习、大数据处理和预测分析),Anaconda致力于简化包管理和部署。Anaconda的包使用软件包管理系统Conda进行管理。超过1200万人使用Anaconda发行版本,并且Anaconda拥有超过1400个适用于Windows、Linux和MacOS的数据科学软件包。
自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。
Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/download/#download)和Miniconda(只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。 最初接触到Anaconda是用于Python包的安装。Anaconda囊括了100多个常用的Python包,一键式安装,解决Python包安装的痛苦。但后来发现,其
Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理,并且已经包含了Python和相关的配套工具。所以conda 是开源包(packages)和虚拟环境(environment)的管理系统。
Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。
2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法,现在根据使用经验做一些更新,主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了培训时,学员更方便搭建流程引入的,现在分享出来,方便更多人使用。
Conda 是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与 Anaconda 和 Miniconda 一起发放。
要搞清楚什么是虚拟环境,首先要清楚Python的环境指的是什么。当我们在执行python test.py时,思考如下问题:
最开始写C语言代码的时候,人们使用vi,记事本等软件写代码,写完了之后用GCC编译,然后运行编译结果,就是二进制文件。python也可以这样做,用记事本写完代码,保存成如test.py的文件后,通过命令python test.py可以运行这一文件。最初的C语言代码都是通过这种方式写的。但是人们很快发现了一个问题,就是这么弄太麻烦了,编写用vi,运行得切出去用shell,出错了再切回vi改代码。这要是编写、运行、调试都能在同一个窗口里进行,再来点语法检查,高亮,颜色,代码提示,那写代码的效率不就高多了吗?所以就有了Microsoft Visual C++等写代码工具,这些工具除了提供方便的文本编辑功能,还能够连接到编译器(C/C++)、解释器(java,python,R),把编译器和解释器的运行结果显示在自己的界面上,这些工具被称为IDE(集成开发环境)。正因为编译器,解释器不是它的组成部分,pycharm中每个项目都要指定一个interpreter才能运行。即某个路径下的python.exe。其他的IDE也都要指定运行环境。
简单来说,Anaconda是Python的包管理器和环境管理器。先来解决一个初学者都会问的问题:我已经安装了Python,那么为什么还需要Anaconda呢?原因有以下几点:
一般情况下,最新版R的安装非常容易。但如果是在linux服务器上,而又恰好没有root权限,安装就比较麻烦了。最直接粗暴的方法是自己在有读写权限的个人目录中编译安装,但操作很繁琐,需要解决非常多依赖库,整个过程几乎会让人爆炸。还好,有一种简便很多的方法,通过Anaconda的虚拟环境安装。
在本机开发完程序后,需要把程序移植到服务器之类的目标机上运行,或者分发给其余同事,经常会遇到第三方库管理,或者是不同项目之间用到的第三方库版本不一致,例如有时候需要tensorflow 1版本,有的时候希望用最新的2.3版本,这样导致了运行环境的管理复杂度,对于第三方库管理推荐通过Anaconda来解决这个痛点,通过不同的env解决环境配置问题。
使用Python的一定对著名的科学计算集成环境Anaconda(miniconda)并不陌生,而无论是使用Anaconda还是miniconda都必然会用到其包管理器——conda。作为一款管理python安装包的包管理器,其功能要比python自带的pip强大不少。
最近在学习python,发现在本地搭建python环境的时候,要是想要同时搭建不同python版本的环境,就比较麻烦,很容易就出现冲突了,很是头疼。然后光明就出现这山重水复疑无路的时候,同事给我推荐了包管理以及环境管理神器:Anaconda。
在Anaconda官网或者在清华 Anaconda 镜像下载。根据自己电脑配置选择32位还是64位,下在最新版本。 我安装的链接:https://pan.baidu.com/s/1P9gTwLRDp9f770rK_D1clQ 提取码:1xqf
Python简单易用,功能强大,应用领域广泛,遍及人工智能、科学计算、机器学习、网络爬虫、大数据及云计算等。
本文主要详细介绍了torch_pgu版本的安装,其中包括cuda和cudnn的环境配置图解流程,以及如何使用conda命令进行虚拟环境的创建、删除、使用等操作,列举conda的常用命令集,包括如何实现Windows之间的conda环境的迁移;除以之外,介绍了pycharm断点调试的详细流程和不同的调试方法。
最近整理系统时将之前的Anaconda环境全部删除,在重新安装时由于网络连接问题导致很多包和环境无法顺利安装。便想着将所用包全部下载下来,然后通过本地安装,这样以后会方便很多,下面就是关于如何使用conda自定义通道。
https://spark.apache.org/docs/3.1.2/index.html
之前我们提到过 [[09-R工具指南08-R的版本控制]],那么我们可不可以对R 包进行管理呢?
在刚接触python的时候我想大多数人都会面临一个问题,我到底是选择2还是3,因为现在网上好多的资料和视频项目中都还是用的2,我们跟着学习的时候肯定也是首先从2开始学的,但是我们心里肯定也担心学2会不会跟不上技术的发展,毕竟3才是最新的,而且将来的项目势必也都会逐渐去支持最新的3,这个时候我们就有了既需要一个2的环境来学习以前的一些项目来入门,也需要3的环境来跟上最新的技术,就需要一个强大的python环境管理工具了,可以在电脑上同时搭建两套环境,并且可以在两个环境之间来回切换而不受对方的影响,Anaconda就是你需要的。
方案1. 可以直接从官网https://www.anaconda.com/distribution/,默认下载最新版本,19年3月27日为python3.7.1版本 方案2. 清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/,速度快很多,找到对应版本即可
在认识 Anaconda 之前,先认识一下conda,Conda是在Windows、macOS和Linux上运行的开源软件包管理系统和环境管理系统。它可以快速安装、运行和更新软件包及其依赖项。那么既然都是用来安装包的,Conda和pip有啥区别呢?主要区别如下:
gff/gtf:9列,序列名字,注释来源,基因结构,起始位置,终止位置,碱基测序结果可信度,链的+向与-向,密码子偏移,其他属性
故事起源于工作中需要一个tf1.15的环境,然后我平时用的是2.3或者1.14,就得自己再重新安装一个tf1.15的环境,然后发现每一次安装环境都得去google一下命令,嗯,不要问为什么,问就是用的少,记性差,嗯,一定是的。。。
因为有些时候我们需要不同版本的python或不同版本的pip模块(比如你需要跑两个从github上下下来的代码,他们的tensorflow版本一个要求1.0一个要求2.0)
.condarc保存了anaconda的配置信息,该文件存储在C:\Users\xxxx.conda\ 路径中,在如下代码中:
和苹果的app store, 手机的软件管家一样,linux 也提供了conda(miniconda)这样一个软件中心。
大家好我是费老师,conda作为Python数据科学领域的常用软件,是对Python环境及相关依赖进行管理的经典工具,通常集成在anaconda或miniconda等产品中供用户日常使用。
Anaconda安装:Anaconda是一个开源的Python发行版本,其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。使用Anaconda可以通过创建多个独立的Python环境,避免用户的Python环境安装太多不同版本依赖导致冲突。
参考:https://www.cnblogs.com/xrblog/p/11839393.html
注:anaconda是自带Python解释器和Python编辑器于一身的,但是Python编辑器中pycharm更好用,所以本教程是写给自己的,每次重新安装anaconda和pycharm的时候有的要注意的地方都记不住了
Conda是Anaconda中一个强大的包和环境管理工具,可以在Windows系统中的的Anaconda Prompt命令行使用,也可以在macOS或者Linux系统的终端窗口的命令行使用。
笔者通过官网、通过conda、通过豆瓣镜像源安装tensorflow在import时都会失败,报“ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块”的错误,最终成功的安装方式如下:
在地球科学领域也得到了广泛应用,尤其是地球科学数据处理和可视化方面,比如地球科学数据分析和可视化库Iris,应用于数值模式数据处理的wrf-python,气候数据处理库CDAT以及地球科学可视化库NCL的Python版PyNGL。
reticulate可以实现R与python的相互切换,即在R里面调用python的脚本、模块等。
bioconda 是一个管理生物信息软件的一个工具软件,可以将 bioconda 当成生物信息软件的AppStore。它基于 Anaconda 可以进行生物软件的搜索,下载,安装,升级,删除等操作。通过一条命令即可完成绝大部分生物软件的安装。目前已经是最好的生物软件管理工具之一,目前支持超过 7000 多款生物软件的安装。
内容一览:TVM 共有三种安装方法:从源码安装、使用 Docker 镜像安装和 NNPACK Contrib 安装。本文重点介绍如何通过源码安装 TVM。
最近有粉丝询问关于Python虚拟环境的一些操作,刚好平时也会涉及到这方面的使用,那么今天咱们就来简单介绍一下吧。
本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍,并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。
这里有多种方法,可以下载到windows然后通过xftp传到linux服务器上,也可以使用wget命令直接在linux上下载
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